Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,059,768 |
A→G |
intergenic (+44/‑58) |
yihM → / → yihN |
hypothetical protein/putative resistance protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,059,768 | 0 | A | G | 100.0%
| 896.4
/ NA
| 252 | intergenic (+44/‑58) | yihM/yihN | hypothetical protein/putative resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (123/129); total (123/129) |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTA > NC_000913/4059678‑4059856
|
tactacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTg > 1:1893237/1‑93 (MQ=255)
actacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTgg > 1:4889927/1‑93 (MQ=255)
ctacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGt > 1:1326286/1‑93 (MQ=255)
ctacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGt > 2:4531205/1‑93 (MQ=255)
ctacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGt < 1:3470681/93‑1 (MQ=255)
ctacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGt > 2:2900587/1‑93 (MQ=255)
tacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTc > 2:5179661/1‑93 (MQ=255)
tacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTc < 1:1563909/93‑1 (MQ=255)
tacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTc > 2:1339162/1‑93 (MQ=255)
aacaaATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGt < 2:1117926/93‑1 (MQ=255)
caaATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTAt < 1:844891/93‑1 (MQ=255)
aaaTCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATc > 2:6386868/1‑93 (MQ=255)
aaaTCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATc < 2:716800/93‑1 (MQ=255)
aaTCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCt > 1:4734956/1‑93 (MQ=255)
aTCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCtt < 1:6121594/93‑1 (MQ=255)
tCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTa < 2:4174776/93‑1 (MQ=255)
tCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTa > 1:88224/1‑93 (MQ=255)
tCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTa < 2:4453952/93‑1 (MQ=255)
cAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTAt > 2:4242311/1‑93 (MQ=255)
aaaCAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTAtt > 2:5011433/1‑93 (MQ=255)
aaaCAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTAtt < 1:5406628/93‑1 (MQ=255)
aCAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGc > 2:5144443/1‑93 (MQ=255)
cAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGcc < 1:2365903/93‑1 (MQ=255)
cAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGcc < 2:6113638/93‑1 (MQ=255)
aaGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCt > 2:3256578/1‑93 (MQ=255)
agagGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCtt < 1:6168525/93‑1 (MQ=255)
agagGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCtt < 2:848019/93‑1 (MQ=255)
agagGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCtt < 2:6420428/93‑1 (MQ=255)
gagGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCttt > 2:1986962/1‑93 (MQ=255)
agGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTa < 1:4941159/93‑1 (MQ=255)
gCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTaaa < 2:2114650/93‑1 (MQ=255)
aaaCCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAAc > 1:2551237/1‑93 (MQ=255)
aaaCCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAAc < 2:1291064/93‑1 (MQ=255)
aaCCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACa < 1:4625699/93‑1 (MQ=255)
aaCCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACa > 2:3961174/1‑93 (MQ=255)
aaCCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACa > 1:4083438/1‑93 (MQ=255)
ccATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGt < 2:1164896/93‑1 (MQ=255)
ccATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGt > 2:3183512/1‑93 (MQ=255)
ccATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGt > 2:4061135/1‑93 (MQ=255)
cATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTg < 2:3459779/93‑1 (MQ=255)
aTCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGa > 1:3320286/1‑93 (MQ=255)
tcttctGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAt > 2:4110318/1‑93 (MQ=255)
tcttctGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAt > 1:1417580/1‑93 (MQ=255)
cttctGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAtt < 2:3568195/93‑1 (MQ=255)
ttctGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAttt > 1:5719402/1‑93 (MQ=255)
ttctGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAttt < 2:1078952/93‑1 (MQ=255)
ttctGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAttt < 1:220576/93‑1 (MQ=255)
tGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTaa > 1:1500295/1‑93 (MQ=255)
ccACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACCGTGATTTTAAAAAt > 2:5275016/1‑93 (MQ=255)
ccACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAAt < 1:4032634/93‑1 (MQ=255)
cACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATc > 1:1158599/1‑93 (MQ=255)
cACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATc < 2:5765585/93‑1 (MQ=255)
aCTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCg > 2:657883/1‑93 (MQ=255)
aCTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCg > 2:4805070/1‑93 (MQ=255)
aCTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCg > 1:3819462/1‑93 (MQ=255)
taataaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCt < 1:2979268/93‑1 (MQ=255)
aataaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCtt > 1:6249547/1‑93 (MQ=255)
ataaGTTTTAACTCATACGCAGTGAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTa < 2:2679751/93‑1 (MQ=255)
taaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAg > 2:4927376/1‑93 (MQ=255)
taaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAg < 2:2457624/93‑1 (MQ=255)
taaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAg < 1:3930172/93‑1 (MQ=255)
aaGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAgg > 1:4257694/1‑93 (MQ=255)
aGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAggg < 2:3737230/93‑1 (MQ=255)
aGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAggg < 2:162771/93‑1 (MQ=255)
gTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAgggg > 2:1767442/1‑93 (MQ=255)
ttttAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGa < 1:2131270/93‑1 (MQ=255)
ttACCTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATg < 1:2050214/93‑1 (MQ=255)
ttAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATg < 2:5673425/93‑1 (MQ=255)
aaCTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGtt > 2:5399993/1‑93 (MQ=255)
cTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTAt < 2:476074/93‑1 (MQ=255)
cTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTAt < 1:2289660/93‑1 (MQ=255)
tCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATg < 2:4963372/93‑1 (MQ=255)
cATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGc > 1:2773815/1‑93 (MQ=255)
cATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGc > 1:3864303/1‑93 (MQ=255)
cATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGc > 2:5280266/1‑93 (MQ=255)
tACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTc > 2:5650136/1‑93 (MQ=255)
cGCAGTTAATAAAACCATTCCATATAAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCAc > 1:3555733/1‑93 (MQ=255)
gTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaa > 2:4568934/1‑93 (MQ=255)
gTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaa > 2:2524900/1‑93 (MQ=255)
taataaAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGaaaaa < 2:4892506/93‑1 (MQ=255)
ataaAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGa > 2:5202402/1‑93 (MQ=255)
ataaAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGa > 1:5164734/1‑93 (MQ=255)
aaaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGGTGTTATGCTCACGAAAAAGaaaa > 2:3912810/1‑92 (MQ=255)
aaaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAAt < 2:6171176/93‑1 (MQ=255)
aaaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAAt > 2:158810/1‑93 (MQ=255)
aaaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAAt < 1:3691578/93‑1 (MQ=255)
aaaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAAt > 1:2244439/1‑93 (MQ=255)
aaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATg < 1:5366813/93‑1 (MQ=255)
aaCCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATg > 1:341178/1‑93 (MQ=255)
ccATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATggg < 1:6203183/93‑1 (MQ=255)
cATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGc > 2:598/1‑93 (MQ=255)
ttCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGt < 2:3768419/93‑1 (MQ=255)
ttCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGt < 2:2132164/93‑1 (MQ=255)
ttCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGt < 1:5782504/93‑1 (MQ=255)
ttCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGt < 1:299537/93‑1 (MQ=255)
ttCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGt > 1:1208365/1‑93 (MQ=255)
ccATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTa < 1:5944860/93‑1 (MQ=255)
tatGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTAttt > 2:4462743/1‑93 (MQ=255)
tatGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTAttt < 1:514782/93‑1 (MQ=255)
atGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTa < 2:3052069/93‑1 (MQ=255)
|
TACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTA > NC_000913/4059678‑4059856
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTA > NC_000913/4059676‑4059861
|
CGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGT < SRR4302534.2871356/94‑1 (MQ=60)
GTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAACCCATTCCATATGAGTG < SRR4302534.1490462/94‑1 (MQ=60)
GTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTG > SRR4302534.1942621/1‑94 (MQ=60)
TACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGG < SRR4302534.1774181/94‑1 (MQ=60)
TACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGG > SRR4302534.5022517/1‑94 (MQ=60)
ACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGT > SRR4302534.1361241/1‑94 (MQ=60)
CTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTC < SRR4302534.3563965/94‑1 (MQ=60)
CTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTC < SRR4302534.1309364/94‑1 (MQ=60)
TACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCG > SRR4302534.2269175/1‑94 (MQ=60)
TACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCG < SRR4302534.1604837/94‑1 (MQ=60)
ACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGG > SRR4302534.5049546/1‑94 (MQ=60)
CAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATC > SRR4302534.6049018/1‑94 (MQ=60)
CAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATC < SRR4302534.866181/94‑1 (MQ=60)
AAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCT > SRR4302534.4863515/1‑94 (MQ=60)
ATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTA < SRR4302534.6288105/94‑1 (MQ=60)
ATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTA > SRR4302534.90574/1‑94 (MQ=60)
TCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTAT > SRR4302534.5354735/1‑94 (MQ=60)
CAAACAAGAGGCAATCCATCTTCTGAACCACTAATAAGTGTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATT < SRR4302534.3554221/94‑1 (MQ=60)
CAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATT < SRR4302534.4407555/94‑1 (MQ=60)
CAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATT < SRR4302534.125051/94‑1 (MQ=60)
AAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTG < SRR4302534.5552107/94‑1 (MQ=60)
AAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTG < SRR4302534.4165267/94‑1 (MQ=60)
AAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTC‑‑ACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGGATCTTATTGCC > SRR4302534.5454102/1‑94 (MQ=60)
CAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCT < SRR4302534.2428717/94‑1 (MQ=60)
AAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTT < SRR4302534.2584445/94‑1 (MQ=60)
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AGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTT < SRR4302534.3301586/94‑1 (MQ=60)
AGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTT < SRR4302534.6336297/94‑1 (MQ=60)
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CAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAAC > SRR4302534.1979693/1‑94 (MQ=60)
CAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAAC > SRR4302534.2618877/1‑94 (MQ=60)
AAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACA > SRR4302534.2219648/1‑94 (MQ=60)
AAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACA > SRR4302534.4193073/1‑94 (MQ=60)
AAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACA > SRR4302534.436219/1‑94 (MQ=60)
AAAACATCTTCTGAACCACCAATAAGGTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAAACATTCCATATGAGTGGTCGGGATCTTATTGTCTTTTAAACA > SRR4302534.4719753/1‑94 (MQ=60)
AACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAG < SRR4302534.4751204/94‑1 (MQ=60)
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CCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTG < SRR4302534.4859936/94‑1 (MQ=60)
CATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGA > SRR4302534.3409065/1‑94 (MQ=60)
ATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGAT > SRR4302534.1454872/1‑94 (MQ=60)
TCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATT < SRR4302534.6259529/94‑1 (MQ=60)
CTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTT > SRR4302534.5874358/1‑94 (MQ=60)
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TATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTA < SRR4302534.527588/94‑1 (MQ=60)
ATGAGTGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAG < SRR4302534.392108/94‑1 (MQ=60)
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|
CGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTA > NC_000913/4059676‑4059861
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
