Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,166 |
+C |
coding (35/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 100.0%
| 354.5
/ NA
| 103 | G12A (GGG→GCG) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (16/87); total (16/87) |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248
|
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑g‑‑g < 2:3367596/93‑1 (MQ=255)
gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑g‑‑g < 2:4921896/93‑1 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑g‑‑gc < 2:3127508/93‑2 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑g‑‑gc < 2:6422583/93‑2 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑g‑‑g‑g > 2:5252154/1‑93 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGT‑‑‑GC‑‑GCCGT‑g‑‑g‑g > 2:5248651/1‑93 (MQ=255)
agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTTGT‑‑‑GC‑‑GCCGT‑c‑‑g‑g > 1:5064141/1‑93 (MQ=255)
gacagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGCCGT‑‑‑GC‑‑GGTGT‑g‑‑g‑gg > 2:2837503/1‑92 (MQ=255)
acagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑g‑‑g‑ggg > 2:1342078/1‑91 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGaa < 1:1255528/93‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAAt < 2:6042007/93‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAAt < 1:5409916/93‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAAt < 2:1550754/93‑1 (MQ=255)
aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATg < 2:1668052/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 2:2749342/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 2:6361033/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:6334628/93‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGAc < 1:4630400/93‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGc < 1:712699/93‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGc < 1:1089835/93‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑a < 2:6036207/93‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑a < 2:1648874/93‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑a < 2:5492572/93‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑a < 2:231783/93‑1 (MQ=255)
tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑a < 1:1815652/93‑1 (MQ=255)
aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑At < 1:6053930/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑Att < 1:2663149/93‑1 (MQ=255)
tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑Att < 2:1967951/93‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑Attt < 2:2845396/93‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTc < 2:4022053/93‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATTGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCCGTGG‑‑G‑GCGC‑‑CACCCGGATGAACGACGCCG‑Ctttttg > 2:5707331/1‑90 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑GGCG‑GG‑G‑‑CACCCGCATGACCGACGCCG‑ATTTTGGt > 1:3605316/1‑93 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGG‑‑CCCCCGGATGACCGACGCCG‑ACTTCTGTa > 1:1515528/1‑93 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTaa < 1:3034583/93‑1 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTaa < 2:3238794/93‑1 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGT‑‑‑GG‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGGATGAACGACGCCG‑ACTTCCGtta > 1:2329895/1‑91 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGc < 2:288984/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTTGT‑‑‑GCGGGGTGG‑G‑‑G‑GG‑C‑‑CCCCGGGGTGACCGACGCCGAATTTGGGTAAg > 1:3563835/1‑93 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGT‑‑‑GC‑‑GCCGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CCCCCGGATGACCGACCCCC‑ATTTTGGTGAgac > 2:3857842/1‑91 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCG‑‑‑TT‑‑GCTGT‑G‑‑G‑GG‑CGGCACCGGGATGACCGACGCGC‑GTTTTGGCAAGcc > 1:830635/1‑93 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCCCTT‑‑‑GC‑‑GCCGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGCATGAACGACCCCG‑CTTTCGGGAAGGCgg > 2:3006512/1‑92 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGT‑‑‑GG‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCCGGATGAACGACGCCC‑GGTTCGGGAAGCCGa > 1:2399430/1‑93 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGAt < 2:1670740/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGAt < 2:5390373/93‑1 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGCAAGAGCGACGCCG‑ATTTCGGGAAGCCGAt > 2:2929670/1‑93 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGGC‑‑GTGGC‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CCCCGGAGTGA‑CGACGCCG‑ATTTCTGTAGGCCggt > 1:3015892/1‑91 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGCATGACCGACCCCC‑CATTTGGTAAGGCgct > 2:3637862/1‑91 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGACGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTAt < 1:867267/93‑1 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑GACCGGAATTACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 2:743009/93‑1 (MQ=255)
cccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 2:4792723/92‑1 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGT‑‑‑GG‑‑GCTGT‑G‑‑G‑GG‑CGGCACCCGGATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATtgcg > 2:1543029/1‑93 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCCGTGG‑‑G‑GCGC‑‑CACCCGGATGAACGACGCCG‑CTTTCGGTGAGCAGACTATcgcg > 2:340427/1‑93 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCT‑‑‑GG‑‑GCTGTGG‑‑G‑GCGC‑‑CACCCGGATGAACGACGCCG‑CTTTCGGGTAGCCGATTAttccg > 2:2088079/1‑89 (MQ=255)
ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCgg < 1:353489/93‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:5946472/93‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:1860431/93‑1 (MQ=255)
ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 2:711626/93‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 1:3992105/93‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:5384111/93‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:5668471/93‑1 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 2:1475600/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:1964700/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 1:1043111/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 2:1410519/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:163912/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:3162413/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:3036578/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:4113481/93‑1 (MQ=255)
ggTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCg < 1:1225274/93‑1 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGtt < 1:4980138/93‑1 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGtt < 2:6294079/93‑1 (MQ=255)
aaTATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAcc < 1:2886375/93‑1 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc < 2:1505665/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 1:1664486/93‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt > 1:1021360/1‑93 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt > 1:3686882/1‑93 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 2:4008285/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 2:2296746/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 1:4712203/93‑1 (MQ=255)
cGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CAGCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg < 1:1913359/93‑1 (MQ=255)
cGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg > 1:4257448/1‑93 (MQ=255)
gggTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt > 1:4605601/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:3744201/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 1:2645059/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 1:396823/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc > 1:1088997/1‑93 (MQ=255)
gTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc > 1:1286109/1‑93 (MQ=255)
tccTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 1:3431429/91‑1 (MQ=255)
tGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:1737935/93‑1 (MQ=255)
tCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg > 2:724041/1‑93 (MQ=255)
cGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCgggc > 1:3661659/1‑92 (MQ=255)
cGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 1:2453620/93‑1 (MQ=255)
cGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt > 1:4387141/1‑93 (MQ=255)
cGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 2:6154759/93‑1 (MQ=255)
cGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt > 2:1376316/1‑93 (MQ=255)
gT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 2:312867/1‑93 (MQ=255)
gT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 2:432093/1‑93 (MQ=255)
t‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 2:5981620/93‑1 (MQ=255)
gc‑‑gcTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGACCTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 2:4848031/93‑1 (MQ=255)
gc‑‑gcTGT‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:4269551/93‑1 (MQ=255)
|
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGT‑‑‑GC‑‑GCTGT‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG‑ATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248
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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑G‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > NC_000913/3951071‑3951249
|
TACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCT‑‑TGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑T > SRR4302534.1917883/1‑94 (MQ=60)
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GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTTGTGCGCCGT‑‑‑‑C‑‑‑‑G‑‑‑G > SRR4302534.5200876/1‑94 (MQ=60)
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ACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑Gcggggccccc > SRR4302534.1783060/1‑84 (MQ=60)
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GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAAT < SRR4302534.1288613/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATG < SRR4302534.5555463/94‑1 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGA < SRR4302534.4872204/94‑1 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑Gcgcggcccccggatga > SRR4302534.5842166/1‑78 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑G‑‑‑Gggggccccgggaaga > SRR4302534.1287187/1‑79 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACC < SRR4302534.6505750/94‑1 (MQ=60)
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGCGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑G‑‑‑Ggggccccccgggtgaccc > SRR4302534.1422757/1‑76 (MQ=60)
TAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACG < SRR4302534.4756054/94‑1 (MQ=60)
TAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑G‑‑‑Ggcggcacccgaatgaacgccg > SRR4302534.2976327/1‑73 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302534.730221/94‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302534.1118190/94‑1 (MQ=60)
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TATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAT < SRR4302534.1862832/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302534.6218557/94‑1 (MQ=60)
TGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTT < SRR4302534.2733550/94‑1 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTC < SRR4302534.3006507/94‑1 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGT‑‑‑‑G‑‑‑‑G‑‑‑Ggcggcaccgggactagagccgcccacttc > SRR4302534.1314449/1‑65 (MQ=60)
TAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑‑‑GGC‑‑G‑‑‑G‑‑G‑G‑‑CACCCGCATGACCGACGCCGATTTTGGT > SRR4302534.3702263/1‑94 (MQ=57)
TAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCCGTGGGGG‑‑‑‑G‑‑‑G‑‑C‑C‑‑‑‑CCCGAATGACCGACGCCGAATTCGGT > SRR4302534.1424304/1‑94 (MQ=48)
AAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑GGCGCG‑‑‑G‑‑C‑C‑‑C‑CCGG‑ATGACCGACGCCGACTTCTGTA > SRR4302534.1555350/1‑94 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑Gcgcgccaccgggatgaacgacgccgacttccgtta > SRR4302534.2391709/1‑59 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑Gcgcgccccccggatgaccgaacccgattttggtta > SRR4302534.3407592/1‑59 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAG < SRR4302534.3114162/94‑1 (MQ=60)
CCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCG < SRR4302534.4299755/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑Gcgcgccacccggatgaacgacgcccggttcgggaagccga > SRR4302534.2463187/1‑54 (MQ=54)
TCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCCGT‑‑‑‑G‑‑‑‑G‑‑‑Ggcgccccccgaatgacccaccccccattcggtaagcccatat > SRR4302534.1815684/1‑52 (MQ=49)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCCGGATGACCGACGCCCATTTCGGgaaacccctttt > SRR4302534.4389205/1‑82 (MQ=40)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302534.692673/94‑1 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCCGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GGGCG‑‑C‑C‑‑C‑CCCGCATGACCGACGCCGATTTTGGTAAAGCGATTATC > SRR4302534.1841085/1‑94 (MQ=44)
CGCCACCACCACTCATGGACGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302534.889163/94‑1 (MQ=60)
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CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGGGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCCGGATGACCGCAGCCGATTTCGGTAAGACGCTTATCTCG > SRR4302534.3160597/1‑94 (MQ=36)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑G‑‑‑Ggcgccccccggaagaccgcccccgattttgggaagccgactatcggg > SRR4302534.1846679/1‑47 (MQ=60)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302534.362533/94‑1 (MQ=60)
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CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑GC‑‑G‑‑CGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302534.1070047/94‑1 (MQ=60)
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TACGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑‑G‑‑‑‑G‑‑‑G‑‑C‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > NC_000913/3951071‑3951249
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
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