Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
4,409,638 |
T→C |
intergenic (‑196/‑159) |
ulaG ← / → ulaA |
L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 4,409,638 | 0 | T | C | 100.0%
| 152.5
/ NA
| 46 | intergenic (‑196/‑159) | ulaG/ulaA | L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (20/26); total (20/26) |
GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGA > NZ_CP009273/4409552‑4409717
|
gggAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt > 1:667549/1‑90 (MQ=255)
aGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtg < 2:1413703/90‑1 (MQ=255)
aGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtg < 1:275210/90‑1 (MQ=255)
ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg < 2:805679/90‑1 (MQ=255)
ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg > 1:1443564/1‑90 (MQ=255)
tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc < 2:1050258/90‑1 (MQ=255)
tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc > 2:101349/1‑90 (MQ=255)
tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc < 1:241865/90‑1 (MQ=255)
ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc < 1:1355904/90‑1 (MQ=255)
ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc < 1:16155/90‑1 (MQ=255)
gATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCAc < 2:372219/90‑1 (MQ=255)
gATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCAc < 1:835513/90‑1 (MQ=255)
ttttGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc < 2:608098/90‑1 (MQ=255)
aGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATcc > 1:897678/1‑90 (MQ=255)
aGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATcc > 2:1467804/1‑90 (MQ=255)
gTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCa < 2:1238968/90‑1 (MQ=255)
gTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCa < 1:201580/90‑1 (MQ=255)
aTGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtg < 2:1446777/90‑1 (MQ=255)
ggAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtgtg < 1:406289/90‑1 (MQ=255)
aaGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGaa < 1:1040393/90‑1 (MQ=255)
aaTGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTg > 1:1061915/1‑90 (MQ=255)
aaTGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTg > 2:1440205/1‑90 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg > 1:1416644/1‑55 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg < 2:1416644/55‑1 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCa > 1:209270/1‑71 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCa < 2:209270/71‑1 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGt > 1:185183/1‑90 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGt < 2:680930/90‑1 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGt > 1:1442783/1‑90 (MQ=255)
aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 2:1411854/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc < 2:663404/52‑1 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc > 1:799065/1‑52 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc > 1:663404/1‑52 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc < 2:799065/52‑1 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 1:264805/1‑78 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc < 2:264805/78‑1 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 1:1455725/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 1:763824/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 1:433437/1‑90 (MQ=255)
aaCTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATc < 2:1442783/90‑1 (MQ=255)
aCTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCa < 2:1152500/90‑1 (MQ=255)
aTGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaat < 2:554048/90‑1 (MQ=255)
aTGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaat < 1:649838/90‑1 (MQ=255)
tttAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCCCTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCt < 1:101349/90‑1 (MQ=255)
ggATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTtgtg > 2:1089864/1‑90 (MQ=255)
gATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGa > 2:1545239/1‑90 (MQ=255)
|
GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGA > NZ_CP009273/4409552‑4409717
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAG > NZ_CP009273/4409542‑4409734
|
CTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGT > SRR3722078.675185/1‑100 (MQ=60)
GCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTG > SRR3722078.1467082/1‑100 (MQ=60)
AGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCAC < SRR3722078.278565/100‑1 (MQ=60)
TGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATC < SRR3722078.244816/100‑1 (MQ=60)
GTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCC > SRR3722078.909736/1‑100 (MQ=60)
TTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCA < SRR3722078.1377670/100‑1 (MQ=60)
TTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCA < SRR3722078.16356/100‑1 (MQ=60)
GATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATG < SRR3722078.846631/100‑1 (MQ=60)
GTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTA < SRR3722078.204006/100‑1 (MQ=60)
GGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTG > SRR3722078.1077896/1‑100 (MQ=60)
GGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTG < SRR3722078.411212/100‑1 (MQ=60)
AAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGG < SRR3722078.1055910/100‑1 (MQ=60)
GATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCctgtctcttatacacatctgacgct > SRR3722078.1439654/1‑75 (MQ=60)
GATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTActgtctctt > SRR3722078.211799/1‑91 (MQ=60)
GATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGT > SRR3722078.187382/1‑100 (MQ=60)
GATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGT > SRR3722078.1466286/1‑100 (MQ=60)
GTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGctgtctcttatacacatctgacgctgcc > SRR3722078.671003/1‑72 (MQ=60)
GTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGctgtctcttatacacatctgacgctgcc > SRR3722078.809579/1‑72 (MQ=60)
GTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTct > SRR3722078.268040/1‑98 (MQ=60)
GTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTA > SRR3722078.1479459/1‑100 (MQ=60)
GTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTA > SRR3722078.438646/1‑100 (MQ=60)
GTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTA > SRR3722078.773654/1‑100 (MQ=60)
ATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTG < SRR3722078.657298/100‑1 (MQ=60)
ATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgatggcggtcgtgtagatctcggtggttgc > SRR3722078.800796/1‑39 (MQ=60)
TTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCCCTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATT < SRR3722078.102551/100‑1 (MQ=60)
GTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAG > SRR3722078.590913/1‑100 (MQ=60)
|
CTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATTAG > NZ_CP009273/4409542‑4409734
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
