Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,795,233 |
T→C |
L220P (CTG→CCG) |
rfaL → |
O‑antigen ligase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,795,233 | 0 | T | C | 100.0%
| 408.0
/ NA
| 127 | L220P (CTG→CCG) | rfaL | O‑antigen ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (82/45); total (82/45) |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGC > NC_000913/3795143‑3795320
|
cTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGt < 2:2578760/93‑1 (MQ=255)
aaaaaTCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCt < 2:4000400/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCta > 2:5747618/1‑93 (MQ=255)
aaaTCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCtat < 1:2939516/93‑1 (MQ=255)
aaaTCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCtat > 2:4744684/1‑93 (MQ=255)
aaaTCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCtat > 2:208924/1‑93 (MQ=255)
atcatcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATaa > 1:2217060/1‑93 (MQ=255)
tcatcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAt > 1:61259/1‑93 (MQ=255)
tcatcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAt > 2:6242411/1‑93 (MQ=255)
tcatcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAt < 2:1511166/93‑1 (MQ=255)
tcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTtg > 2:1289269/1‑93 (MQ=255)
cTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTtgtg > 1:5027523/1‑93 (MQ=255)
tttttatttttaTTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGtt > 1:2763275/1‑93 (MQ=255)
tttatttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgc < 1:3588007/93‑1 (MQ=255)
tatttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctg < 1:2915590/93‑1 (MQ=255)
atttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctgc > 2:5191214/1‑93 (MQ=255)
atttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctgc < 2:704324/93‑1 (MQ=255)
atttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctgc > 1:3274155/1‑93 (MQ=255)
tttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCa > 2:2921330/1‑93 (MQ=255)
tttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCa > 2:462080/1‑93 (MQ=255)
tttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCa < 1:5964933/93‑1 (MQ=255)
tttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTCCCCTATAATTTGTGTtgctgct > 2:3693522/1‑92 (MQ=255)
tttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAtt > 2:5820626/1‑93 (MQ=255)
tttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAtt < 1:5970497/93‑1 (MQ=255)
tttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAtt > 1:3551586/1‑93 (MQ=255)
tttattAAATAGTCGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAtt < 1:3600163/93‑1 (MQ=255)
ttattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTa > 2:2988584/1‑93 (MQ=255)
ttattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTa > 1:3483145/1‑93 (MQ=255)
ttattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTa > 2:5471156/1‑93 (MQ=255)
ttattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTa < 1:696385/93‑1 (MQ=255)
tattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTaa > 1:1056940/1‑93 (MQ=255)
attaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAAt > 2:2281072/1‑93 (MQ=255)
ttaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATa > 1:1898580/1‑93 (MQ=255)
taAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAg > 1:3447805/1‑93 (MQ=255)
taAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAg > 2:1603644/1‑93 (MQ=255)
taAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAg < 1:5928911/93‑1 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc > 1:2403173/1‑93 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc < 2:5011989/93‑1 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc > 2:4531828/1‑93 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc < 2:1183423/93‑1 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc > 1:6029546/1‑93 (MQ=255)
aaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCt > 2:2205854/1‑93 (MQ=255)
aaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCt < 1:1349415/93‑1 (MQ=255)
aaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCt > 1:4613127/1‑93 (MQ=255)
aaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCt > 2:5781387/1‑93 (MQ=255)
aTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtt < 1:2903129/93‑1 (MQ=255)
aTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtt > 2:5169826/1‑93 (MQ=255)
aTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtt > 2:1273309/1‑93 (MQ=255)
aTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtt < 2:4180640/93‑1 (MQ=255)
aGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttat < 1:3592887/93‑1 (MQ=255)
aGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttat < 1:5256330/93‑1 (MQ=255)
gTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttatt > 2:3662849/1‑93 (MQ=255)
gTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttatt > 1:2754179/1‑93 (MQ=255)
gTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttatt < 1:2075313/93‑1 (MQ=255)
ttGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttatta > 1:4498731/1‑93 (MQ=255)
tGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTtattat < 2:728770/93‑1 (MQ=255)
tGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTtattat < 1:2118021/93‑1 (MQ=255)
tGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTtattat > 2:4864971/1‑93 (MQ=255)
gcgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataat > 2:2724578/1‑93 (MQ=255)
gcgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataat > 1:157337/1‑93 (MQ=255)
cgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataata < 2:5160966/93‑1 (MQ=255)
ggTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTTCTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAtaataa > 1:1782222/1‑93 (MQ=255)
ggTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAtaataa > 1:1072739/1‑93 (MQ=255)
tACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAAt > 1:5263413/1‑93 (MQ=255)
aCTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATc > 2:2552992/1‑93 (MQ=255)
aCTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATc < 1:5871093/93‑1 (MQ=255)
cTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCa > 1:2595140/1‑93 (MQ=255)
cTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCa > 1:467504/1‑93 (MQ=255)
tATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAccc < 2:2053742/93‑1 (MQ=255)
tATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAccc < 1:4495773/93‑1 (MQ=255)
aTGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCa > 2:3551139/1‑93 (MQ=255)
tGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCaa < 1:2956688/93‑1 (MQ=255)
ttCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGa > 1:4056500/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAt > 2:4497667/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAtt > 2:5421929/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAtt > 1:5525953/1‑93 (MQ=255)
cTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACt > 2:2857942/1‑93 (MQ=255)
cTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACt > 1:6162308/1‑93 (MQ=255)
aaCACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTc > 2:2500766/1‑93 (MQ=255)
aaCACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTc > 2:4224300/1‑93 (MQ=255)
aaCACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTc > 1:432260/1‑93 (MQ=255)
cacaAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCct > 1:2040723/1‑93 (MQ=255)
cacaAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCct > 2:195244/1‑93 (MQ=255)
acaAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCctc > 2:2587366/1‑93 (MQ=255)
caAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCctct < 1:1984946/93‑1 (MQ=255)
caAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCctct > 1:5657227/1‑93 (MQ=255)
aaaCCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTa > 2:5365290/1‑93 (MQ=255)
aaaCCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTa < 1:1201553/93‑1 (MQ=255)
aCCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTAtt < 1:2004114/93‑1 (MQ=255)
agagCAGCCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGtt < 1:2586518/93‑1 (MQ=255)
gagCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTc < 2:4878333/93‑1 (MQ=255)
cAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTctac < 2:4364249/93‑1 (MQ=255)
aaCCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTctact > 2:4984798/1‑93 (MQ=255)
aaCCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTctact > 2:5283416/1‑93 (MQ=255)
aaCCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTctact > 2:5841904/1‑93 (MQ=255)
cccTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTaa > 1:1057153/1‑93 (MQ=255)
ccTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAAt < 1:912924/93‑1 (MQ=255)
cTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAAtt > 2:1154289/1‑93 (MQ=255)
cTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAAtt < 1:4668886/93‑1 (MQ=255)
aCTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGc < 1:811207/93‑1 (MQ=255)
|
CTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGC > NC_000913/3795143‑3795320
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATT > NC_000913/3795142‑3795326
|
TCTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGT < SRR4302533.2681779/94‑1 (MQ=60)
ACTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGT < SRR4302533.4606918/94‑1 (MQ=60)
AAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCC < SRR4302533.3037552/94‑1 (MQ=60)
AAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATA < SRR4302533.2957475/94‑1 (MQ=60)
AATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAA > SRR4302533.2230745/1‑94 (MQ=60)
ATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAT > SRR4302533.61662/1‑94 (MQ=60)
CCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTG > SRR4302533.5057967/1‑94 (MQ=60)
TTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTT > SRR4302533.2089231/1‑94 (MQ=60)
TTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTT > SRR4302533.2780216/1‑94 (MQ=60)
TTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTT > SRR4302533.2780217/1‑94 (MQ=60)
TTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCT < SRR4302533.5105048/94‑1 (MQ=60)
TTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCT < SRR4302533.3610102/94‑1 (MQ=60)
TATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGC < SRR4302533.2933470/94‑1 (MQ=60)
TATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGC > SRR4302533.3294368/1‑94 (MQ=60)
TTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAT > SRR4302533.2592811/1‑94 (MQ=60)
TTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAT < SRR4302533.3985790/94‑1 (MQ=60)
TTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAT < SRR4302533.1326565/94‑1 (MQ=60)
TTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAT < SRR4302533.6001029/94‑1 (MQ=60)
TTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATT > SRR4302533.3573465/1‑94 (MQ=60)
TTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTA > SRR4302533.3504631/1‑94 (MQ=60)
TTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTA < SRR4302533.6006641/94‑1 (MQ=60)
TTTATTAAATAGTCGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTA < SRR4302533.3622311/94‑1 (MQ=60)
TTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAA > SRR4302533.1063155/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAA < SRR4302533.700504/94‑1 (MQ=60)
ATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATA > SRR4302533.1910171/1‑94 (MQ=60)
TTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAG > SRR4302533.3469093/1‑94 (MQ=60)
TAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGC > SRR4302533.2418015/1‑94 (MQ=60)
TAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGC > SRR4302533.6066088/1‑94 (MQ=60)
TAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGC < SRR4302533.5964748/94‑1 (MQ=60)
AAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCT > SRR4302533.4641072/1‑94 (MQ=60)
AATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTT < SRR4302533.1357532/94‑1 (MQ=60)
ATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTA < SRR4302533.2920959/94‑1 (MQ=60)
AGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATT < SRR4302533.5287900/94‑1 (MQ=60)
AGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATT > SRR4302533.2771070/1‑94 (MQ=60)
AGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATT < SRR4302533.3614999/94‑1 (MQ=60)
GTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTA < SRR4302533.2088090/94‑1 (MQ=60)
GTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTA > SRR4302533.4525975/1‑94 (MQ=60)
TGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATA < SRR4302533.2131083/94‑1 (MQ=60)
CGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAAT > SRR4302533.158339/1‑94 (MQ=60)
CGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTTCTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAA > SRR4302533.1793066/1‑94 (MQ=60)
CGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAA > SRR4302533.1079062/1‑94 (MQ=60)
CGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAA > SRR4302533.1953572/1‑94 (MQ=60)
GTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAAT > SRR4302533.5295007/1‑94 (MQ=60)
ACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCA > SRR4302533.470296/1‑94 (MQ=60)
ACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCA < SRR4302533.5906579/94‑1 (MQ=60)
ACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCA > SRR4302533.2611090/1‑94 (MQ=60)
TATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCA > SRR4302533.3543430/1‑94 (MQ=60)
TATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCA < SRR4302533.4522997/94‑1 (MQ=60)
TGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAG < SRR4302533.2974761/94‑1 (MQ=60)
GTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGA > SRR4302533.4081193/1‑94 (MQ=60)
TGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATT > SRR4302533.5559311/1‑94 (MQ=60)
GCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACT > SRR4302533.6199361/1‑94 (MQ=60)
TAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTC > SRR4302533.434834/1‑94 (MQ=60)
AACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCC < SRR4302533.4537845/94‑1 (MQ=60)
ACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCT > SRR4302533.2053301/1‑94 (MQ=60)
ACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCT > SRR4302533.5691412/1‑94 (MQ=60)
CAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTA < SRR4302533.1997089/94‑1 (MQ=60)
AAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTAT < SRR4302533.1208772/94‑1 (MQ=60)
ACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTG < SRR4302533.2016455/94‑1 (MQ=60)
CCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGT > SRR4302533.6002153/1‑94 (MQ=60)
CAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTT > SRR4302533.5610755/1‑94 (MQ=60)
AGAGCAGCCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTC < SRR4302533.2602419/94‑1 (MQ=60)
CAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACT < SRR4302533.6279782/94‑1 (MQ=60)
ACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAA > SRR4302533.1063369/1‑94 (MQ=60)
CCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATT < SRR4302533.918284/94‑1 (MQ=60)
CTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTG < SRR4302533.4697177/94‑1 (MQ=60)
ACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCT < SRR4302533.815961/94‑1 (MQ=60)
CCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATA > SRR4302533.4949571/1‑94 (MQ=60)
CCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATA > SRR4302533.6100615/1‑94 (MQ=60)
CCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATA < SRR4302533.1693174/94‑1 (MQ=60)
CCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATA > SRR4302533.1542721/1‑94 (MQ=60)
CCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATAT > SRR4302533.4027272/1‑94 (MQ=60)
CCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATAT < SRR4302533.1592131/94‑1 (MQ=60)
CCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATAT > SRR4302533.1078042/1‑94 (MQ=60)
CCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCATCTATTGTTCTACTAATTGCTATAT < SRR4302533.2053343/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATT > SRR4302533.598892/1‑94 (MQ=60)
|
ACTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATT > NC_000913/3795142‑3795326
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
