Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,168 |
+G |
coding (37/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,168 | 1 | . | G | 100.0%
| 438.4
/ NA
| 137 | P13A (CCC→GCC) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base G (17/120); total (17/120) |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951087‑3951248
|
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGaa < 2:558541/93‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAAt < 2:4428060/93‑1 (MQ=255)
aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATg < 1:1863299/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:4244729/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 2:1237634/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 2:1208837/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:2409744/93‑1 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:4815837/93‑1 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATCTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCg < 1:3385934/93‑1 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCg < 2:1010860/93‑1 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCg < 2:1565934/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:3482414/93‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGAc < 1:1049559/93‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGAc < 2:1909196/93‑1 (MQ=255)
aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACg < 1:653582/93‑1 (MQ=255)
aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGcc < 2:3786077/93‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCAGCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑a < 2:2069836/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑Att < 2:432911/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCCGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CCCCCGCAAGACCGACGccccct > 2:5175879/1‑89 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑Attt < 1:4879426/93‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTc < 1:2665552/93‑1 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCg < 1:2242642/93‑1 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCg < 1:1080363/93‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCgg < 1:1620586/93‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑GGTG‑GG‑C‑‑CACCCGCATGACCCACGCCC‑Atttttg > 2:3419926/1‑90 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGt < 1:1913452/93‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑GCGC‑‑CCCCCCGATGACCGACGCCG‑CTTTTGGt > 1:4603640/1‑93 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTa < 2:5333146/93‑1 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTaa < 2:3142506/93‑1 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CCCCCGGATGAACGACCCCG‑ACTTTGGTaa > 2:3191533/1‑93 (MQ=255)
tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAg < 2:3786723/93‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGcc < 2:1355232/93‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGcc < 2:6229255/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGAt < 1:3213782/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGGGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACACCG‑ATTTTTGTAAGCCGAt > 2:5365309/1‑93 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGGGCTGG‑GGCG‑GG‑G‑‑CACCGGAATGACCGCCGCCG‑CTTTGTGGAAGGCGAt > 1:1354609/1‑93 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGAtt < 1:5453372/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:4707260/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:5522790/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:2677246/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:5474787/93‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGCGGGGTGTGG‑‑G‑GCGC‑‑CACCCGGATGGGCGAGCCCC‑ATTTCCGGAAGCCGCTTAt > 2:5615630/1‑93 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCTATTATc < 2:5240943/93‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:4189553/93‑1 (MQ=255)
cccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:5257367/92‑1 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑G‑GG‑CGGCCCCGGGATGGCCGACGCCG‑GTTTTGGTGAGCCGGtttttg > 2:2162329/1‑89 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 1:477011/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 1:330334/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:1342560/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CCCCCGGATGAGCGACGCCG‑GTTTTTGTAAGCCCATTATtgc > 2:5867941/1‑93 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:360541/93‑1 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:6174305/93‑1 (MQ=255)
ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 1:1067817/93‑1 (MQ=255)
ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 1:6015153/93‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑G‑‑G‑GG‑CGGCACCGGGATGAACCACGCCC‑AGTTTGGGAAGACGACTATCGCGGGtgtg > 2:584308/1‑93 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCCGT‑G‑‑GCGCGG‑‑CCCCCGAATGACCGACCCCGCATTTC‑GTAAGCCGAATATTGCGGGTTTGa > 2:1028633/1‑93 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑GGCG‑GG‑G‑‑CACCAGGAAGACCGACGCCG‑ATTTTGGTAAGGCGATTATTGCGGGtgtgga > 2:5075296/1‑91 (MQ=255)
aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 1:5977519/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:1522853/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:1803526/93‑1 (MQ=255)
ggTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCg < 2:5000778/93‑1 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGtt < 2:4144774/93‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 2:5946509/93‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 1:1730530/93‑1 (MQ=255)
cGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 1:3804710/93‑1 (MQ=255)
tAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAc < 2:6093264/93‑1 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCa > 2:2293983/1‑93 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAAATCGTTCACCCa > 2:263914/1‑93 (MQ=255)
atGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCaa < 2:3952862/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 2:232907/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 1:3914146/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 1:5558079/93‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACCCCG‑CTTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAACTCGTTCACCCACtt > 2:4160641/1‑93 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 2:1392455/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 1:5365738/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 2:4831528/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt > 2:3136331/1‑93 (MQ=255)
cGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg < 2:5961091/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:5449555/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:5868102/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 2:5014051/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:2125318/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 1:590840/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:347891/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg > 2:3579671/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 1:637234/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGAAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:1041646/93‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg < 2:5822362/93‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt > 2:818985/1‑93 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt > 2:1938179/1‑93 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:2009633/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:2399186/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 1:5796044/1‑93 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:5636447/93‑1 (MQ=255)
tGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 1:3526804/93‑1 (MQ=255)
tGCGCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa > 2:3577504/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:1792949/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:2941079/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 1:3011111/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:1107427/93‑1 (MQ=255)
|
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951087‑3951248
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑GC‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG > NC_000913/3951087‑3951261
|
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAAT < SRR4302533.3283440/94‑1 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGA < SRR4302533.1874666/94‑1 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGA < SRR4302533.5582844/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACC < SRR4302533.4270359/94‑1 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACC < SRR4302533.2424627/94‑1 (MQ=60)
AATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATCTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGA < SRR4302533.3406840/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGAC < SRR4302533.3503897/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGAC < SRR4302533.3430804/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGAC < SRR4302533.132162/94‑1 (MQ=60)
TAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACG < SRR4302533.1055729/94‑1 (MQ=60)
AAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGC < SRR4302533.657440/94‑1 (MQ=60)
AGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302533.5978034/94‑1 (MQ=60)
TATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAT < SRR4302533.2404158/94‑1 (MQ=60)
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AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAA < SRR4302533.1414840/94‑1 (MQ=60)
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TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTA < SRR4302533.5486220/94‑1 (MQ=60)
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CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302533.5556135/94‑1 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGTG‑‑GCGCGC‑‑‑C‑‑CCCCGGAAT‑ACCGACCCCGCTTTTGGTAAGCCGCTTATC > SRR4302533.5349654/1‑94 (MQ=25)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCGCCTGCGCCG‑G‑‑G‑‑‑GCGCGC‑‑CCCCGGAAAGACCGACGCCGATTTCGGTAAGGCGATTATC > SRR4302533.6345511/1‑94 (MQ=34)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302533.4214916/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGGATGACCGACCCCGATTTtgggaagacggttattt > SRR4302533.6043869/1‑77 (MQ=43)
CCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302533.5288938/94‑1 (MQ=60)
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CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGAACGACCCCGATTTTGGTAAGCCGATTATtccg > SRR4302533.3714913/1‑90 (MQ=60)
ACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑GGGCGC‑‑‑C‑‑CCCCGG‑ATGACCGACGCCGATTTCTGTTAGCCGGTTATTGCGG > SRR4302533.4940126/1‑94 (MQ=46)
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CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTG‑‑GCGCGC‑‑‑C‑‑CCCCGG‑ATGAACGACGCCGACTTTGGGAAGCCGATTATCGCGGgtgg > SRR4302533.2459299/1‑90 (MQ=27)
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TCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCCGAATGACCGACGCCGCTTTTGGTAAGCCGCTTATCGCGGTTGTGAAA > SRR4302533.5591126/1‑94 (MQ=48)
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ATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAT > SRR4302533.5470552/1‑94 (MQ=60)
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GGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAC < SRR4302533.5482381/94‑1 (MQ=60)
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GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑GC‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGCGCG > NC_000913/3951087‑3951261
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
