Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,338,481 |
C→T |
A189V (GCC→GTC) |
yrbG → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,338,481 | 0 | C | T | 95.7%
| 1132.9
/ 16.7
| 346 | A189V (GCC→GTC) | yrbG | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/10); new base T (122/208); total (128/218) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 |
Only 100 of 409 total aligned reads displayed.
ACCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCGGA > NC_000913/3338390‑3338572
|
gccAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGcc < 1:6502749/92‑1 (MQ=255)
ccAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCa < 2:5015671/93‑1 (MQ=255)
cAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGGATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCAc > 1:2528508/1‑93 (MQ=255)
agagagCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGGGCTTATCATCATGCCCGTGATCAcg > 2:5240330/1‑93 (MQ=255)
agagagCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCAGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCAcg < 1:9604895/93‑1 (MQ=255)
gagagCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGGATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGGCAcga > 1:1425247/1‑92 (MQ=255)
agcTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGAtgg < 2:3137642/93‑1 (MQ=255)
agcTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGAtgg > 2:3402913/1‑93 (MQ=255)
agcTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGAtgg < 2:8098130/93‑1 (MQ=255)
gcTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGGGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGAtggg > 1:9852292/1‑92 (MQ=255)
gcTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGGtggg > 1:3031950/1‑92 (MQ=255)
gcTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGAtggt < 2:2612431/93‑1 (MQ=255)
cTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGAtggtg < 1:2674177/93‑1 (MQ=255)
tGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATggtggt > 1:6569828/1‑93 (MQ=255)
tGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATggtggt < 2:1553263/93‑1 (MQ=255)
gCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTTCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGGTGGGGGtt > 2:4963526/1‑93 (MQ=255)
gCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGtt < 2:7362028/93‑1 (MQ=255)
gCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGtt < 1:8280852/93‑1 (MQ=255)
gCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCCGGATTGTGCTTTTCATCTTGTCCGTGGTCAAGGCGAtggggggg > 2:8491300/1‑91 (MQ=255)
cAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCAATGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGCTGGTGGttt > 2:5616293/1‑92 (MQ=255)
gagCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGAt < 2:9364239/93‑1 (MQ=255)
gagCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCCGATggtgggtggt > 1:4783260/1‑91 (MQ=255)
agCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATa < 1:8496034/93‑1 (MQ=255)
agCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATa < 2:2903024/93‑1 (MQ=255)
gCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCCTTGCGCTTATCATCATTCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATaa > 1:104442/1‑93 (MQ=255)
gCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATaa < 1:3278512/93‑1 (MQ=255)
gCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATaa < 1:7939026/93‑1 (MQ=255)
cTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAAc < 1:8964464/93‑1 (MQ=255)
gCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGGTGGTGGGTGATAACGc > 1:5303639/1‑93 (MQ=255)
gCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGc < 1:1313574/93‑1 (MQ=255)
ccGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGcc < 2:1409577/93‑1 (MQ=255)
ccGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGcc < 2:5753123/93‑1 (MQ=255)
gcgTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCAc < 1:9701324/93‑1 (MQ=255)
gcgTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGGGGTTGATAACGCCAc > 1:550120/1‑93 (MQ=255)
gTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCACgg > 1:9468647/1‑93 (MQ=255)
tGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCACCGt > 1:6126206/1‑93 (MQ=255)
gACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCATGGGGCACGCGGAGCGTGGTTGATAACGCCACgggg > 2:6293134/1‑91 (MQ=255)
aCGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCCGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGGGGGTGATAACGCCACGGTGc > 2:105549/1‑93 (MQ=255)
ggcggATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCACGGTGCTg > 2:714272/1‑93 (MQ=255)
gcggATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGGGGTTGATAACGCCACGGTGCTgg > 1:741146/1‑93 (MQ=255)
ggATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGGTTATCATCATGCCAGTGGTGACGCGGATGGTGGTTGATAAAGGCACGGGGCTggga > 2:4659184/1‑91 (MQ=255)
ttGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAAt < 2:9818789/93‑1 (MQ=255)
gCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa < 1:5158961/93‑1 (MQ=255)
gCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGGGGTCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTa > 1:3489037/1‑93 (MQ=255)
cccGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTAc < 1:4338719/93‑1 (MQ=255)
ccGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACt > 2:238750/1‑93 (MQ=255)
ccGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACt < 1:5638692/93‑1 (MQ=255)
ccGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGGTGATAAAGCCACGGTGCTGGCGGATTACt > 2:8806350/1‑93 (MQ=255)
cGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACtt > 2:4570737/1‑93 (MQ=255)
cGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACtt > 2:3736266/1‑93 (MQ=255)
cGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACtt < 1:4909435/93‑1 (MQ=255)
tCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTg > 2:2166235/1‑93 (MQ=255)
tCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTg > 2:1212548/1‑93 (MQ=255)
gcgTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGcc < 2:8268288/93‑1 (MQ=255)
cgTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCa < 2:2485208/93‑1 (MQ=255)
cgTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCa < 2:5695149/93‑1 (MQ=255)
cgTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCa < 1:7888880/93‑1 (MQ=255)
tttttATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATc < 2:65911/93‑1 (MQ=255)
tttttATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATc < 2:9473701/93‑1 (MQ=255)
ggCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGt < 2:4214025/93‑1 (MQ=255)
tCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGa < 2:6894548/93‑1 (MQ=255)
tCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGa < 1:2253283/93‑1 (MQ=255)
tCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGa > 2:9776165/1‑93 (MQ=255)
tCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGa < 1:7550878/93‑1 (MQ=255)
gCATTGCGCTTGTCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGa < 2:4387760/93‑1 (MQ=255)
gCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGa < 2:5853558/93‑1 (MQ=255)
gCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGa > 1:3802537/1‑93 (MQ=255)
aTTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATg > 2:2835525/1‑93 (MQ=255)
aTTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATg > 1:2384556/1‑93 (MQ=255)
aTTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATg > 1:5878393/1‑93 (MQ=255)
ttGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATgg > 1:213541/1‑93 (MQ=255)
ttGCGCTTATCATCATGCCAGTAGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATgg > 2:9666615/1‑93 (MQ=255)
ttGCGCTTATCATCATGCCAGGGGTCACGCGGATGGGGGGTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGCTGAGGAggg > 1:7733918/1‑93 (MQ=255)
tGCGCTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATggg < 1:10001073/93‑1 (MQ=255)
gcgcTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGt > 1:8748725/1‑93 (MQ=255)
cgcTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTc < 2:1333182/93‑1 (MQ=255)
cgcTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTc < 1:8103366/93‑1 (MQ=255)
gcTTATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCt > 2:3513189/1‑93 (MQ=255)
ttATCATCATTCCAGCGGTCACGCGGATTGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGa < 1:2763926/93‑1 (MQ=255)
ttATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGa < 1:4051851/93‑1 (MQ=255)
tATCATCATGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGAc < 2:4317656/93‑1 (MQ=255)
catcatGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGc > 1:6168835/1‑93 (MQ=255)
tcatGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACTATGGGTCTGACGGCaa > 1:6826317/1‑93 (MQ=255)
tcatGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCaa < 2:7503854/93‑1 (MQ=255)
tcatGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCaa > 2:5095450/1‑93 (MQ=255)
tcatGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCaa < 1:628993/93‑1 (MQ=255)
tcatGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCaa > 2:1667873/1‑93 (MQ=255)
catGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAAt < 2:2234771/93‑1 (MQ=255)
atGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAAtt < 2:5380371/93‑1 (MQ=255)
tGCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTg > 2:8925502/1‑93 (MQ=255)
gCCAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGc > 1:1767776/1‑93 (MQ=255)
ccAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCt > 1:42454/1‑93 (MQ=255)
cAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTa > 1:994099/1‑93 (MQ=255)
cAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTa > 1:4515979/1‑93 (MQ=255)
cAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTa > 1:7138139/1‑93 (MQ=255)
cAGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTa > 2:412922/1‑93 (MQ=255)
aGTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTAt < 2:8688734/93‑1 (MQ=255)
gTGGTCCCGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCCAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGACGGGTCTGACGGCAATTGCTATc < 1:1828934/93‑1 (MQ=255)
gTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATc < 1:3686092/93‑1 (MQ=255)
gTGGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATc > 2:6056884/1‑93 (MQ=255)
|
ACCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGTGGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCGGA > NC_000913/3338390‑3338572
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 214 total aligned reads displayed.
GACCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCGGAA > NC_000913/3338389‑3338573
|
GACCAGAGAGCAGTTAGCAGAGCTGTCGCGTGAAGGCGGATTGCCCGGCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTC < SRR4302540.7330920/94‑1 (MQ=60)
GCCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGCCA < SRR4302540.6575034/94‑1 (MQ=60)
ACCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCA < SRR4302540.9360513/94‑1 (MQ=60)
CCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGGATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCAC > SRR4302540.2555792/1‑94 (MQ=60)
CCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATTATGCCAGTGGGCCA > SRR4302540.4726604/1‑94 (MQ=60)
CCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCAC < SRR4302540.5658662/94‑1 (MQ=60)
CCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCAC < SRR4302540.6300226/94‑1 (MQ=60)
CCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCAC < SRR4302540.6299944/94‑1 (MQ=60)
CAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACG > SRR4302540.6430897/1‑94 (MQ=60)
AGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGGATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGC > SRR4302540.1440675/1‑94 (MQ=60)
AGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGGATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGGCACGA > SRR4302540.1440674/1‑94 (MQ=60)
AGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGC > SRR4302540.3079230/1‑94 (MQ=60)
AGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCAGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGC < SRR4302540.9718176/94‑1 (MQ=60)
GAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCG < SRR4302540.7541261/94‑1 (MQ=60)
GAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTTTCATCATGCCCGT‑GGTCACGCGGG > SRR4302540.7803061/1‑94 (MQ=60)
GAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGG > SRR4302540.9017403/1‑94 (MQ=60)
GAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGA < SRR4302540.8146528/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATTCCAGT‑GGTCACGCGGAT > SRR4302540.4381439/1‑94 (MQ=60)
AGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCCGT‑GGTCACGCGGGT > SRR4302540.697985/1‑94 (MQ=60)
AGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGAT < SRR4302540.7682054/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGAT < SRR4302540.5202638/94‑1 (MQ=60)
CAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGG < SRR4302540.3013226/94‑1 (MQ=60)
AGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGGGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGG > SRR4302540.9967442/1‑94 (MQ=60)
AGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGgtggg > SRR4302540.3065240/1‑89 (MQ=60)
AGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGT < SRR4302540.6534070/94‑1 (MQ=60)
GCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGGTGGTG > SRR4302540.3208680/1‑94 (MQ=60)
CTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTTCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGGCACGCGGATGGTGG > SRR4302540.226228/1‑94 (MQ=60)
CTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGG < SRR4302540.4209268/94‑1 (MQ=60)
CTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGG < SRR4302540.2703128/94‑1 (MQ=60)
CTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGCCACGCGGATGGTGG < SRR4302540.7018988/94‑1 (MQ=60)
TTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGTGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGT < SRR4302540.3700804/94‑1 (MQ=60)
TTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGT > SRR4302540.6642625/1‑94 (MQ=60)
GCAGGTCTGCCGCGTGACGGCGGATCGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTG < SRR4302540.7081145/94‑1 (MQ=60)
GCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTG < SRR4302540.7081144/94‑1 (MQ=60)
GCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTG < SRR4302540.8377028/94‑1 (MQ=60)
CAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGGTGGTGGTTGA > SRR4302540.7504412/1‑94 (MQ=60)
CAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGA > SRR4302540.7234504/1‑94 (MQ=60)
AGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCCGATGGTGGgtggt > SRR4302540.4834392/1‑89 (MQ=60)
AGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCCTTGCGCTTATCATCATTCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAA > SRR4302540.105557/1‑94 (MQ=60)
AGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAA < SRR4302540.8594756/94‑1 (MQ=60)
AGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGCGGTTGCTAA > SRR4302540.105556/1‑94 (MQ=60)
GCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAAC < SRR4302540.8031549/94‑1 (MQ=60)
GCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAAC < SRR4302540.219791/94‑1 (MQ=60)
GCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAAC < SRR4302540.3496993/94‑1 (MQ=60)
GCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAAC < SRR4302540.3314321/94‑1 (MQ=60)
GCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAAC < SRR4302540.2161686/94‑1 (MQ=60)
GCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAAC < SRR4302540.9663980/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACG < SRR4302540.2287760/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACG < SRR4302540.2287759/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACG < SRR4302540.1712798/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACG < SRR4302540.9070653/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGGGGTTGATAACG > SRR4302540.3683243/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGGTGGTGGGTGATAACGC > SRR4302540.5361668/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGC > SRR4302540.5397745/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGGGGTTGATAACGC > SRR4302540.7904479/1‑94 (MQ=60)
GCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCC < SRR4302540.1327227/94‑1 (MQ=60)
GCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCC < SRR4302540.4038289/94‑1 (MQ=60)
CCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCCGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCC > SRR4302540.1042919/1‑94 (MQ=60)
CGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCAC > SRR4302540.8014487/1‑94 (MQ=60)
CGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGGGGTTGATAACGCCAC > SRR4302540.556113/1‑94 (MQ=60)
CGCGTGACGGCGGATTGCCCGGCGCGTTTTTATGGCTCAGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCAC < SRR4302540.1914310/94‑1 (MQ=60)
GCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACG < SRR4302540.9815378/94‑1 (MQ=60)
GCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACG < SRR4302540.1298082/94‑1 (MQ=60)
CGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGG > SRR4302540.2777410/1‑94 (MQ=60)
CGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCACGG > SRR4302540.9580964/1‑94 (MQ=60)
GTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCACCGT > SRR4302540.6194438/1‑94 (MQ=60)
GTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCCGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCCCGCGGATGGTGGTTGATAAAGCCACGGG > SRR4302540.5226690/1‑94 (MQ=60)
TGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTG < SRR4302540.5175152/94‑1 (MQ=60)
TGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTG < SRR4302540.7796942/94‑1 (MQ=60)
TGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTG < SRR4302540.3820321/94‑1 (MQ=60)
TGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGA‑GGTCCCGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTG > SRR4302540.5751787/1‑94 (MQ=60)
GACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGC > SRR4302540.10077050/1‑94 (MQ=60)
ACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCT < SRR4302540.2752401/94‑1 (MQ=60)
ACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCT < SRR4302540.5198383/94‑1 (MQ=60)
CGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTG < SRR4302540.1799151/94‑1 (MQ=60)
GGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGGGGTTGATAACGCCACGGTGCTGG > SRR4302540.749058/1‑94 (MQ=60)
GCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGC < SRR4302540.7427738/94‑1 (MQ=60)
CGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCG < SRR4302540.9941162/94‑1 (MQ=60)
CGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCG > SRR4302540.9791399/1‑94 (MQ=60)
ATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAAT < SRR4302540.7834370/94‑1 (MQ=60)
TTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATT < SRR4302540.6588785/94‑1 (MQ=60)
TGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGG‑GGTCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTA > SRR4302540.3527033/1‑94 (MQ=60)
GCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTAC < SRR4302540.425108/94‑1 (MQ=60)
GCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTAC < SRR4302540.5215016/94‑1 (MQ=60)
GCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTAC < SRR4302540.9242369/94‑1 (MQ=60)
CCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACT < SRR4302540.4385953/94‑1 (MQ=60)
CCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACT > SRR4302540.9934644/1‑94 (MQ=60)
CCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGCCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACT > SRR4302540.8028697/1‑94 (MQ=60)
CCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTT < SRR4302540.5700754/94‑1 (MQ=60)
CGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTT < SRR4302540.1432915/94‑1 (MQ=60)
CGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTT > SRR4302540.6203791/1‑94 (MQ=60)
CGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTT < SRR4302540.4962289/94‑1 (MQ=60)
CGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGGGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTT > SRR4302540.6203792/1‑94 (MQ=60)
CGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGGCACGCGGGTGGTGGTTGATAACGCCACGGGGCTGGGGAATTACTTT > SRR4302540.3765945/1‑94 (MQ=60)
GTCGCGTTTTTATGGCTCGGGATTGCGCGTATGATCATGCCAGT‑GGGCACGCGGATGGGGGGTGATAACGGCACGGTGGTGGCGAATTACTTTG > SRR4302540.3060840/1‑94 (MQ=60)
GTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATTCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTG > SRR4302540.9947327/1‑94 (MQ=60)
GTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTG > SRR4302540.3060841/1‑94 (MQ=60)
GTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGGTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTG > SRR4302540.3650785/1‑94 (MQ=60)
TCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTTTCATCATTCCAGT‑GGTCACGCGGTTGGAGGTTGTAAAAGACACGGCGCTGGCGAATTACTTTGC > SRR4302540.1145443/1‑94 (MQ=42)
CGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTCCC > SRR4302540.2901746/1‑94 (MQ=60)
GCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCA < SRR4302540.10028157/94‑1 (MQ=60)
GCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCA > SRR4302540.3751743/1‑94 (MQ=60)
GCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCA < SRR4302540.2504017/94‑1 (MQ=60)
GCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCA < SRR4302540.10028156/94‑1 (MQ=60)
GCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCA > SRR4302540.8602537/1‑94 (MQ=60)
GCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCA < SRR4302540.4940582/94‑1 (MQ=60)
CGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCAT < SRR4302540.9246416/94‑1 (MQ=60)
CGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCAT > SRR4302540.1211622/1‑94 (MQ=60)
CGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCAT < SRR4302540.3439807/94‑1 (MQ=60)
GTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATC > SRR4302540.8017420/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATC > SRR4302540.1785794/1‑94 (MQ=60)
TTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCA > SRR4302540.442074/1‑94 (MQ=60)
TTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAG < SRR4302540.241853/94‑1 (MQ=60)
TATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGA < SRR4302540.3747085/94‑1 (MQ=60)
TATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGA < SRR4302540.9643175/94‑1 (MQ=60)
TATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGA < SRR4302540.1018635/94‑1 (MQ=60)
ATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAG > SRR4302540.6577661/1‑94 (MQ=60)
GGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTT > SRR4302540.8383384/1‑94 (MQ=60)
TCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGAC < SRR4302540.4700189/94‑1 (MQ=60)
TCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGAC > SRR4302540.9130583/1‑94 (MQ=60)
TCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGAC < SRR4302540.8131209/94‑1 (MQ=60)
TCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGAC < SRR4302540.7635517/94‑1 (MQ=60)
TCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGAC < SRR4302540.4840876/94‑1 (MQ=60)
TCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGAC < SRR4302540.2277469/94‑1 (MQ=60)
TCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGAC > SRR4302540.5557765/1‑94 (MQ=60)
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TGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGT < SRR4302540.10117583/94‑1 (MQ=60)
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TGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGT > SRR4302540.8850247/1‑94 (MQ=60)
GCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTC < SRR4302540.4844542/94‑1 (MQ=60)
CGCTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCT < SRR4302540.8197413/94‑1 (MQ=60)
CTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGA > SRR4302540.5633053/1‑94 (MQ=60)
CTTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGA > SRR4302540.8291729/1‑94 (MQ=60)
TTATCATCATTCCAGC‑GGTCACGCGGATTGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGAC < SRR4302540.2793789/94‑1 (MQ=60)
TTATCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGAC < SRR4302540.9724261/94‑1 (MQ=60)
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TTACCATCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGAC < SRR4302540.2642930/94‑1 (MQ=60)
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TCATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAAT < SRR4302540.635684/94‑1 (MQ=60)
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CATGCCAGT‑GGCCACGCGGGTGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATCACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATT > SRR4302540.9787937/1‑94 (MQ=60)
ATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTG > SRR4302540.5004292/1‑94 (MQ=60)
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ATGCCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTG < SRR4302540.8096939/94‑1 (MQ=60)
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CCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTA > SRR4302540.4564901/1‑94 (MQ=60)
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CCAGT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTA > SRR4302540.7217663/1‑94 (MQ=60)
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GT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCG > SRR4302540.2420255/1‑94 (MQ=60)
GT‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCG < SRR4302540.3726368/94‑1 (MQ=60)
T‑GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCGG > SRR4302540.6838171/1‑94 (MQ=60)
GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCGGA > SRR4302540.749443/1‑94 (MQ=60)
GGTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCGGA > SRR4302540.920997/1‑94 (MQ=60)
GGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCGGA > SRR4302540.5980386/1‑94 (MQ=60)
GTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCGGAA > SRR4302540.1437932/1‑94 (MQ=60)
GTCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCGGAA > SRR4302540.7783871/1‑94 (MQ=60)
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GACCAGAGAGCAGCTTGCAGAGCTGCCGCGTGACGGCGGATTGCCCGTCGCGTTTTTATGGCTCGGCATTGCGCTTATCATCATGCCAGT‑GGCCACGCGGATGGTGGTTGATAACGCCACGGTGCTGGCGAATTACTTTGCCATCAGCGAGTTGACGATGGGTCTGACGGCAATTGCTATCGGAA > NC_000913/3338389‑3338573
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
