Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,743,603 |
Δ1 bp |
coding (1171/1275 nt) |
yiaN → |
putative membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,743,603 | 0 | C | . | 100.0%
| 1036.6
/ NA
| 219 | coding (1171/1275 nt) | yiaN | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (92/127); total (92/127) |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGATCGATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTC > NC_000913/3743515‑3743690
|
tATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGc < 2:2450776/93‑1 (MQ=255)
tATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGc > 2:6260053/1‑93 (MQ=255)
tATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGc < 2:6094024/93‑1 (MQ=255)
tATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGACAAAACTCAAATTCGAT‑GATGc < 1:5671444/93‑1 (MQ=255)
tATCATTAACTGCTCAACCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGc < 1:5344159/93‑1 (MQ=255)
aTCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCa > 2:328271/1‑93 (MQ=255)
tCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAg < 1:4764954/93‑1 (MQ=255)
ttAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCa < 1:6403534/93‑1 (MQ=255)
ttAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCa < 1:2943381/93‑1 (MQ=255)
aaCTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCaga > 1:5264821/1‑93 (MQ=255)
aaCTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCaga < 2:5291383/93‑1 (MQ=255)
aCTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCagag > 2:1718305/1‑93 (MQ=255)
tGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGc < 1:1047384/93‑1 (MQ=255)
tGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGc < 2:1984658/93‑1 (MQ=255)
cTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGt > 1:3749257/1‑93 (MQ=255)
tCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGtt > 1:174792/1‑93 (MQ=255)
tCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGtt < 2:2332028/93‑1 (MQ=255)
cAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGttt > 2:5698864/1‑93 (MQ=255)
cAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGttt > 2:2984000/1‑93 (MQ=255)
cAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGttt < 2:3347072/93‑1 (MQ=255)
aaTCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGtttt > 1:3055041/1‑93 (MQ=255)
aaTCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGtttt < 1:3525385/93‑1 (MQ=255)
aaTCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGtttt < 1:4190812/93‑1 (MQ=255)
aTCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTTTTTCAGGGGGGGCAAAATTCAAATTCGAT‑GATGCAGCCAAAGGGGTTTTc > 2:1168043/1‑93 (MQ=255)
aTCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTc > 2:4539425/1‑93 (MQ=255)
cGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTccc < 2:6435997/93‑1 (MQ=255)
cGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTccc < 1:2998151/93‑1 (MQ=255)
cGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTccc < 1:5649516/93‑1 (MQ=255)
cGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTccc < 1:4231224/93‑1 (MQ=255)
tgCTTAATTGCACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCt < 2:2537890/92‑1 (MQ=255)
ggCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCt < 1:1675316/93‑1 (MQ=255)
cTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTa > 1:4441393/1‑93 (MQ=255)
cTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTa > 2:4707848/1‑93 (MQ=255)
tAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACg < 1:1225561/93‑1 (MQ=255)
tAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACg > 2:2613905/1‑93 (MQ=255)
ttACACAGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGCGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTcc > 2:5525999/1‑93 (MQ=255)
tACACCGCCTATCTGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCt < 2:870741/93‑1 (MQ=255)
tACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCt < 1:5593158/93‑1 (MQ=255)
cacCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTgg > 2:4223195/1‑93 (MQ=255)
cccGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGt < 1:668926/92‑1 (MQ=255)
acCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGt > 1:866360/1‑93 (MQ=255)
cGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGttt < 2:6458489/93‑1 (MQ=255)
gCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGtttt < 1:1657701/93‑1 (MQ=255)
ccTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTta < 1:2207790/93‑1 (MQ=255)
cTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTtat < 1:4480627/93‑1 (MQ=255)
cTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTtat > 1:6217037/1‑93 (MQ=255)
tATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTtatt > 1:4789745/1‑92 (MQ=255)
tATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTtata > 1:1782182/1‑93 (MQ=255)
tATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTtata > 2:3523751/1‑93 (MQ=255)
cGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTc < 1:1804544/93‑1 (MQ=255)
cGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTc > 2:819814/1‑93 (MQ=255)
ggTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCa < 2:598982/93‑1 (MQ=255)
ggTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCATACGTCCTGGTTTTATATTct > 2:68737/1‑92 (MQ=255)
gTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCat < 1:1178668/93‑1 (MQ=255)
gTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCat < 2:188510/93‑1 (MQ=255)
gTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCat < 1:5081050/93‑1 (MQ=255)
tAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCatt < 1:4137699/93‑1 (MQ=255)
tAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCatt < 1:3596635/93‑1 (MQ=255)
tGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCattatt < 1:4683459/93‑1 (MQ=255)
tGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCattatt > 2:1635272/1‑93 (MQ=255)
aCTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGt > 2:4983968/1‑93 (MQ=255)
cTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTc > 2:2705590/1‑93 (MQ=255)
tAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGt > 2:2151098/1‑93 (MQ=255)
aCGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTAt > 2:3465643/1‑93 (MQ=255)
cGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTAtt < 1:2753099/93‑1 (MQ=255)
cGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTAtt < 2:141839/93‑1 (MQ=255)
cGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTAtt < 2:3871260/93‑1 (MQ=255)
gTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTAttt > 2:2080522/1‑93 (MQ=255)
gTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTAttt < 1:5812264/93‑1 (MQ=255)
ttATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCTTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTg < 2:526837/93‑1 (MQ=255)
ttATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTg < 1:2919173/93‑1 (MQ=255)
ttATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTg > 1:409019/1‑93 (MQ=255)
tATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGt < 2:1226252/93‑1 (MQ=255)
tATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGt < 2:4092288/93‑1 (MQ=255)
tATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGt > 2:3904098/1‑93 (MQ=255)
aTTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGtt < 2:6270299/93‑1 (MQ=255)
tttCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGttt < 1:158036/93‑1 (MQ=255)
aGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTAt < 1:5205368/93‑1 (MQ=255)
aGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTAt > 2:5366989/1‑93 (MQ=255)
gggTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTc < 1:207059/93‑1 (MQ=255)
gggTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTc < 2:1694182/93‑1 (MQ=255)
gTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTccc > 1:3713999/1‑93 (MQ=255)
tGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCg < 1:5528350/93‑1 (MQ=255)
ggCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGa < 1:4328151/93‑1 (MQ=255)
gCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGAt > 2:1390405/1‑93 (MQ=255)
cAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGAtc > 2:1082683/1‑93 (MQ=255)
aaaCTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGAtctc > 2:367367/1‑93 (MQ=255)
aaaCTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGAtctc > 2:1076815/1‑93 (MQ=255)
aaaCTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGAtctc < 2:5152099/93‑1 (MQ=255)
aaaCTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGAtctc > 2:4757077/1‑93 (MQ=255)
aaCTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCTCGATCtca > 1:3356147/1‑93 (MQ=255)
aaCTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCtca > 1:1320743/1‑93 (MQ=255)
aaCTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCtca > 1:1860983/1‑93 (MQ=255)
aCTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCtcat < 1:2720557/93‑1 (MQ=255)
aCTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCtcat < 1:4713321/93‑1 (MQ=255)
tCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCtcatca < 1:2830950/93‑1 (MQ=255)
tCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCtcatca > 1:2462300/1‑93 (MQ=255)
tCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCtcatca < 1:2311498/93‑1 (MQ=255)
aaTTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCAtcc > 1:3866660/1‑93 (MQ=255)
aTTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCAtcct < 1:6386894/93‑1 (MQ=255)
|
TATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGATCGATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTC > NC_000913/3743515‑3743690
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATGTTTATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGATCGATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCCTTTG > NC_000913/3743510‑3743696
|
ATGTTTATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGATG > SRR4302534.5033330/1‑94 (MQ=60)
GTTTATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GAT < SRR4302534.2410629/94‑1 (MQ=60)
GTTTATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GAT < SRR4302534.5490618/94‑1 (MQ=60)
TTTATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATG < SRR4302534.4415104/94‑1 (MQ=60)
TATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCA < SRR4302534.4164610/94‑1 (MQ=60)
TATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGACAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCA < SRR4302534.5824998/94‑1 (MQ=60)
TATCATTAACTGCTCAACCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCA < SRR4302534.5488242/94‑1 (MQ=60)
ATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAG < SRR4302534.6008200/94‑1 (MQ=60)
TCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGT > SRR4302534.5452813/1‑94 (MQ=60)
TCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGT > SRR4302534.6229310/1‑94 (MQ=60)
TCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGT < SRR4302534.4894339/94‑1 (MQ=60)
ATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCA < SRR4302534.5373290/94‑1 (MQ=60)
TTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAG < SRR4302534.6576407/94‑1 (MQ=60)
TTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAG < SRR4302534.3020613/94‑1 (MQ=60)
TAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGA > SRR4302534.5407050/1‑94 (MQ=60)
CTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGG > SRR4302534.3779539/1‑94 (MQ=60)
CTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGC > SRR4302534.2527373/1‑94 (MQ=60)
CTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGC > SRR4302534.457593/1‑94 (MQ=60)
TGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCG < SRR4302534.1074471/94‑1 (MQ=60)
TGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCG < SRR4302534.552543/94‑1 (MQ=60)
GCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGT > SRR4302534.3849963/1‑94 (MQ=60)
CTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTT > SRR4302534.179394/1‑94 (MQ=60)
CAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTT > SRR4302534.4893446/1‑94 (MQ=60)
CAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTT > SRR4302534.3135197/1‑94 (MQ=60)
AATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTC < SRR4302534.3620212/94‑1 (MQ=60)
AATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTC > SRR4302534.1641511/1‑94 (MQ=60)
AATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTC < SRR4302534.428274/94‑1 (MQ=60)
AATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTC < SRR4302534.4304033/94‑1 (MQ=60)
AATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGGAATGTACTTAACGTTATTTAAGGGGTGGCTAAAATCAAAGTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTC > SRR4302534.3281514/1‑94 (MQ=60)
ATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCC < SRR4302534.2803197/94‑1 (MQ=60)
TCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCC > SRR4302534.1876907/1‑94 (MQ=60)
tggcttatttgctCCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCT < SRR4302534.4532562/81‑1 (MQ=60)
CGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCT < SRR4302534.5802443/94‑1 (MQ=60)
CGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCT < SRR4302534.4345266/94‑1 (MQ=60)
CGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCT < SRR4302534.3076559/94‑1 (MQ=60)
CGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCT < SRR4302534.3035617/94‑1 (MQ=60)
GGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTT < SRR4302534.1718909/94‑1 (MQ=60)
GGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTT > SRR4302534.191836/1‑94 (MQ=60)
GGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTT < SRR4302534.4822184/94‑1 (MQ=60)
GGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTT < SRR4302534.5768318/94‑1 (MQ=60)
GGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGC‑AAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTA > SRR4302534.4224559/1‑94 (MQ=60)
GCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTA > SRR4302534.4561372/1‑94 (MQ=60)
CTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTAC < SRR4302534.1714066/94‑1 (MQ=60)
TTAATTACACCGCCTATGGGTAATGTACTTAACGTTATTGCAGGGGTGGCAAAGCTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTTCG < SRR4302534.4720012/94‑1 (MQ=60)
TTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACG < SRR4302534.1821353/94‑1 (MQ=60)
TAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGT < SRR4302534.1257830/94‑1 (MQ=60)
TTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCT < SRR4302534.3844992/94‑1 (MQ=60)
TACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTG < SRR4302534.1249290/94‑1 (MQ=60)
TACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTG < SRR4302534.5744382/94‑1 (MQ=60)
TACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTG < SRR4302534.1837746/94‑1 (MQ=60)
CACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCGGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGT > SRR4302534.1894000/1‑94 (MQ=60)
CACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGT > SRR4302534.888238/1‑94 (MQ=60)
CACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGT < SRR4302534.3676763/94‑1 (MQ=60)
CCCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTT < SRR4302534.685228/94‑1 (MQ=60)
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CCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTAT > SRR4302534.6385942/1‑94 (MQ=60)
CCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTAT < SRR4302534.2266235/94‑1 (MQ=60)
CCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTAT > SRR4302534.1336963/1‑94 (MQ=60)
CTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATT > SRR4302534.4919799/1‑94 (MQ=60)
CTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATA < SRR4302534.912824/94‑1 (MQ=60)
CTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATA < SRR4302534.4601837/94‑1 (MQ=60)
CTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATA > SRR4302534.1828455/1‑94 (MQ=60)
CTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATA > SRR4302534.157560/1‑94 (MQ=60)
ATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATT < SRR4302534.2627577/94‑1 (MQ=60)
TCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTC < SRR4302534.4966961/94‑1 (MQ=60)
CGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCA < SRR4302534.1851400/94‑1 (MQ=60)
GTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATT < SRR4302534.5218199/94‑1 (MQ=60)
GTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATT < SRR4302534.1209649/94‑1 (MQ=60)
GTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATT < SRR4302534.3018733/94‑1 (MQ=60)
TAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTA < SRR4302534.3693361/94‑1 (MQ=60)
TAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTA < SRR4302534.4900573/94‑1 (MQ=60)
TAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTA < SRR4302534.4249358/94‑1 (MQ=60)
AATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGCCCTGGTTTTATATTCATTAT < SRR4302534.2855690/94‑1 (MQ=60)
ATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATT < SRR4302534.4591006/94‑1 (MQ=60)
ATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATT < SRR4302534.2637281/94‑1 (MQ=60)
ATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGGGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATT > SRR4302534.5100129/1‑94 (MQ=60)
TGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTA < SRR4302534.4324809/94‑1 (MQ=60)
TGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTA < SRR4302534.4810613/94‑1 (MQ=60)
TACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGT > SRR4302534.2184612/1‑94 (MQ=60)
CTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCG > SRR4302534.881509/1‑94 (MQ=60)
CTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCG < SRR4302534.3635404/94‑1 (MQ=60)
CTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCG < SRR4302534.2989132/94‑1 (MQ=60)
TTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGT > SRR4302534.5810129/1‑94 (MQ=60)
TAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTA < SRR4302534.5612979/94‑1 (MQ=60)
TAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTA > SRR4302534.3475811/1‑94 (MQ=60)
CGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTT < SRR4302534.2825619/94‑1 (MQ=60)
GTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTG > SRR4302534.419470/1‑94 (MQ=60)
GTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTG < SRR4302534.5970018/94‑1 (MQ=60)
TTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGT < SRR4302534.312856/94‑1 (MQ=60)
TTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGT < SRR4302534.2995774/94‑1 (MQ=60)
TTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTT < SRR4302534.162175/94‑1 (MQ=60)
TTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTT > SRR4302534.6412274/1‑94 (MQ=60)
TCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTA < SRR4302534.423628/94‑1 (MQ=60)
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AGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATT > SRR4302534.5254735/1‑94 (MQ=60)
AGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATT < SRR4302534.5345820/94‑1 (MQ=60)
GGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCC < SRR4302534.2353918/94‑1 (MQ=60)
GGGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCC < SRR4302534.212502/94‑1 (MQ=60)
GGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCC < SRR4302534.65829/94‑1 (MQ=60)
GGTGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCC > SRR4302534.3813862/1‑94 (MQ=60)
TGGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGA < SRR4302534.5677551/94‑1 (MQ=60)
GGCAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGAT < SRR4302534.4445223/94‑1 (MQ=60)
CAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCT > SRR4302534.1723172/1‑94 (MQ=60)
CAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCT < SRR4302534.3062246/94‑1 (MQ=60)
CAAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCATTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCT < SRR4302534.1126105/94‑1 (MQ=60)
AAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTTGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTA > SRR4302534.3430169/1‑94 (MQ=60)
AAAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTC > SRR4302534.1676415/1‑94 (MQ=60)
AAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCTCGATCTCA > SRR4302534.3446027/1‑94 (MQ=60)
AAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCA > SRR4302534.1355569/1‑94 (MQ=60)
AAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCA > SRR4302534.1909420/1‑94 (MQ=60)
AAACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCA > SRR4302534.4439008/1‑94 (MQ=60)
ACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATC < SRR4302534.2792349/94‑1 (MQ=60)
ACTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATC < SRR4302534.4841320/94‑1 (MQ=60)
CTCAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCA > SRR4302534.2527716/1‑94 (MQ=60)
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CAAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATC > SRR4302534.572484/1‑94 (MQ=60)
AAATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCC > SRR4302534.3970475/1‑94 (MQ=60)
ATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTC < SRR4302534.6559423/94‑1 (MQ=60)
ATTCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTC < SRR4302534.3942773/94‑1 (MQ=60)
TCGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCC > SRR4302534.4854105/1‑94 (MQ=60)
CGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCCT < SRR4302534.651398/94‑1 (MQ=60)
CGAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCCT < SRR4302534.1191015/94‑1 (MQ=60)
GAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCCTT < SRR4302534.6142431/94‑1 (MQ=60)
GAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCCTT < SRR4302534.510945/94‑1 (MQ=60)
GAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCCTT < SRR4302534.2460705/94‑1 (MQ=60)
GAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCCTT < SRR4302534.6428910/94‑1 (MQ=60)
GAT‑GATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCCTT < SRR4302534.4252682/94‑1 (MQ=60)
TGATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCCTTTG < SRR4302534.2130813/94‑1 (MQ=60)
|
ATGTTTATCATTAACTGCTCAATCGGCTTAATTACACCGCCTATCGGTAATGTACTTAACGTTATTTCAGGGGTGGCAAAACTCAAATTCGATCGATGCAGTCAGAGGCGTTTTCCCTTACGTCCTGGTTTTATATTCATTATTAGTCGTATTTGTTTTTATTCCCGATCTCATCATCCTCCCTTTG > NC_000913/3743510‑3743696
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
