Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,873,986 |
T→C |
T199A (ACG→GCG) |
yidA ← |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,873,986 | 0 | T | C | 100.0%
| 1004.7
/ NA
| 285 | T199A (ACG→GCG) | yidA | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (129/156); total (129/156) |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
CAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATAC > NC_000913/3873896‑3874075
|
aTCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCt < 2:1766553/93‑1 (MQ=255)
aTCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCt < 1:1818008/93‑1 (MQ=255)
aTCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCt > 2:349581/1‑93 (MQ=255)
tCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCtt < 2:1728210/93‑1 (MQ=255)
tCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCtt > 2:1413012/1‑93 (MQ=255)
tCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCtt > 1:434691/1‑93 (MQ=255)
cATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCttt < 1:2972896/93‑1 (MQ=255)
cATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCttt > 2:4365713/1‑93 (MQ=255)
cATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCttt < 2:4112982/93‑1 (MQ=255)
ttGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGt > 2:5054971/1‑93 (MQ=255)
ttGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGt < 1:2862004/93‑1 (MQ=255)
gATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAc > 1:5059402/1‑93 (MQ=255)
gATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAc > 1:5863361/1‑93 (MQ=255)
atatCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAcg > 2:2491076/1‑93 (MQ=255)
atCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAcgcg > 1:257001/1‑93 (MQ=255)
tCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGt > 2:2123034/1‑93 (MQ=255)
cGTTTTCCTGATCGCCAATCTCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGtt < 2:1659027/93‑1 (MQ=255)
cGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGtt < 1:1325572/93‑1 (MQ=255)
gTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGttt < 2:466710/93‑1 (MQ=255)
ttttCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTa < 1:596743/93‑1 (MQ=255)
ttttCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTa > 1:2657954/1‑93 (MQ=255)
ttCCTGATCGCCAATCGCCTTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATc > 1:6300762/1‑93 (MQ=255)
ttCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATc > 2:1224574/1‑93 (MQ=255)
tCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCg > 1:5419161/1‑93 (MQ=255)
ccTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGa < 2:666688/93‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGa < 1:2404757/93‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGa < 1:1555607/93‑1 (MQ=255)
cTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAg > 2:2182040/1‑93 (MQ=255)
gATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGa < 2:5066580/93‑1 (MQ=255)
tcgccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGAtt < 2:3295478/93‑1 (MQ=255)
cgccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGAttt < 2:3073645/93‑1 (MQ=255)
cgccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGAttt < 1:4480121/93‑1 (MQ=255)
cgccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGAttt < 1:2294730/93‑1 (MQ=255)
ccaatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCg < 1:121454/93‑1 (MQ=255)
caatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATCCCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGa < 2:2267486/93‑1 (MQ=255)
caatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGa < 2:932613/93‑1 (MQ=255)
caatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGa < 2:3087806/93‑1 (MQ=255)
aatcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAg < 2:4575900/93‑1 (MQ=255)
atcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAgg > 1:5222227/1‑93 (MQ=255)
tcgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACACCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGa > 1:2503596/1‑93 (MQ=255)
cgccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGaa < 2:5489920/93‑1 (MQ=255)
gccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAg < 1:3496517/93‑1 (MQ=255)
gccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAg < 2:2909905/93‑1 (MQ=255)
ccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGt < 1:1070875/93‑1 (MQ=255)
ccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGt < 1:3901901/93‑1 (MQ=255)
ccaTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGt > 2:3581534/1‑93 (MQ=255)
caTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTa > 1:791972/1‑93 (MQ=255)
caTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTa > 2:3651880/1‑93 (MQ=255)
caTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTa < 2:2424658/93‑1 (MQ=255)
aTGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTAc > 1:3196401/1‑93 (MQ=255)
taTTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACgg < 1:983428/92‑1 (MQ=255)
gATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACgg > 2:3604513/1‑93 (MQ=255)
gATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACgg < 1:6185687/93‑1 (MQ=255)
aTTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCTGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGgc < 2:4279385/93‑1 (MQ=255)
tttCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGgcg > 1:3723661/1‑93 (MQ=255)
ttcttcCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGgcgc > 2:1335223/1‑93 (MQ=255)
ttcttcCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGgcgc < 2:4484439/93‑1 (MQ=255)
tcttcCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCa > 1:5318653/1‑93 (MQ=255)
cttcCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCAc > 1:4264577/1‑93 (MQ=255)
ttcCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACt > 1:4996015/1‑93 (MQ=255)
ttcCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACt < 1:461470/93‑1 (MQ=255)
cGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACtttt < 1:6399608/93‑1 (MQ=255)
cGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACtttt > 1:717762/1‑93 (MQ=255)
ggTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTc > 1:5695737/1‑93 (MQ=255)
gTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCa > 2:5417004/1‑93 (MQ=255)
tttAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAg < 2:4614696/93‑1 (MQ=255)
ttAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGc < 1:47633/93‑1 (MQ=255)
tACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACgg < 1:1894548/93‑1 (MQ=255)
tACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACgg > 2:1942219/1‑93 (MQ=255)
tACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACgg < 1:663068/93‑1 (MQ=255)
ccTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGta > 1:1678208/1‑93 (MQ=255)
ccTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAAGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGta > 2:3780/1‑93 (MQ=255)
cTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGtat > 2:2061742/1‑93 (MQ=255)
acacGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATAtt > 1:832866/1‑93 (MQ=255)
cacGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATAttt < 2:6226959/93‑1 (MQ=255)
acGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATAtttt > 1:3546705/1‑92 (MQ=255)
acGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTtc > 1:4152534/1‑93 (MQ=255)
acGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTtc < 1:2112795/93‑1 (MQ=255)
cGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTtct > 1:2092085/1‑93 (MQ=255)
cGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTtct > 2:2847361/1‑93 (MQ=255)
ggCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCttt > 2:2691261/1‑93 (MQ=255)
ggCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCttt > 1:4847510/1‑93 (MQ=255)
ggCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCttt < 2:3824107/93‑1 (MQ=255)
gCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTc > 2:221998/1‑93 (MQ=255)
gCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTc > 2:6032578/1‑93 (MQ=255)
cAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCAc < 2:1508539/93‑1 (MQ=255)
cAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCAc > 2:2014722/1‑93 (MQ=255)
aGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACt > 1:4044251/1‑93 (MQ=255)
aGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACt < 2:5777224/93‑1 (MQ=255)
gTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACtt < 1:3139201/93‑1 (MQ=255)
gATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTcc < 2:482357/93‑1 (MQ=255)
aTTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCt < 1:3364520/93‑1 (MQ=255)
ttCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGc < 2:3947892/93‑1 (MQ=255)
tCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCg < 2:487276/93‑1 (MQ=255)
cACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCgg > 2:2566956/1‑93 (MQ=255)
cACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCgg > 2:5868826/1‑93 (MQ=255)
aCCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGa > 1:3942487/1‑93 (MQ=255)
cccccGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGaa > 1:2232106/1‑93 (MQ=255)
cccGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATa < 1:5587956/93‑1 (MQ=255)
ccGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATAc < 2:3181102/93‑1 (MQ=255)
|
CAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATAC > NC_000913/3873896‑3874075
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCGC > NC_000913/3873896‑3874079
|
CAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACC < SRR4302534.2331269/94‑1 (MQ=60)
CAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACC > SRR4302534.3675495/1‑94 (MQ=60)
CAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACC < SRR4302534.3262034/94‑1 (MQ=60)
CAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGGGATTTCACCACCGCACC > SRR4302534.4162713/1‑94 (MQ=60)
AATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCT < SRR4302534.5521167/94‑1 (MQ=60)
AATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCT < SRR4302534.2158180/94‑1 (MQ=60)
ATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTT < SRR4302534.1865244/94‑1 (MQ=60)
ATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTT < SRR4302534.1970510/94‑1 (MQ=60)
ATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTT > SRR4302534.445773/1‑94 (MQ=60)
TCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTT < SRR4302534.265899/94‑1 (MQ=60)
TCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTT < SRR4302534.4330082/94‑1 (MQ=60)
CATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTG < SRR4302534.3050727/94‑1 (MQ=60)
ATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGT < SRR4302534.4782876/94‑1 (MQ=60)
ATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGT > SRR4302534.972759/1‑94 (MQ=60)
TTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTT < SRR4302534.2937170/94‑1 (MQ=60)
TTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTT < SRR4302534.1254033/94‑1 (MQ=60)
CGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAC > SRR4302534.5196044/1‑94 (MQ=60)
CGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAC > SRR4302534.6022558/1‑94 (MQ=60)
CGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAC < SRR4302534.1485806/94‑1 (MQ=60)
CGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAAC < SRR4302534.3476335/94‑1 (MQ=60)
GATATCGTTTTCCTGATCGCCATTCGCCATGATTTCTTCCGGGTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGAGTGCACCCCCGCACCTTTGGTAACG > SRR4302534.6640527/1‑94 (MQ=60)
GATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACG > SRR4302534.930655/1‑94 (MQ=60)
GATATCGTTGTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACG < SRR4302534.5322390/94‑1 (MQ=60)
TATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCG > SRR4302534.263703/1‑94 (MQ=60)
TCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTT > SRR4302534.2012366/1‑94 (MQ=60)
TCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTT < SRR4302534.2155021/94‑1 (MQ=60)
CGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTT < SRR4302534.4147747/94‑1 (MQ=60)
CGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTT < SRR4302534.1360515/94‑1 (MQ=60)
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TTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTAT > SRR4302534.5695889/1‑94 (MQ=60)
TTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTAT < SRR4302534.611296/94‑1 (MQ=60)
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ATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATT < SRR4302534.2585854/94‑1 (MQ=60)
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AATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACG < SRR4302534.785753/94‑1 (MQ=60)
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TACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGT < SRR4302534.679199/94‑1 (MQ=60)
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ACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGCCGCACTTTTCAGCACGGTA < SRR4302534.177219/94‑1 (MQ=60)
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AGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTT > SRR4302534.4021529/1‑94 (MQ=60)
AGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTT > SRR4302534.5398457/1‑94 (MQ=60)
AGTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTT > SRR4302534.2846839/1‑94 (MQ=60)
GTGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTC < SRR4302534.3221758/94‑1 (MQ=60)
TGATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCC < SRR4302534.4527392/94‑1 (MQ=60)
TTTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTG < SRR4302534.1632212/94‑1 (MQ=60)
ATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTG < SRR4302534.3454637/94‑1 (MQ=60)
ATTTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTG < SRR4302534.3803897/94‑1 (MQ=60)
TTCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCG < SRR4302534.4085128/94‑1 (MQ=60)
TCACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTAAGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGG > SRR4302534.5162621/1‑94 (MQ=60)
CACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGA > SRR4302534.4048063/1‑94 (MQ=60)
ACCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAA > SRR4302534.2291226/1‑94 (MQ=60)
CCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCTAGGAAGTACGGCGCACTTTTCATCACGGTATATTTCTCTTTCACTTGCTGCGGAAT > SRR4302534.659458/1‑94 (MQ=60)
CCCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAAT < SRR4302534.4383229/94‑1 (MQ=60)
CCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATA > SRR4302534.736166/1‑94 (MQ=60)
CCCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATA < SRR4302534.3026378/94‑1 (MQ=60)
CCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATAC > SRR4302534.1316244/1‑94 (MQ=60)
CCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATAC > SRR4302534.710633/1‑94 (MQ=60)
CCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATAC > SRR4302534.2333673/1‑94 (MQ=60)
CCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATAC > SRR4302534.6042074/1‑94 (MQ=60)
CCCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATAC < SRR4302534.5738996/94‑1 (MQ=60)
CCGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACG > SRR4302534.2354308/1‑94 (MQ=60)
CGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGC < SRR4302534.4741853/94‑1 (MQ=60)
CGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGC > SRR4302534.904063/1‑94 (MQ=60)
CGCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGC < SRR4302534.1223243/94‑1 (MQ=60)
GCACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCG < SRR4302534.5886808/94‑1 (MQ=60)
GCACCTTTGTNAACGCGTTTATCGNGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCG < SRR4302534.3072785/94‑1 (MQ=60)
CACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCGC > SRR4302534.46482/1‑94 (MQ=60)
CACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCGC < SRR4302534.3938102/94‑1 (MQ=60)
CACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCGC < SRR4302534.3327538/94‑1 (MQ=60)
CACCTTCGTTAACGCGTTTATCGAGGTTTTCGAGGAGGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGACTACGCGC > SRR4302534.3337452/1‑94 (MQ=60)
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CAATCATTGCGATATCGTTTTCCTGATCGCCAATCGCCATGATTTCTTCCGGTTTAATACCTAACACGTCGGCCAGTGATTTCACCCCCGTACCTTTGTTAACGCGTTTATCGAGGATTTCGAGGAAGTACGGCGCACTTTTCAGCACGGTATATTTCTCTTTCACTTCCTGCGGAATACGCGC > NC_000913/3873896‑3874079
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
