Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I210 R1
|
226 |
19.6 |
1130256 |
95.4% |
1078264 |
84.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
4,409,638 |
T→C |
intergenic (‑196/‑159) |
ulaG ← / → ulaA |
L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 4,409,638 | 0 | T | C | 100.0%
| 47.5
/ NA
| 16 | intergenic (‑196/‑159) | ulaG/ulaA | L‑ascorbate 6‑phosphate lactonase/PTS ascorbate transporter subunit IIC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (10/6); total (10/6) |
GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTG > NZ_CP009273/4409552‑4409716
|
gggAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGt > 1:98119/1‑90 (MQ=255)
ttgttgATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAAt < 1:4777/90‑1 (MQ=255)
gATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCAc < 1:239540/90‑1 (MQ=255)
aTGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCAtg > 1:518137/1‑90 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTTAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGt < 1:555384/90‑1 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc > 1:174064/1‑65 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc > 1:365657/1‑65 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc < 2:174064/65‑1 (MQ=255)
aaTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCActc < 2:365657/65‑1 (MQ=255)
aTGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTc > 1:366384/1‑90 (MQ=255)
tgtAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTcgcg > 2:353794/1‑90 (MQ=255)
cAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACAtt > 1:375742/1‑90 (MQ=255)
aTTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTa > 1:58537/1‑90 (MQ=255)
aTGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCataaat < 2:375742/90‑1 (MQ=255)
ggATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTtgtg > 1:245287/1‑90 (MQ=255)
ggATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTtgtg > 2:185904/1‑90 (MQ=255)
|
GGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTG > NZ_CP009273/4409552‑4409716
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGA > NZ_CP009273/4409542‑4409727
|
CTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGT > SRR3722092.99805/1‑100 (MQ=60)
CCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGA < SRR3722092.117470/100‑1 (MQ=60)
TTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTAT < SRR3722092.4873/100‑1 (MQ=60)
GATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATG < SRR3722092.243435/100‑1 (MQ=60)
GATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATG > SRR3722092.528526/1‑100 (MQ=60)
GATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGctgtctcttatacac > SRR3722092.176968/1‑85 (MQ=60)
GATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGctgtctcttatacac > SRR3722092.372481/1‑85 (MQ=60)
ATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTC > SRR3722092.373224/1‑100 (MQ=60)
AATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTTAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACAT < SRR3722092.566524/100‑1 (MQ=60)
ATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATT > SRR3722092.382843/1‑100 (MQ=60)
GTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTA > SRR3722092.59483/1‑100 (MQ=60)
GAATTTAAATGGATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTG > SRR3722092.249261/1‑100 (MQ=60)
GATAATTGTTCCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGA > SRR3722092.576097/1‑100 (MQ=60)
|
CTTTTTGCCAGGGAAGTTGTTGTTGATTTTGAGTATGGAAAGATTTAATGGAATGTGTAATTCAATTAACTAAATGAATTTAAATGGATAATTGTTTCGTTGTGTGAATCCCACTCTATCCATGTGGAATTATTTGCGGGTCGCGTCACATTTAATCATAAATAATCTTGTTGTGATTACTTTTGA > NZ_CP009273/4409542‑4409727
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
