Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,775,893 |
G→A |
A290T (GCC→ACC) |
lldP → |
L‑lactate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,775,893 | 0 | G | A | 98.2%
| 745.8
/ ‑0.0
| 217 | A290T (GCC→ACC) | lldP | L‑lactate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base A (98/114); total (100/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.56e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGGCCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAGTATCCC > NC_000913/3775803‑3775981
|
ctGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCca < 1:2725031/93‑1 (MQ=255)
gCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCcaca < 2:4214084/93‑1 (MQ=255)
cTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACAcc < 2:1339613/93‑1 (MQ=255)
tGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCg > 2:5704170/1‑93 (MQ=255)
gACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCgg > 1:4474900/1‑93 (MQ=255)
tcGCCGTTCCTTAAACCGTGGCAGCCCATTGCG‑GGAATCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGt < 1:4182033/92‑1 (MQ=255)
aCGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGt > 2:1286880/1‑93 (MQ=255)
gCTGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACAGCGGTTa > 1:4711894/1‑93 (MQ=255)
tGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGGCCCACACCGGTTaca < 1:5016850/93‑1 (MQ=255)
tGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTaca > 2:3434634/1‑93 (MQ=255)
tGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTaca < 2:5864205/93‑1 (MQ=255)
tGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTaca < 1:5872303/93‑1 (MQ=255)
gTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTacac > 2:1473437/1‑93 (MQ=255)
cTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCg < 2:3193515/93‑1 (MQ=255)
cAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCggg < 2:3954833/93‑1 (MQ=255)
aaaCGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGt > 2:4478276/1‑93 (MQ=255)
aaCGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTc > 1:5392402/1‑93 (MQ=255)
aCGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCa > 2:2121599/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAg > 2:4362407/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAg < 1:6168302/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAgg > 1:1959620/1‑93 (MQ=255)
cgtGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAgg < 2:1572329/91‑1 (MQ=255)
cTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGgt < 2:610030/93‑1 (MQ=255)
cTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGgt < 1:2418019/93‑1 (MQ=255)
cTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGgt < 2:2534304/93‑1 (MQ=255)
tGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGgtg > 2:4283598/1‑93 (MQ=255)
tGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGgtg > 1:4025363/1‑93 (MQ=255)
ggCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGgtgt < 2:181122/93‑1 (MQ=255)
ggCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGgtgt < 2:2358/93‑1 (MQ=255)
ggCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGgtgt < 2:2404382/93‑1 (MQ=255)
ggCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACACACACCGGTTACACTGCGGGTCAGgtgt > 2:6234746/1‑93 (MQ=255)
cAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTa < 2:1123729/93‑1 (MQ=255)
gg‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGGCGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTAc < 2:3973843/92‑1 (MQ=255)
aG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTAc > 2:5455663/1‑93 (MQ=255)
aG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTAc < 1:1586147/93‑1 (MQ=255)
g‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACg > 2:4677262/1‑93 (MQ=255)
g‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACg > 1:4896535/1‑93 (MQ=255)
g‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACg < 2:3446312/93‑1 (MQ=255)
g‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACg > 1:5966245/1‑93 (MQ=255)
g‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACg > 2:2517300/1‑93 (MQ=255)
ccAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGt < 1:2442467/93‑1 (MQ=255)
ccAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGt < 1:1232878/93‑1 (MQ=255)
aGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGc < 2:2223243/93‑1 (MQ=255)
aGTGCGTGAATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGc > 2:6316561/1‑93 (MQ=255)
gTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGcc > 2:321254/1‑93 (MQ=255)
gTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGcc > 2:3243276/1‑93 (MQ=255)
gTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGcc < 1:2864761/93‑1 (MQ=255)
tGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCt > 1:3876530/1‑93 (MQ=255)
tGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCt < 1:4111833/93‑1 (MQ=255)
gCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTg > 2:2699363/1‑93 (MQ=255)
gCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTg < 2:110000/93‑1 (MQ=255)
cGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTgg > 1:4658002/1‑93 (MQ=255)
tgtATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGac > 2:5202228/1‑93 (MQ=255)
tgtATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGac > 1:2249715/1‑93 (MQ=255)
gtATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACTGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGaca > 1:3960526/1‑93 (MQ=255)
aTTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACAcc < 1:3218501/93‑1 (MQ=255)
aTTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACAcc < 2:327248/93‑1 (MQ=255)
tCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgt > 1:3850830/1‑93 (MQ=255)
ccGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgtt < 1:139549/93‑1 (MQ=255)
cGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttc < 1:2930775/93‑1 (MQ=255)
cGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttc < 1:5340313/93‑1 (MQ=255)
cGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttc > 1:876644/1‑93 (MQ=255)
gTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttcc < 1:4216763/93‑1 (MQ=255)
gTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttcc < 2:4576497/93‑1 (MQ=255)
gTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttcc > 1:3720336/1‑93 (MQ=255)
gTTGTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttcc < 1:565032/93‑1 (MQ=255)
ggTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttcctgttc > 1:6283290/1‑93 (MQ=255)
ggTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttcctgttc > 2:6026582/1‑93 (MQ=255)
gTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttcctgttcc < 2:2043640/93‑1 (MQ=255)
tGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttcctgttcct < 1:763839/93‑1 (MQ=255)
tGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCgttcctgttcct < 1:1709088/93‑1 (MQ=255)
aTTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGa > 1:1342511/1‑93 (MQ=255)
aTTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGa > 2:53747/1‑93 (MQ=255)
tttGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGAc < 2:4580827/93‑1 (MQ=255)
ttGGGGGCGTCACAGGTTGATATGCCGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACa < 2:2915583/93‑1 (MQ=255)
gggCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTa < 1:2535729/93‑1 (MQ=255)
cGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCg < 1:5663727/93‑1 (MQ=255)
gTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGt < 2:2887063/93‑1 (MQ=255)
tCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTa < 1:3570505/93‑1 (MQ=255)
tCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTa > 1:6040370/1‑93 (MQ=255)
tCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTa > 1:1885589/1‑93 (MQ=255)
caGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTcaca > 1:3345099/1‑93 (MQ=255)
aGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTacact > 2:6363187/1‑89 (MQ=255)
aGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAacac < 1:1094442/93‑1 (MQ=255)
ggTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACt > 1:1157335/1‑93 (MQ=255)
ggTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACt > 1:2592443/1‑93 (MQ=255)
ttGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACtgt > 2:1655233/1‑93 (MQ=255)
ttGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACtgt > 1:1208173/1‑93 (MQ=255)
tGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACtgtg > 2:1944276/1‑93 (MQ=255)
gATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTgg < 1:4902719/93‑1 (MQ=255)
tatGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAg > 1:886347/1‑93 (MQ=255)
tatGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGGCAGGGGTTACGTGCCTGGACACCGGTCCTGTTTCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAg > 2:309948/1‑93 (MQ=255)
atGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAGt > 2:4137070/1‑93 (MQ=255)
tGACGCTGACCCACACCGGTTACGCTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAGTa < 2:5247331/93‑1 (MQ=255)
tGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAGTa < 2:5149119/93‑1 (MQ=255)
tGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAGTa < 2:1955133/93‑1 (MQ=255)
gACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAGTAt > 1:2697517/1‑93 (MQ=255)
gcGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGCGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTACCACTGTGGAGTATc < 2:2484827/92‑1 (MQ=255)
gCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTTGAGTATccc < 2:376361/93‑1 (MQ=255)
gCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAGTATccc > 1:4784811/1‑93 (MQ=255)
|
CTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAG‑CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGGCCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAGTATCCC > NC_000913/3775803‑3775981
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGGCCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAGTATCCCGCC > NC_000913/3775800‑3775984
|
CTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGA > SRR4302537.269984/1‑94 (MQ=60)
CTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCC > SRR4302537.2452001/1‑94 (MQ=60)
TCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCA < SRR4302537.1690216/94‑1 (MQ=60)
CTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCAC < SRR4302537.2744063/94‑1 (MQ=60)
CTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCAC > SRR4302537.5396892/1‑94 (MQ=60)
TGCCTGACTCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACA < SRR4302537.6006481/94‑1 (MQ=60)
TGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGGTGATATGACGCTGACCCACA > SRR4302537.2799499/1‑94 (MQ=60)
CCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACC > SRR4302537.266783/1‑94 (MQ=60)
CTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCG < SRR4302537.6422872/94‑1 (MQ=60)
CTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCG < SRR4302537.5588575/94‑1 (MQ=60)
TGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGG > SRR4302537.4505858/1‑94 (MQ=60)
TGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGG < SRR4302537.3412742/94‑1 (MQ=60)
GACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGT > SRR4302537.1351061/1‑94 (MQ=60)
tcgccgttccttaaaccgtggcagcccattgcgggaaTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTT < SRR4302537.4211231/57‑1 (MQ=60)
CGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACAGCGGTTA > SRR4302537.4744489/1‑94 (MQ=60)
GCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTAC > SRR4302537.1234813/1‑94 (MQ=60)
TGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGGCCCACACCGGTTACAC < SRR4302537.5051410/94‑1 (MQ=60)
TGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACAC > SRR4302537.3926828/1‑94 (MQ=60)
TGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACAC > SRR4302537.1331099/1‑94 (MQ=60)
TGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACAC < SRR4302537.5912584/94‑1 (MQ=60)
TTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTG < SRR4302537.3689986/94‑1 (MQ=60)
CCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCG > SRR4302537.3822776/1‑94 (MQ=60)
TCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGG < SRR4302537.1498878/94‑1 (MQ=60)
CAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGT < SRR4302537.3888222/94‑1 (MQ=60)
AAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTC < SRR4302537.5041181/94‑1 (MQ=60)
AAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTC > SRR4302537.5429234/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGG > SRR4302537.1973251/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGG < SRR4302537.6210776/94‑1 (MQ=60)
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CTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTG > SRR4302537.4053544/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTG > SRR4302537.314539/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTG < SRR4302537.2435059/94‑1 (MQ=60)
CTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTG > SRR4302537.6058804/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTG > SRR4302537.494091/1‑94 (MQ=60)
CAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTAC > SRR4302537.2734444/1‑94 (MQ=60)
AGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACG > SRR4302537.4930338/1‑94 (MQ=60)
AGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACG > SRR4302537.6007195/1‑94 (MQ=60)
AGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACG < SRR4302537.1597235/94‑1 (MQ=60)
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CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTG < SRR4302537.1241455/94‑1 (MQ=60)
CCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTG > SRR4302537.4820161/1‑94 (MQ=60)
GTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCT < SRR4302537.2546633/94‑1 (MQ=60)
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TGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTG < SRR4302537.4140554/94‑1 (MQ=60)
GCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGG > SRR4302537.4690207/1‑94 (MQ=60)
CGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGA > SRR4302537.5840462/1‑94 (MQ=60)
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TGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACTGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACA > SRR4302537.3988231/1‑94 (MQ=60)
TGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACA > SRR4302537.474823/1‑94 (MQ=60)
ATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCG < SRR4302537.3241147/94‑1 (MQ=60)
TTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGT > SRR4302537.3877795/1‑94 (MQ=60)
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ATATGACGCTGACCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAG > SRR4302537.892446/1‑94 (MQ=60)
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|
CTGCTCTGCCTGACGCTGTTCCTCAAACGCTGGCAGCCAGTGCGTGTATTCCGTTTTGGTGATTTGGGGGCGTCACAGGTTGATATGACGCTGGCCCACACCGGTTACACTGCGGGTCAGGTGTTACGTGCCTGGACACCGTTCCTGTTCCTGACAGCTACCGTAACACTGTGGAGTATCCCGCC > NC_000913/3775800‑3775984
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
