Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,806,842 |
C→T |
R226C (CGC→TGC) |
kdtA → |
3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,806,842 | 0 | C | T | 100.0%
| 863.4
/ NA
| 231 | R226C (CGC→TGC) | kdtA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (118/113); total (118/113) |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTG > NC_000913/3806752‑3806931
|
aaaaaaTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCa < 1:3390476/93‑1 (MQ=255)
aaaaaaTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCa > 1:623851/1‑93 (MQ=255)
aaaaTAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGt < 1:2979682/93‑1 (MQ=255)
aataatCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTgg < 1:5807318/93‑1 (MQ=255)
taatCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGc > 1:3026329/1‑93 (MQ=255)
ggTGACCGTTACCGGTAGCCTGAACTTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACcaca < 1:4054532/93‑1 (MQ=255)
gTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCacac < 1:1075501/93‑1 (MQ=255)
tGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACAcc < 1:3882479/93‑1 (MQ=255)
tGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACAcc > 2:5078110/1‑93 (MQ=255)
gACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCg > 1:4470477/1‑93 (MQ=255)
gACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCg > 2:1286954/1‑93 (MQ=255)
aCCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGc < 1:4315500/93‑1 (MQ=255)
ccGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGcc < 1:1944429/93‑1 (MQ=255)
ttACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCgg > 2:1689398/1‑93 (MQ=255)
ttACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCgg < 1:5240240/93‑1 (MQ=255)
tACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGt < 2:5684214/93‑1 (MQ=255)
aCCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTa < 2:1120545/93‑1 (MQ=255)
ccGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTAt < 1:6028710/93‑1 (MQ=255)
ccGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTAt < 2:3763118/93‑1 (MQ=255)
cGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATg < 1:5499418/93‑1 (MQ=255)
cGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATg > 1:4746959/1‑93 (MQ=255)
gTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGa > 1:670779/1‑93 (MQ=255)
gTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGa > 2:4243557/1‑93 (MQ=255)
gTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGa < 1:1553416/93‑1 (MQ=255)
gTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGa < 1:4866808/93‑1 (MQ=255)
tAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGAt < 1:5450013/93‑1 (MQ=255)
gCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTg > 1:5915729/1‑93 (MQ=255)
gCCTAAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACCCCGCCCGGTATGGATTg < 2:72673/93‑1 (MQ=255)
cTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGcc > 1:1270249/1‑93 (MQ=255)
tGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCTCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGcca > 1:959514/1‑93 (MQ=255)
tGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGccc > 1:133949/1‑92 (MQ=255)
tGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGcca < 2:2507315/93‑1 (MQ=255)
aaaTTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCT‑AAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGgcacca > 2:3645934/1‑93 (MQ=255)
aaTTCGGTATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGccacca > 2:5238256/1‑93 (MQ=255)
aTTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAg > 1:2075769/1‑93 (MQ=255)
ttCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGc > 1:4350130/1‑93 (MQ=255)
ttCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGc < 2:3888206/93‑1 (MQ=255)
ttCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGc < 1:1861771/93‑1 (MQ=255)
ttCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGc > 1:2924997/1‑93 (MQ=255)
ttCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGc > 2:3023200/1‑93 (MQ=255)
tCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCa > 1:5123496/1‑93 (MQ=255)
gATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACt > 1:4934719/1‑93 (MQ=255)
atatTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTc > 2:1041600/1‑93 (MQ=255)
tatTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCa > 2:3468306/1‑93 (MQ=255)
atTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCAc > 2:3563736/1‑93 (MQ=255)
ttCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGa < 1:3085680/93‑1 (MQ=255)
ttCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGa < 1:2194505/93‑1 (MQ=255)
tCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGaa > 2:2348474/1‑93 (MQ=255)
tCTGTAACGCCACAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGaa < 1:3196738/93‑1 (MQ=255)
cTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCAACAGCACTCACGAAg > 1:2335698/1‑93 (MQ=255)
tGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAgg < 1:4161576/93‑1 (MQ=255)
gTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGc > 2:871496/1‑93 (MQ=255)
tAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCg < 1:3986328/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCTGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGaa < 2:2594222/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGaa > 2:4338195/1‑93 (MQ=255)
aCGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGaa < 2:623851/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGaa < 2:5503454/93‑1 (MQ=255)
gccgcAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAaga < 1:5644722/93‑1 (MQ=255)
gccgcAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAaga < 2:5390097/93‑1 (MQ=255)
cgcAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAagaga > 1:3580716/1‑93 (MQ=255)
cgcAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAagaga < 2:1495507/93‑1 (MQ=255)
cgcAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAagaga < 1:472687/93‑1 (MQ=255)
gcAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAagagag < 2:6300727/93‑1 (MQ=255)
cAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAgt > 1:969767/1‑93 (MQ=255)
aGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAgtg < 2:3961163/93‑1 (MQ=255)
aGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAgtg < 2:1420024/93‑1 (MQ=255)
gTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGGAGAGAgtgg > 2:4869526/1‑92 (MQ=255)
gTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAgtgt < 2:2161688/93‑1 (MQ=255)
gTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGCATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAgtgt > 2:2785540/1‑93 (MQ=255)
ttGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGtgtg < 2:5539014/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGtgtg < 2:5869896/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGggtg > 2:2710281/1‑93 (MQ=255)
tGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTgtgg < 2:1541633/93‑1 (MQ=255)
tGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTgtgg < 2:3677040/93‑1 (MQ=255)
ggCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTgtggt < 1:6126592/93‑1 (MQ=255)
ggCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTgtggt < 1:3850684/93‑1 (MQ=255)
ctgctAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGa < 2:3404702/93‑1 (MQ=255)
tgctAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGAt > 2:183813/1‑93 (MQ=255)
tgctAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGAt > 1:3294831/1‑93 (MQ=255)
gctAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATc > 1:4631322/1‑93 (MQ=255)
gctAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATc > 1:1012911/1‑93 (MQ=255)
gctAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGGGTGGTGATc > 1:1711303/1‑93 (MQ=255)
gctAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGCGTGGGGAtg > 2:295687/1‑92 (MQ=255)
ctAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATcg > 1:3058816/1‑93 (MQ=255)
aaaGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGGGGTGATcgcc > 2:4917967/1‑93 (MQ=255)
aGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATcgccgc > 2:1740908/1‑93 (MQ=255)
cGTGACGCTGCTCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGcaca < 2:3307497/93‑1 (MQ=255)
gTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACAt > 2:5211112/1‑93 (MQ=255)
tGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGGGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATc < 1:1466259/93‑1 (MQ=255)
tGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATc < 1:3503134/93‑1 (MQ=255)
tGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATc < 2:3226408/93‑1 (MQ=255)
gACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCa > 2:4599806/1‑93 (MQ=255)
gACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCa > 2:56704/1‑93 (MQ=255)
aCGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAg > 1:118526/1‑93 (MQ=255)
cgctgcgctgCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAgg < 1:245732/93‑1 (MQ=255)
cgctgcgctgCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAgg < 1:2728286/93‑1 (MQ=255)
gctgcgctgcCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGc > 2:1976573/1‑93 (MQ=255)
cTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCa < 2:547163/93‑1 (MQ=255)
tGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCAt > 1:5744844/1‑93 (MQ=255)
tGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCAt > 2:3066491/1‑93 (MQ=255)
|
GCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTG > NC_000913/3806752‑3806931
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTAC > NC_000913/3806749‑3806935
|
GGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCT < SRR4302533.6205542/94‑1 (MQ=60)
GGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCT < SRR4302533.2535261/94‑1 (MQ=60)
GGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCT < SRR4302533.3604432/94‑1 (MQ=60)
GGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCT > SRR4302533.1296223/1‑94 (MQ=60)
GCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTG > SRR4302533.3399540/1‑94 (MQ=60)
GCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTG > SRR4302533.360182/1‑94 (MQ=60)
GCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCC < SRR4302533.4186219/94‑1 (MQ=60)
CAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCA > SRR4302533.627513/1‑94 (MQ=60)
AAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAG < SRR4302533.3411415/94‑1 (MQ=60)
AAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTG > SRR4302533.1059545/1‑94 (MQ=60)
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TAAAGCCGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCC > SRR4302533.5481047/1‑94 (MQ=60)
CGTGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGCAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACAT > SRR4302533.6343185/1‑94 (MQ=60)
CTGACGCTGCGCTGCGAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATC < SRR4302533.1104102/94‑1 (MQ=60)
TGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGGGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCA < SRR4302533.1475104/94‑1 (MQ=60)
TGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCA < SRR4302533.1336343/94‑1 (MQ=60)
TGACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCA < SRR4302533.3524731/94‑1 (MQ=60)
GACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAG < SRR4302533.2119092/94‑1 (MQ=60)
GACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAG > SRR4302533.119279/1‑94 (MQ=60)
GACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAG > SRR4302533.4761126/1‑94 (MQ=60)
ACGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGG < SRR4302533.816815/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGC < SRR4302533.247253/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGC < SRR4302533.2745023/94‑1 (MQ=60)
GCTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCA > SRR4302533.2964219/1‑94 (MQ=60)
CTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCAT < SRR4302533.5127027/94‑1 (MQ=60)
CTGCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCAT > SRR4302533.5779508/1‑94 (MQ=60)
GCGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTG > SRR4302533.3001007/1‑94 (MQ=60)
CGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGT < SRR4302533.346660/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGT < SRR4302533.3160071/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGT < SRR4302533.3547863/94‑1 (MQ=60)
GCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTT > SRR4302533.3219730/1‑94 (MQ=60)
GCTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTT > SRR4302533.2441880/1‑94 (MQ=60)
CTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGCAGAGAGTGTGGTGATAGGCGCACATCAGGCATTGGTA > SRR4302533.3683373/1‑94 (MQ=60)
CTGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTA > SRR4302533.5722339/1‑94 (MQ=60)
TGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGGGCGTGGCGATCGCCGCACATCAGGACTTGTTAC > SRR4302533.4864048/1‑94 (MQ=60)
TGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTAC > SRR4302533.2640756/1‑94 (MQ=60)
TGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTAC < SRR4302533.1363481/94‑1 (MQ=60)
TGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTAC < SRR4302533.3774563/94‑1 (MQ=60)
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GGCGCAAAAAATAATCAGGTGACCGTTACCGGTAGCCTGAAATTCGATATTTCTGTAACGCCGCAGTTGGCTGCTAAAGCCGTGACGCTGCGCCGCCAGTGGGCACCACACCGCCCGGTATGGATTGCCACCAGCACTCACGAAGGCGAAGAGAGTGTGGTGATCGCCGCACATCAGGCATTGTTAC > NC_000913/3806749‑3806935
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
