Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I195 R1
|
222 |
27.1 |
1551108 |
96.0% |
1489063 |
86.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
476,525 |
A→G |
intergenic (‑361/+185) |
tomB ← / ← acrB |
Hha toxicity modulator TomB/efflux RND transporter permease AcrB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 476,525 | 0 | A | G | 97.1%
| 112.9
/ ‑3.5
| 34 | intergenic (‑361/+185) | tomB/acrB | Hha toxicity modulator TomB/efflux RND transporter permease AcrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (11/22); total (11/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.61e-01 |
AGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGG > NZ_CP009273/476439‑476607
|
aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 2:440282/1‑90 (MQ=255)
aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 1:33992/1‑90 (MQ=255)
aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 1:462491/1‑90 (MQ=255)
aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 1:456369/1‑90 (MQ=255)
aTTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGttatta < 1:652207/90‑1 (MQ=255)
aTTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGttatta < 1:352784/90‑1 (MQ=255)
tGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTaaa < 1:440282/90‑1 (MQ=255)
gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt < 1:672871/90‑1 (MQ=255)
gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt > 1:310117/1‑90 (MQ=255)
gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt < 1:568503/90‑1 (MQ=255)
gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt < 2:661662/90‑1 (MQ=255)
gAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTAtt < 1:145893/90‑1 (MQ=255)
gAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTAtt < 2:711731/90‑1 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc > 1:411504/1‑90 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 1:516950/90‑1 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 2:680240/90‑1 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 2:554865/90‑1 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 2:456369/90‑1 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 2:416363/90‑1 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAgcgc < 2:122217/90‑1 (MQ=255)
gTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACt < 1:494483/90‑1 (MQ=255)
cGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATaa > 1:35590/1‑90 (MQ=255)
gAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATaaa > 1:316521/1‑90 (MQ=255)
aatAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATtaactaa < 1:369909/90‑1 (MQ=255)
gAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCa < 2:212932/90‑1 (MQ=255)
ttACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTa > 2:302334/1‑90 (MQ=255)
aCCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTAtt > 2:738735/1‑90 (MQ=255)
gCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACaa < 1:659376/79‑1 (MQ=255)
gCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACaa > 2:659376/1‑79 (MQ=255)
aaaTAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACt < 1:706758/57‑1 (MQ=255)
aaaTAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACt > 2:706758/1‑57 (MQ=255)
tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 2:155139/90‑1 (MQ=255)
tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 2:562036/90‑1 (MQ=255)
tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 1:463048/90‑1 (MQ=255)
tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg > 1:1487/1‑90 (MQ=255)
gCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTg > 2:316228/1‑90 (MQ=255)
gATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTg > 1:111421/1‑90 (MQ=255)
aTTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTgg < 1:302334/90‑1 (MQ=255)
|
AGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGG > NZ_CP009273/476439‑476607
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCC > NZ_CP009273/476429‑476623
|
CACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTA > SRR3722073.472364/1‑100 (MQ=60)
CACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTA > SRR3722073.34838/1‑100 (MQ=60)
CACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTA > SRR3722073.466116/1‑100 (MQ=60)
TACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAT > SRR3722073.316684/1‑100 (MQ=60)
ATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAG < SRR3722073.665610/100‑1 (MQ=60)
ATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAG < SRR3722073.360255/100‑1 (MQ=60)
TGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCG < SRR3722073.449693/100‑1 (MQ=60)
GCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGC < SRR3722073.686629/100‑1 (MQ=60)
GCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGC < SRR3722073.580368/100‑1 (MQ=60)
GCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGC > SRR3722073.420295/1‑100 (MQ=60)
GAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTT < SRR3722073.148912/100‑1 (MQ=60)
TGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATAT < SRR3722073.527837/100‑1 (MQ=60)
ACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAA > SRR3722073.36471/1‑100 (MQ=60)
CGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAA > SRR3722073.323228/1‑100 (MQ=60)
cgtcagatgtgtataagagacagGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAAT < SRR3722073.721052/77‑1 (MQ=60)
GTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAAT < SRR3722073.504949/100‑1 (MQ=60)
AATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTAT < SRR3722073.377754/100‑1 (MQ=60)
GAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTT < SRR3722073.672887/100‑1 (MQ=60)
TAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCG > SRR3722073.1524/1‑100 (MQ=60)
TAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATAC < SRR3722073.472929/100‑1 (MQ=60)
GCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTG > SRR3722073.113831/1‑100 (MQ=60)
ATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATG < SRR3722073.308725/100‑1 (MQ=60)
GGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCC > SRR3722073.373880/1‑100 (MQ=60)
|
CACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCC > NZ_CP009273/476429‑476623
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
