Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,542,643 |
Δ1 bp |
intergenic (+46/‑22) |
b4316 → / → fimD |
Pil/FimD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,542,640 | 0 | G | . | 99.1%
| 981.8
/ ‑0.4
| 211 | intergenic (+43/‑25) | b4316/fimD | Pil/FimD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base . (106/103); total (108/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC > NC_000913/4542548‑4542728
|
tAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCg > 2:3830185/1‑93 (MQ=255)
aaaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCgg > 1:3987272/1‑93 (MQ=255)
aaaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCgg < 1:2626438/93‑1 (MQ=255)
aaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCggg > 2:2515521/1‑93 (MQ=255)
tGATTATGGCGCACTTAACCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAGTACAGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCgggtg > 2:3438992/1‑91 (MQ=255)
aTTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGACTAAAAAGAATTGACTGCCgggtgat > 2:5627706/1‑89 (MQ=255)
ttATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAtt < 1:4046033/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTa < 1:1379571/93‑1 (MQ=255)
ggCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTaa > 2:832032/1‑93 (MQ=255)
gcACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGcc > 2:5894454/1‑93 (MQ=255)
aCTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGG‑GATTTTAAGCCgg > 1:4777249/1‑93 (MQ=255)
cTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCgga > 1:5232518/1‑93 (MQ=255)
cTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAAATTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCgga < 1:2189910/93‑1 (MQ=255)
ttACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCggag < 2:5697805/93‑1 (MQ=255)
ttACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCggag < 1:351651/93‑1 (MQ=255)
tACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCggagg > 1:6037072/1‑93 (MQ=255)
tACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCggagg > 2:5479800/1‑93 (MQ=255)
tACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCggagg < 2:2390629/93‑1 (MQ=255)
aCCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCggagga < 1:5179568/93‑1 (MQ=255)
cccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaa < 2:2856497/93‑1 (MQ=255)
ccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaat > 2:22028/1‑93 (MQ=255)
cccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaata > 2:1323646/1‑93 (MQ=255)
cccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaata < 1:3675012/93‑1 (MQ=255)
ccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataa < 2:6021815/93‑1 (MQ=255)
ccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataa > 2:4302831/1‑93 (MQ=255)
ccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataa > 1:2732823/1‑93 (MQ=255)
cAAAATGTCGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGTAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataat < 1:4451257/93‑1 (MQ=255)
aaaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATg > 1:5902135/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATg < 1:4396421/93‑1 (MQ=255)
aaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt > 1:435685/1‑93 (MQ=255)
aaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt > 2:3140854/1‑93 (MQ=255)
aaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt > 1:281085/1‑93 (MQ=255)
aaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTc > 1:4833052/1‑93 (MQ=255)
aaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTc < 1:2517000/93‑1 (MQ=255)
aTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCa > 1:1489915/1‑93 (MQ=255)
tGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCat > 1:5098850/1‑93 (MQ=255)
gACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCata > 1:5267792/1‑93 (MQ=255)
gACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCata > 1:3142803/1‑93 (MQ=255)
cGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATc < 2:3969322/93‑1 (MQ=255)
ggCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTg > 1:2116499/1‑93 (MQ=255)
ggCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTg < 2:4798643/93‑1 (MQ=255)
ggCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTg < 1:1017517/93‑1 (MQ=255)
gCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGa < 1:6065244/93‑1 (MQ=255)
cGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGaa < 1:4307279/93‑1 (MQ=255)
gTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAt > 1:869527/1‑93 (MQ=255)
aaTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt > 1:1539148/1‑93 (MQ=255)
aTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTa < 1:4721318/93‑1 (MQ=255)
aaTAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGAc < 1:5382167/93‑1 (MQ=255)
aaTAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGAc < 1:3613844/93‑1 (MQ=255)
aaTAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGAc < 2:1094864/93‑1 (MQ=255)
tAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACtt < 1:6467555/93‑1 (MQ=255)
tAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACtt < 1:4611987/93‑1 (MQ=255)
aaCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACttt > 2:1707104/1‑93 (MQ=255)
gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAcc < 2:5277113/93‑1 (MQ=255)
cAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCa > 1:2652501/1‑93 (MQ=255)
aGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg < 2:1988785/93‑1 (MQ=255)
aGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg > 1:3302259/1‑93 (MQ=255)
aGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg > 1:5061177/1‑93 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc > 2:3516364/1‑93 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc > 1:3877000/1‑93 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc > 2:3372682/1‑93 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc < 2:178571/93‑1 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc > 2:2726750/1‑93 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc > 2:500536/1‑93 (MQ=255)
gggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa > 2:3727288/1‑93 (MQ=255)
ggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGaa > 1:3117531/1‑93 (MQ=255)
gAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGaaa > 1:3041972/1‑93 (MQ=255)
aaTTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGG‑GATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAac > 1:3810241/1‑93 (MQ=255)
aaTTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAac > 2:3614447/1‑93 (MQ=255)
tttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacac < 2:5203527/93‑1 (MQ=255)
ttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTTCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 1:5510891/93‑1 (MQ=255)
tttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacacac < 2:646568/93‑1 (MQ=255)
tttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacacac < 1:904371/93‑1 (MQ=255)
tCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACaa < 1:3645709/93‑1 (MQ=255)
cGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAAt < 1:6338166/93‑1 (MQ=255)
cGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAAt > 2:4475001/1‑93 (MQ=255)
gCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATg > 2:4450683/1‑93 (MQ=255)
ccTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGc < 2:5915239/93‑1 (MQ=255)
ccTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGc > 1:5427493/1‑93 (MQ=255)
cTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCt < 2:5968124/93‑1 (MQ=255)
cTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCt > 1:3231567/1‑93 (MQ=255)
tGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCtt > 1:5334260/1‑93 (MQ=255)
tGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCtt > 1:2299891/1‑93 (MQ=255)
tGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCtt < 2:4285264/93‑1 (MQ=255)
aaTAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGc < 1:2044830/93‑1 (MQ=255)
tAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCat > 2:905247/1‑93 (MQ=255)
aaaaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCata < 2:1607099/93‑1 (MQ=255)
aaaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat < 2:4373885/93‑1 (MQ=255)
aaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAtt < 2:3314176/93‑1 (MQ=255)
aaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTc > 1:5669268/1‑93 (MQ=255)
aaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAAGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTc < 2:225975/93‑1 (MQ=255)
aGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCg > 2:4943640/1‑93 (MQ=255)
aTTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTaa < 2:3164140/93‑1 (MQ=255)
aTTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTaa > 2:4069088/1‑93 (MQ=255)
aTTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTaa < 1:3157368/93‑1 (MQ=255)
ttGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAg > 2:5564418/1‑93 (MQ=255)
ttGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAg > 2:3024148/1‑93 (MQ=255)
gACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCa > 2:6211139/1‑93 (MQ=255)
aCTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCAt < 1:4917447/93‑1 (MQ=255)
cTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATc > 2:4010095/1‑93 (MQ=255)
|
TAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC > NC_000913/4542548‑4542728
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG > NC_000913/4542553‑4542734
|
GATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGTGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAT < SRR4302534.6204906/94‑1 (MQ=60)
TTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTT < SRR4302534.4154553/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTA < SRR4302534.4883960/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTA < SRR4302534.4449164/94‑1 (MQ=60)
TGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAA < SRR4302534.1415901/94‑1 (MQ=60)
CGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCC > SRR4302534.4494878/1‑94 (MQ=60)
CGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCC > SRR4302534.3614764/1‑94 (MQ=60)
GCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCG > SRR4302534.4153721/1‑94 (MQ=60)
CACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGG‑GATTTTAAGCCGG > SRR4302534.4906978/1‑94 (MQ=60)
CACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGG > SRR4302534.5180793/1‑94 (MQ=60)
CACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGG < SRR4302534.4676911/94‑1 (MQ=60)
ACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGA > SRR4302534.5373790/1‑94 (MQ=60)
ACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGA > SRR4302534.6635416/1‑94 (MQ=60)
CTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAG < SRR4302534.921071/94‑1 (MQ=60)
CTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAG > SRR4302534.1520484/1‑94 (MQ=60)
CTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAAATTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAG < SRR4302534.2247811/94‑1 (MQ=60)
TTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGG > SRR4302534.6201143/1‑94 (MQ=60)
TTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGG < SRR4302534.360653/94‑1 (MQ=60)
ACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAA > SRR4302534.2229343/1‑94 (MQ=60)
ACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAA > SRR4302534.5798003/1‑94 (MQ=60)
ACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAA < SRR4302534.5319114/94‑1 (MQ=60)
CCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAAT < SRR4302534.5184053/94‑1 (MQ=60)
CCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATA > SRR4302534.5500310/1‑94 (MQ=60)
CCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATA > SRR4302534.3818444/1‑94 (MQ=60)
CCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATA > SRR4302534.6444073/1‑94 (MQ=60)
CCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGGATAA > SRR4302534.1553328/1‑94 (MQ=60)
CCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAA > SRR4302534.2804871/1‑94 (MQ=60)
CCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAA < SRR4302534.3773798/94‑1 (MQ=60)
CCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAAT < SRR4302534.3100319/94‑1 (MQ=60)
CAAAATGTCGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGTAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATG < SRR4302534.4571569/94‑1 (MQ=60)
CAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATG > SRR4302534.6062381/1‑94 (MQ=60)
AAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGT > SRR4302534.446787/1‑94 (MQ=60)
AAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGT < SRR4302534.4515018/94‑1 (MQ=60)
AAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGT > SRR4302534.288345/1‑94 (MQ=60)
AAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTC > SRR4302534.4964178/1‑94 (MQ=60)
AATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCA < SRR4302534.2583834/94‑1 (MQ=60)
AATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCA > SRR4302534.1529104/1‑94 (MQ=60)
AATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCA > SRR4302534.4897729/1‑94 (MQ=60)
ATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCAT > SRR4302534.5236476/1‑94 (MQ=60)
TGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATA > SRR4302534.3225458/1‑94 (MQ=60)
TGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATA > SRR4302534.5410083/1‑94 (MQ=60)
TGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGCGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATA > SRR4302534.4413537/1‑94 (MQ=60)
ACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATC < SRR4302534.2494210/94‑1 (MQ=60)
CGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCT < SRR4302534.2136125/94‑1 (MQ=60)
CGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCT > SRR4302534.5968829/1‑94 (MQ=60)
GGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTG < SRR4302534.5315122/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTG < SRR4302534.4929423/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTG > SRR4302534.2172186/1‑94 (MQ=60)
GGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGA < SRR4302534.1043715/94‑1 (MQ=60)
GGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGA > SRR4302534.2701293/1‑94 (MQ=60)
GCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAA < SRR4302534.6230149/94‑1 (MQ=60)
CGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAT < SRR4302534.560457/94‑1 (MQ=60)
CGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAT < SRR4302534.4424008/94‑1 (MQ=60)
CGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAT > SRR4302534.891486/1‑94 (MQ=60)
TAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTT > SRR4302534.1579506/1‑94 (MQ=60)
ATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAA < SRR4302534.4849542/94‑1 (MQ=60)
ATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAA < SRR4302534.2757910/94‑1 (MQ=60)
AATAACGCAGGGGTAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACT < SRR4302534.411091/94‑1 (MQ=60)
AATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACT < SRR4302534.5527144/94‑1 (MQ=60)
AATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACT < SRR4302534.3711020/94‑1 (MQ=60)
ATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTT > SRR4302534.3085318/1‑94 (MQ=60)
ATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTT > SRR4302534.6144092/1‑94 (MQ=60)
TAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTT < SRR4302534.4737156/94‑1 (MQ=60)
TAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTT < SRR4302534.6641758/94‑1 (MQ=60)
AACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTTATATCTGAATTTAAGACTTTA < SRR4302534.4318805/94‑1 (MQ=60)
ACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAC > SRR4302534.3233037/1‑94 (MQ=60)
ACGCAGGGGCAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAC < SRR4302534.3157325/94‑1 (MQ=60)
GCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCA > SRR4302534.2722653/1‑94 (MQ=60)
GCAGGAGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCA < SRR4302534.1844557/94‑1 (MQ=60)
CAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG > SRR4302534.2617374/1‑94 (MQ=60)
CAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG > SRR4302534.5197854/1‑94 (MQ=60)
CAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG > SRR4302534.3390409/1‑94 (MQ=60)
AGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGC > SRR4302534.3981094/1‑94 (MQ=60)
AGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGC > SRR4302534.6039340/1‑94 (MQ=60)
GGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCG < SRR4302534.4980021/94‑1 (MQ=60)
GGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCG < SRR4302534.3972898/94‑1 (MQ=60)
GGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAA > SRR4302534.3199505/1‑94 (MQ=60)
GGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAA > SRR4302534.3714593/1‑94 (MQ=60)
GGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAA > SRR4302534.3121767/1‑94 (MQ=60)
GAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGG‑GATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAAC > SRR4302534.3912552/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACA < SRR4302534.2288853/94‑1 (MQ=60)
TTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTTCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACAC < SRR4302534.5659557/94‑1 (MQ=60)
TTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATGTTAGACTTTACCAGCGAAACACAC > SRR4302534.6653516/1‑94 (MQ=60)
TTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACA < SRR4302534.927334/94‑1 (MQ=60)
TCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAAT < SRR4302534.3743670/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATG > SRR4302534.5368616/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATG < SRR4302534.6509373/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATG < SRR4302534.1080364/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATG < SRR4302534.2258891/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATG > SRR4302534.3536782/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGAAAAAAAAGAATTGACTGCC‑GTGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATG < SRR4302534.5395026/94‑1 (MQ=60)
GCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGC > SRR4302534.5573593/1‑94 (MQ=60)
CCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCT > SRR4302534.3317460/1‑94 (MQ=60)
CCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCT < SRR4302534.3359932/94‑1 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTTACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGCCTTTACCAGCGAAACACACAATGCTG > SRR4302534.5207722/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302534.2360940/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302534.5478107/1‑94 (MQ=60)
TGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTG < SRR4302534.3269376/94‑1 (MQ=60)
TGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTG > SRR4302534.3891043/1‑94 (MQ=60)
GAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGC > SRR4302534.1937200/1‑94 (MQ=60)
GAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGC < SRR4302534.2712231/94‑1 (MQ=60)
AATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCA < SRR4302534.2098277/94‑1 (MQ=60)
ATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCAT > SRR4302534.6284910/1‑94 (MQ=60)
AAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAT > SRR4302534.5360994/1‑94 (MQ=60)
AAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAT > SRR4302534.906324/1‑94 (MQ=60)
AAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATT < SRR4302534.4530211/94‑1 (MQ=60)
AAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATT < SRR4302534.4827418/94‑1 (MQ=60)
AAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTC > SRR4302534.5822761/1‑94 (MQ=60)
AGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGT < SRR4302534.3201957/94‑1 (MQ=60)
AGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGT > SRR4302534.2880296/1‑94 (MQ=60)
ATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAG < SRR4302534.3240530/94‑1 (MQ=60)
GACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCAT < SRR4302534.4050514/94‑1 (MQ=60)
GACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCAT > SRR4302534.4558504/1‑94 (MQ=60)
ACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC > SRR4302534.3313655/1‑94 (MQ=60)
ACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC < SRR4302534.5050725/94‑1 (MQ=60)
TGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGT > SRR4302534.4188930/1‑94 (MQ=60)
GCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTT > SRR4302534.5629260/1‑94 (MQ=60)
GCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTT < SRR4302534.2493018/94‑1 (MQ=60)
CGGGG‑GATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTG > SRR4302534.4374471/1‑94 (MQ=60)
CCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTT < SRR4302534.6267259/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTG > SRR4302534.6594224/1‑94 (MQ=60)
CGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTG > SRR4302534.3710736/1‑94 (MQ=60)
GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG < SRR4302534.6087965/94‑1 (MQ=60)
GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG < SRR4302534.3712511/94‑1 (MQ=60)
|
GATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG > NC_000913/4542553‑4542734
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
