Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
RA |
NC_000913 |
3,250,165 |
C→T |
R74R (CGC→CGT) |
yhaH → |
putative cytochrome |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | NC_000913 | 3,250,165 | 0 | C | T | 99.3%
| 516.7
/ NA
| 135 | R74R (CGC→CGT) | yhaH | putative cytochrome |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (46/88); minor base G (1/0); total (47/88) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
AGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCA > NC_000913/3250075‑3250254
|
aGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCt < 1:4395113/93‑1 (MQ=255)
ggCTGGCAACGCGCTGGTGGCTAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTg < 2:1145740/93‑1 (MQ=255)
cAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGac < 2:1847101/93‑1 (MQ=255)
cAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGac < 2:5553472/93‑1 (MQ=255)
aCGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGacac < 2:3630394/93‑1 (MQ=255)
gcgcTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACaccg > 2:3961601/1‑93 (MQ=255)
gcTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACaccgac < 2:937774/93‑1 (MQ=255)
gcTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACaccgac < 1:6257778/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACaccgacc > 2:5902581/1‑93 (MQ=255)
tgttggCGAATGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACaccgaccg < 1:3510801/90‑1 (MQ=255)
tggtggCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACaccgaccg > 2:4744265/1‑93 (MQ=255)
ggtggCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGCTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGc > 2:1016696/1‑93 (MQ=255)
gtggCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCt > 1:3590684/1‑93 (MQ=255)
ggCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCg < 2:6075988/93‑1 (MQ=255)
gAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCg < 1:2232108/93‑1 (MQ=255)
gAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCg > 1:246236/1‑93 (MQ=255)
gAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCg > 2:5703717/1‑93 (MQ=255)
gaGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgt < 1:1081200/92‑1 (MQ=255)
aaGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgt > 2:5130400/1‑93 (MQ=255)
aaGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgt > 2:4910048/1‑93 (MQ=255)
aGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtg > 2:433388/1‑93 (MQ=255)
aGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtg > 2:6375409/1‑93 (MQ=255)
aGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtg < 2:2888651/93‑1 (MQ=255)
aGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtg > 1:1601556/1‑93 (MQ=255)
ggCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtgg < 1:3309636/93‑1 (MQ=255)
ggCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtgg > 2:5447194/1‑93 (MQ=255)
gCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtggt < 2:3128647/93‑1 (MQ=255)
gCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtggt < 1:4548227/93‑1 (MQ=255)
gCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtggt < 1:842932/93‑1 (MQ=255)
cATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtggtg < 2:1116197/93‑1 (MQ=255)
cATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCgtggtg < 1:1891873/93‑1 (MQ=255)
aTCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGtggtgg < 1:5640926/93‑1 (MQ=255)
aTCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGtggtgg > 1:43133/1‑93 (MQ=255)
aTCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGtggtgg < 1:848513/93‑1 (MQ=255)
aTCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGtggtgg < 1:2640239/93‑1 (MQ=255)
tCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTggg > 2:2605642/1‑93 (MQ=255)
tCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTggg < 2:3800058/93‑1 (MQ=255)
ccTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGc < 1:4638824/93‑1 (MQ=255)
tGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCAc < 1:4474151/93‑1 (MQ=255)
tGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCAc < 2:5113291/93‑1 (MQ=255)
gacgacAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCAcc < 1:1073595/93‑2 (MQ=255)
acgacAATCTACGGTATTCTGGCGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTGCAGTTCCGCCGGCTGCACGACACCGACCGCGCGGCGTGGTGGGCACTg > 1:6472520/1‑93 (MQ=255)
cgacAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGc < 2:2304593/93‑1 (MQ=255)
cgacAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGc < 2:1874166/93‑1 (MQ=255)
cgacAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCGGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGc < 1:5322485/93‑1 (MQ=255)
gacAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGCCACCGACCGCTCGGCGTGGGGGGCACTGCt > 2:3547138/1‑93 (MQ=255)
gacAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCt > 2:648478/1‑93 (MQ=255)
acAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTa > 1:1073551/1‑93 (MQ=255)
acAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTa > 1:1169029/1‑93 (MQ=255)
acAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTa < 1:1922879/93‑1 (MQ=255)
cAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTAt > 2:5313745/1‑93 (MQ=255)
aaTCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTAtt > 2:6424101/1‑93 (MQ=255)
aaTCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTAtt < 2:4116149/93‑1 (MQ=255)
aTCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTc < 1:6468569/93‑1 (MQ=255)
aTCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTc < 1:3934852/93‑1 (MQ=255)
tCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCt < 2:2153041/93‑1 (MQ=255)
tACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTa > 1:2090738/1‑93 (MQ=255)
cGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAAt > 2:1355984/1‑93 (MQ=255)
ggTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATc < 1:4489307/93‑1 (MQ=255)
ggTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATc < 2:2839731/93‑1 (MQ=255)
tATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGTCGTTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATccc < 1:4948702/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGtt < 2:3819179/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGtt < 1:4377064/93‑1 (MQ=255)
ggTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTAt < 1:353857/93‑1 (MQ=255)
gtgtTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATc < 1:356770/93‑1 (MQ=255)
gtgtTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATc < 2:5973251/93‑1 (MQ=255)
tgtTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCg < 2:4213590/93‑1 (MQ=255)
gtTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCgg < 1:117078/93‑1 (MQ=255)
tttttACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCggc < 2:2670821/93‑1 (MQ=255)
tttttACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCggc > 1:5467468/1‑93 (MQ=255)
ttttACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCggct < 1:545966/93‑1 (MQ=255)
ttttACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCggct < 2:2481238/93‑1 (MQ=255)
tttACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCggctg > 2:6288563/1‑93 (MQ=255)
tccGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCggctggct < 2:2255698/92‑1 (MQ=255)
aCCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCggctggct < 1:2038957/93‑1 (MQ=255)
aCCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCggctggct > 1:5132228/1‑93 (MQ=255)
cGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGGttt > 1:1808481/1‑92 (MQ=255)
cGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCtta < 1:5985026/93‑1 (MQ=255)
tggtggGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCttatt < 2:2118473/93‑1 (MQ=255)
tggtggGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCttatt < 2:6324336/93‑1 (MQ=255)
tggtggGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCttatt < 2:4708158/93‑1 (MQ=255)
ggtggGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGCCACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCttatta < 1:4254278/93‑1 (MQ=255)
ggtggGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCttatta < 1:769651/93‑1 (MQ=255)
ggtggGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCttatta < 1:5864560/93‑1 (MQ=255)
ggtggGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCttatta < 1:2013055/93‑1 (MQ=255)
gtggGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTtattat < 2:3241480/93‑1 (MQ=255)
tggGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTatc < 2:1390091/93‑1 (MQ=255)
ggggCGGTCCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTatc < 1:397032/92‑1 (MQ=255)
gggCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGGTTATTatca > 1:5717769/1‑93 (MQ=255)
ggCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTatcat < 2:5670858/93‑1 (MQ=255)
gTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTc > 2:1768652/1‑93 (MQ=255)
ttCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCt < 2:504748/93‑1 (MQ=255)
tCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCtt < 1:4911155/93‑1 (MQ=255)
tCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCtt > 2:4830082/1‑93 (MQ=255)
aGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTa > 2:5364440/1‑93 (MQ=255)
ttCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTtttttat > 2:4343115/1‑90 (MQ=255)
tcccgccgTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAAc < 2:2436884/91‑1 (MQ=255)
tCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACt < 1:2141919/93‑1 (MQ=255)
cgccgtCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGc < 2:3084340/93‑1 (MQ=255)
gccgtcTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGcc < 2:2663392/93‑1 (MQ=255)
|
AGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCA > NC_000913/3250075‑3250254
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCG > NC_000913/3250072‑3250258
|
GTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGT < SRR4302534.787384/94‑1 (MQ=60)
TTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTC > SRR4302534.4961905/1‑94 (MQ=60)
AGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTG < SRR4302534.4513659/94‑1 (MQ=60)
GCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCA > SRR4302534.1460050/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACC < SRR4302534.5054953/94‑1 (MQ=60)
GCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACC < SRR4302534.6427353/94‑1 (MQ=60)
GCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACC > SRR4302534.4489275/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGCGAATGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGC < SRR4302534.3605249/94‑1 (MQ=60)
TGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGC > SRR4302534.2066886/1‑94 (MQ=60)
GGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCT > SRR4302534.3687259/1‑94 (MQ=60)
GGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCT > SRR4302534.1142882/1‑94 (MQ=60)
GTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTATTTACCGTGGTGGAAGGTCCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTT < SRR4302534.3761994/94‑1 (MQ=60)
CGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCG > SRR4302534.188321/1‑94 (MQ=60)
CGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCG > SRR4302534.252675/1‑94 (MQ=60)
GAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGT < SRR4302534.2291229/94‑1 (MQ=60)
GAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTG < SRR4302534.1109307/94‑1 (MQ=60)
AAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTG > SRR4302534.1643399/1‑94 (MQ=60)
GGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGT < SRR4302534.3398023/94‑1 (MQ=60)
GCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTG < SRR4302534.864174/94‑1 (MQ=60)
GCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTG < SRR4302534.4671530/94‑1 (MQ=60)
CATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGG > SRR4302534.44285/1‑94 (MQ=60)
CATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGG < SRR4302534.1941217/94‑1 (MQ=60)
ATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGG < SRR4302534.869900/94‑1 (MQ=60)
ATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGG < SRR4302534.2710069/94‑1 (MQ=60)
ATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGG < SRR4302534.5793606/94‑1 (MQ=60)
CCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCA < SRR4302534.4764699/94‑1 (MQ=60)
CTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCAC < SRR4302534.3878708/94‑1 (MQ=60)
TGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACT < SRR4302534.4595182/94‑1 (MQ=60)
TGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACT > SRR4302534.4694376/1‑94 (MQ=60)
GACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACCG < SRR4302534.1101454/94‑1 (MQ=60)
GACGACAATCTACGGTATTCTGGCGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTGCAGTTCCGCCGGCTGCACGACACCGACCGCGCGGCGTGGTGGGCACTG > SRR4302534.6646871/1‑94 (MQ=60)
CGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCGGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCT < SRR4302534.5466037/94‑1 (MQ=60)
GACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTA > SRR4302534.1101408/1‑94 (MQ=60)
GACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTA > SRR4302534.1199734/1‑94 (MQ=60)
ACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTAT < SRR4302534.1973148/94‑1 (MQ=60)
ATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCT < SRR4302534.4040250/94‑1 (MQ=60)
ATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCT < SRR4302534.6642799/94‑1 (MQ=60)
CTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTA > SRR4302534.2145560/1‑94 (MQ=60)
GGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCC < SRR4302534.4610787/94‑1 (MQ=60)
TATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGTCGTTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCG < SRR4302534.5082745/94‑1 (MQ=60)
TTCTGGTGTTTTTACGGTGGTGGGGTGTTCAGTGCCGCTGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTT < SRR4302534.3168106/94‑1 (MQ=60)
TCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTT < SRR4302534.4495043/94‑1 (MQ=60)
CTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTA > SRR4302534.5558993/1‑94 (MQ=60)
TGGTGTTTTTCCCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTAT < SRR4302534.2166906/94‑1 (MQ=60)
GGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATC < SRR4302534.362914/94‑1 (MQ=60)
GTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCG < SRR4302534.365897/94‑1 (MQ=60)
GTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGC < SRR4302534.120193/94‑1 (MQ=60)
GTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGC > SRR4302534.5614843/1‑94 (MQ=60)
TTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCT < SRR4302534.866618/94‑1 (MQ=60)
TTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTG < SRR4302534.559448/94‑1 (MQ=60)
TACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCT > SRR4302534.5270778/1‑94 (MQ=60)
ACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTT < SRR4302534.2092266/94‑1 (MQ=60)
CCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGgttt > SRR4302534.1855435/1‑90 (MQ=60)
CGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTAT < SRR4302534.6147608/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATT > SRR4302534.4095144/1‑94 (MQ=60)
GGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGCCACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTAT < SRR4302534.4369080/94‑1 (MQ=60)
GGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTAT < SRR4302534.788792/94‑1 (MQ=60)
GGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTAT < SRR4302534.2065725/94‑1 (MQ=60)
GGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTAT < SRR4302534.6023799/94‑1 (MQ=60)
TGGGCGGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGGTTATTATCA > SRR4302534.5872680/1‑94 (MQ=60)
GGGGCGGTCCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCA < SRR4302534.407187/94‑1 (MQ=60)
GCGGTTCAGTCCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCG < SRR4302534.6005631/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGgtttttattatcgtt > SRR4302534.4610394/1‑79 (MQ=60)
TCAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTT < SRR4302534.5044257/94‑1 (MQ=60)
CAGTTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTA < SRR4302534.676197/94‑1 (MQ=60)
TTCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACT < SRR4302534.6319684/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTG < SRR4302534.5671340/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTG < SRR4302534.2398808/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTG < SRR4302534.2198411/94‑1 (MQ=60)
CCGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAG < SRR4302534.3662513/94‑1 (MQ=60)
CGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTTACTGCCACG > SRR4302534.409498/1‑94 (MQ=60)
CGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCCGG > SRR4302534.6017788/1‑94 (MQ=60)
CGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGG < SRR4302534.4127772/94‑1 (MQ=60)
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CGTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGG < SRR4302534.2549637/94‑1 (MQ=60)
GTCTGCACGCCACCGACCGCTCGGCGTGGTGGTCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTCGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGC < SRR4302534.5225072/94‑1 (MQ=60)
GTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGC < SRR4302534.2323644/94‑1 (MQ=60)
GTCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGC < SRR4302534.933288/94‑1 (MQ=60)
TCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCG < SRR4302534.384642/94‑1 (MQ=60)
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GTTAGGCTGGCAACGCGCTGGTGGCGAAGGCATCCTGACGACAATCTACGGTATTCTGGTGTTTTTACCGTGGTGGGCGGTTCAGTTCCGCCGCCTGCACGACACCGACCGCTCGGCGTGGTGGGCACTGCTATTCTTAATCCCGTTTATCGGCTGGCTTATTATCATCGTCTTTAACTGCCAGGCG > NC_000913/3250072‑3250258
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |