Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I208 R1
|
222 |
13.1 |
731276 |
96.6% |
706412 |
85.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
4,385,675 |
T→G |
F92V (TTT→GTT) |
tsaE → |
tRNA (adenosine(37)‑N6)‑threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 4,385,675 | 0 | T | G | 100.0%
| 76.0
/ NA
| 22 | F92V (TTT→GTT) | tsaE | tRNA (adenosine(37)‑N6)‑threonylcarbamoyltransferase complex ATPase subunit type 1 TsaE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (11/11); total (11/11) |
CTGGTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGTTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTACAGGTGTTCTTCCTGACCCG > NZ_CP009273/4385594‑4385761
|
cTGGTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATgggg > 1:331076/1‑90 (MQ=255)
ggTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGAt > 1:101351/1‑90 (MQ=255)
ggTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGAt > 1:146650/1‑90 (MQ=255)
ggTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGAt > 2:358318/1‑90 (MQ=255)
ggTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGAt > 1:329300/1‑90 (MQ=255)
aCTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATg < 2:101351/90‑1 (MQ=255)
ggTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTg < 1:168765/90‑1 (MQ=255)
cTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCt < 1:52384/90‑1 (MQ=255)
cTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCt > 1:70309/1‑90 (MQ=255)
ttGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTg > 1:210292/1‑79 (MQ=255)
ttGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTg < 2:210292/79‑1 (MQ=255)
tttGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGcc < 1:117661/90‑1 (MQ=255)
tttGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGcc < 2:279334/90‑1 (MQ=255)
tACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCacaa > 1:210379/1‑90 (MQ=255)
cTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAAAAAAGCCACCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGt > 2:74102/1‑90 (MQ=255)
tGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTAc < 2:70309/90‑1 (MQ=255)
tCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAg < 2:274243/67‑1 (MQ=255)
tCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAg > 1:274243/1‑67 (MQ=255)
tCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTACAGgtgt > 2:249683/1‑90 (MQ=255)
tCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTACAGgtgt < 2:62301/90‑1 (MQ=255)
agCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTACAGGTGTTCTTCCTg < 2:74064/90‑1 (MQ=255)
gAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTACAGGTGTTCTTCCTGACCCg < 2:21623/90‑1 (MQ=255)
|
CTGGTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGTTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTACAGGTGTTCTTCCTGACCCG > NZ_CP009273/4385594‑4385761
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACTTATACGCTGGTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGTTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTACAGGTGTTCTTCCTGACCCGGATGTCGAAATA > NZ_CP009273/4385584‑4385773
|
CACTTATACGCTGGTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGG > SRR3722090.335381/1‑100 (MQ=60)
CTTATACGCTGGTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGAT > SRR3722090.102443/1‑100 (MQ=60)
CTTATACGCTGGTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGAT > SRR3722090.148166/1‑100 (MQ=60)
CTTATACGCTGGTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGAT > SRR3722090.333576/1‑100 (MQ=60)
ACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCT > SRR3722090.71080/1‑100 (MQ=60)
GGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAG < SRR3722090.170511/100‑1 (MQ=60)
GTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGC > SRR3722090.212630/1‑100 (MQ=60)
CTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGG < SRR3722090.52945/100‑1 (MQ=60)
CTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAA > SRR3722090.212719/1‑100 (MQ=60)
TTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGT < SRR3722090.118915/100‑1 (MQ=60)
GCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGCCCACAACctgtctcttatac > SRR3722090.277644/1‑87 (MQ=60)
GCTGGAGGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTACAGGTGTTCTTCCTGACCCGGATGTC > SRR3722090.359862/1‑100 (MQ=60)
GGTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTACAGGGGTTCTTCCTGACCCGGATGTCGAAATA > SRR3722090.220744/1‑100 (MQ=60)
|
CACTTATACGCTGGTCGAACCCTATACGCTCGACAACTTAATGGTCTATCACTTTGATTTGTACCGCCTTGCCGATCCCGAGGAGCTGGAGTTTATGGGGATCCGCGATTATTTTGCCAACGATGCCATCTGCCTGGTGGAGTGGCCACAACAAGGTACAGGTGTTCTTCCTGACCCGGATGTCGAAATA > NZ_CP009273/4385584‑4385773
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
