Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,237,242 |
+C |
intergenic (+55/‑342) |
ygjT → / → ygjU |
putative transport protein/putative transport protein |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,237,240 | 1 | . | C | 97.1%
| 672.7
/ 10.8
| 207 | intergenic (+53/‑344) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/3); new base C (152/49); total (155/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
CTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑T‑C‑CTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑CCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCA > NC_000913/3237148‑3237325
|
cTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑c‑t < 2:1614004/93‑1 (MQ=255)
cTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑c‑t > 2:456636/1‑93 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑c‑t‑c‑c > 2:6157493/1‑93 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑c‑t‑c‑c > 2:7560975/1‑93 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑c‑t‑c‑c > 2:7772716/1‑93 (MQ=255)
ggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑c‑t‑c‑cc < 1:153687/93‑2 (MQ=255)
gTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑c‑t‑c‑cct < 1:5578181/93‑3 (MQ=255)
gTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑c‑t‑c‑cct > 1:3503662/1‑91 (MQ=255)
gAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTt‑c‑t‑c‑cctct > 1:2844015/1‑89 (MQ=255)
aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑c‑tcc‑ctct‑cc < 2:1279228/93‑1 (MQ=255)
aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑c‑tcc‑ctct‑cc < 1:2939704/93‑1 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑c‑tcc‑ctct‑ccc > 1:1056169/1‑92 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑c‑tcc‑ctct‑ccc < 1:8097589/93‑2 (MQ=255)
tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑c‑tcc‑ctct‑ccct < 1:6017870/93‑3 (MQ=255)
aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑c‑tcc‑ctct‑ccctt < 2:8183878/93‑4 (MQ=255)
tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑c‑tcc‑ctct‑cccttc > 2:4500010/1‑89 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCa > 1:8567951/1‑93 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCa < 1:6922953/93‑1 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAg < 1:2241284/93‑1 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAg > 1:1405344/1‑93 (MQ=255)
cATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAgg > 1:3361283/1‑93 (MQ=255)
cATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAgg < 1:5104020/93‑1 (MQ=255)
aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAggg > 2:6372184/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGga > 2:649361/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGga < 1:1808801/93‑1 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGgag > 2:5293184/1‑93 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGgaga < 2:5369290/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGgaga < 1:8009407/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGagag < 2:3841576/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGagag < 2:3030030/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGagag > 2:2496584/1‑93 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGagag > 2:2311161/1‑93 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGagag > 1:4169999/1‑93 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAggg > 1:872610/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 1:5959155/93‑1 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:8300735/93‑1 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg < 1:3930514/93‑1 (MQ=255)
gcGGGGTGAATATTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCCCCTTTTTCC‑C‑C‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg < 2:7966154/93‑1 (MQ=255)
ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 1:3701105/1‑93 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggggg > 2:2757814/1‑92 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggggg > 1:7109481/1‑92 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt > 1:2379118/1‑93 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt > 2:737366/1‑93 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt < 2:4295460/93‑1 (MQ=255)
ggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTg > 2:6600606/1‑93 (MQ=255)
gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACTCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa < 1:8479552/93‑1 (MQ=255)
gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa < 2:7043346/93‑1 (MQ=255)
tGGATATTTTTTAATCTCCCAAAGCCGTTTACCCTGTCATAAACAGGGGCCCCTTTTTCC‑C‑C‑CTCTCCCTTCCGGGGAGAGGGTCGGGGTGAg < 2:142935/93‑1 (MQ=255)
ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgg > 1:4835546/1‑93 (MQ=39)
ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑T‑CTCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGCGAgg > 2:3753781/1‑93 (MQ=255)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 2:4453088/1‑93 (MQ=38)
aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGt < 1:2780858/93‑1 (MQ=38)
aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGt > 1:982762/1‑93 (MQ=38)
tAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTa > 1:1975820/1‑93 (MQ=38)
aaTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGaa > 2:5608109/1‑93 (MQ=38)
aTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAt > 1:4564920/1‑93 (MQ=38)
aTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGCGAGGGTAAt > 1:1353318/1‑93 (MQ=38)
ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttt > 2:8475974/1‑93 (MQ=38)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 1:4848055/1‑93 (MQ=37)
aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 2:4059785/1‑93 (MQ=38)
aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGc > 1:5287464/1‑93 (MQ=38)
tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa > 2:8726790/1‑93 (MQ=38)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 1:7905921/1‑93 (MQ=38)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 1:7481400/1‑93 (MQ=38)
gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 2:3139656/1‑93 (MQ=38)
ccTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGa > 1:6492667/1‑93 (MQ=38)
ccTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGa > 1:6852744/1‑93 (MQ=38)
tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg > 2:1587881/1‑93 (MQ=38)
tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg > 2:3693353/1‑93 (MQ=38)
aaGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGc > 1:1665720/1‑93 (MQ=38)
aGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCt > 2:2049596/1‑93 (MQ=38)
aGCCGAGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGACGGGGCGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCt > 1:1084276/1‑93 (MQ=37)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg > 1:5561461/1‑93 (MQ=38)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg > 1:2156028/1‑93 (MQ=38)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg > 1:924746/1‑93 (MQ=38)
gCCGTGTAACCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTC‑C‑TCC‑CGCTCCCTTGCAGGGAGAGGCTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg < 1:6336148/93‑1 (MQ=25)
ccGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTgg > 2:5131656/1‑93 (MQ=37)
ccGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTgg > 1:2990562/1‑93 (MQ=37)
gtgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGcc > 2:6882275/1‑93 (MQ=37)
gtgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGcc > 1:5590639/1‑93 (MQ=37)
gtgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGCGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGcc > 1:3169045/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 2:3373849/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 2:6953366/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 1:5677117/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGCAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 1:4592756/1‑93 (MQ=37)
tACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGt > 2:4810386/1‑93 (MQ=37)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGtt > 2:7672365/1‑93 (MQ=37)
cccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑c > 1:7068863/1‑93 (MQ=37)
cccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑c > 2:8445504/1‑93 (MQ=37)
ccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑cc > 1:2570086/1‑93 (MQ=37)
ccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑cc > 1:3839928/1‑93 (MQ=37)
cTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑ccc > 1:7359755/1‑93 (MQ=37)
cTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑ccc > 1:7133305/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑tccc > 1:3650100/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑tccc > 2:4873856/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑cccc > 1:7676275/1‑93 (MQ=37)
gTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑CCCCt > 2:6007505/1‑93 (MQ=37)
tCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGAGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑CCCCTc < 2:5806169/93‑1 (MQ=25)
cACCGTTTT‑C‑TCC‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑CCCCTCACCCTAACCctct > 2:1459732/1‑93 (MQ=18)
tttt‑CTT‑C‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCCTCCCCCTAACCC‑CTccccc > 1:8212844/1‑92 (MQ=18)
|
CTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑C‑T‑C‑CTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT‑CCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCA > NC_000913/3237148‑3237325
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑CTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCG > NC_000913/3237149‑3237334
|
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑C > SRR4302541.2238679/1‑94 (MQ=60)
GGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑CC < SRR4302541.715356/94‑1 (MQ=60)
GGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑CC > SRR4302541.1791452/1‑94 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cct > SRR4302541.3538835/1‑92 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cct < SRR4302541.8120416/94‑3 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cct < SRR4302541.1738523/94‑3 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cct < SRR4302541.154841/94‑3 (MQ=60)
GTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑C‑CT‑C < SRR4302541.5635279/94‑1 (MQ=60)
GTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑C‑CT‑C < SRR4302541.5635281/94‑1 (MQ=60)
TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCT < SRR4302541.1078438/94‑1 (MQ=60)
TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCT > SRR4302541.2872609/1‑94 (MQ=60)
GAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAACCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCT‑C > SRR4302541.1446831/1‑94 (MQ=60)
AATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCT‑CC < SRR4302541.225310/94‑1 (MQ=60)
AATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCT‑CC < SRR4302541.8197853/94‑1 (MQ=60)
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctccc > SRR4302541.1065983/1‑87 (MQ=60)
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctccc > SRR4302541.3076134/1‑87 (MQ=60)
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctccc < SRR4302541.2969270/94‑8 (MQ=60)
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctccc > SRR4302541.2875441/1‑87 (MQ=60)
TTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctccct < SRR4302541.8186358/94‑9 (MQ=60)
TTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctccct > SRR4302541.8476968/1‑86 (MQ=60)
TATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctccctt > SRR4302541.6680076/1‑85 (MQ=60)
TATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctccctt < SRR4302541.6079550/94‑10 (MQ=60)
ATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctcccttc > SRR4302541.3615248/1‑84 (MQ=60)
TCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctcccttcc < SRR4302541.8110218/94‑12 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCGTCGTGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCA < SRR4302541.5799882/94‑1 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCA < SRR4302541.927423/94‑1 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCA > SRR4302541.601607/1‑94 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCA > SRR4302541.8659980/1‑94 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCA > SRR4302541.8659979/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAG > SRR4302541.4381324/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAG > SRR4302541.1939301/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAG > SRR4302541.1419066/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAG < SRR4302541.6996835/94‑1 (MQ=60)
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GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGG > SRR4302541.3394825/1‑94 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGG < SRR4302541.8345007/94‑1 (MQ=60)
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CATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGG < SRR4302541.7026545/94‑1 (MQ=60)
CATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGG > SRR4302541.3922667/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGGCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302541.5711427/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302541.1391203/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑Cctctcccttccagggg > SRR4302541.2687420/1‑78 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAG < SRR4302541.1826373/94‑1 (MQ=60)
GATAAGCGGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGA > SRR4302541.2936866/1‑94 (MQ=60)
GATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGA > SRR4302541.4923699/1‑94 (MQ=60)
GATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGA < SRR4302541.3121946/94‑1 (MQ=60)
GATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGA < SRR4302541.7561932/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAG < SRR4302541.6996642/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAG > SRR4302541.99289/1‑94 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAG > SRR4302541.4211328/1‑94 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAG < SRR4302541.8097496/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAG < SRR4302541.161939/94‑1 (MQ=60)
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TAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCTTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGG < SRR4302541.1922101/94‑1 (MQ=60)
TAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGG < SRR4302541.6938230/94‑1 (MQ=60)
TAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGG < SRR4302541.1425930/94‑1 (MQ=60)
TAAGCAGCGGAGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGG < SRR4302541.8199533/94‑1 (MQ=60)
AAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGG > SRR4302541.880566/1‑94 (MQ=60)
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AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGG > SRR4302541.7165081/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGG < SRR4302541.5717212/94‑1 (MQ=60)
GCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGG < SRR4302541.3969672/94‑1 (MQ=60)
GCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGG < SRR4302541.4098294/94‑1 (MQ=60)
CGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGG > SRR4302541.2272874/1‑94 (MQ=60)
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GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGT > SRR4302541.2402368/1‑94 (MQ=60)
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GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302541.2864625/1‑94 (MQ=60)
GATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGT > SRR4302541.991943/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTA > SRR4302541.1994896/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTA < SRR4302541.2808888/94‑1 (MQ=60)
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AATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAT > SRR4302541.3294545/1‑94 (MQ=60)
AATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGCGAGGGTAAT > SRR4302541.1366693/1‑94 (MQ=60)
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TTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGTGGTGAGGGGAATTTTTC > SRR4302541.4376293/1‑94 (MQ=60)
TTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTC > SRR4302541.2219828/1‑94 (MQ=60)
TTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGGGAGGGTAATTTTTC > SRR4302541.7396382/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCG > SRR4302541.4897475/1‑94 (MQ=60)
TAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGAATTTTTCG > SRR4302541.3623276/1‑94 (MQ=60)
AATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGC > SRR4302541.5341902/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302541.207171/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302541.8610348/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302541.489007/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACC > SRR4302541.7992892/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACC > SRR4302541.7992891/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACC > SRR4302541.7561430/1‑94 (MQ=60)
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GCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGA > SRR4302541.6925986/1‑94 (MQ=60)
GCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGA > SRR4302541.7208818/1‑94 (MQ=60)
CCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAT > SRR4302541.6792664/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302541.7462347/1‑94 (MQ=60)
TAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGC > SRR4302541.5587776/1‑94 (MQ=60)
TAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGC > SRR4302541.1682145/1‑94 (MQ=60)
TAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAGTGTTCGCACCGATGC > SRR4302541.7882374/1‑94 (MQ=60)
AAGCCGAGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGACGGGGCGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCT > SRR4302541.1094400/1‑94 (MQ=60)
AGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGGGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG > SRR4302541.933434/1‑94 (MQ=60)
AGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG > SRR4302541.2176883/1‑94 (MQ=60)
AGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG > SRR4302541.3382477/1‑94 (MQ=60)
AGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG > SRR4302541.5618397/1‑94 (MQ=60)
AGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG > SRR4302541.933431/1‑94 (MQ=60)
GCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGG > SRR4302541.3020748/1‑94 (MQ=60)
GCCGTGTAACCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTCC‑T‑‑‑CCCGCTC‑‑CCTTGCAGGGAGAGGCTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGG < SRR4302541.6400918/94‑1 (MQ=60)
CGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCC > SRR4302541.5647871/1‑94 (MQ=60)
CGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGCGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCC > SRR4302541.3201049/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302541.368535/1‑94 (MQ=60)
TGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG > SRR4302541.5735046/1‑94 (MQ=60)
TGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG > SRR4302541.906384/1‑94 (MQ=60)
TGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGCAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG > SRR4302541.4639331/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTT > SRR4302541.4823173/1‑94 (MQ=60)
ACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTC > SRR4302541.7144036/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCC > SRR4302541.2595849/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCC > SRR4302541.3878600/1‑94 (MQ=60)
CCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCC > SRR4302541.7438399/1‑94 (MQ=60)
CCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCC > SRR4302541.7209318/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCCC > SRR4302541.3687131/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCC > SRR4302541.7757882/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCC > SRR4302541.7757883/1‑94 (MQ=60)
TGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTTCAGGGAGAGGGTCGGGGCGAGGGTAAGTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTttctc > SRR4302541.7774776/1‑89 (MQ=60)
TGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCC > SRR4302541.4815555/1‑94 (MQ=60)
ATTAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGAATTTTTCGCCCCGATGCTGGCCTGgttctgccccc > SRR4302541.3240581/1‑83 (MQ=60)
TAACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCCCACCCC > SRR4302541.8669713/1‑94 (MQ=60)
AACATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCcccccccc > SRR4302541.3513380/1‑86 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCCGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCtcctcccacaaac > SRR4302541.4792559/1‑81 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccccccctac > SRR4302541.6458246/1‑80 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCACGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTTGCACCGATGCTGGCCTGTTtgaccccccccccc > SRR4302541.6364894/1‑80 (MQ=60)
ATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACC > SRR4302541.4629643/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCAACC > SRR4302541.7712378/1‑94 (MQ=60)
TGAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccccccccaccc > SRR4302541.4948247/1‑78 (MQ=60)
GAGCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCT > SRR4302541.2418389/1‑94 (MQ=60)
GCACCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCCCACCCccacccccc > SRR4302541.396968/1‑85 (MQ=60)
CCGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCAACCCCCTCCC > SRR4302541.2414083/1‑94 (MQ=60)
CGTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtcccccccccccccccccccccc > SRR4302541.6530300/1‑71 (MQ=60)
GTTTTCTT‑‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCctccccctaacccctccccc > SRR4302541.8302444/1‑74 (MQ=60)
GTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCA > SRR4302541.7292877/1‑94 (MQ=60)
GTTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCA > SRR4302541.6108299/1‑94 (MQ=60)
TTTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGGCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACACTAACCCTCTCCCCCA > SRR4302541.5641988/1‑94 (MQ=60)
TTTC‑TC‑‑C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCCCCCCCCCCAACCCTCTCCCCCAA > SRR4302541.8314622/1‑94 (MQ=60)
C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCcccccccaaccccctcccccaaccgggg > SRR4302541.5234693/1‑66 (MQ=60)
C‑‑‑CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCCCTCCCCAAACGGGGC > SRR4302541.1026153/1‑94 (MQ=60)
CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTcaaccccttccccaaccggggg > SRR4302541.2285427/1‑72 (MQ=60)
CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCACACGGGGCG > SRR4302541.8826936/1‑94 (MQ=60)
CTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCCACCCCCTCCCCCAACCGGGCG > SRR4302541.2156208/1‑94 (MQ=60)
|
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTC‑T‑‑‑C‑‑‑CTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCG > NC_000913/3237149‑3237334
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |