Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,354,595 |
A→G |
L534P (CTG→CCG) |
cadA ← |
lysine decarboxylase 1 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,354,595 | 0 | A | G | 100.0%
| 686.1
/ NA
| 198 | L534P (CTG→CCG) | cadA | lysine decarboxylase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (104/94); total (104/94) |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
AGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCT > NC_000913/4354505‑4354683
|
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ggTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggca > 1:1305749/1‑93 (MQ=255)
ggTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggca < 2:4650978/93‑1 (MQ=255)
gTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggcag < 2:6222017/93‑1 (MQ=255)
gTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAAcggcag > 2:5158566/1‑93 (MQ=255)
tCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGt < 2:2389660/93‑1 (MQ=255)
tCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGt > 1:197488/1‑93 (MQ=255)
tCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGt < 1:657398/93‑1 (MQ=255)
cAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGtt < 2:3040839/93‑1 (MQ=255)
cAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGtt < 2:1243365/93‑1 (MQ=255)
cAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGtt < 1:5051813/93‑1 (MQ=255)
cAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGtt > 1:3305335/1‑93 (MQ=255)
aGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTta < 2:5876983/93‑1 (MQ=255)
gTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTtata < 1:4522122/93‑1 (MQ=255)
tCGAACGCACGTTTAAATTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATAc < 1:5433840/93‑1 (MQ=255)
cGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACg > 1:481714/1‑93 (MQ=255)
cGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACg > 2:6348493/1‑93 (MQ=255)
gAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACgg > 2:638148/1‑93 (MQ=255)
gAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACgg > 2:1895807/1‑93 (MQ=255)
aaCGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACggg > 2:3710785/1‑92 (MQ=255)
aaCGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGa > 2:2680007/1‑93 (MQ=255)
aaCGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGa > 2:2196209/1‑93 (MQ=255)
aaCGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGa > 1:5996337/1‑93 (MQ=255)
aCGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGAc > 2:5681804/1‑93 (MQ=255)
cGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGAcc > 1:3836440/1‑93 (MQ=255)
cGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGAcc < 1:6405147/93‑1 (MQ=255)
cGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGAcc < 2:4283717/93‑1 (MQ=255)
gCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCg < 1:268955/93‑1 (MQ=255)
aCGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGt > 1:3636510/1‑93 (MQ=255)
aCGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGt > 2:2859166/1‑93 (MQ=255)
aCGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGt < 2:1515810/93‑1 (MQ=255)
cGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGtt < 2:1469746/93‑1 (MQ=255)
gTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGttt < 1:5797661/93‑1 (MQ=255)
gTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGttt < 1:5714334/93‑1 (MQ=255)
gTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGttt < 1:1382960/93‑1 (MQ=255)
tttAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGtttt > 2:3984194/1‑93 (MQ=255)
tttAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGtttt < 2:5466549/93‑1 (MQ=255)
tAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTtct > 1:3156070/1‑93 (MQ=255)
gtcagtcaGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTcaac < 1:861747/93‑1 (MQ=255)
cagtcagAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTcaacaa < 2:4390391/93‑1 (MQ=255)
gtcagAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACATGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCaacaact > 2:6176399/1‑92 (MQ=255)
gtcagAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACg > 1:5395188/1‑93 (MQ=255)
gccagAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACg > 1:6180685/3‑93 (MQ=255)
tcagAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGa < 2:3187574/93‑1 (MQ=255)
tcagAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGa < 1:222643/93‑1 (MQ=255)
cagAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGAt < 2:1832888/93‑1 (MQ=255)
gagCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGc < 2:4791849/93‑1 (MQ=255)
cggCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGc > 1:6178092/3‑93 (MQ=255)
agCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGATATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGcc > 1:1407871/1‑93 (MQ=255)
gCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCa < 1:1847201/93‑1 (MQ=255)
aCGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATg > 1:2732704/1‑93 (MQ=255)
aCGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATg > 2:5767431/1‑93 (MQ=255)
cGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGCCCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGt < 1:5462758/93‑1 (MQ=255)
cGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGt > 2:2900443/1‑93 (MQ=255)
gcagcaGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGtt < 2:1704364/93‑1 (MQ=255)
cagcagGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTtc > 1:2583369/1‑93 (MQ=255)
cagcagGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTtc < 2:1043025/93‑1 (MQ=255)
cagcagGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTtc < 2:2323138/93‑1 (MQ=255)
agcagGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTtcg > 1:225247/1‑93 (MQ=255)
gcagGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTtcgt < 2:3528881/93‑1 (MQ=255)
gcagGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAAAAACGATGCCATTTtcgt > 2:3247625/1‑93 (MQ=255)
ggCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTtcgtcgg > 2:5840496/1‑92 (MQ=255)
ggCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGa < 2:4448926/93‑1 (MQ=255)
ggCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGGTCGTCGa > 1:488352/1‑93 (MQ=255)
gCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAg < 2:5339906/93‑1 (MQ=255)
gCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAg > 1:950755/1‑93 (MQ=255)
cTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAgg < 2:1295569/93‑1 (MQ=255)
tCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGt > 1:147920/1‑93 (MQ=255)
aGTGCTTTGGTCTTATCGATCCCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAt < 1:5535257/93‑1 (MQ=255)
aGTGCTGTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAt < 1:246528/93‑1 (MQ=255)
gTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAtt < 1:5620365/93‑1 (MQ=255)
gTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAtt > 1:4097238/1‑93 (MQ=255)
gTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAtt > 1:444324/1‑93 (MQ=255)
tGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAttt < 1:5854968/93‑1 (MQ=255)
tGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAttt < 1:3036625/93‑1 (MQ=255)
tGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTAttt < 2:2450052/93‑1 (MQ=255)
cTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCg > 2:3483183/1‑93 (MQ=255)
cTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCg > 1:5498522/1‑93 (MQ=255)
tttGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGc > 1:4273625/1‑93 (MQ=255)
ttGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGcc < 1:6065060/93‑1 (MQ=255)
cTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGAt < 1:5772700/93‑1 (MQ=255)
ttATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATg > 1:2800422/1‑93 (MQ=255)
ttATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATg > 1:808712/1‑93 (MQ=255)
aTCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCt < 2:2597810/93‑1 (MQ=255)
gATACCGATGCTGCACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGATTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCCAGGTATTTCGCCACGATGCTGGc > 1:3015934/1‑93 (MQ=255)
gATACCGATGCTGAACAGGAGCGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGc < 1:1115238/93‑1 (MQ=255)
gATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGc < 2:2814920/93‑1 (MQ=255)
aTACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGcc > 2:1786308/1‑93 (MQ=255)
tACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCg > 2:496189/1‑93 (MQ=255)
ccGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGa > 2:1989560/1‑93 (MQ=255)
aTGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATa < 2:1626487/93‑1 (MQ=255)
aTGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATa < 2:3847525/93‑1 (MQ=255)
aTGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATa > 2:3453521/1‑93 (MQ=255)
tGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATAc < 1:1184793/93‑1 (MQ=255)
gCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTTGCCACGATGCTGGCCGGAATAcc > 2:1536202/1‑93 (MQ=255)
gCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATAcc < 1:2047403/93‑1 (MQ=255)
cTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCa > 2:410347/1‑93 (MQ=255)
acaggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGt < 1:4198004/93‑1 (MQ=255)
caggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTc < 1:6040741/93‑1 (MQ=255)
ggaacggCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGc > 1:5876388/1‑93 (MQ=255)
|
AGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCT > NC_000913/4354505‑4354683
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATGG > NC_000913/4354504‑4354688
|
CAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGC > SRR4302534.1393238/1‑94 (MQ=60)
CAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGC > SRR4302534.497230/1‑94 (MQ=60)
CAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGC < SRR4302534.5048985/94‑1 (MQ=60)
AGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCA < SRR4302534.3334888/94‑1 (MQ=60)
AGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCA > SRR4302534.1340189/1‑94 (MQ=60)
AGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCA > SRR4302534.3094960/1‑94 (MQ=60)
AGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCA > SRR4302534.832952/1‑94 (MQ=60)
TGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAG > SRR4302534.1146429/1‑94 (MQ=60)
GGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAG < SRR4302534.6196239/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGT > SRR4302534.202672/1‑94 (MQ=60)
TCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTT < SRR4302534.673399/94‑1 (MQ=60)
TCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTT < SRR4302534.4617301/94‑1 (MQ=60)
TCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTT > SRR4302534.3393572/1‑94 (MQ=60)
CAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTA < SRR4302534.5188240/94‑1 (MQ=60)
AGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTAT > SRR4302534.2697412/1‑94 (MQ=60)
AGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTAT < SRR4302534.5619071/94‑1 (MQ=60)
AGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTAT > SRR4302534.558836/1‑94 (MQ=60)
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CGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAAT > SRR4302534.5421863/1‑94 (MQ=60)
CGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAAT < SRR4302534.555730/94‑1 (MQ=60)
CGATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAAT > SRR4302534.3886340/1‑94 (MQ=60)
ATGCTGAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATAC > SRR4302534.6347038/1‑94 (MQ=60)
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GAACAGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAG < SRR4302534.2087114/94‑1 (MQ=60)
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AGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGC > SRR4302534.2302154/1‑94 (MQ=60)
AGGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGC > SRR4302534.6035930/1‑94 (MQ=60)
GGAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCT < SRR4302534.4077885/94‑1 (MQ=60)
GAACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTG < SRR4302534.5818752/94‑1 (MQ=60)
AACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCA > SRR4302534.2863890/1‑94 (MQ=60)
ACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCAT < SRR4302534.2086901/94‑1 (MQ=60)
ACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCAT < SRR4302534.1842020/94‑1 (MQ=60)
ACGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGAATTTCGCCACGATGCTGGACGGAATACCAAAGTCGgtcct > SRR4302534.4814259/1‑89 (MQ=60)
CGGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATG < SRR4302534.283437/94‑1 (MQ=60)
GGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATGG < SRR4302534.2236484/94‑1 (MQ=60)
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CAGGTTCAGGTCGAACGCACGTTTAAAGTCAGTCAGAGCACGCAGCAGGCTCAGTGCTTTGGTCTTATCGATACCGATGCTGAACAGGAACAGCAGGTTATACGGACCGGTTTTCTCAACAACGATGCCATGTTCGTCGAGGTATTTCGCCACGATGCTGGCCGGAATACCAAAGTCGCTCATGG > NC_000913/4354504‑4354688
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
