Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
674,442 |
T→G |
T141P (ACT→CCT) |
ybeT ← |
tetratricopeptide repeat protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 674,442 | 0 | T | G | 96.9%
| 207.0
/ ‑1.2
| 64 | T141P (ACT→CCT) | ybeT | tetratricopeptide repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base G (37/25); total (39/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 |
TGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCT > NZ_CP009273/674357‑674527
|
tgttTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGatat < 1:46199/90‑1 (MQ=255)
cGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATtgagcat < 1:13055/90‑1 (MQ=255)
cGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATtgagcat < 2:1193822/90‑1 (MQ=255)
cGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATtgagcat < 2:618816/90‑1 (MQ=255)
ggTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATtgagcatg > 2:789580/1‑90 (MQ=255)
gTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTgagcatgagcat < 2:1330822/90‑1 (MQ=255)
gTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTgagcatgagcat < 1:1544163/90‑1 (MQ=255)
tAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATAccc < 1:1208198/90‑1 (MQ=255)
aaCCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATtgagca > 1:1223887/1‑78 (MQ=255)
aaCCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATtgagca < 2:1223887/78‑1 (MQ=255)
tttttGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTc < 2:493210/90‑1 (MQ=255)
tttttGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTc > 2:1510383/1‑90 (MQ=255)
tttttGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCGAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTc > 2:682647/1‑90 (MQ=255)
ttGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgc < 2:254917/90‑1 (MQ=255)
agaTTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgctgc < 2:576919/90‑1 (MQ=255)
agaTTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgctgc < 1:283635/90‑1 (MQ=255)
gaTTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgctgct < 2:1268549/90‑1 (MQ=255)
gaTTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAgctgct < 1:933065/90‑1 (MQ=255)
tCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTcc > 2:1204253/1‑90 (MQ=255)
tCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTcc > 1:1429525/1‑90 (MQ=255)
gTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCa > 1:321033/1‑90 (MQ=255)
ttAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCag < 1:593077/90‑1 (MQ=255)
tAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCaga > 1:1421928/1‑90 (MQ=255)
tAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCaga > 2:902062/1‑90 (MQ=255)
aTTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAAt < 1:38283/90‑1 (MQ=255)
tAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTg > 2:857049/1‑90 (MQ=255)
aaTACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGc > 2:1065325/1‑90 (MQ=255)
aaTACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGc > 2:56237/1‑90 (MQ=255)
aTACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAAtt < 1:486981/87‑1 (MQ=255)
aTACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAAtt > 2:486981/1‑87 (MQ=255)
cTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTAc < 2:847573/90‑1 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACg > 2:905236/1‑90 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATGTTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACg > 1:1392020/1‑90 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTgagcatgagcat < 1:629468/47‑1 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTgagcatgagcat > 2:629468/1‑47 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTtat < 2:1392580/71‑1 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTtat > 1:1392580/1‑71 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACg > 1:842974/1‑90 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACg > 1:166864/1‑90 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACg > 1:604762/1‑90 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACg > 2:41547/1‑90 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACg > 1:166865/1‑90 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTCACg > 2:323424/1‑90 (MQ=255)
tGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCCAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACg > 1:1325438/1‑90 (MQ=255)
gAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACgg > 1:1126803/1‑90 (MQ=255)
aTTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTc > 1:1179451/1‑90 (MQ=255)
tttCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCg > 2:616172/1‑90 (MQ=255)
tGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGtt > 1:1531399/1‑90 (MQ=255)
aGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATGCCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGa < 2:1027733/90‑1 (MQ=255)
tCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGAccc > 2:865752/1‑90 (MQ=255)
tCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGAccc > 2:1022510/1‑90 (MQ=255)
aaCCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCa > 2:1316695/1‑90 (MQ=255)
aaCCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCa > 1:1535524/1‑90 (MQ=255)
aaCCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCa > 1:218100/1‑90 (MQ=255)
aaCCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCa > 2:686035/1‑90 (MQ=255)
aaCCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCa > 2:820196/1‑90 (MQ=255)
aaCCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCa > 2:1324156/1‑90 (MQ=255)
aaCCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGCCGGGTTTGACCCCCa > 2:272562/1‑90 (MQ=255)
aCCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAg < 2:63000/90‑1 (MQ=255)
aCCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAg < 2:1531399/90‑1 (MQ=255)
aCCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAg < 1:344918/90‑1 (MQ=255)
ccTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGa < 1:1510383/90‑1 (MQ=255)
aaaGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCt > 1:653195/1‑90 (MQ=255)
aaaGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCt > 1:1124276/1‑90 (MQ=255)
|
TGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCT > NZ_CP009273/674357‑674527
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCC > NZ_CP009273/674343‑674540
|
CATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGG > SRR3722078.1288676/1‑100 (MQ=60)
TAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAG < SRR3722078.99316/100‑1 (MQ=60)
TGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAG < SRR3722078.46744/100‑1 (MQ=60)
CGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCC < SRR3722078.13212/100‑1 (MQ=60)
GGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCT > SRR3722078.1243152/1‑100 (MQ=60)
tcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacagCATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTC < SRR3722078.636710/67‑1 (MQ=60)
GTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTC < SRR3722078.1569330/100‑1 (MQ=60)
TAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCT < SRR3722078.1227179/100‑1 (MQ=60)
TTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCC > SRR3722078.1452766/1‑100 (MQ=60)
AGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATAC < SRR3722078.287099/100‑1 (MQ=60)
GATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACC < SRR3722078.945952/100‑1 (MQ=60)
ATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCA > SRR3722078.324961/1‑100 (MQ=60)
TCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGA > SRR3722078.1445028/1‑100 (MQ=60)
TTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTT < SRR3722078.599962/100‑1 (MQ=60)
CATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATGTTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACG > SRR3722078.1414512/1‑100 (MQ=60)
CATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATctgtctctt > SRR3722078.1415080/1‑91 (MQ=60)
CATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACG > SRR3722078.611748/1‑100 (MQ=60)
CATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACG > SRR3722078.854218/1‑100 (MQ=60)
CATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACG > SRR3722078.168805/1‑100 (MQ=60)
CATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACG > SRR3722078.168806/1‑100 (MQ=60)
CATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCCAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACG > SRR3722078.1346628/1‑100 (MQ=60)
ATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGG < SRR3722078.38742/100‑1 (MQ=60)
ATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGG > SRR3722078.1144038/1‑100 (MQ=60)
TTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGG < SRR3722078.492765/100‑1 (MQ=60)
TACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTC > SRR3722078.1197863/1‑100 (MQ=60)
GAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTT > SRR3722078.1556356/1‑100 (MQ=60)
CTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCA > SRR3722078.220739/1‑100 (MQ=60)
CTGTAGATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCA > SRR3722078.1560553/1‑100 (MQ=60)
GATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCT > SRR3722078.660677/1‑100 (MQ=60)
GATCAAACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCT > SRR3722078.1141465/1‑100 (MQ=60)
AACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCctgtctcttatacacatctgacgctgccgacgatggcggtcgtgtagatctcggtggtcgccg > SRR3722078.620713/1‑37 (MQ=60)
ACCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGG < SRR3722078.349140/100‑1 (MQ=60)
CCTAAAGGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGT < SRR3722078.1535017/100‑1 (MQ=60)
GGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCC < SRR3722078.105984/100‑1 (MQ=60)
GGATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCC > SRR3722078.864590/1‑100 (MQ=60)
|
CATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCC > NZ_CP009273/674343‑674540
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
