Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1475 |
266.7 |
13469680 |
98.2% |
13227225 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,544,971 |
T→C |
G259G (GGT→GGC) |
gntT → |
gluconate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,544,971 | 0 | T | C | 100.0%
| 744.9
/ NA
| 231 | G259G (GGT→GGC) | gntT | gluconate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (106/125); total (106/125) |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GTGCCGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGTGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAACGA > NC_000913/3544882‑3545060
|
gTGCCGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGAc < 1:2982318/93‑1 (MQ=255)
tGCCGTGAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGAcc < 1:6419530/93‑1 (MQ=255)
cGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCgg < 2:2772418/93‑1 (MQ=255)
cGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCgg < 2:5595519/93‑1 (MQ=255)
cGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCAGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAATTCCTCGGCGACCCgg < 1:1155185/93‑1 (MQ=255)
tagtaCTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTaa < 2:210639/93‑1 (MQ=255)
gtaCTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATg < 2:2171409/93‑1 (MQ=255)
gtaCTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATg > 2:6446076/1‑93 (MQ=255)
taCTGATGGCGATGCGTGCGATTGCGCAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATgg < 1:4227669/93‑1 (MQ=255)
taCTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATgg > 1:6201078/1‑93 (MQ=255)
tGATGGGGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATGCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGGTCCTCGGCCACCCGGCATTGGCaa > 1:5281995/1‑93 (MQ=255)
tGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCaa > 1:3881227/1‑93 (MQ=255)
tGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCaa > 1:3561689/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACg > 2:6281853/1‑93 (MQ=255)
aTGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACg < 2:2456669/93‑1 (MQ=255)
tGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGTTCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGc < 1:568355/93‑1 (MQ=255)
tGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGc > 2:166503/1‑93 (MQ=255)
tGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGc < 2:5341002/93‑1 (MQ=255)
ggCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCt > 2:5964088/1‑93 (MQ=255)
ggCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCt < 2:3834351/93‑1 (MQ=255)
ggCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCt < 2:3521440/93‑1 (MQ=255)
tgATGCTTGCGATTGCAGAAATTATCCTGCCGAATGGTCACGATTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGa < 1:2794468/92‑1 (MQ=255)
cGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGa < 2:1009585/93‑1 (MQ=255)
gATGCGTGCGATTGCCGAATGGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTATCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGAt < 2:5487851/93‑1 (MQ=255)
gATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGAt > 2:393173/1‑93 (MQ=255)
gtgcgATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCg > 2:461988/1‑93 (MQ=255)
gATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCt > 2:6465703/1‑93 (MQ=255)
gCCGAATTAACCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGAtt < 1:668660/93‑1 (MQ=255)
gCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGAtt < 2:4046008/93‑1 (MQ=255)
gCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGAtt < 2:4405079/93‑1 (MQ=255)
gCCGAAATAATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGAtt < 1:6729984/93‑1 (MQ=255)
ccGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTg < 2:4487911/93‑1 (MQ=255)
ccGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTg < 2:2678930/93‑1 (MQ=255)
gAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCg > 1:2000138/1‑93 (MQ=255)
gAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCg > 1:6632752/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCg < 2:4182921/92‑1 (MQ=255)
aaaTGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGa < 1:5895287/93‑1 (MQ=255)
aaaTCATCCTGCCAAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGa < 1:1644639/93‑1 (MQ=255)
aaTGATCCTTCCGAAAGGTCCCGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGAt < 1:1529638/93‑1 (MQ=255)
aaTGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGAt < 1:4454975/93‑1 (MQ=255)
aaTGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGAt < 1:1033603/93‑1 (MQ=255)
aaTGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGAt < 1:3938035/93‑1 (MQ=255)
aaTGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGAt < 2:3973374/93‑1 (MQ=255)
aTCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTc < 1:5507126/93‑1 (MQ=255)
aTCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTc > 2:4471041/1‑93 (MQ=255)
aTCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTc > 2:1040345/1‑93 (MQ=255)
tCCTGCCGAAAGGTCACGCTCTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCa < 2:3144296/93‑1 (MQ=255)
ccTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCAc > 1:1278430/1‑93 (MQ=255)
tGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCt < 2:5271602/93‑1 (MQ=255)
gCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCtt > 2:3636414/1‑93 (MQ=255)
gCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCtt < 1:2153957/93‑1 (MQ=255)
aaaGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGt > 2:4890392/1‑93 (MQ=255)
aaGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTc < 1:296939/93‑1 (MQ=255)
aGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCt < 1:383415/93‑1 (MQ=255)
aGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCt < 2:1925214/93‑1 (MQ=255)
gTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCATGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTaa < 2:5150885/93‑1 (MQ=255)
tCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTaaa > 1:4837345/1‑93 (MQ=255)
cACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAAc < 1:4262126/93‑1 (MQ=255)
cACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAAc > 2:3428312/1‑93 (MQ=255)
cccTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCg < 2:707594/91‑1 (MQ=255)
cGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCg > 1:4025544/1‑93 (MQ=255)
cGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCg < 1:453162/93‑1 (MQ=255)
gCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCCCCTTTGGTCTAACCCGt < 2:1277925/93‑1 (MQ=255)
gCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGt < 2:3383225/93‑1 (MQ=255)
gCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGt > 2:1430912/1‑93 (MQ=255)
gCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGt > 1:2222393/1‑93 (MQ=255)
gCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGt > 2:1843938/1‑93 (MQ=255)
cTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTg < 2:476356/93‑1 (MQ=255)
tttCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTgg < 2:261333/93‑1 (MQ=255)
tttCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTgg > 2:72810/1‑93 (MQ=255)
tttCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTgg > 1:3539825/1‑93 (MQ=255)
tttCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTgg < 1:5128986/93‑1 (MQ=255)
ttCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGt > 1:6083197/1‑93 (MQ=255)
cTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGt < 2:1471284/93‑1 (MQ=255)
tGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGtt > 2:247855/1‑93 (MQ=255)
tGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGtt > 1:371700/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTc < 1:4941757/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTc < 1:4383395/93‑1 (MQ=255)
cGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCaa < 1:2715532/93‑1 (MQ=255)
cGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCaa > 2:5290327/1‑93 (MQ=255)
ggTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAAt < 2:4127749/93‑1 (MQ=255)
gTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATg < 2:6544605/93‑1 (MQ=255)
gTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATg < 1:2889149/93‑1 (MQ=255)
gTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATg < 1:3710200/93‑1 (MQ=255)
aGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGGTCAATGGa < 1:6571925/93‑1 (MQ=255)
gCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGAt > 2:6677079/1‑93 (MQ=255)
cGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATc > 1:971396/1‑93 (MQ=255)
ggAGTTCCTCGGCGACCCGGCAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCa > 2:1663440/1‑93 (MQ=255)
gAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAg > 1:3675461/1‑93 (MQ=255)
aGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGa > 1:3379714/1‑93 (MQ=255)
gTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGAt > 1:4971606/1‑93 (MQ=255)
gTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGAt > 2:6039318/1‑93 (MQ=255)
gTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGAt < 2:3081070/93‑1 (MQ=255)
ttCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGAtt < 1:2441128/93‑1 (MQ=255)
tCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTa > 2:4679881/1‑93 (MQ=255)
tCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTa < 1:2274477/93‑1 (MQ=255)
tCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTa > 1:135056/1‑93 (MQ=255)
ccTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTaa < 2:485399/93‑1 (MQ=255)
tCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAACg < 2:3469010/93‑1 (MQ=255)
cGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAACGa > 2:57012/1‑93 (MQ=255)
|
GTGCCGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGTGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAACGA > NC_000913/3544882‑3545060
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCTGGTGCCGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGTGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAACGACA > NC_000913/3544878‑3545062
|
TCTGGTGCCGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGC < SRR4302536.4167682/94‑1 (MQ=60)
CTGGTGCCGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCG < SRR4302536.5252773/94‑1 (MQ=60)
GTGCCGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACC < SRR4302536.3070102/94‑1 (MQ=60)
TGCCGTGAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCC < SRR4302536.6611381/94‑1 (MQ=60)
tcggggAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCAAAAATGATCCTGCAGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCG < SRR4302536.4685475/88‑1 (MQ=60)
GCCGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCG < SRR4302536.1546605/94‑1 (MQ=60)
CCGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGG < SRR4302536.5394616/94‑1 (MQ=60)
CGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCAGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAATTCCTCGGCGACCCGGT < SRR4302536.1189951/94‑1 (MQ=60)
GGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTA < SRR4302536.3179354/94‑1 (MQ=60)
TAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAAT < SRR4302536.743217/94‑1 (MQ=60)
AGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATG < SRR4302536.4090473/94‑1 (MQ=60)
AGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATG < SRR4302536.1754381/94‑1 (MQ=60)
ggtgtggtggcggggggtggcttcccaaaattcccccggcggaagggccccctttcCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGG < SRR4302536.6898184/38‑1 (MQ=60)
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CTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAA > SRR4302536.2166377/1‑94 (MQ=60)
CTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAA > SRR4302536.3996690/1‑94 (MQ=60)
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AAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGAT < SRR4302536.6070839/94‑1 (MQ=60)
AAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGAT > SRR4302536.3957124/1‑94 (MQ=60)
AAATCATCCTGCCAAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGAT < SRR4302536.1692475/94‑1 (MQ=60)
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AATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATG < SRR4302536.4588809/94‑1 (MQ=60)
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AATCATCCCGCCGAAAGGCCCCGCTTCCCTGCCGGAAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATG < SRR4302536.4868018/94‑1 (MQ=60)
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TCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCAC > SRR4302536.4387728/1‑94 (MQ=60)
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AGTTCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGAT > SRR4302536.3740400/1‑94 (MQ=60)
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TCCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAA < SRR4302536.2343401/94‑1 (MQ=60)
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CCTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAAC > SRR4302536.3025517/1‑94 (MQ=60)
CTCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAACG < SRR4302536.3061815/94‑1 (MQ=60)
TCGGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAACGA < SRR4302536.6147249/94‑1 (MQ=60)
GGCGACCCGGTAATGGTAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAACGACA > SRR4302536.385792/1‑94 (MQ=60)
GGCGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAACGACA > SRR4302536.2137025/1‑94 (MQ=60)
|
TCTGGTGCCGGTAGTACTGATGGCGATGCGTGCGATTGCCGAAATGATCCTGCCGAAAGGTCACGCTTTCCTGCCGGTAGCGGAGTTCCTCGGTGACCCGGTAATGGCAACGCTGATTGCCGTGCTGATTGCGATGTTCACCTTTGGTCTAAACCGTGGTCGTTCAATGGATCAGATTAACGACA > NC_000913/3544878‑3545062
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
