Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I228 R1
|
214 |
26.5 |
1448192 |
97.1% |
1406194 |
86.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
476,525 |
A→G |
intergenic (‑361/+185) |
tomB ← / ← acrB |
Hha toxicity modulator TomB/efflux RND transporter permease AcrB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 476,525 | 0 | A | G | 95.0%
| 56.6
/ ‑3.9
| 20 | intergenic (‑361/+185) | tomB/acrB | Hha toxicity modulator TomB/efflux RND transporter permease AcrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (12/7); total (12/8) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.91e-01 |
AGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTG > NZ_CP009273/476439‑476606
|
aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 1:284449/1‑90 (MQ=255)
aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 2:75582/1‑90 (MQ=255)
gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt < 2:705247/90‑1 (MQ=255)
gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt > 2:692402/1‑90 (MQ=255)
gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt > 2:239101/1‑90 (MQ=255)
gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt > 2:515050/1‑90 (MQ=255)
gAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTAtt > 1:439412/1‑90 (MQ=255)
gAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTAtt < 2:541802/90‑1 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 1:538858/90‑1 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc > 2:174177/1‑90 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc > 2:259611/1‑90 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc > 2:534605/1‑90 (MQ=255)
tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAgcgc < 2:430662/90‑1 (MQ=255)
aCGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTa > 1:476764/1‑90 (MQ=255)
taataaCCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTAtt > 1:340174/1‑80 (MQ=255)
taataaCCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTAtt < 2:340174/80‑1 (MQ=255)
aaGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAAt < 2:484373/90‑1 (MQ=255)
aaTAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATc < 2:310240/90‑1 (MQ=255)
tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACtt < 2:441103/45‑1 (MQ=255)
tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACtt > 1:441103/1‑45 (MQ=255)
tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg > 1:442066/1‑90 (MQ=255)
gATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTg > 1:681437/1‑90 (MQ=255)
|
AGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTG > NZ_CP009273/476439‑476606
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTG > NZ_CP009273/476429‑476606
|
CACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTA > SRR3722112.287748/1‑100 (MQ=60)
GGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATT > SRR3722112.445474/1‑100 (MQ=60)
TCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTA > SRR3722112.483584/1‑100 (MQ=60)
GAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTT > SRR3722112.344370/1‑100 (MQ=60)
TGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATAT < SRR3722112.546903/100‑1 (MQ=60)
TAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgaat > SRR3722112.447207/1‑65 (MQ=60)
TAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCG > SRR3722112.448189/1‑100 (MQ=60)
GCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTG > SRR3722112.692093/1‑100 (MQ=60)
|
CACTAATACCAGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTG > NZ_CP009273/476429‑476606
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
