Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,477,321 |
Δ1 bp |
coding (12/1182 nt) |
yjgN → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,477,321 | 0 | A | . | 100.0%
| 632.7
/ NA
| 134 | coding (12/1182 nt) | yjgN | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (78/56); total (78/56) |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
AACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACG > NC_000913/4477232‑4477408
|
aaCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTcc > 1:2692202/1‑93 (MQ=255)
aCATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCg > 1:3933378/1‑93 (MQ=255)
aTTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTc < 2:5207563/93‑1 (MQ=255)
aTTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTc < 2:3306719/93‑1 (MQ=255)
ttttACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTcc > 2:3670787/1‑93 (MQ=255)
tACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAt > 1:4377176/1‑93 (MQ=255)
aCTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAtt > 1:3844085/1‑93 (MQ=255)
aCTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAtt < 2:433426/93‑1 (MQ=255)
aCTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCAtt < 1:2224878/93‑1 (MQ=255)
tgtctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCg > 1:5828487/1‑93 (MQ=255)
tctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtt > 1:3767924/1‑93 (MQ=255)
tctgtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtt > 1:3003072/1‑93 (MQ=255)
gtATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgt > 2:1350966/1‑93 (MQ=255)
tatatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgtt < 2:883176/93‑1 (MQ=255)
tatatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCgtttgtt > 1:2147415/1‑93 (MQ=255)
tatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGtttt > 1:2429569/1‑93 (MQ=255)
tatataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGtttt < 2:2131127/93‑1 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTc > 2:5528447/1‑93 (MQ=255)
tataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTc < 2:6066183/93‑1 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa > 1:635974/1‑93 (MQ=255)
ataAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCa > 2:273144/1‑93 (MQ=255)
taAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCAt < 1:4698392/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATg < 1:2456558/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATg > 1:330617/1‑93 (MQ=255)
aaGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGGTTTTCATg < 1:6268155/93‑1 (MQ=255)
aGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATgg < 2:1024515/93‑1 (MQ=255)
gTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGt > 1:6257213/1‑93 (MQ=255)
ttATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTa < 2:2064711/93‑1 (MQ=255)
atatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACa < 2:4566690/93‑1 (MQ=255)
atatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACa > 1:395117/1‑93 (MQ=255)
atatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACa > 1:3700611/1‑93 (MQ=255)
tatCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAg > 1:3376142/1‑93 (MQ=255)
atCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGttttt > 2:4581739/1‑82 (MQ=255)
atCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGttttt < 1:4581739/82‑1 (MQ=255)
atCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAgg > 2:4359524/1‑93 (MQ=255)
tCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGt < 1:3201859/93‑1 (MQ=255)
tCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGt > 2:6133716/1‑93 (MQ=255)
cAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTg < 2:2088237/93‑1 (MQ=255)
cAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTg > 2:4986189/1‑93 (MQ=255)
aaTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTga < 2:5731958/93‑1 (MQ=255)
aTGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgag < 1:1518616/93‑1 (MQ=255)
ggATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagag < 1:1302882/93‑1 (MQ=255)
ggATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagag > 2:2760608/1‑93 (MQ=255)
gATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTgagaga < 2:3959549/93‑1 (MQ=255)
ttttAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATAtt < 2:5331825/93‑1 (MQ=255)
ttaattCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATAtttt < 1:1745709/89‑1 (MQ=255)
taattCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTc > 2:1812408/4‑93 (MQ=255)
aattCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCt > 2:462072/3‑93 (MQ=255)
attCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCtt > 1:4286894/2‑93 (MQ=255)
attCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCtt > 2:2334704/2‑93 (MQ=255)
attCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCtt > 2:5594121/2‑93 (MQ=255)
attCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCtt < 1:556318/92‑1 (MQ=255)
attCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCtt < 1:4707446/92‑1 (MQ=255)
ttCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTa < 2:3012775/93‑1 (MQ=255)
tCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAt > 2:3466893/1‑93 (MQ=255)
aGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAttt > 1:6260222/1‑93 (MQ=255)
aGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAttt > 2:6239480/1‑93 (MQ=255)
aGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAttt > 1:5287204/1‑93 (MQ=255)
aGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAttt > 2:6239481/1‑93 (MQ=255)
aGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTAttt > 1:378619/1‑93 (MQ=255)
gAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgtg > 2:2647962/1‑93 (MQ=255)
aaTTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgtgt > 1:140385/1‑93 (MQ=255)
aaTTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgtgt > 1:2910878/1‑93 (MQ=255)
aaTTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgtgt > 1:5434574/1‑93 (MQ=255)
aTTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTGCGTCCCATTAGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTtgtgtg > 1:4859394/1‑93 (MQ=255)
tttttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTgtgg > 1:217721/1‑93 (MQ=255)
tttttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTgtgg < 1:5364249/93‑1 (MQ=255)
tttttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTgtgg > 1:1670184/1‑93 (MQ=255)
ttttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTgtggt < 2:3171722/93‑1 (MQ=255)
ttttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAAAGATATTTTCTTATTTGTgtggt < 1:172597/93‑1 (MQ=255)
ttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGa > 1:5507626/1‑93 (MQ=255)
ttATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGa < 2:503322/93‑1 (MQ=255)
tATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGaa < 1:5415115/93‑1 (MQ=255)
aTGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAt > 1:6369120/1‑93 (MQ=255)
ggCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtgt > 2:5047258/1‑93 (MQ=255)
gCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtgtg < 1:940531/93‑1 (MQ=255)
gCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtgtg < 1:5722513/93‑1 (MQ=255)
gCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtgtg < 2:5177305/93‑1 (MQ=255)
cTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATgtgt > 2:850002/1‑93 (MQ=255)
cTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATgtgt > 2:183526/1‑93 (MQ=255)
cTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATgtgt < 2:3856302/93‑1 (MQ=255)
tCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgtt < 2:4303037/93‑1 (MQ=255)
tCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgtt > 1:1840759/1‑93 (MQ=255)
tCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGtgtt > 2:2432943/1‑93 (MQ=255)
aGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTgttgtt > 2:4723632/1‑93 (MQ=255)
aGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTgttgtt > 2:1261730/1‑93 (MQ=255)
aGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTgttgtt < 1:2263400/93‑1 (MQ=255)
aGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTgttgtt < 2:5984891/93‑1 (MQ=255)
gTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTa > 2:4791263/1‑93 (MQ=255)
ttattaATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTaa < 2:3491834/93‑1 (MQ=255)
tattaATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAAc < 2:3823950/93‑1 (MQ=255)
ttaATGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGa < 1:676459/93‑1 (MQ=255)
aTGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATta > 2:2563003/1‑93 (MQ=255)
tGAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATtat > 2:6389495/1‑93 (MQ=255)
gAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATtata < 2:4827220/93‑1 (MQ=255)
gAAATGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATtata < 2:1986086/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATaa < 1:1834130/93‑1 (MQ=255)
aaTGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAAc > 1:4437017/1‑93 (MQ=255)
aaTGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAAc < 1:920418/93‑1 (MQ=255)
aaTGGAT‑GTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAAc > 1:1914558/1‑93 (MQ=255)
|
AACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACG > NC_000913/4477232‑4477408
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATAGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGT > NC_000913/4477227‑4477414
|
GGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATG > SRR4302534.5769476/1‑94 (MQ=60)
CAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT > SRR4302534.4295370/1‑94 (MQ=60)
CAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT < SRR4302534.2732628/94‑1 (MQ=60)
CAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTT < SRR4302534.6616505/94‑1 (MQ=60)
AGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTC > SRR4302534.5482691/1‑94 (MQ=60)
AGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTC < SRR4302534.6182754/94‑1 (MQ=60)
GAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCC > SRR4302534.2763340/1‑94 (MQ=60)
GAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAA‑TTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGAT‑GTTCC < SRR4302534.3174309/94‑1 (MQ=60)
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|
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
