Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,477,281 |
Δ1 bp |
intergenic (‑391/‑29) |
b4256 ← / → yjgN |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,477,279 | 0 | T | . | 100.0%
| 633.5
/ NA
| 134 | intergenic (‑389/‑31) | b4256/yjgN | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base . (82/52); total (82/52) |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATT > NC_000913/4477187‑4477367
|
aGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAt > 2:1404788/1‑93 (MQ=255)
aGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAt < 2:6423411/93‑1 (MQ=255)
tttttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttc > 1:2703060/1‑92 (MQ=255)
ttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAAttcagg < 1:4711575/93‑5 (MQ=255)
tGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAggg > 1:6187378/1‑93 (MQ=255)
tGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAggg < 2:796774/93‑1 (MQ=255)
tGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAggg > 1:6187379/1‑93 (MQ=255)
gCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGa < 1:198778/93‑1 (MQ=255)
gCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGa < 2:1031107/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGaa > 2:4603212/1‑93 (MQ=255)
cAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAt > 2:6119245/1‑93 (MQ=255)
cAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAt < 2:3094898/93‑1 (MQ=255)
aGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAtt < 2:5935213/93‑1 (MQ=255)
aGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAtt > 1:5853983/1‑93 (MQ=255)
gCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAttt > 2:2729179/1‑93 (MQ=255)
gCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAttt > 1:133473/1‑93 (MQ=255)
cTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAttttt > 2:1165992/1‑93 (MQ=255)
atATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAAttttt > 2:6089147/2‑93 (MQ=255)
tATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTa > 2:4481511/1‑93 (MQ=255)
aTTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTAt > 1:4291695/1‑93 (MQ=255)
ttACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATg > 1:2141850/1‑93 (MQ=255)
aCTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGc > 2:597036/1‑93 (MQ=255)
aCTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGc > 2:3661069/1‑93 (MQ=255)
aCTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGc < 2:1308943/93‑1 (MQ=255)
cTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCt > 1:1973389/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTc > 2:3806216/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTc > 2:5895834/1‑93 (MQ=255)
aTAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCaa > 1:6377051/1‑93 (MQ=255)
aTAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCaa < 2:2182444/93‑1 (MQ=255)
aTAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCaa < 1:5004227/93‑1 (MQ=255)
tAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAg > 2:4620780/1‑93 (MQ=255)
tAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAg < 2:3831430/93‑1 (MQ=255)
aaGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGt < 2:1491111/93‑1 (MQ=255)
aaGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGt > 1:1098596/1‑93 (MQ=255)
agagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtt > 2:4418251/1‑93 (MQ=255)
agagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtt > 2:3530653/1‑93 (MQ=255)
agagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtt < 1:321327/93‑1 (MQ=255)
agagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtt > 2:5934608/1‑93 (MQ=255)
gagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtta > 2:5913049/1‑93 (MQ=255)
gagTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGtta > 2:6020390/1‑93 (MQ=255)
agTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGttat > 1:2823577/1‑93 (MQ=255)
aTTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTaa > 1:3984401/1‑93 (MQ=255)
tAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGaa > 2:5837542/1‑93 (MQ=255)
aaCGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGaaa > 2:5655325/1‑93 (MQ=255)
aCGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAAt > 1:6382101/1‑93 (MQ=255)
gTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATgg > 1:2005904/1‑93 (MQ=255)
tGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGa < 1:1601138/93‑1 (MQ=255)
ggCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAt > 2:2461429/1‑93 (MQ=255)
ggCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAt > 2:1212005/1‑93 (MQ=255)
gCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtg < 1:871894/93‑2 (MQ=255)
gCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtg < 2:5475159/93‑2 (MQ=255)
gCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtg > 1:5617474/1‑92 (MQ=255)
cAGAACATTTTACTGTCTGTAATATATAAGTTTTATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTTTGGCTCAAGTTTTTTATTAAATTGAtt > 1:4568457/1‑92 (MQ=255)
aGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgtt > 1:4182343/1‑90 (MQ=255)
gAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgttc > 2:818152/1‑89 (MQ=255)
gAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgttc > 1:5338751/1‑89 (MQ=255)
gAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAtgttc < 1:3092946/93‑5 (MQ=255)
aaCATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTcc > 1:2692202/1‑93 (MQ=255)
aCATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCg > 1:3933378/1‑93 (MQ=255)
aTTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTc < 2:3306719/93‑1 (MQ=255)
ttttACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTcc > 1:3529676/1‑93 (MQ=255)
ttttACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTcc > 2:3670787/1‑93 (MQ=255)
tACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAt > 1:4377176/1‑93 (MQ=255)
aCTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAtt < 1:2224878/93‑1 (MQ=255)
aCTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAtt < 2:4693208/93‑1 (MQ=255)
aCTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAtt > 1:3844085/1‑93 (MQ=255)
aCTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAtt < 2:433426/93‑1 (MQ=255)
tgtctgt‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCg > 1:5828487/1‑93 (MQ=255)
tctgt‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtt > 1:3767924/1‑93 (MQ=255)
tctgt‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtt > 1:3003072/1‑93 (MQ=255)
t‑atatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgtt > 1:2147415/1‑93 (MQ=255)
tatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGtttt > 1:3809260/1‑93 (MQ=255)
tatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGtttt > 1:2429569/1‑93 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTc > 2:5528447/1‑93 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa > 2:273144/1‑93 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa > 1:635974/1‑93 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa > 2:5342682/1‑93 (MQ=255)
taAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCAt < 1:4698392/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATg > 1:330617/1‑93 (MQ=255)
aaGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATg < 1:2456558/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGGTTTTCATg < 1:6268155/93‑1 (MQ=255)
aGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATgg < 2:1024515/93‑1 (MQ=255)
gTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGt < 2:6428388/93‑1 (MQ=255)
gTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGt > 1:6257213/1‑93 (MQ=255)
ttATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTa < 2:2064711/93‑1 (MQ=255)
tataTCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTAc > 1:719540/1‑93 (MQ=255)
atatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACa > 1:3700611/1‑93 (MQ=255)
atatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACa < 2:4566690/93‑1 (MQ=255)
tatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAg > 1:3376142/1‑93 (MQ=255)
tatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAg < 2:2320249/93‑1 (MQ=255)
atCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGttttt < 1:4581739/82‑1 (MQ=255)
atCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAgg > 2:4359524/1‑93 (MQ=255)
tCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGt > 2:6133716/1‑93 (MQ=255)
cAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTg > 2:4986189/1‑93 (MQ=255)
cAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTg > 1:1554350/1‑93 (MQ=255)
cAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTg < 2:2088237/93‑1 (MQ=255)
aTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgag < 2:1480209/93‑1 (MQ=255)
ggATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagag < 1:1302882/93‑1 (MQ=255)
tttttAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGatat < 2:4847306/93‑1 (MQ=255)
ttttAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATAtt < 2:5331825/93‑1 (MQ=255)
|
AGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATT > NC_000913/4477187‑4477367
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAT > NC_000913/4477188‑4477374
|
GTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTC > SRR4302534.2774455/1‑94 (MQ=60)
TTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGG > SRR4302534.6447688/1‑94 (MQ=60)
TTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGG > SRR4302534.6355774/1‑94 (MQ=60)
TTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGG < SRR4302534.4839496/94‑1 (MQ=60)
TTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGG > SRR4302534.6355775/1‑94 (MQ=60)
GCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAA < SRR4302534.203997/94‑1 (MQ=60)
CAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGT‑ATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATT > SRR4302534.6012922/1‑94 (MQ=60)
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|
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
