Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I206 R1
|
206 |
23.7 |
1314362 |
96.8% |
1272302 |
86.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
2,739,096 |
T→C |
E61G (GAA→GGA) |
rimM ← |
ribosome maturation factor RimM |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 2,739,096 | 0 | T | C | 100.0%
| 97.7
/ NA
| 30 | E61G (GAA→GGA) | rimM | ribosome maturation factor RimM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/15); total (15/15) |
ATTCGTCAGCAGGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTTCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAATGCTTTCGGCGTCTTCGGT > NZ_CP009273/2739014‑2739175
|
aTTCGTCAGCAGGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTg > 2:101980/1‑90 (MQ=255)
cGTCAGCAGGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGAc > 2:243431/1‑90 (MQ=255)
agcagGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTtgc < 1:180435/90‑1 (MQ=255)
gcagGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTtgct > 2:484225/1‑90 (MQ=255)
agGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTtgctgc > 1:206341/1‑90 (MQ=255)
cATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCg < 1:149247/90‑1 (MQ=255)
cGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTc < 2:591317/90‑1 (MQ=255)
cGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTc < 2:155004/90‑1 (MQ=255)
gTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAt > 2:99059/1‑90 (MQ=255)
gTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAt < 2:621676/90‑1 (MQ=255)
gTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAt < 2:211665/90‑1 (MQ=255)
gTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAt < 1:71774/90‑1 (MQ=255)
gTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAt > 1:203496/1‑90 (MQ=255)
gTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAt < 1:599154/90‑1 (MQ=255)
gTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAt < 1:261231/90‑1 (MQ=255)
cAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATaa < 1:639034/90‑1 (MQ=255)
aCGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTtgct > 2:424459/1‑64 (MQ=255)
aCGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTtgct < 1:424459/64‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAt < 2:37717/80‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAt > 1:37717/1‑80 (MQ=255)
tgatgaTCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGt > 2:313630/1‑90 (MQ=255)
cATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAAt > 2:317044/1‑90 (MQ=255)
tGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCa > 2:514525/1‑70 (MQ=255)
tGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCa < 1:514525/70‑1 (MQ=255)
tCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAATGCtt > 1:221183/1‑90 (MQ=255)
gATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTtgct > 2:624450/1‑36 (MQ=38)
gATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTtgct < 1:624450/36‑1 (MQ=38)
aTTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAATGCTTTCGGc < 2:83634/90‑1 (MQ=255)
gtggtgCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAATGCTTTCGGCGTc > 2:240662/1‑90 (MQ=255)
cTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAATGCTTTCGGCGTCTTCGGt > 2:235107/1‑90 (MQ=255)
|
ATTCGTCAGCAGGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTTCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAATGCTTTCGGCGTCTTCGGT > NZ_CP009273/2739014‑2739175
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATTCGTCAGCAGGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTTCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAATGCTTTCGGCGTCTTCGGTGGAAGAAAACACTCTGA > NZ_CP009273/2739014‑2739192
|
ATTCGTCAGCAGGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGC > SRR3722088.208405/1‑100 (MQ=60)
AGCAGGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGAC < SRR3722088.182240/100‑1 (MQ=60)
tgtgtataagagacagACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACC < SRR3722088.429215/84‑1 (MQ=60)
atctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACC < SRR3722088.632157/57‑1 (MQ=60)
CATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAT < SRR3722088.150768/100‑1 (MQ=60)
CATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGAT > SRR3722088.205534/1‑100 (MQ=60)
GTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGC < SRR3722088.263767/100‑1 (MQ=60)
GTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGC > SRR3722088.38113/1‑100 (MQ=60)
GTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGC < SRR3722088.606530/100‑1 (MQ=60)
GTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGC < SRR3722088.72511/100‑1 (MQ=60)
CAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTG < SRR3722088.646951/100‑1 (MQ=60)
taagagacagTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAG < SRR3722088.520728/90‑1 (MQ=60)
GATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAATGCTT > SRR3722088.223398/1‑100 (MQ=60)
CTTCCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAATGCTTTCGGCGTCTTCGGTGGAAGAAAACACTCTGA > SRR3722088.632970/1‑100 (MQ=60)
|
ATTCGTCAGCAGGTTCGCCGCATCACGATCGTCAACGCCTTTCAGCTTGATGATCATGTCCTGATTGTGGTGCTTCCAGCTTTCCAGCTGGACTTGCTGCCACTGACCCGCCTTCTGGATAAACCAGGGCTGATAGTCAAAAATGCTTTCGGCGTCTTCGGTGGAAGAAAACACTCTGA > NZ_CP009273/2739014‑2739192
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
