Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,477,281 |
Δ1 bp |
intergenic (‑391/‑29) |
b4256 ← / → yjgN |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,477,279 | 0 | T | . | 100.0%
| 1281.0
/ NA
| 273 | intergenic (‑389/‑31) | b4256/yjgN | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (181/92); total (181/92) |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
AGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTT > NC_000913/4477187‑4477368
|
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tttttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttc > 2:2838853/1‑92 (MQ=255)
tttttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAtta > 1:2683483/1‑92 (MQ=255)
tttttCCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttc < 1:973642/93‑2 (MQ=255)
ttttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttca < 2:1294387/93‑3 (MQ=255)
ttttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttca > 1:2370360/1‑91 (MQ=255)
ttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttcagg < 2:5897198/93‑5 (MQ=255)
ttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttcagg < 2:6225386/93‑5 (MQ=255)
ttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttcagg < 1:177319/93‑5 (MQ=255)
gCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGa > 1:2775411/1‑93 (MQ=255)
gCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGa > 2:6410942/1‑93 (MQ=255)
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aGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAtt < 2:2734395/93‑1 (MQ=255)
aGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAtt > 2:7808213/1‑93 (MQ=255)
gCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAttt < 2:5203075/93‑1 (MQ=255)
gCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAttt > 2:1665359/1‑93 (MQ=255)
aTTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTAt < 2:8179795/93‑1 (MQ=255)
ttACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATg > 1:3580156/1‑93 (MQ=255)
aCTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGc < 1:5252213/93‑1 (MQ=255)
tGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTc > 1:8360049/1‑93 (MQ=255)
aTAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCaa > 1:5404789/1‑93 (MQ=255)
aTAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCaa < 1:7337051/93‑1 (MQ=255)
agagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtt > 1:3123092/1‑93 (MQ=255)
gagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCCAGtta > 2:59031/1‑93 (MQ=255)
gagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtta > 1:4909305/1‑93 (MQ=255)
gagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtta < 1:7619970/93‑1 (MQ=255)
gagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGAGTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtta > 2:7314835/1‑93 (MQ=255)
gTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGttatt > 2:4899767/1‑93 (MQ=255)
gTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGttatt > 1:7779580/1‑93 (MQ=255)
tATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGttatta > 2:8504179/1‑93 (MQ=255)
tATTGTAACGTGGCAGAACATTTTAATGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGttatta < 1:5944458/93‑1 (MQ=255)
aTTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTaa > 1:2551634/1‑93 (MQ=255)
ttGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAAt > 1:1877389/1‑93 (MQ=255)
ttGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAAt > 2:8748688/1‑93 (MQ=255)
tGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATg < 2:4768583/93‑1 (MQ=255)
tGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATg < 2:5030724/93‑1 (MQ=255)
gTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGa < 1:5450011/93‑1 (MQ=255)
aaCGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGaaa < 2:7413077/93‑1 (MQ=255)
aaCGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGaaa > 2:3910848/1‑93 (MQ=255)
aCGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAAt > 2:5640303/1‑93 (MQ=255)
aCGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAAt > 2:3015443/1‑93 (MQ=255)
cGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATg < 1:5835944/93‑1 (MQ=255)
cAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgt < 1:561853/93‑3 (MQ=255)
cAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgt < 1:4660825/93‑3 (MQ=255)
aGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgtt > 1:7096948/1‑90 (MQ=255)
gAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgttc < 2:5992268/93‑5 (MQ=255)
gAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgttc > 1:4309178/1‑89 (MQ=255)
aaCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTcc < 1:6488954/93‑1 (MQ=255)
aaCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTcc > 2:7127340/1‑93 (MQ=255)
aaCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTcc > 2:3702978/1‑93 (MQ=255)
aaCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTcc > 1:1635029/1‑93 (MQ=255)
aCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCg > 1:5732471/1‑93 (MQ=255)
cATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGt > 2:5620434/1‑93 (MQ=255)
aTTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTc < 2:8021287/93‑1 (MQ=255)
ttttACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTcc > 2:7100111/1‑93 (MQ=255)
tttAATGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTccc < 2:2420732/93‑1 (MQ=255)
ttACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCa < 1:3090817/93‑1 (MQ=255)
aCTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAtt < 1:8259606/93‑1 (MQ=255)
tgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAttag > 1:3408685/1‑91 (MQ=255)
tgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCg < 2:913202/93‑1 (MQ=255)
gtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgt > 2:6347870/1‑93 (MQ=255)
gtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgt > 2:4423963/1‑93 (MQ=255)
tgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttg > 2:3474850/1‑93 (MQ=255)
tgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttg > 2:1476668/1‑93 (MQ=255)
gtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgt > 1:1069976/1‑93 (MQ=255)
gtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgt > 2:5098093/1‑93 (MQ=255)
tatatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgtt > 2:6691586/1‑93 (MQ=255)
atatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCttttgttt > 2:2571156/1‑93 (MQ=255)
atatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgttt > 2:7746739/1‑93 (MQ=255)
tatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGtttt < 2:5551592/93‑1 (MQ=255)
tatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGtttt > 1:5919308/1‑93 (MQ=255)
atataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGttttt < 2:7880226/93‑1 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa > 1:3665654/1‑93 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa > 1:8503341/1‑93 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa > 2:572117/1‑93 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa < 2:2487402/93‑1 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa < 1:6103366/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATg < 1:4763985/93‑1 (MQ=255)
aGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATgg < 2:3294446/93‑1 (MQ=255)
gTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGt > 2:4601044/1‑93 (MQ=255)
gTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGt > 2:1140125/1‑93 (MQ=255)
gTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATCCGTTTGTTTTTCATGGt > 2:7545884/1‑93 (MQ=255)
tataTCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTCATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTAc > 1:3744506/1‑93 (MQ=255)
atatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACa < 2:5055648/93‑1 (MQ=255)
tatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAg > 1:8097424/1‑93 (MQ=255)
tatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAg > 2:8315023/1‑93 (MQ=255)
tatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAg > 1:3450568/1‑93 (MQ=255)
tCAATTGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGTCTCAAGTTATTAATGTATTGG‑TTGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGt < 1:1535482/93‑1 (MQ=255)
tCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGt > 2:2103443/1‑93 (MQ=255)
cAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTg > 1:6551570/1‑93 (MQ=255)
aaTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTGCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTga < 2:7852674/93‑1 (MQ=255)
aaTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTga < 1:3888576/93‑1 (MQ=255)
aaTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTga < 2:5370017/93‑1 (MQ=255)
aaTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTga > 2:3642740/1‑93 (MQ=255)
tGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgaga < 2:6471932/93‑1 (MQ=255)
ggATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagag > 1:5102339/1‑93 (MQ=255)
gATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagaga > 2:1245603/1‑93 (MQ=255)
gATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagaga > 2:4194885/1‑93 (MQ=255)
aTTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGat < 2:8444991/93‑1 (MQ=255)
ttttttAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGata > 1:4198171/1‑93 (MQ=255)
|
AGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTT > NC_000913/4477187‑4477368
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAT > NC_000913/4477188‑4477374
|
GTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTC > SRR4302541.1252506/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTA > SRR4302541.2710133/1‑94 (MQ=60)
TTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGG > SRR4302541.4305274/1‑94 (MQ=60)
TTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGG < SRR4302541.178655/94‑1 (MQ=60)
TGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGA > SRR4302541.2803373/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAA > SRR4302541.3173224/1‑94 (MQ=60)
CCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAT > SRR4302541.4233296/1‑94 (MQ=60)
CCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAT > SRR4302541.781770/1‑94 (MQ=60)
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TGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAG < SRR4302541.5706137/94‑1 (MQ=60)
GGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGA > SRR4302541.564482/1‑94 (MQ=60)
GGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGA > SRR4302541.6462937/1‑94 (MQ=60)
GATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGAT < SRR4302541.3709203/94‑1 (MQ=60)
ATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATTGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATT > SRR4302541.5955459/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATA > SRR4302541.4239879/1‑94 (MQ=60)
TTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTT > SRR4302541.7843139/1‑94 (MQ=60)
TTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTC < SRR4302541.4967300/94‑1 (MQ=60)
TTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTC > SRR4302541.5878277/1‑94 (MQ=60)
TTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTC < SRR4302541.7048466/94‑1 (MQ=60)
TAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCT > SRR4302541.1802602/1‑94 (MQ=60)
TAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCT > SRR4302541.204000/1‑94 (MQ=60)
AATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTT > SRR4302541.1732939/1‑94 (MQ=60)
AATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTT < SRR4302541.5588116/94‑1 (MQ=60)
ATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTT > SRR4302541.5959299/1‑94 (MQ=60)
ATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTA > SRR4302541.8067185/1‑94 (MQ=60)
ATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTA < SRR4302541.2201303/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAT > SRR4302541.8329245/1‑94 (MQ=60)
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GTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAT > NC_000913/4477188‑4477374
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
