Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,278,453 |
T→C |
L38L (TTG→CTG) |
agaW → |
PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,278,453 | 0 | T | C | 99.6%
| 883.8
/ ‑5.1
| 257 | L38L (TTG→CTG) | agaW | PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (159/97); total (159/98) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCG > NC_000913/3278363‑3278542
|
gCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTg > 1:4763259/1‑93 (MQ=255)
gCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTg < 1:6154085/93‑1 (MQ=255)
cATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTgg > 1:5384396/1‑93 (MQ=255)
aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGt < 2:2768755/93‑1 (MQ=255)
tttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTc > 2:4459804/1‑93 (MQ=255)
ttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCg > 1:3875935/1‑93 (MQ=255)
ttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCg < 2:1375058/93‑1 (MQ=255)
tGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCgg < 1:2744091/93‑1 (MQ=255)
gCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCggg > 1:6449441/1‑93 (MQ=255)
cGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGc < 1:2652799/93‑1 (MQ=255)
cGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGc < 1:1435255/93‑1 (MQ=255)
cGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGc > 1:3421574/1‑93 (MQ=255)
gTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCt > 2:3186360/1‑93 (MQ=255)
gTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGACTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCt > 1:1034340/1‑93 (MQ=255)
gggCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGt > 2:2463869/1‑93 (MQ=255)
gggCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGt > 1:5764970/1‑93 (MQ=255)
cATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACt > 2:2541693/1‑93 (MQ=255)
cATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACt < 1:5199945/93‑1 (MQ=255)
ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTg > 2:6164891/1‑93 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTgg < 2:10758/93‑1 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTgg > 2:5111244/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGc > 2:948644/1‑93 (MQ=255)
tCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTTGTCGGGCTGGTACTTGGCg > 1:6038694/1‑93 (MQ=255)
cGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGa < 2:1695599/93‑1 (MQ=255)
cGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGa < 1:4385917/93‑1 (MQ=255)
cGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGa < 2:5909044/93‑1 (MQ=255)
gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGAt > 2:4766324/1‑93 (MQ=255)
gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCCGGCTGGTACTTGGCGAt > 1:3939734/1‑93 (MQ=255)
ccTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATc < 2:2387408/93‑1 (MQ=255)
ccTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATc < 2:6424822/93‑1 (MQ=255)
ccTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATc > 1:1684653/1‑93 (MQ=255)
cTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCAACGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCCGGCGGGTTCATGGCGATCt > 1:594552/1‑93 (MQ=255)
tttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTg > 1:6064811/1‑93 (MQ=255)
tATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCa > 2:4328306/1‑93 (MQ=255)
gCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATAcc < 1:2156600/93‑1 (MQ=255)
gCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGaa > 2:1923511/1‑93 (MQ=255)
gCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGaa < 2:2623114/93‑1 (MQ=255)
ccTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAAt > 1:526091/1‑93 (MQ=255)
ggATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAAtttt > 2:6248724/1‑93 (MQ=255)
atGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAcc > 1:1368369/1‑93 (MQ=255)
atGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAcc < 2:1195828/93‑1 (MQ=255)
gTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcgg > 2:3807698/1‑93 (MQ=255)
tttAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggc > 2:6355979/1‑93 (MQ=255)
ttAACGGCCTACCCCATATGCACCGCCCGGTGGTTCTCGGCCCGCTGGTGGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggcg < 1:4007068/93‑1 (MQ=255)
ttAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggcg < 2:4276556/93‑1 (MQ=255)
tAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggcgg > 1:4520017/1‑93 (MQ=255)
aaCGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggcgga > 1:2045205/1‑92 (MQ=255)
aaCGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGt > 2:5888487/1‑93 (MQ=255)
aCGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTa < 2:4836085/93‑1 (MQ=255)
aCGGCCTAACCCATATCCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTa > 2:2010142/1‑93 (MQ=255)
gCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGc > 1:5551270/1‑93 (MQ=255)
cTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTg > 2:1037393/1‑93 (MQ=255)
cTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTg > 2:1163417/1‑93 (MQ=255)
cTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTg > 2:697417/1‑93 (MQ=255)
aCCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGaa > 1:1130418/1‑93 (MQ=255)
aCCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGaa > 1:2339121/1‑93 (MQ=255)
aCCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGaa > 2:2592594/1‑93 (MQ=255)
cccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAAc < 1:5640649/93‑1 (MQ=255)
ccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACt > 2:1297393/1‑93 (MQ=255)
ccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACt < 1:869421/93‑1 (MQ=255)
ccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACt > 1:3296297/1‑93 (MQ=255)
cATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTg < 1:6226139/93‑1 (MQ=255)
cATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTg > 1:2858872/1‑93 (MQ=255)
cATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTg > 1:3698184/1‑93 (MQ=255)
cATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTg > 2:4541983/1‑93 (MQ=255)
cATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTg > 1:658639/1‑93 (MQ=255)
tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt > 2:2223565/1‑93 (MQ=255)
tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt > 2:5513781/1‑93 (MQ=255)
tatGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgt > 1:788161/1‑93 (MQ=255)
atGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgtg < 1:5004612/93‑1 (MQ=255)
gCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGCACTGGtgtg > 2:5247611/1‑93 (MQ=255)
cACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTgg > 1:3598342/1‑93 (MQ=255)
aCCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGCCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGa > 1:3018026/1‑93 (MQ=255)
ccGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGAt > 2:3552079/1‑93 (MQ=255)
gCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGGATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATgg < 1:4346111/93‑1 (MQ=255)
gCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATgg > 2:75122/1‑93 (MQ=255)
gCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATgg < 2:729534/93‑1 (MQ=255)
gCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATgg < 2:3229012/93‑1 (MQ=255)
gCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATgg < 2:3951568/93‑1 (MQ=255)
cccGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATggg > 1:4288312/1‑93 (MQ=255)
cccGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATggg > 2:2299068/1‑93 (MQ=255)
ccGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTCCTTGGCGATCTGCATACCGGCATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGCGTGGATgggg > 1:707234/1‑93 (MQ=255)
cGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGgtgggggtggggg > 1:2014514/1‑92 (MQ=255)
cGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGc > 1:3385994/1‑93 (MQ=255)
gttggtCATCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCt < 1:6102563/91‑1 (MQ=255)
ggtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCt < 1:628571/93‑1 (MQ=255)
ggtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCt > 1:317994/1‑93 (MQ=255)
gtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGGTg > 1:1315318/1‑93 (MQ=255)
gtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTg < 2:642915/93‑1 (MQ=255)
gtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTg > 2:3642504/1‑93 (MQ=255)
gtggtCCTCGGCCAGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTg < 2:4135260/93‑1 (MQ=255)
tCCTGGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGgcc < 2:5237099/93‑1 (MQ=255)
ccTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGcccc < 1:5443264/93‑1 (MQ=255)
cGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCt > 2:4888436/1‑93 (MQ=255)
cGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCt < 1:3377541/93‑1 (MQ=255)
cGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCt < 2:2970275/93‑1 (MQ=255)
ggCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTg < 2:4381699/93‑1 (MQ=255)
cccGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTggc < 2:6273987/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTggcg > 2:5394313/1‑93 (MQ=255)
ccGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTggcg < 2:859551/93‑1 (MQ=255)
|
GCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCG > NC_000913/3278363‑3278542
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCG > NC_000913/3278360‑3278546
|
CAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGC < SRR4302534.1830948/94‑1 (MQ=60)
AGTCATTTGCCTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT < SRR4302534.4905058/94‑1 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCGTTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCAGATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT > SRR4302534.3181008/1‑94 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT < SRR4302534.4827394/94‑1 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT > SRR4302534.3765128/1‑94 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT > SRR4302534.3720579/1‑94 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT > SRR4302534.3117672/1‑94 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT > SRR4302534.4737042/1‑94 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT > SRR4302534.64288/1‑94 (MQ=60)
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CTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGCACTTGGCGATCTGCATACCGG > SRR4302534.346495/1‑94 (MQ=60)
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TGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGA < SRR4302534.850620/94‑1 (MQ=60)
TGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGA < SRR4302534.6434922/94‑1 (MQ=60)
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GCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAAT < SRR4302534.4486070/94‑1 (MQ=60)
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ATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAC > SRR4302534.4680598/1‑94 (MQ=60)
ATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAC > SRR4302534.4652534/1‑94 (MQ=60)
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GGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGC > SRR4302534.5701132/1‑94 (MQ=60)
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CCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTG > SRR4302534.2933959/1‑94 (MQ=60)
CATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGG < SRR4302534.6395179/94‑1 (MQ=60)
ATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGTCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGT < SRR4302534.1403825/94‑1 (MQ=60)
ATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGT > SRR4302534.807899/1‑94 (MQ=60)
ATAGGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGT < SRR4302534.1274825/94‑1 (MQ=60)
TATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATATGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGGG > SRR4302534.885258/1‑94 (MQ=60)
ATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGT < SRR4302534.5139902/94‑1 (MQ=60)
TGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTG > SRR4302534.6483935/1‑94 (MQ=60)
GCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGG > SRR4302534.5297402/1‑94 (MQ=60)
GCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGG > SRR4302534.3695112/1‑94 (MQ=60)
CACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGA > SRR4302534.2349959/1‑94 (MQ=60)
CACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGCCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGA > SRR4302534.3097039/1‑94 (MQ=60)
CCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATG < SRR4302534.3498825/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGGATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGG < SRR4302534.4463474/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGG > SRR4302534.4404491/1‑94 (MQ=60)
CCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTCCTTGGCGATCTGCATACCGGCATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGCGTGGATGGGG > SRR4302534.724600/1‑94 (MQ=60)
CCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGG > SRR4302534.1415049/1‑94 (MQ=60)
CCCGGAGGTCTTCGGCCCGCAGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACGGGAGTTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGG < SRR4302534.357047/94‑1 (MQ=60)
CCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGggggtggggg > SRR4302534.2067232/1‑84 (MQ=60)
CCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGC > SRR4302534.2067233/1‑94 (MQ=60)
CCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGC < SRR4302534.2769247/94‑1 (MQ=60)
CCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGC > SRR4302534.3476800/1‑94 (MQ=60)
CCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGC < SRR4302534.3752117/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCT < SRR4302534.1669498/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCT > SRR4302534.326188/1‑94 (MQ=60)
GTTGGTCATCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTG < SRR4302534.6268502/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGGTG > SRR4302534.1349995/1‑94 (MQ=60)
GGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTG < SRR4302534.643814/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTG < SRR4302534.2200295/94‑1 (MQ=60)
GTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGACTGGTACTTGGCGATCGGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGG < SRR4302534.6028342/94‑1 (MQ=60)
GGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCC > SRR4302534.5903371/1‑94 (MQ=60)
TCCTCGTCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCC < SRR4302534.4539951/94‑1 (MQ=60)
TCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCC < SRR4302534.2208289/94‑1 (MQ=60)
CCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCG < SRR4302534.5589895/94‑1 (MQ=60)
TCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCT < SRR4302534.3999357/94‑1 (MQ=60)
CGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTG < SRR4302534.6620109/94‑1 (MQ=60)
CGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTG < SRR4302534.3468076/94‑1 (MQ=60)
CCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGGCCCGCTGGCG > SRR4302534.3019324/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGG < SRR4302534.4154721/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGG > SRR4302534.3315538/1‑94 (MQ=60)
CTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGtggacggaaccgctggcgggtg > SRR4302534.6051289/1‑72 (MQ=60)
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CAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCG > NC_000913/3278360‑3278546
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
