Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I199 R1
|
220 |
57.5 |
3163680 |
97.0% |
3068769 |
86.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,325,886 |
T→C |
G194G (GGT→GGC) |
topA → |
type I DNA topoisomerase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,325,886 | 0 | T | C | 100.0%
| 85.6
/ NA
| 27 | G194G (GGT→GGC) | topA | type I DNA topoisomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/12); total (15/12) |
CGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCG > NZ_CP009273/1325804‑1325971
|
cgcgTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGc < 1:49788/90‑1 (MQ=255)
gcgTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCa < 1:1041070/90‑1 (MQ=255)
ggACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGt < 2:1510472/90‑1 (MQ=255)
gACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGtt > 2:514439/1‑90 (MQ=255)
gACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGtt < 2:1514044/90‑1 (MQ=255)
ccGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCTGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCg > 1:91238/1‑90 (MQ=255)
cgcgTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGc > 1:249695/1‑90 (MQ=255)
cgcgTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTCCGc > 1:1574498/1‑90 (MQ=255)
cgTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCt < 1:1008768/90‑1 (MQ=255)
gtggGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGGTCGCTtggtg > 1:136453/1‑90 (MQ=255)
ttCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCgagcgtgagcg > 1:1414752/1‑90 (MQ=255)
ttCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCgagcgtgagcg > 1:172575/1‑90 (MQ=255)
ttCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCgagcgtgagcg > 2:315036/1‑90 (MQ=255)
tCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCgagcgtgagcgt < 1:304736/90‑1 (MQ=255)
tCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCgagcgtgagcgt > 2:311879/1‑90 (MQ=255)
tCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCgagcgtgagcgg > 1:956080/1‑89 (MQ=255)
gccgcTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAgcgtgagcgtga > 1:812444/1‑90 (MQ=255)
aaaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGt < 1:207220/90‑1 (MQ=255)
aaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTg > 1:981175/1‑90 (MQ=255)
aaGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTg > 1:764010/1‑90 (MQ=255)
cTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAag < 1:969502/90‑1 (MQ=255)
cTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAag < 1:681797/90‑1 (MQ=255)
cTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAag < 2:408572/90‑1 (MQ=255)
cTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAag < 2:973294/90‑1 (MQ=255)
gTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGa > 2:1272645/1‑90 (MQ=255)
gTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGa < 2:1390653/90‑1 (MQ=255)
ccGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCg > 1:375775/1‑90 (MQ=255)
|
CGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCG > NZ_CP009273/1325804‑1325971
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGTTAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAG > NZ_CP009273/1325787‑1325978
|
TGTTAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGC > SRR3722078.789894/1‑100 (MQ=60)
CGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGC < SRR3722078.50368/100‑1 (MQ=60)
GCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCC < SRR3722078.1056608/100‑1 (MQ=60)
GCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCTGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCG > SRR3722078.92309/1‑100 (MQ=60)
CTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGC > SRR3722078.252738/1‑100 (MQ=60)
CTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTCCGC > SRR3722078.1600126/1‑100 (MQ=60)
GGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGGTCGCTTGGTG > SRR3722078.138040/1‑100 (MQ=60)
CGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAG < SRR3722078.1023585/100‑1 (MQ=60)
GGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCG > SRR3722078.174595/1‑100 (MQ=60)
GGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCG > SRR3722078.1437727/1‑100 (MQ=60)
GTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGG > SRR3722078.969585/1‑100 (MQ=60)
ATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGA > SRR3722078.823191/1‑100 (MQ=60)
TCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAG < SRR3722078.308451/100‑1 (MQ=60)
GCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTG > SRR3722078.995323/1‑100 (MQ=60)
GCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTG > SRR3722078.773844/1‑100 (MQ=60)
AAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAG < SRR3722078.209724/100‑1 (MQ=60)
CTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGA < SRR3722078.689746/100‑1 (MQ=60)
CTCGTGGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGA < SRR3722078.983354/100‑1 (MQ=60)
GGCCTGTCTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCG > SRR3722078.380366/1‑100 (MQ=60)
CTGCCGGCCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAG > SRR3722078.687389/1‑100 (MQ=60)
|
TGTTAATGCCCAGCAGGCGCGTCGCTTTATGGACCGCGTGGTGGGGTATATGGTTTCGCCGCTGCTATGGAAAAAGATCGCTCGTGGCCTGTCTGCCGGTCGTGTGCAGTCGGTGGCGGTTCGCCTGGTGGTCGAGCGTGAGCGTGAAATTAAAGCGTTCGTGCCGGAAGAGTTCTGGGAAGTCGATGCCAG > NZ_CP009273/1325787‑1325978
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
