Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,166 |
+C |
coding (35/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 99.6%
| 919.7
/ ‑4.0
| 269 | coding (35/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (34/234); total (34/235) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 |
Only 100 of 363 total aligned reads displayed.
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248
|
gatacagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g < 2:2817123/90‑1 (MQ=255)
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g < 2:2660285/93‑1 (MQ=255)
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g < 1:8248852/93‑1 (MQ=255)
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g < 1:2735244/93‑1 (MQ=255)
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g < 1:6895114/93‑1 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gc < 2:315002/93‑2 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gc < 2:5572841/93‑2 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gc < 1:4714473/93‑2 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGT‑‑g‑‑g‑g > 1:2877354/1‑93 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGGGCGCTGT‑‑g‑‑g‑g > 2:331272/1‑93 (MQ=255)
gacagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gcg > 1:7053797/1‑91 (MQ=255)
gacagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCG‑CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGATCGTGCGCTGT‑‑t‑‑g‑ggc > 2:2942462/1‑91 (MQ=255)
acagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gcgc < 2:2103965/93‑4 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGaa < 1:1992833/93‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAAt < 2:8414575/93‑1 (MQ=255)
aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATg < 2:397674/93‑1 (MQ=255)
gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGa < 1:2399783/93‑1 (MQ=255)
gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGa < 1:5228743/93‑1 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:7775358/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCTCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:7117475/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:6646062/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:8442327/93‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGAc < 2:1140186/93‑1 (MQ=255)
aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACg < 2:7364838/93‑1 (MQ=255)
aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGcc < 1:3811289/93‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGa < 1:1922482/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑tt < 1:4820114/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑tt < 2:6979685/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑tt < 1:5270865/93‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑ttt < 2:3447661/93‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑ttt < 2:6090396/93‑1 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGTGGG‑‑G‑GG‑C‑‑CCCCGGGAAGAACGACGCCGA‑tttgg > 1:7175357/1‑91 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCgg < 2:372048/93‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTG‑G‑‑G‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑CTTCgg > 2:6362810/1‑93 (MQ=255)
caaGTCCCCTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCTGAATGACCGACGCCGA‑TTTCgg < 1:2989206/92‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGt < 1:4621265/93‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGt < 1:6370299/93‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGT‑‑G‑‑G‑GG‑CGGCACCGGGAAGACCGACCCCGA‑CTTTggg > 1:346644/1‑92 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTa < 2:8303400/93‑1 (MQ=255)
ntNCCCTNCCGCCACCACCACNCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTaa < 1:7606667/92‑1 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTaa < 2:4153886/93‑1 (MQ=255)
tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGCGTGT‑‑GGCG‑GG‑C‑‑CCCCGGAAAGAACGACCCCGAGTTTGGGTag > 2:5165962/1‑92 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGc < 2:5106478/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGc < 2:3841913/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGc < 2:1340145/93‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGcc < 1:1741389/93‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTCATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGa < 1:7493753/93‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGa < 2:705012/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGAtt < 1:3236958/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGAtt < 1:7453823/93‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:3702868/93‑1 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATcg < 1:4115653/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CCCCGGAATGACCGACCCCGA‑TTTTGGTGAGCCGCTTATcgc > 2:2362423/1‑93 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 1:889325/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:745209/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:6524928/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGGATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTGAGCCCATTATcgg > 2:1195495/1‑92 (MQ=255)
cccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:441447/92‑1 (MQ=255)
ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑G‑‑G‑GCGC‑‑CCCCCGGATGACAGCCACCCG‑CTTCGGTAAGCCCGTTTTCGCGCTtg > 2:6249479/1‑93 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 1:7379317/93‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCCGGATGACCCCCCCCGA‑TTTTGGGTAGCCGATTTTCTCGGTtgtg > 2:1795764/1‑93 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 2:7888512/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGCCCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:4899054/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:2877294/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATAGGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑G‑‑G‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACCCCGA‑TTTCGGGAAGCCGATTATCCGGGGTGTGAACTc > 2:8688110/1‑93 (MQ=255)
ggTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACACCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCg < 1:8699161/93‑1 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGGGGTTGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGGATGACCCACGCCCA‑TTTCGGTAAGGCGATTATCGCGGTTGTGGACTCGtt > 2:1466732/1‑93 (MQ=255)
tAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAc < 1:8170906/93‑1 (MQ=255)
aaTATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAcc < 1:4936686/93‑1 (MQ=255)
aaTATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCCGAATGACCGACGCCCA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGGAATCGTTCAcc > 2:2539101/1‑93 (MQ=255)
aaTATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCCGAATGACCGACCCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAACTCGTTCAcc > 2:4326918/1‑93 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc < 1:6473792/93‑1 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc < 1:3057480/93‑1 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc < 1:2510092/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 2:405584/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 1:3982347/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 1:6992105/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑G‑‑G‑GCGC‑‑CACCCGGAAGAACCACGCCGA‑TTTTGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGGACTCGTTCACCCCAt > 2:5768894/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGG‑TTTTGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGGAATCGTTTACCCAAt > 2:6738082/1‑93 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 2:7232075/93‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 1:219606/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 1:5585677/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt > 2:2794832/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa > 1:1402763/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:1006597/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 2:460259/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc > 2:3023441/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:1485965/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg > 1:6598041/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg > 1:1098046/1‑93 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg < 1:6159538/93‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgg < 2:3607790/93‑1 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg > 1:1616910/1‑93 (MQ=255)
tCGTGCGCTGA‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGC‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGCACTCGTTCCCCCAATTTGTGCCggg > 2:4764241/1‑93 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGCCGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 2:8091005/93‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 1:601831/93‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt > 2:1670495/1‑93 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:4517674/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 2:1867945/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCACGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 1:7938891/1‑93 (MQ=255)
|
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
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CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > NC_000913/3951073‑3951250
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GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcgccccccggag > SRR4302541.8671923/1‑81 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCTG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccaccaggat > SRR4302541.2280796/1‑80 (MQ=60)
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GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcggcacccgcataac > SRR4302541.2970695/1‑77 (MQ=60)
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TGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccacccggaagaccgccgcccattt > SRR4302541.4789164/1‑65 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggggcccccgggaagaacgacgccgatttgg > SRR4302541.7251875/1‑64 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302541.2821772/94‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Gggggccccgggacgagacacgccgattttgg > SRR4302541.6945477/1‑63 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcgcccccgggaagaaccacgccgctttcgg > SRR4302541.7044695/1‑63 (MQ=60)
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AAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCCGGATGACCGACGCCGCTTTCGGTA > SRR4302541.5307550/1‑94 (MQ=60)
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AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAA < SRR4302541.6157811/94‑1 (MQ=60)
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GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGTGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggggccaccggaaggacccacgcgcgttttgggaag > SRR4302541.267883/1‑59 (MQ=60)
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CCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCG < SRR4302541.787191/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTG‑TGGGG‑‑G‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CCCCGGAA‑GAACGACGCCGCTTTCGGGAAGCCGA > SRR4302541.1952101/1‑94 (MQ=55)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTCATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302541.7573880/94‑1 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302541.6255411/94‑1 (MQ=60)
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TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTA < SRR4302541.7533429/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGGGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑GGCG‑C‑‑CACCGGGATGACCGGCGCCGATTTCGGgaaggcgagtt > SRR4302541.65876/1‑83 (MQ=44)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTTCGCTG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccccccggatgaccgacacccatttcggttagcgcattat > SRR4302541.8282893/1‑50 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCCGAATGACCGACGCCCCTTTCGGTAAGCCGCTTTTC > SRR4302541.6922683/1‑94 (MQ=53)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCTG‑G‑‑‑G‑‑G‑‑‑G‑‑G‑CGGCACCGGAATGACACACGCCGCTTTCGGTAAGCCCACTATC > SRR4302541.2528803/1‑94 (MQ=38)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302541.3740273/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccacccggaggaacgacgccgattttggttagccgattattc > SRR4302541.2168228/1‑48 (MQ=60)
cgcCCACCATTCAGGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGC < SRR4302541.6854828/91‑1 (MQ=60)
CCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGC < SRR4302541.4156302/94‑1 (MQ=60)
CCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GGGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGACGCCGCTTTCGGGAAGCCCATTATCGC > SRR4302541.487468/1‑94 (MQ=60)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302541.6449771/94‑1 (MQ=60)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGGATGAACGGCGCCCATTTCGGTAAGGCCAATATCGCG > SRR4302541.3661826/1‑94 (MQ=26)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGCAAGACCGCAGCCGATTTTGGTAAGCCGATTATCCCG > SRR4302541.4876382/1‑94 (MQ=44)
CACCACCAATCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302541.5362045/94‑1 (MQ=60)
ACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGTGGGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcggcaccgggaggaaacacgccgaatttgggcaaccgactatcgcgg > SRR4302541.221152/1‑46 (MQ=60)
ACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCCGGATGACCGACGCCCATTTCGGTAAACCGATTATCTCGG > SRR4302541.5617436/1‑94 (MQ=53)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302541.5047659/94‑1 (MQ=60)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcgccaccggcatgaacgaccccgaatttggtaaacagaatttatcggt > SRR4302541.8695198/1‑45 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTT < SRR4302541.8821800/94‑1 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccacccgaaagaccgaaaccgactttggtaagccgagtttaccggtt > SRR4302541.7350142/1‑43 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGAACGACGCCGATTTCGGGAAGCCGATTATCGCGGGT > SRR4302541.3823447/1‑94 (MQ=60)
CCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTG < SRR4302541.445598/94‑1 (MQ=60)
CCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTG < SRR4302541.3006486/94‑1 (MQ=60)
CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑Gcgcgccacccgaatgaccgacaccgcttttggtgaaccggctatctcgggtgt > SRR4302541.3419497/1‑41 (MQ=60)
CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑Ggcgccccccggatgaccgacgccggatttggtaaacccgttttagcgggtgg > SRR4302541.1567435/1‑42 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302541.7458195/94‑1 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302541.8585140/94‑1 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302541.1784364/94‑1 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302541.7317659/94‑1 (MQ=60)
ACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCGACGCCGATTTTGGGTAGCCGATTATTGCGGGTGTGA > SRR4302541.3956075/1‑94 (MQ=34)
ACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCG‑T‑‑‑G‑‑GCGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAATGACCCACGCCGCATTTGGTGAGCCGATTATCGCGGGTGTGA > SRR4302541.7039465/1‑94 (MQ=25)
ACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGCGCGCTG‑TGGCG‑‑G‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CCCCGG‑ATGACCCACCCCGATTTCGGGAAGCCGAatttccgcgttgtga > SRR4302541.2063508/1‑79 (MQ=18)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GGGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCGGAAAGAACGACCCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCtccggtgtggaa > SRR4302541.7688865/1‑82 (MQ=57)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GCTCG‑‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAC < SRR4302541.4521362/94‑1 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAC < SRR4302541.4366324/94‑1 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑GGCG‑C‑‑CACCCGGATGACCGACGCCGCTTTCGGTAAGCCGCTTATTGCGGTTGTGAAC > SRR4302541.2789442/1‑94 (MQ=53)
CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302541.4694889/94‑1 (MQ=60)
CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302541.1740113/94‑1 (MQ=60)
CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302541.8641162/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302541.4908766/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302541.3436814/94‑1 (MQ=60)
TGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCG < SRR4302541.459325/94‑1 (MQ=60)
TGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCG < SRR4302541.7095436/94‑1 (MQ=60)
GGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGT < SRR4302541.295347/94‑1 (MQ=60)
GGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACACCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGT < SRR4302541.8792259/94‑1 (MQ=60)
GGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCCG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCCGTTGTGAAATCGT > SRR4302541.1240529/1‑94 (MQ=60)
GGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑GGCG‑‑‑G‑‑G‑C‑‑CACCGGAATGACCGACCCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTTGGAACTCGT > SRR4302541.479441/1‑94 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302541.1818625/94‑1 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302541.7561948/94‑1 (MQ=60)
TCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302541.2992643/94‑1 (MQ=60)
TCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302541.3979226/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302541.2366854/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302541.757228/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302541.4491442/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302541.3855331/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302541.3039149/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302541.7528280/94‑1 (MQ=60)
TAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACC < SRR4302541.8260125/94‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC < SRR4302541.8118260/94‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC < SRR4302541.7310136/94‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC < SRR4302541.4987067/94‑1 (MQ=60)
AATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC < SRR4302541.4716301/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTT‑‑‑G‑‑C‑‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302541.2278399/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302541.847180/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302541.6539768/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302541.2535387/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302541.3088452/94‑1 (MQ=60)
TATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAA < SRR4302541.5743391/94‑1 (MQ=60)
TATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAA < SRR4302541.3348819/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAT < SRR4302541.5809349/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302541.7066549/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302541.3041285/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302541.809476/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302541.4468225/94‑1 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302541.4021818/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGGTCGTGCGTTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302541.2073191/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCCATTT > SRR4302541.192690/1‑94 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302541.7516408/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302541.2511191/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302541.2799378/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302541.5315829/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302541.221301/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302541.5979847/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACAGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302541.2602801/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302541.5642858/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT < SRR4302541.3147175/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGT > SRR4302541.5286400/1‑94 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA > SRR4302541.1416470/1‑94 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA < SRR4302541.6266121/94‑1 (MQ=60)
GGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAC < SRR4302541.1015934/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302541.1241538/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302541.4965192/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG > SRR4302541.1208718/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG > SRR4302541.1108313/1‑94 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302541.8079458/94‑1 (MQ=60)
CTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG < SRR4302541.6222486/94‑1 (MQ=60)
CTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG < SRR4302541.1066229/94‑1 (MQ=60)
CTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG > SRR4302541.1632956/1‑94 (MQ=60)
TCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGT > SRR4302541.8511044/1‑94 (MQ=60)
TCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGT > SRR4302541.8511047/1‑94 (MQ=60)
TCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGC > SRR4302541.3589444/1‑94 (MQ=60)
CGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302541.49968/94‑1 (MQ=60)
CGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302541.2514566/1‑94 (MQ=60)
CGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302541.607494/94‑1 (MQ=60)
CGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302541.2214216/1‑94 (MQ=60)
GTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCC > SRR4302541.1620196/1‑94 (MQ=60)
GTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302541.4563261/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302541.7765627/94‑1 (MQ=60)
TGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCACGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > SRR4302541.8026326/1‑94 (MQ=60)
CGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT < SRR4302541.3392129/94‑1 (MQ=60)
CGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT < SRR4302541.6247659/94‑1 (MQ=60)
CGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > SRR4302541.1392138/1‑94 (MQ=60)
CGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > SRR4302541.4441414/1‑94 (MQ=60)
CGCTG‑T‑‑‑G‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > SRR4302541.4509573/1‑94 (MQ=60)
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CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑T‑‑‑G‑‑G‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > NC_000913/3951073‑3951250
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
