Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I207 R1
|
218 |
45.0 |
2482936 |
97.1% |
2410930 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
4,409,638 |
T→C |
intergenic (‑196/‑159) |
ulaG ← / → ulaA |
L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 4,409,638 | 0 | T | C | 100.0%
| 136.3
/ NA
| 40 | intergenic (‑196/‑159) | ulaG/ulaA | L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (18/22); total (18/22) |
GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGAT > NZ_CP009273/4409552‑4409718
|
gggAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt < 1:361397/90‑1 (MQ=255)
gggAAGTTGTCGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt < 2:1032070/90‑1 (MQ=255)
ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTGAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg < 2:821367/90‑1 (MQ=255)
ttgttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTtgtgtg < 2:535569/90‑1 (MQ=255)
tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc < 1:1076455/90‑1 (MQ=255)
tgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATc > 1:85081/1‑90 (MQ=255)
gttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATcc < 2:699137/90‑1 (MQ=255)
ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc < 2:1215286/90‑1 (MQ=255)
ttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATCAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGGGTGAATccc < 1:839080/90‑1 (MQ=255)
ttttGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAGTTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc < 2:898613/90‑1 (MQ=255)
ttttGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc < 1:718223/90‑1 (MQ=255)
gTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCa < 2:250520/90‑1 (MQ=255)
tGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtgt < 2:237498/90‑1 (MQ=255)
ggAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtgtg < 2:244552/90‑1 (MQ=255)
ggAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtgtg < 1:655569/90‑1 (MQ=255)
gATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAatt < 1:765047/90‑1 (MQ=255)
aTTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTGTCCATGTGGAatta > 2:635254/1‑90 (MQ=255)
aTGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGc > 2:438344/1‑90 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc < 1:91058/61‑1 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATccc > 2:91058/1‑61 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGt > 2:554756/1‑90 (MQ=255)
aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 1:191796/1‑90 (MQ=255)
aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc < 2:191796/90‑1 (MQ=255)
aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 1:777727/1‑90 (MQ=255)
tAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTc < 1:483821/90‑1 (MQ=255)
aTTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTcac > 2:1013737/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCATATTTa > 1:73773/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 2:523039/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 2:1068653/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 2:1089073/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 1:485430/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 1:10893/1‑90 (MQ=255)
aaCTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATc < 2:953393/90‑1 (MQ=255)
aTGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaat < 1:199402/90‑1 (MQ=255)
aTTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATc > 2:803963/1‑90 (MQ=255)
tttAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCt < 1:1049912/90‑1 (MQ=255)
ggATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTtgtg > 1:64478/1‑90 (MQ=255)
aTAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACAttt < 2:169324/66‑1 (MQ=255)
aTAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACAttt > 1:169324/1‑66 (MQ=255)
aTAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGAt > 2:1101673/1‑90 (MQ=255)
|
GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGAT > NZ_CP009273/4409552‑4409718
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATT > NZ_CP009273/4409539‑4409732
|
TGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTC < SRR3722089.906322/100‑1 (MQ=60)
TGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTC < SRR3722089.408284/100‑1 (MQ=60)
ACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCG < SRR3722089.1058043/100‑1 (MQ=60)
TGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGT < SRR3722089.275166/100‑1 (MQ=60)
CCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGA < SRR3722089.1014399/100‑1 (MQ=60)
GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATC < SRR3722089.365852/100‑1 (MQ=60)
GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATC > SRR3722089.86125/1‑100 (MQ=60)
TGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATC < SRR3722089.1092656/100‑1 (MQ=60)
agatgtgtataagagacagGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCA < SRR3722089.92185/81‑1 (MQ=60)
TTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATCAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGGGTGAATCCCACACTATCCA < SRR3722089.850961/100‑1 (MQ=60)
TTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTG < SRR3722089.727562/100‑1 (MQ=60)
GGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTG < SRR3722089.664004/100‑1 (MQ=60)
GATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGT < SRR3722089.775322/100‑1 (MQ=60)
ATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTC > SRR3722089.194207/1‑100 (MQ=60)
ATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTC > SRR3722089.788299/1‑100 (MQ=60)
GTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCATATTTA > SRR3722089.74673/1‑100 (MQ=60)
GTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTA > SRR3722089.11022/1‑100 (MQ=60)
GTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTA > SRR3722089.491191/1‑100 (MQ=60)
TAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATC < SRR3722089.489565/100‑1 (MQ=60)
ATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTG < SRR3722089.201919/100‑1 (MQ=60)
GAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTG > SRR3722089.65262/1‑100 (MQ=60)
ATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATctgtctcttataca > SRR3722089.171452/1‑86 (MQ=60)
TTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATT < SRR3722089.1065651/100‑1 (MQ=60)
TGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTT > SRR3722089.92725/1‑100 (MQ=60)
GGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTctgt > SRR3722089.1157008/1‑96 (MQ=60)
GGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTG > SRR3722089.105500/1‑100 (MQ=60)
GGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTG > SRR3722089.107996/1‑100 (MQ=60)
GATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGA > SRR3722089.274295/1‑100 (MQ=60)
TAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCGCATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAA > SRR3722089.436987/1‑100 (MQ=60)
TTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATT > SRR3722089.573777/1‑100 (MQ=60)
|
TGACTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGAAAATT > NZ_CP009273/4409539‑4409732
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
