Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1357 |
179.3 |
9500450 |
96.1% |
9129932 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,544,357 |
+G |
coding (163/1314 nt) |
gntT → |
gluconate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,544,356 | 1 | . | G | 98.7%
| 500.0
/ NA
| 156 | V54V (GTC→GTG) | gntT | gluconate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base G (64/90); minor base A (0/2); total (64/92) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GC‑GGA‑CG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544264‑3544437
|
ggCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc > 1:425909/1‑93 (MQ=255)
ggCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc < 2:4604009/93‑1 (MQ=255)
ggCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc < 2:2366748/93‑1 (MQ=255)
gCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑g < 1:1812870/93‑1 (MQ=255)
cATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggcgg < 1:4486401/93‑5 (MQ=255)
ccGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAAGGCAAGGAATGCCGCTGGATAACGTGATTAGCTCCATCAAAGCCGGTGTCAGCGGGA‑CGCTCGGTAGcc < 2:3536388/92‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCt < 1:3838179/93‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCt < 2:3165191/93‑1 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCtt > 1:1277365/1‑93 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCtt < 2:1063644/93‑1 (MQ=255)
cgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGccc < 2:1888565/93‑1 (MQ=255)
cgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGccc < 1:2363813/93‑1 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCt < 2:4261886/93‑1 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt < 2:4697983/93‑1 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt > 2:2955420/1‑93 (MQ=255)
gccgTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATc < 1:1597927/90‑1 (MQ=255)
gCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATc < 1:4464944/93‑1 (MQ=255)
cTGTTGGATTCATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTGCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa < 2:762057/93‑1 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa < 1:1229933/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt < 1:1965013/93‑1 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 2:2786709/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 2:1426498/1‑93 (MQ=255)
tGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATggg < 2:1446/93‑1 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt < 1:2587349/93‑1 (MQ=255)
gATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtt < 1:3036900/93‑1 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 1:2061471/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt < 1:4667094/93‑1 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 2:2123065/1‑93 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc < 1:2324345/93‑1 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc < 1:4362493/93‑1 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGgc > 1:918434/1‑93 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATAAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc > 2:696056/1‑93 (MQ=255)
cAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCa > 2:2691342/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa > 1:3908447/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa > 2:4056128/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 2:4052436/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:2410079/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 1:3662840/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCATGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 1:3747036/93‑1 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATg < 2:1953898/93‑1 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATg > 1:2729835/1‑93 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATg < 1:1145982/93‑1 (MQ=255)
aaTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCt > 1:2343130/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGTTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg > 2:3968893/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACCC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGGGCAATGCTg > 1:2750335/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg > 1:468356/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg > 1:2686486/1‑93 (MQ=255)
tGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTgg < 2:2964480/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTgg < 2:3157782/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGc < 2:649036/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCa < 2:3688070/93‑1 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 1:4353274/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 1:814864/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa < 2:1346112/93‑1 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa < 2:1429314/93‑1 (MQ=255)
cTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaa > 1:1494210/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 2:4237807/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 2:1708520/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 1:752164/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa > 1:3336406/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa > 1:3530719/1‑93 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 1:1646231/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa > 1:3631273/1‑93 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 1:540373/93‑1 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 2:2359693/93‑1 (MQ=255)
agATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 1:2978527/92‑1 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt < 2:2425359/93‑1 (MQ=255)
aaaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTg < 1:2256411/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg < 1:1050645/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg > 1:4349528/1‑93 (MQ=255)
gTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCa > 1:4472136/1‑93 (MQ=255)
gTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCa < 2:214138/93‑1 (MQ=255)
ttATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAg > 2:4331029/1‑93 (MQ=255)
ttATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAg < 2:3470284/93‑1 (MQ=255)
ttATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAg > 1:932953/1‑93 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 2:529966/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc < 1:1380590/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt > 2:1754865/1‑93 (MQ=255)
tGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTg > 1:3109339/1‑93 (MQ=255)
tGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTg > 2:4190109/1‑93 (MQ=255)
ggCTCCATCAAATCGGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGc < 2:910201/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 2:4706646/93‑1 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg > 2:4168490/1‑93 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg < 2:1392262/93‑1 (MQ=255)
cATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTgg > 1:1714908/1‑93 (MQ=255)
cATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTgg < 1:2124477/93‑1 (MQ=255)
aTCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgc > 1:764069/1‑93 (MQ=255)
aTCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgc < 2:1850702/93‑1 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 1:4321262/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg > 2:3804775/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca > 1:3342276/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca > 2:4506940/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGca < 2:3230536/93‑1 (MQ=255)
aaGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcac > 1:2676946/1‑93 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcaca > 1:2463363/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa > 1:1883538/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 1:604832/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 1:1518471/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 2:3864069/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGA‑CGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa < 1:133427/93‑1 (MQ=255)
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GC‑GGA‑CG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544264‑3544437
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CGG‑‑ACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC > NC_000913/3544264‑3544438
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G < SRR4302544.168593/94‑1 (MQ=60)
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G < SRR4302544.2413526/94‑1 (MQ=60)
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G < SRR4302544.2776813/94‑1 (MQ=60)
GCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑G < SRR4302544.1830572/94‑1 (MQ=60)
TCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGG < SRR4302544.1957546/94‑1 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcggg < SRR4302544.4531468/94‑6 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcggg < SRR4302544.2370445/94‑6 (MQ=60)
ATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggc > SRR4302544.1048522/1‑88 (MQ=60)
ATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggc > SRR4302544.1109443/1‑88 (MQ=60)
ATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcggga < SRR4302544.900938/94‑7 (MQ=60)
TCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggac < SRR4302544.695627/94‑8 (MQ=60)
CGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacg < SRR4302544.3584720/94‑9 (MQ=60)
CGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacg > SRR4302544.727497/1‑86 (MQ=60)
CTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgct < SRR4302544.129708/94‑11 (MQ=60)
CTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgct < SRR4302544.2349748/94‑11 (MQ=60)
TCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctc < SRR4302544.4139812/94‑12 (MQ=60)
CTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCCAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcg > SRR4302544.447908/1‑82 (MQ=60)
CTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGGTGGATTAATGCAAAGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcg < SRR4302544.427790/94‑13 (MQ=60)
TCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcgg < SRR4302544.557446/94‑14 (MQ=60)
TCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcgg > SRR4302544.502961/1‑81 (MQ=60)
TCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcgg < SRR4302544.4032242/94‑14 (MQ=60)
TCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcgg > SRR4302544.526499/1‑81 (MQ=60)
TCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcgg < SRR4302544.4186907/94‑14 (MQ=60)
TCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcgg < SRR4302544.3245831/94‑14 (MQ=60)
CGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGGTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggt < SRR4302544.2821617/94‑15 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggta < SRR4302544.2835782/94‑16 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggta > SRR4302544.1572816/1‑79 (MQ=60)
CTCCTTGTGGCGCTTTCTGTTGGATTCATGCAATGAAGGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCCCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggta < SRR4302544.2835780/94‑16 (MQ=59)
TCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggtcg > SRR4302544.2419495/1‑78 (MQ=60)
TCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggtag > SRR4302544.2619625/1‑78 (MQ=60)
TCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggtag > SRR4302544.2396700/1‑78 (MQ=60)
TCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggtag < SRR4302544.3112713/94‑17 (MQ=60)
CTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑Ggcgggacgctcggtagcc > SRR4302544.488450/1‑76 (MQ=60)
TCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCT < SRR4302544.1377058/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTACTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT > SRR4302544.3112731/1‑94 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302544.3876239/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT < SRR4302544.1267056/94‑1 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTT > SRR4302544.1289943/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCT < SRR4302544.2386190/94‑1 (MQ=60)
GCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCA < SRR4302544.4509870/94‑1 (MQ=60)
GCCGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCA < SRR4302544.1613675/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302544.435606/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT < SRR4302544.1242098/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302544.4521592/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG < SRR4302544.1984091/94‑1 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG < SRR4302544.3609077/94‑1 (MQ=60)
TGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGT < SRR4302544.221202/94‑1 (MQ=60)
GGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTACCCTTGCCCTGATCATGGGTT > SRR4302544.3335561/1‑94 (MQ=60)
GATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT < SRR4302544.3065972/94‑1 (MQ=60)
GATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT < SRR4302544.2612236/94‑1 (MQ=60)
GATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT < SRR4302544.2612237/94‑1 (MQ=60)
GATTAATGCAAGCAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCGCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTT < SRR4302544.3065971/94‑1 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT < SRR4302544.718458/94‑1 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT > SRR4302544.2081297/1‑94 (MQ=60)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG < SRR4302544.4713243/94‑1 (MQ=60)
AATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGC > SRR4302544.927501/1‑94 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAATTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302544.4406756/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302544.4406757/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302544.2346382/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302544.2346381/94‑1 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGC < SRR4302544.802514/94‑1 (MQ=60)
GCAATGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCA < SRR4302544.373683/94‑1 (MQ=60)
GCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCA < SRR4302544.3815388/94‑1 (MQ=60)
GCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCA > SRR4302544.4641391/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCCTGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302544.1900231/1‑94 (MQ=60)
CAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAA > SRR4302544.3947281/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302544.1651971/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302544.2432985/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG > SRR4302544.2756143/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302544.3699372/94‑1 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCATGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302544.3784261/94‑1 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC < SRR4302544.1157383/94‑1 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC > SRR4302544.1547739/1‑94 (MQ=60)
GAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCT > SRR4302544.2365326/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGG‑‑CGGGACCC‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGGGCAATGCTG > SRR4302544.2776825/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG > SRR4302544.2712233/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG < SRR4302544.3034834/94‑1 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG > SRR4302544.472943/1‑94 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG < SRR4302544.4381264/94‑1 (MQ=60)
TGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGG < SRR4302544.4505393/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302544.822822/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302544.4397492/1‑94 (MQ=60)
GCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAA > SRR4302544.1508986/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302544.1223979/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302544.3368195/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302544.2120419/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302544.3667451/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA > SRR4302544.3564489/1‑94 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT < SRR4302544.1662464/94‑1 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT < SRR4302544.759508/94‑1 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG > SRR4302544.864220/1‑94 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG < SRR4302544.545698/94‑1 (MQ=60)
AGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG < SRR4302544.3007092/94‑1 (MQ=60)
TAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTG < SRR4302544.608222/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG > SRR4302544.4393729/1‑94 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG < SRR4302544.2277642/94‑1 (MQ=60)
AAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGC < SRR4302544.1061053/94‑1 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA > SRR4302544.4517114/1‑94 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA > SRR4302544.1418497/1‑94 (MQ=60)
GTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAG > SRR4302544.942144/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT < SRR4302544.1394373/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTG > SRR4302544.3138932/1‑94 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302544.4138632/94‑1 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG < SRR4302544.956909/94‑1 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG < SRR4302544.3434770/94‑1 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG > SRR4302544.2739839/1‑94 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG > SRR4302544.1731774/1‑94 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC < SRR4302544.2144854/94‑1 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC > SRR4302544.771516/1‑94 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302544.4365275/1‑94 (MQ=60)
CAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCA > SRR4302544.2544447/1‑94 (MQ=60)
CAAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCA > SRR4302544.3374146/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC > SRR4302544.2702602/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACA > SRR4302544.2486889/1‑94 (MQ=60)
AGCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > SRR4302544.1901748/1‑94 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302544.1533542/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302544.610771/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGTC‑GGCGGG‑‑ACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC < SRR4302544.134666/94‑1 (MQ=60)
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑G‑‑CGG‑‑ACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAAC > NC_000913/3544264‑3544438
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
