Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,542,643 |
Δ1 bp |
intergenic (+46/‑22) |
b4316 → / → fimD |
Pil/FimD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,542,640 | 0 | G | . | 100.0%
| 941.9
/ NA
| 203 | intergenic (+43/‑25) | b4316/fimD | Pil/FimD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (104/99); total (104/99) |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC > NC_000913/4542548‑4542728
|
tAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCg > 2:3600637/1‑93 (MQ=255)
tAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCg > 2:2177067/1‑93 (MQ=255)
aaaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCgg < 2:5449035/93‑1 (MQ=255)
aaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCATGAATAAAAAGAATTGACTGCCggg < 1:1504800/93‑1 (MQ=255)
tGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCgggtg > 1:870427/1‑91 (MQ=255)
ttATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAtt > 1:6209047/1‑93 (MQ=255)
tATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGTGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAttt < 2:1491814/93‑1 (MQ=255)
tATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAttt > 1:5998339/1‑93 (MQ=255)
tATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAttt < 2:5733979/93‑1 (MQ=255)
aTGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAtttt < 1:4902028/93‑1 (MQ=255)
aTGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAtttt > 1:1981406/1‑93 (MQ=255)
ggCGCACTTACCCCAAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTaa < 2:2816485/93‑1 (MQ=255)
cgcACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGc < 1:3158480/93‑1 (MQ=255)
gcACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGcc > 1:4467846/1‑93 (MQ=255)
cACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCg > 2:3255132/1‑93 (MQ=255)
cACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCg > 1:1378500/1‑93 (MQ=255)
cACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCg > 1:2677117/1‑93 (MQ=255)
cACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCg < 2:5357661/93‑1 (MQ=255)
aCTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCgg > 1:4109749/1‑93 (MQ=255)
aCTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCgg > 2:5394006/1‑93 (MQ=255)
cTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCgga > 2:1949048/1‑93 (MQ=255)
cTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCgga > 2:3723539/1‑93 (MQ=255)
tACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCggagg < 2:357860/93‑1 (MQ=255)
cccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaa > 1:516424/1‑93 (MQ=255)
cccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaa > 1:4716274/1‑93 (MQ=255)
cccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaa > 1:1206529/1‑93 (MQ=255)
ccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaat < 1:209656/93‑1 (MQ=255)
ccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaat > 2:2472566/1‑93 (MQ=255)
ccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaat > 1:5506444/1‑93 (MQ=255)
cAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataat > 1:6290984/1‑93 (MQ=255)
aaaaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataat < 2:1649739/92‑1 (MQ=255)
aaaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATg > 1:4277314/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATg > 1:5245624/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGACGGAGGAATAATg > 2:4585410/1‑93 (MQ=255)
aaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTc > 1:4011891/1‑93 (MQ=255)
aTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCa < 2:4439571/93‑1 (MQ=255)
aCGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCatat < 1:2425555/93‑1 (MQ=255)
cGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGGCTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAACGTCATATc < 2:6161123/93‑1 (MQ=255)
gTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAt < 1:1792018/93‑1 (MQ=255)
tAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAtt > 1:3266662/1‑93 (MQ=255)
aaTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt > 1:5895559/1‑93 (MQ=255)
aTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTa < 1:1236478/93‑1 (MQ=255)
gAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGa < 1:1884806/93‑1 (MQ=255)
gAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGa > 2:3449331/1‑93 (MQ=255)
aaTAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGAc < 1:2728545/93‑1 (MQ=255)
aTAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAATAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACt < 2:2283030/93‑1 (MQ=255)
aTAACACAGGGGGAATTTTTCGCTTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACt < 2:4183258/93‑1 (MQ=255)
tAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACtt < 1:3439660/93‑1 (MQ=255)
aaCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACttt < 2:6209047/93‑1 (MQ=255)
aaCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACttt < 1:1321191/93‑1 (MQ=255)
aaCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACttt > 1:801190/1‑93 (MQ=255)
aCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTa < 2:264944/93‑1 (MQ=255)
cGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAc < 2:1525051/93‑1 (MQ=255)
gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAcc < 2:1199006/93‑1 (MQ=255)
gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAcc > 2:1775698/1‑93 (MQ=255)
gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTCTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAcc > 2:1247954/1‑93 (MQ=255)
cAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCa < 2:4272630/93‑1 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc > 2:2698672/1‑93 (MQ=255)
gggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa < 1:6021660/93‑1 (MQ=255)
gggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa > 2:5992597/1‑93 (MQ=255)
gAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGaaa > 1:4133419/1‑93 (MQ=255)
aTTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAaca < 2:2923122/93‑1 (MQ=255)
tttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacac > 1:4770778/1‑93 (MQ=255)
tttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacac < 1:5038932/93‑1 (MQ=255)
ttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca > 2:557187/1‑93 (MQ=255)
ttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 2:4667711/93‑1 (MQ=255)
ttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca > 2:4603035/1‑93 (MQ=255)
ttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 1:2208489/93‑1 (MQ=255)
ttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 2:355397/93‑1 (MQ=255)
tCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACaa > 1:3907475/1‑93 (MQ=255)
tCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACaa > 2:2834404/1‑93 (MQ=255)
cGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAAt < 2:1452661/93‑1 (MQ=255)
gCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATg > 2:5481975/1‑93 (MQ=255)
gCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATg > 2:3844578/1‑93 (MQ=255)
gCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATg > 1:4198794/1‑93 (MQ=255)
gCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATg > 2:6026059/1‑93 (MQ=255)
ccTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGc > 2:5290020/1‑93 (MQ=255)
cTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCt < 1:1035465/93‑1 (MQ=255)
cTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCt < 1:3654415/93‑1 (MQ=255)
tGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCtt < 2:5638814/93‑1 (MQ=255)
tGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCtt > 2:23541/1‑93 (MQ=255)
tGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCtt > 1:3025178/1‑93 (MQ=255)
aaaaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCata < 1:4851998/93‑1 (MQ=255)
aaaaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCata < 2:5846038/93‑1 (MQ=255)
aaaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 2:3947965/1‑93 (MQ=255)
aaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTc < 1:4631153/93‑1 (MQ=255)
aGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCg > 1:1704723/1‑93 (MQ=255)
aGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCg > 1:6017275/1‑93 (MQ=255)
gAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGt > 2:1071937/1‑93 (MQ=255)
gAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGt > 2:5344140/1‑93 (MQ=255)
gAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGt > 1:1542632/1‑93 (MQ=255)
aaTTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTa > 1:4415644/1‑93 (MQ=255)
aTTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTaa < 1:4970959/93‑1 (MQ=255)
aTTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTaa > 1:1749733/1‑93 (MQ=255)
aTTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTaa < 1:1626057/93‑1 (MQ=255)
aTTGACTGCC‑GGGCGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATGTCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTaa > 2:3323974/1‑93 (MQ=255)
ttGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAg < 2:503590/93‑1 (MQ=255)
gACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCa > 2:787970/1‑93 (MQ=255)
aCTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCAt > 2:5315202/1‑93 (MQ=255)
aCTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCAt < 1:4268067/93‑1 (MQ=255)
|
TAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC > NC_000913/4542548‑4542728
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCT > NC_000913/4542550‑4542736
|
AATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCATGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGT < SRR4302533.1513875/94‑1 (MQ=60)
ATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATT > SRR4302533.1849442/1‑94 (MQ=60)
ATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATT > SRR4302533.6246287/1‑94 (MQ=60)
TTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTT > SRR4302533.6034667/1‑94 (MQ=60)
TTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTT < SRR4302533.1517595/94‑1 (MQ=60)
TATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTT > SRR4302533.1993534/1‑94 (MQ=60)
TATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTT > SRR4302533.1576265/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTA < SRR4302533.4931732/94‑1 (MQ=60)
CGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCC < SRR4302533.3177918/94‑1 (MQ=60)
CGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCC > SRR4302533.4494867/1‑94 (MQ=60)
GCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCG > SRR4302533.2693531/1‑94 (MQ=60)
GCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCG < SRR4302533.4422586/94‑1 (MQ=60)
GCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCG > SRR4302533.1386794/1‑94 (MQ=60)
CACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGG > SRR4302533.4134733/1‑94 (MQ=60)
CTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAG > SRR4302533.2060910/1‑94 (MQ=60)
TTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGG < SRR4302533.4491945/94‑1 (MQ=60)
TTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGG < SRR4302533.1784828/94‑1 (MQ=60)
ACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAA > SRR4302533.519489/1‑94 (MQ=60)
ACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAA > SRR4302533.1213775/1‑94 (MQ=60)
ACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAA > SRR4302533.4744866/1‑94 (MQ=60)
CCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAAT < SRR4302533.4050462/94‑1 (MQ=60)
CCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAAT > SRR4302533.5539672/1‑94 (MQ=60)
CCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAAT < SRR4302533.1756929/94‑1 (MQ=60)
CCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATA < SRR4302533.4164427/94‑1 (MQ=60)
CCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATA < SRR4302533.210981/94‑1 (MQ=60)
CCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAA > SRR4302533.1505368/1‑94 (MQ=60)
CCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAA < SRR4302533.765277/94‑1 (MQ=60)
CCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAAT > SRR4302533.6328498/1‑94 (MQ=60)
CAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATG > SRR4302533.4303036/1‑94 (MQ=60)
CAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATG > SRR4302533.3389517/1‑94 (MQ=60)
CAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATG > SRR4302533.5277169/1‑94 (MQ=60)
AAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGT < SRR4302533.3223065/94‑1 (MQ=60)
AAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGT > SRR4302533.4841280/1‑94 (MQ=60)
AAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTC > SRR4302533.4036320/1‑94 (MQ=60)
AAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTC < SRR4302533.4300448/94‑1 (MQ=60)
AAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTC < SRR4302533.2165380/94‑1 (MQ=60)
AATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCA < SRR4302533.5122007/94‑1 (MQ=60)
ATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCAT < SRR4302533.4255846/94‑1 (MQ=60)
ATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCAT < SRR4302533.5249796/94‑1 (MQ=60)
ACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATC < SRR4302533.2440528/94‑1 (MQ=60)
CGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCT > SRR4302533.1368836/1‑94 (MQ=60)
CGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCT < SRR4302533.1518917/94‑1 (MQ=60)
GCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAA < SRR4302533.2530082/94‑1 (MQ=60)
CGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAT > SRR4302533.3102827/1‑94 (MQ=60)
GTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATT < SRR4302533.1802917/94‑1 (MQ=60)
GTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATT > SRR4302533.3286820/1‑94 (MQ=60)
TAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTT > SRR4302533.5931162/1‑94 (MQ=60)
AATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTA > SRR4302533.6256750/1‑94 (MQ=60)
AATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTA < SRR4302533.4020200/94‑1 (MQ=60)
AATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTA > SRR4302533.4914413/1‑94 (MQ=60)
ATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAA < SRR4302533.1243867/94‑1 (MQ=60)
TGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAG < SRR4302533.3949169/94‑1 (MQ=60)
TGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAG < SRR4302533.4425229/94‑1 (MQ=60)
GAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGAC < SRR4302533.1896316/94‑1 (MQ=60)
AATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACT < SRR4302533.2745283/94‑1 (MQ=60)
ATAACGGAGGGGGAATTTTTCGCTTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTT < SRR4302533.3547181/94‑1 (MQ=60)
ATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTT > SRR4302533.4529935/1‑94 (MQ=60)
TAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTT < SRR4302533.3460903/94‑1 (MQ=60)
TAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTT > SRR4302533.805901/1‑94 (MQ=60)
AACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTA < SRR4302533.1329120/94‑1 (MQ=60)
ACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAC < SRR4302533.3804792/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACC > SRR4302533.4891446/1‑94 (MQ=60)
AGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGC < SRR4302533.5603298/94‑1 (MQ=60)
GGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCG < SRR4302533.2713890/94‑1 (MQ=60)
GGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAA < SRR4302533.6058152/94‑1 (MQ=60)
GGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAA > SRR4302533.4148052/1‑94 (MQ=60)
GGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAA > SRR4302533.4158509/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACAC > SRR4302533.4799693/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACA > SRR4302533.2243846/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACA < SRR4302533.5069442/94‑1 (MQ=60)
TTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACAC < SRR4302533.2222109/94‑1 (MQ=60)
ttntnnncngananaaaagnannnactgccnGGTGATTTNAANCCGGANGAATAATNTCATATCTGAANTTNAGACTTTACCAGCGAAACACAC < SRR4302533.2127830/63‑1 (MQ=60)
TTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACA > SRR4302533.5063346/1‑94 (MQ=60)
TTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAA > SRR4302533.3931340/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATG > SRR4302533.4224205/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302533.1968713/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302533.5938663/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302533.3043685/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302533.4750331/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT < SRR4302533.3676881/94‑1 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT < SRR4302533.1041553/94‑1 (MQ=60)
TGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTG < SRR4302533.5340152/94‑1 (MQ=60)
GAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGC < SRR4302533.4698542/94‑1 (MQ=60)
AATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCA > SRR4302533.6055370/1‑94 (MQ=60)
TAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATA > SRR4302533.1948021/1‑94 (MQ=60)
TAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATA > SRR4302533.762709/1‑94 (MQ=60)
AAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAT < SRR4302533.4881400/94‑1 (MQ=60)
AAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAT < SRR4302533.819010/94‑1 (MQ=60)
AAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATT < SRR4302533.6040165/94‑1 (MQ=60)
AAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTC < SRR4302533.606381/94‑1 (MQ=60)
AAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCG > SRR4302533.6053734/1‑94 (MQ=60)
AAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCG > SRR4302533.1715048/1‑94 (MQ=60)
AAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCG < SRR4302533.4659218/94‑1 (MQ=60)
AGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGT > SRR4302533.1551922/1‑94 (MQ=60)
GAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTA > SRR4302533.4442309/1‑94 (MQ=60)
GAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTA > SRR4302533.1683452/1‑94 (MQ=60)
AATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAA > SRR4302533.1760388/1‑94 (MQ=60)
AATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAA < SRR4302533.1242299/94‑1 (MQ=60)
AATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAA < SRR4302533.2972526/94‑1 (MQ=60)
ATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAG < SRR4302533.1635906/94‑1 (MQ=60)
ATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAG < SRR4302533.5001097/94‑1 (MQ=60)
TTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGC > SRR4302533.2929709/1‑94 (MQ=60)
ACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC < SRR4302533.4293764/94‑1 (MQ=60)
ACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC > SRR4302533.5609894/1‑94 (MQ=60)
TGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGT < SRR4302533.1665308/94‑1 (MQ=60)
TGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGT > SRR4302533.2835942/1‑94 (MQ=60)
GCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTT > SRR4302533.5323006/1‑94 (MQ=60)
GCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTT < SRR4302533.168047/94‑1 (MQ=60)
CCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTT < SRR4302533.5192875/94‑1 (MQ=60)
CCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTT > SRR4302533.1676545/1‑94 (MQ=60)
CCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTT > SRR4302533.52525/1‑94 (MQ=60)
CGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTG > SRR4302533.3356834/1‑94 (MQ=60)
CGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTG < SRR4302533.1531286/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTG > SRR4302533.4733437/1‑94 (MQ=60)
GTGTGATTTTAAGCCGAAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG < SRR4302533.3728048/94‑1 (MQ=60)
GGGTTATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG > SRR4302533.387505/1‑94 (MQ=60)
GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG < SRR4302533.4150857/94‑1 (MQ=60)
GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG > SRR4302533.2685680/1‑94 (MQ=60)
GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG > SRR4302533.5391955/1‑94 (MQ=60)
GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG > SRR4302533.2224172/1‑94 (MQ=60)
GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG > SRR4302533.1567059/1‑94 (MQ=60)
GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG > SRR4302533.3615063/1‑94 (MQ=60)
GTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCT < SRR4302533.2319863/94‑1 (MQ=60)
|
AATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCT > NC_000913/4542550‑4542736
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
