Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1475 |
266.7 |
13469680 |
98.2% |
13227225 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,418,628 |
A→G |
A286A (GCA→GCG) |
b3269 → |
putative transport system permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,418,628 | 0 | A | G | 99.6%
| 893.0
/ ‑4.7
| 277 | A286A (GCA→GCG) | b3269 | putative transport system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (153/123); total (153/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.69e-01 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG > NC_000913/3418538‑3418717
|
tttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGt < 2:1751647/93‑1 (MQ=255)
ttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTg < 1:3439907/93‑1 (MQ=255)
aaTTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGcc < 1:1021045/93‑1 (MQ=255)
aTTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCt > 1:2136397/1‑93 (MQ=255)
tCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTa > 1:1068817/1‑93 (MQ=255)
tCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTa < 1:2995609/93‑1 (MQ=255)
aaCTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTc > 2:4830376/1‑93 (MQ=255)
aaCTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTc < 2:5725710/93‑1 (MQ=255)
aCTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCa > 1:728275/1‑93 (MQ=255)
cTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCaa > 2:2507959/1‑93 (MQ=255)
cTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCaa < 2:3188801/93‑1 (MQ=255)
ggCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACa < 1:2640157/93‑1 (MQ=255)
ggCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACa > 1:5188852/1‑93 (MQ=255)
ggCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACa > 2:4954155/1‑93 (MQ=255)
cAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATg < 2:1869179/93‑1 (MQ=255)
aGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGa > 2:2963974/1‑93 (MQ=255)
aGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGa < 1:4906405/93‑1 (MQ=255)
aGCCTTAACGCTGGCACTTGCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGa < 1:4989259/93‑1 (MQ=255)
gCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGaa > 2:3430403/1‑93 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg > 1:2441820/1‑93 (MQ=255)
cTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGc < 1:4702953/93‑1 (MQ=255)
cTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGc < 1:3706707/93‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCg > 1:831485/1‑93 (MQ=255)
tAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCgg > 1:6210404/1‑93 (MQ=255)
aaCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGc > 1:6317039/1‑93 (MQ=255)
aaCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGc > 2:2236600/1‑93 (MQ=255)
aaCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGc < 1:3650098/93‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCAAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGc < 1:1136094/93‑1 (MQ=255)
aCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTGTCCGCGCTGGGGTCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAATATGAAGCGGCt > 1:3313704/1‑93 (MQ=255)
aCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCt < 2:2611820/93‑1 (MQ=255)
gCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCa < 1:3237117/93‑1 (MQ=255)
cACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCAc < 1:2550626/93‑1 (MQ=255)
aCTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGCCACt < 2:5894107/93‑1 (MQ=255)
cTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTg > 1:394417/1‑93 (MQ=255)
tttCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTgg < 2:6304187/93‑1 (MQ=255)
tCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGa < 2:3161845/93‑1 (MQ=255)
gTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTa > 2:5141244/1‑93 (MQ=255)
ttATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAcc > 2:3697790/1‑93 (MQ=255)
ttATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAcc > 2:4815628/1‑93 (MQ=255)
tataCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTTCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAccc < 2:3576024/93‑1 (MQ=255)
tataCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAccc < 2:1801178/93‑1 (MQ=255)
taCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGGTTACCCaa > 1:2241136/1‑93 (MQ=255)
taCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCaa < 2:1158480/93‑1 (MQ=255)
aCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAc < 2:1004503/93‑1 (MQ=255)
cATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTTCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAcc < 1:2349788/93‑1 (MQ=255)
aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAccc > 1:561473/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAccc > 2:5834714/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAccc > 2:4653593/1‑93 (MQ=255)
tGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGt < 2:323932/93‑1 (MQ=255)
gCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGtt > 2:6021325/1‑93 (MQ=255)
gCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGtt < 2:2378586/93‑1 (MQ=255)
gCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGtt < 2:5060340/93‑1 (MQ=255)
cATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTta > 2:5590013/1‑93 (MQ=255)
tttATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacg > 2:1650231/1‑93 (MQ=255)
ttATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtccgc > 1:1991022/1‑93 (MQ=255)
ttATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgc < 1:2958067/93‑1 (MQ=255)
tATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgct > 2:759132/1‑93 (MQ=255)
tCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgctac > 1:1681530/1‑93 (MQ=255)
tCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgctac < 1:6103703/93‑1 (MQ=255)
gCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgctacgc > 1:3561784/1‑93 (MQ=255)
ccGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGcc < 2:4352430/93‑1 (MQ=255)
ccGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGcc < 2:3778508/93‑1 (MQ=255)
ccGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGCTACGCTACGcc > 1:809159/1‑93 (MQ=255)
cGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCa > 1:4481862/1‑93 (MQ=255)
gagaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGTATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAg > 1:1316623/1‑93 (MQ=255)
gagaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAg > 2:461897/1‑93 (MQ=255)
agaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAgg > 2:3602887/1‑93 (MQ=255)
gaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAGCCAACCCGGTTACGCTACGGCAGGt > 2:4291350/1‑93 (MQ=255)
gaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGt > 2:105235/1‑93 (MQ=255)
aTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAgggc > 2:3062883/1‑91 (MQ=255)
aTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTc > 1:5758556/1‑93 (MQ=255)
tATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCat < 1:6705369/93‑1 (MQ=255)
tATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCat < 2:6430563/93‑1 (MQ=255)
tATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCat < 1:4020574/93‑1 (MQ=255)
tCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCTGTCACTGGGATTACCCAACCCTGTTACGCTACGGCAGGTCatta > 1:3359532/1‑93 (MQ=255)
tCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCatta < 2:3861065/93‑1 (MQ=255)
tCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCatta < 2:6183715/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTc < 1:1826399/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGGTACGCTACGCCAGGGCATTATTc > 2:5426007/1‑93 (MQ=255)
cgcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCattattgc < 2:3140912/93‑3 (MQ=255)
cTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGCTAAGCTACGCCAGGTCATTATTcccc > 2:4075611/1‑93 (MQ=255)
ggATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAgg > 2:656502/1‑93 (MQ=255)
ggATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAgg < 1:235642/93‑1 (MQ=255)
gATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGc > 1:961822/1‑93 (MQ=255)
aTCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCa > 1:1515225/1‑93 (MQ=255)
tCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAt < 1:4464073/93‑1 (MQ=255)
tCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAt > 2:2903602/1‑93 (MQ=255)
tCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAt < 2:3980571/93‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt < 1:3874779/93‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt > 1:378262/1‑93 (MQ=255)
cAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTg > 2:4754841/1‑93 (MQ=255)
cAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGCTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTg > 1:5899037/1‑93 (MQ=255)
aGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGc < 2:6138939/93‑1 (MQ=255)
aGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGc < 1:686267/93‑1 (MQ=255)
aGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGc > 1:6009394/1‑93 (MQ=255)
ggCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCg > 1:3160523/1‑93 (MQ=255)
ggCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCg > 2:414877/1‑93 (MQ=255)
ggCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCg < 2:1263034/93‑1 (MQ=255)
ggCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCCGGCACTGGGATTACCCAACCCGGTTAAGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCg > 1:4125679/1‑93 (MQ=255)
ggCGGTGCCTTATGGGCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTAGGATTACCCAACCCCGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCg > 2:1969535/1‑93 (MQ=255)
|
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG > NC_000913/3418538‑3418717
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTG > NC_000913/3418535‑3418721
|
GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCG < SRR4302536.3427249/94‑1 (MQ=60)
GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCG > SRR4302536.3160398/1‑94 (MQ=60)
GTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGG < SRR4302536.6212620/94‑1 (MQ=60)
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTG < SRR4302536.1815623/94‑1 (MQ=60)
TTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGC < SRR4302536.3542351/94‑1 (MQ=60)
AATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCT < SRR4302536.1051271/94‑1 (MQ=60)
AATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCT > SRR4302536.5067673/1‑94 (MQ=60)
AATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCT > SRR4302536.2200508/1‑94 (MQ=60)
ATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTT > SRR4302536.2512040/1‑94 (MQ=60)
ATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTT < SRR4302536.626425/94‑1 (MQ=60)
ATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTT < SRR4302536.2367920/94‑1 (MQ=60)
TTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTA > SRR4302536.1100775/1‑94 (MQ=60)
TCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTAT < SRR4302536.3083712/94‑1 (MQ=60)
CCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATG > SRR4302536.2887449/1‑94 (MQ=60)
CTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGG > SRR4302536.1899379/1‑94 (MQ=60)
TGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGT > SRR4302536.3520059/1‑94 (MQ=60)
AACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCA > SRR4302536.749606/1‑94 (MQ=60)
AACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCA > SRR4302536.3731937/1‑94 (MQ=60)
AACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCA > SRR4302536.96792/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAA < SRR4302536.3952125/94‑1 (MQ=60)
ACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAA < SRR4302536.5073046/94‑1 (MQ=60)
TGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACA < SRR4302536.6926718/94‑1 (MQ=60)
TGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACA < SRR4302536.6047501/94‑1 (MQ=60)
TGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACA > SRR4302536.5343604/1‑94 (MQ=60)
GGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACAT < SRR4302536.2719297/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA < SRR4302536.5053908/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA > SRR4302536.1101558/1‑94 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA > SRR4302536.533715/1‑94 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCACTTGCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA < SRR4302536.5139025/94‑1 (MQ=60)
GCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAG > SRR4302536.2515610/1‑94 (MQ=60)
GCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAG < SRR4302536.6496951/94‑1 (MQ=60)
CCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGC > SRR4302536.4134698/1‑94 (MQ=60)
CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCCTTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGTCGGTCCCTTATGGGCAACATGCAGCG > SRR4302536.803824/1‑94 (MQ=60)
CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCG > SRR4302536.855952/1‑94 (MQ=60)
CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCG < SRR4302536.335218/94‑1 (MQ=60)
CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCG < SRR4302536.4844372/94‑1 (MQ=60)
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CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCG < SRR4302536.1883265/94‑1 (MQ=60)
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TTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGG > SRR4302536.6395430/1‑94 (MQ=60)
TTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGG > SRR4302536.6868649/1‑94 (MQ=60)
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TAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGC > SRR4302536.6505205/1‑94 (MQ=60)
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GGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCA < SRR4302536.737256/94‑1 (MQ=60)
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CACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACT < SRR4302536.2627440/94‑1 (MQ=60)
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ACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTG > SRR4302536.3821998/1‑94 (MQ=60)
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CCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCCGTTACGCTACcacg > SRR4302536.5325181/1‑90 (MQ=60)
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ATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTA > SRR4302536.4157986/1‑94 (MQ=60)
CGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCCACCCCGGTACGCTACGCCAAGGCATTATTC > SRR4302536.612408/1‑94 (MQ=60)
GCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGCTTACCCAATCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCC > SRR4302536.3456279/1‑94 (MQ=60)
GCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCC < SRR4302536.1881479/94‑1 (MQ=60)
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CGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACCGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCC < SRR4302536.5813488/94‑1 (MQ=60)
GCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCC < SRR4302536.5338143/94‑1 (MQ=60)
GCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCC > SRR4302536.845900/1‑94 (MQ=60)
CTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCA > SRR4302536.713590/1‑94 (MQ=60)
TGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCCGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTGATGCTACGCCACGGCATTATTCCCCAG > SRR4302536.6355990/1‑94 (MQ=60)
GGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGC > SRR4302536.990243/1‑94 (MQ=60)
GGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGC < SRR4302536.241906/94‑1 (MQ=60)
GATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCA > SRR4302536.1559835/1‑94 (MQ=60)
GATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCA < SRR4302536.3173477/94‑1 (MQ=60)
ATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAT > SRR4302536.456363/1‑94 (MQ=60)
TCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATT > SRR4302536.388223/1‑94 (MQ=60)
TCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATT < SRR4302536.4598195/94‑1 (MQ=60)
CCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTG > SRR4302536.3212000/1‑94 (MQ=60)
CCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTG < SRR4302536.3990038/94‑1 (MQ=60)
CCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGCTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTG > SRR4302536.6074681/1‑94 (MQ=60)
CAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGC > SRR4302536.6188550/1‑94 (MQ=60)
AGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG < SRR4302536.706361/94‑1 (MQ=60)
AGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG < SRR4302536.6316771/94‑1 (MQ=60)
AGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG > SRR4302536.3253106/1‑94 (MQ=60)
AGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCCGGCACTGGGATTACCCAACCCGGTTAAGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG > SRR4302536.4247990/1‑94 (MQ=60)
GCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCACCCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATT‑CCCAGGCATTGCGGGT < SRR4302536.4249110/94‑1 (MQ=60)
GCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGG < SRR4302536.862608/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGT < SRR4302536.2874187/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGT < SRR4302536.5048358/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTG > SRR4302536.5645290/1‑94 (MQ=60)
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GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTG > NC_000913/3418535‑3418721
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
