Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 208 total aligned reads displayed.
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|
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GTTACCATTAAAATTGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAA > SRR4302541.3491607/1‑94 (MQ=60)
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TTACCATTAAAATTGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAAT < SRR4302541.4914753/94‑1 (MQ=60)
TTACCATTAAAATTGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAAT < SRR4302541.4033024/94‑1 (MQ=60)
TTACCATTAAAATTGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAAT < SRR4302541.4033025/94‑1 (MQ=60)
TACCATTAAAATTGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATT > SRR4302541.8563047/1‑94 (MQ=60)
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ACCATTAAAATTGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTT < SRR4302541.5764080/94‑1 (MQ=60)
CCATTAAAATTGATTTCATGATTTCCAGCTAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTA > SRR4302541.5076838/1‑94 (MQ=60)
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CCATTAAAATTGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTA < SRR4302541.3107516/94‑1 (MQ=60)
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TAAAATTGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAA > SRR4302541.2365252/1‑94 (MQ=60)
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TGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAG > SRR4302541.4846957/1‑94 (MQ=60)
TGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAG < SRR4302541.5002626/94‑1 (MQ=60)
TATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGG < SRR4302541.7259023/94‑1 (MQ=60)
GATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGG < SRR4302541.2812352/94‑1 (MQ=60)
GATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGG < SRR4302541.5546061/94‑1 (MQ=60)
GATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGG < SRR4302541.3773850/94‑1 (MQ=60)
GATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGG < SRR4302541.7140130/94‑1 (MQ=60)
ATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGA > SRR4302541.4435760/1‑94 (MQ=60)
TTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGAT > SRR4302541.5027617/1‑94 (MQ=60)
TTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGAT < SRR4302541.5785723/94‑1 (MQ=60)
TTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGAT < SRR4302541.2875362/94‑1 (MQ=60)
TTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATA < SRR4302541.1077518/94‑1 (MQ=60)
TTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATA < SRR4302541.7906188/94‑1 (MQ=60)
TTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATA < SRR4302541.6065336/94‑1 (MQ=60)
TCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATAT > SRR4302541.8721385/1‑94 (MQ=60)
TCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATAT < SRR4302541.4602337/94‑1 (MQ=60)
CATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATA < SRR4302541.8405251/94‑1 (MQ=60)
CATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATA > SRR4302541.793026/1‑94 (MQ=60)
CATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATA > SRR4302541.7348241/1‑94 (MQ=60)
ATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATAT < SRR4302541.2540515/94‑1 (MQ=60)
GATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTT > SRR4302541.2880864/1‑94 (MQ=60)
GATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTT < SRR4302541.7069919/94‑1 (MQ=60)
GATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTT > SRR4302541.4127875/1‑94 (MQ=60)
GATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAAGACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTT < SRR4302541.8611832/94‑1 (MQ=60)
ATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTA > SRR4302541.7106903/1‑94 (MQ=60)
ATTTCCACCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTAGAATAGAATTTAGAAAAGAAAGGATATATATA > SRR4302541.7106904/1‑94 (MQ=60)
TTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTAT < SRR4302541.7951031/94‑1 (MQ=60)
TTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTAT < SRR4302541.4358254/94‑1 (MQ=60)
TTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATC < SRR4302541.8559245/94‑1 (MQ=60)
TTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATC > SRR4302541.3588901/1‑94 (MQ=60)
TTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATC > SRR4302541.3588900/1‑94 (MQ=60)
TTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATC < SRR4302541.3260860/94‑1 (MQ=60)
TTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATC < SRR4302541.30142/94‑1 (MQ=60)
CCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCAC < SRR4302541.3499682/94‑1 (MQ=60)
CCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCAC > SRR4302541.2092949/1‑94 (MQ=60)
AGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCA > SRR4302541.3569210/1‑94 (MQ=60)
AGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCA < SRR4302541.1086653/94‑1 (MQ=60)
AGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCA < SRR4302541.7176467/94‑1 (MQ=60)
AGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCA < SRR4302541.7176466/94‑1 (MQ=60)
CCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAA > SRR4302541.8438900/1‑94 (MQ=60)
CAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAA < SRR4302541.1324156/94‑1 (MQ=60)
CAGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAA < SRR4302541.7359613/94‑1 (MQ=60)
AGAACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAA > SRR4302541.5188052/1‑94 (MQ=60)
GAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAAT > SRR4302541.5946024/1‑94 (MQ=60)
GAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAAT < SRR4302541.2161398/94‑1 (MQ=60)
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AACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATA > SRR4302541.353828/1‑94 (MQ=60)
AACGACGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATA < SRR4302541.148033/94‑1 (MQ=60)
ACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAG < SRR4302541.4230558/94‑1 (MQ=60)
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CGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGT < SRR4302541.870632/94‑1 (MQ=60)
CGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGT > SRR4302541.4888340/1‑94 (MQ=60)
CGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGT < SRR4302541.5724231/94‑1 (MQ=60)
GACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTA > SRR4302541.6615255/1‑94 (MQ=60)
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CGACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACT > SRR4302541.1144337/1‑94 (MQ=60)
GACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTA < SRR4302541.5416247/94‑1 (MQ=60)
GACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTA < SRR4302541.3476311/94‑1 (MQ=60)
GACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTA > SRR4302541.8639880/1‑94 (MQ=60)
ACATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAA > SRR4302541.6557180/1‑94 (MQ=60)
CATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTGCCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAA < SRR4302541.4248645/94‑1 (MQ=60)
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CATTTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAA < SRR4302541.4248643/94‑1 (MQ=60)
ATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCGAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAAT > SRR4302541.870765/1‑94 (MQ=60)
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TTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCT < SRR4302541.6064758/94‑1 (MQ=60)
TTTTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCT > SRR4302541.8710105/1‑94 (MQ=60)
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TTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTA < SRR4302541.4772944/94‑1 (MQ=60)
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TTATTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTAT > SRR4302541.7126667/1‑94 (MQ=60)
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TTAATACAGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGC < SRR4302541.4931921/94‑1 (MQ=60)
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AGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATG > SRR4302541.5793802/1‑94 (MQ=60)
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CAGAGAGTTTATGATTTGCTAGTCGTGCAGTATAGTTACCATTAAAATTGATTTCATGATTTCCAGCCAGAACGACGACATTTTTATTAATACGGCTATCTTTATTACCCTCCATATTTCGCATAGAATTTAGCAAAGTAAGGATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATG > NC_000913/3630999‑3631185
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
