Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,362,298 |
T→C |
Q108R (CAG→CGG) |
dsbD ← |
thiol:disulfide interchange protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,362,298 | 0 | T | C | 99.4%
| 1164.7
/ NA
| 344 | Q108R (CAG→CGG) | dsbD | thiol:disulfide interchange protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base C (193/148); minor base G (0/2); total (193/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
AACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGC > NC_000913/4362208‑4362387
|
acggaacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGt > 2:7170146/1‑93 (MQ=255)
cggaacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGtt > 2:4161781/1‑93 (MQ=255)
cggaacggTTTTGGTATATGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACCGCCCTGGTAGGTGACAGTAAACGTCGCTCCCGAACTCGCCCGGtt < 2:7823957/93‑1 (MQ=255)
ggaacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTg > 2:7913910/1‑93 (MQ=255)
ggaacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTg > 1:5449860/1‑93 (MQ=255)
ggaacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTg > 2:1952823/1‑93 (MQ=255)
gaacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGa > 1:6286549/1‑93 (MQ=255)
gaacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGa > 1:8661745/1‑93 (MQ=255)
aacggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGAt > 1:717069/1‑93 (MQ=255)
cggTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATgg > 1:8464579/1‑93 (MQ=255)
gTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGTTGGTg > 2:7348724/1‑93 (MQ=255)
gTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTACCGCACTCGCCCGGTTGATGGTg > 1:4435035/1‑93 (MQ=255)
ttttGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGa > 2:3935485/1‑93 (MQ=255)
ttttGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGCCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGa > 1:8181102/1‑93 (MQ=255)
tttGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGAc > 1:2877268/1‑93 (MQ=255)
ttGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACg > 2:5738164/1‑93 (MQ=255)
ttGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACg > 1:5791325/1‑93 (MQ=255)
ttGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACg < 1:3959459/93‑1 (MQ=255)
ggTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACggg > 2:4963922/1‑93 (MQ=255)
gTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGa < 2:5636986/93‑1 (MQ=255)
gTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGa < 2:4214424/93‑1 (MQ=255)
tttCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGaa < 1:1611119/93‑1 (MQ=255)
tCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGc > 1:6154338/1‑93 (MQ=255)
tGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCgc > 2:4091490/1‑92 (MQ=255)
tGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGt < 1:2134504/93‑1 (MQ=255)
cGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAg < 2:7440734/93‑1 (MQ=255)
ggATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGc < 2:3161303/93‑1 (MQ=255)
gATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGcc > 1:3777055/1‑93 (MQ=255)
tAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGa > 1:4923639/1‑93 (MQ=255)
aCAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATc > 1:7762927/1‑93 (MQ=255)
aGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATcgc > 1:1692392/1‑93 (MQ=255)
aGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATcgc > 1:3207741/1‑93 (MQ=255)
gAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATcgcg < 2:1072741/93‑1 (MQ=255)
gAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATcgcg > 1:6540755/1‑93 (MQ=255)
aaaCCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCgg > 2:1723302/1‑93 (MQ=255)
aaCCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCgga > 2:1280580/1‑92 (MQ=255)
aaCCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGt < 2:2384845/93‑1 (MQ=255)
cGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTaaa > 2:7634024/1‑93 (MQ=255)
ggCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAAt > 2:883704/1‑93 (MQ=255)
gCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAAtc < 1:6940724/93‑1 (MQ=255)
cATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAAtct < 2:215319/93‑1 (MQ=255)
aTCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAAtctc > 1:7904639/1‑93 (MQ=255)
cAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGc < 1:5677698/93‑1 (MQ=255)
aGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCt > 1:3419371/1‑93 (MQ=255)
aGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCt > 1:4095417/1‑93 (MQ=255)
gCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtt > 1:6063731/1‑93 (MQ=255)
gCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtt < 2:8484367/93‑1 (MQ=255)
gCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCtt > 1:4162402/1‑93 (MQ=255)
caGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTGGCTTTTg > 1:6888280/1‑93 (MQ=255)
caGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTg > 2:3878761/1‑93 (MQ=255)
aGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGc < 1:8025815/93‑1 (MQ=255)
aGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGc < 1:8136176/93‑1 (MQ=255)
aGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGc > 1:3702696/1‑93 (MQ=255)
gCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGcc > 1:928721/1‑93 (MQ=255)
gCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGcc > 2:3669943/1‑93 (MQ=255)
tGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTaa > 1:3930349/1‑93 (MQ=255)
ggTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTaaa > 1:2604667/1‑93 (MQ=255)
ggTAGGTCACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTaaa < 2:3521291/93‑1 (MQ=255)
gTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTaaaa > 1:668427/1‑93 (MQ=255)
gTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTaaaa < 2:3251143/93‑1 (MQ=255)
tAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAAc > 2:2840484/1‑93 (MQ=255)
ggTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTc < 2:7144213/93‑1 (MQ=255)
ggTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTc > 2:5811280/1‑93 (MQ=255)
ggTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTc > 2:5615690/1‑93 (MQ=255)
gTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCa > 2:6948482/1‑93 (MQ=255)
gTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCa < 1:6591204/93‑1 (MQ=255)
tGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCAt > 1:7041398/1‑93 (MQ=255)
gACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATc < 2:2581807/93‑1 (MQ=255)
aCAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCt > 2:7540555/1‑93 (MQ=255)
aCAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCAGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCt < 1:5262788/93‑1 (MQ=255)
aGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTc > 1:130160/1‑93 (MQ=255)
gTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTct > 1:7656230/1‑92 (MQ=255)
gTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCa > 1:7479624/1‑93 (MQ=255)
ttAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCAt > 1:1160187/1‑93 (MQ=255)
ttAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCAt > 1:2751736/1‑93 (MQ=255)
ttAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCAt < 1:2394210/93‑1 (MQ=255)
tAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCATCAGCCGAACGCGGTTAATCTCGCTTTTGACGTAAGACTCATCTTCAta > 2:4488087/1‑92 (MQ=255)
cGTCGCTCCCGCCCTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAGTCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCa < 2:5496410/93‑1 (MQ=255)
cGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCa > 1:5322809/1‑93 (MQ=255)
tCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGa > 1:4752806/1‑93 (MQ=255)
gcccccGCCCTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGCCg < 2:6309989/90‑1 (MQ=255)
tCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGcc > 1:5031250/1‑93 (MQ=255)
tCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGcc < 1:4842385/93‑1 (MQ=255)
ccGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCtt > 1:4054653/1‑93 (MQ=255)
ccGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCtt < 1:2980805/93‑1 (MQ=255)
cGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTg < 2:6663330/93‑1 (MQ=255)
gCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGc < 2:5925472/93‑1 (MQ=255)
gCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGc < 1:2014046/93‑1 (MQ=255)
gCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGc > 1:880843/1‑93 (MQ=255)
ccccTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGc < 2:875917/90‑1 (MQ=255)
cACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCg < 2:2482055/93‑1 (MQ=255)
cACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCg < 1:4244805/93‑1 (MQ=255)
cACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCg > 2:8263064/1‑93 (MQ=255)
aCTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCgg > 2:3723562/1‑93 (MQ=255)
cTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGGAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACACCTTGCGGc > 2:3106227/1‑93 (MQ=255)
ccGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCa < 1:3303720/92‑1 (MQ=255)
cGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAg < 2:5075056/93‑1 (MQ=255)
gCCGGGTGGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGc < 2:4679544/93‑1 (MQ=255)
gCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGc < 1:3057851/93‑1 (MQ=255)
gCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGc < 2:1398334/93‑1 (MQ=255)
|
AACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGC > NC_000913/4362208‑4362387
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 211 total aligned reads displayed.
CTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCA > NC_000913/4362205‑4362391
|
CTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCC < SRR4302541.1348475/94‑1 (MQ=60)
TTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCG < SRR4302541.15964/94‑1 (MQ=60)
TTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCG > SRR4302541.6447597/1‑94 (MQ=60)
TAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGG > SRR4302541.2465700/1‑94 (MQ=60)
ACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAATGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTT > SRR4302541.6713910/1‑94 (MQ=60)
ACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTT > SRR4302541.3186434/1‑94 (MQ=60)
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AGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGAG > SRR4302541.5697333/1‑94 (MQ=60)
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AAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGA > SRR4302541.2121959/1‑94 (MQ=60)
AACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTA > SRR4302541.3997414/1‑94 (MQ=60)
AACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTA > SRR4302541.2663407/1‑94 (MQ=60)
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GGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATC > SRR4302541.3939077/1‑94 (MQ=60)
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TGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAA > SRR4302541.2630734/1‑94 (MQ=60)
GGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAA < SRR4302541.3910762/94‑1 (MQ=60)
GGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAA > SRR4302541.674730/1‑94 (MQ=60)
GTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAAC > SRR4302541.4170352/1‑94 (MQ=60)
TAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACT < SRR4302541.5108863/94‑1 (MQ=60)
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GGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCA < SRR4302541.3263577/94‑1 (MQ=60)
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GTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCAT < SRR4302541.3749045/94‑1 (MQ=60)
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CAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTC < SRR4302541.8122103/94‑1 (MQ=60)
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GTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCAT > SRR4302541.1171320/1‑94 (MQ=60)
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GTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCAT > SRR4302541.2779381/1‑94 (MQ=60)
GTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCAT < SRR4302541.8243148/94‑1 (MQ=60)
GTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCAT < SRR4302541.220764/94‑1 (MQ=60)
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TTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATG < SRR4302541.916866/94‑1 (MQ=60)
TTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATG < SRR4302541.2417644/94‑1 (MQ=60)
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TAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGC < SRR4302541.542766/94‑1 (MQ=60)
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TAACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGC < SRR4302541.4840550/94‑1 (MQ=60)
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ACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCA > SRR4302541.5377592/1‑94 (MQ=60)
ACGTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCA < SRR4302541.919012/94‑1 (MQ=60)
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GTCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGA > SRR4302541.1811177/1‑94 (MQ=60)
TCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGAC < SRR4302541.3745545/94‑1 (MQ=60)
TCGCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGAC < SRR4302541.4263200/94‑1 (MQ=60)
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GCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGC < SRR4302541.8791289/94‑1 (MQ=60)
GCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGC > SRR4302541.1667810/1‑94 (MQ=60)
GCTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGC > SRR4302541.8424282/1‑94 (MQ=60)
CTCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCC > SRR4302541.5083002/1‑94 (MQ=60)
TCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCT < SRR4302541.4891749/94‑1 (MQ=60)
TCCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCT > SRR4302541.665061/1‑94 (MQ=60)
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CCCGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTT > SRR4302541.4094661/1‑94 (MQ=60)
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CGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATTGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGC > SRR4302541.7996267/1‑94 (MQ=60)
CGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGC < SRR4302541.7098258/94‑1 (MQ=60)
CGCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGC > SRR4302541.888890/1‑94 (MQ=60)
GCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCG < SRR4302541.8060516/94‑1 (MQ=60)
GCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCG < SRR4302541.2479209/94‑1 (MQ=60)
GCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCG < SRR4302541.1202700/94‑1 (MQ=60)
GCACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCG < SRR4302541.2033548/94‑1 (MQ=60)
CACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGG < SRR4302541.4287184/94‑1 (MQ=60)
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ACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGC > SRR4302541.4894645/1‑94 (MQ=60)
ACTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTAGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATACCAGACGCCTTGCGGA > SRR4302541.7965257/1‑94 (MQ=60)
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CTCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCA > SRR4302541.4370677/1‑94 (MQ=60)
TCGCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAG < SRR4302541.2808119/94‑1 (MQ=60)
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GCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCT > SRR4302541.4058630/1‑94 (MQ=60)
GCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCT < SRR4302541.3298655/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCT < SRR4302541.4078124/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCT < SRR4302541.3088827/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCT > SRR4302541.4598074/1‑94 (MQ=60)
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CGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCA < SRR4302541.4500442/94‑1 (MQ=60)
CGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCA > SRR4302541.6467101/1‑94 (MQ=60)
CGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCA < SRR4302541.725858/94‑1 (MQ=60)
CGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCA > SRR4302541.4158608/1‑94 (MQ=60)
|
CTTAACGGAACGGTTTTGGTTTCTGGCGGATAACAGAAACCGGCATCAGCACAGCCCTGGTAGGTGACAGTTAACGTCGCTCCCGCACTCGCCTGGTTGATGGTGACGGGAAGCGTCAGCCGATCGCGGTAAATCTCGCTTTTGCCGTAAAACTCATCTTCATGCCAGACGCCTTGCGGCAGCTGCA > NC_000913/4362205‑4362391
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
