Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,149,310 |
C→A |
17.4% |
T199T (ACC→ACA) |
yqhD → |
aldehyde reductase, NADPH‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,149,310 | 0 | C | A | 17.4%
| 894.4
/ 119.9
| 291 | T199T (ACC→ACA) | yqhD | aldehyde reductase, NADPH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/136); new base A (19/32); total (123/168) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
GCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCCAGAAAACTACGATGTGCGCGCCAACGTCATGTGGGCGGCGAC > CP009273/3149161‑3149459
|
gTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTg < 2:4285516/150‑1 (MQ=255)
ctcCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACa < 2:2293282/150‑1 (MQ=255)
ctcCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACa > 1:3840332/1‑150 (MQ=255)
cccTTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGt < 1:3007866/150‑1 (MQ=255)
cccGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGt > 1:90548/1‑150 (MQ=255)
cccGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCAGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGt < 1:662268/150‑1 (MQ=255)
cGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTAt > 1:3958745/1‑150 (MQ=255)
cGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTAt > 1:2772943/1‑150 (MQ=255)
cGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTAt > 1:455817/1‑150 (MQ=255)
cGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTAt > 2:3929938/1‑150 (MQ=255)
aaaaCCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGtt < 2:4361599/150‑1 (MQ=255)
aaaCCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGACGGTATTTGCCGTGCTCGCTCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTa < 1:2474014/150‑1 (MQ=255)
aaCCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTAc < 2:2440540/150‑1 (MQ=255)
caGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAAc < 2:551311/150‑1 (MQ=255)
cGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGt > 2:2555084/1‑150 (MQ=255)
cGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGt > 1:3938772/1‑150 (MQ=255)
gACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGtt < 1:1978255/150‑1 (MQ=255)
gACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGtt < 2:3711317/150‑1 (MQ=255)
gACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGtt < 2:1085812/150‑1 (MQ=255)
gACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGtt < 2:3007220/150‑1 (MQ=255)
aCAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTg < 1:1027368/150‑1 (MQ=255)
aaGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGAt > 1:4449108/1‑150 (MQ=255)
aaGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGAt > 1:2738928/1‑150 (MQ=255)
aaGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGAt < 1:2307520/150‑1 (MQ=255)
aaGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGAt > 2:41483/1‑150 (MQ=255)
cAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGcc < 2:2574276/150‑1 (MQ=255)
cAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGcc > 2:651806/1‑150 (MQ=255)
cGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCaaaa > 2:3825180/1‑150 (MQ=255)
gTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAAt > 2:397107/1‑150 (MQ=255)
ttCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAAtt > 1:1677064/1‑150 (MQ=255)
ccATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCa > 1:3451485/1‑150 (MQ=255)
ccATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCa < 1:3209930/150‑1 (MQ=255)
ccATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCACCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCa < 2:938293/150‑1 (MQ=255)
cATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAg > 2:502099/1‑150 (MQ=255)
cTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGAcc < 2:2214054/150‑1 (MQ=255)
tGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCg > 1:4033657/1‑150 (MQ=255)
cATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCTATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGACAGGTGGCTAACGGCGTAGAGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACAAAAACGGTTGATGCCAAAAATCATGACCGTTTc > 2:2755802/1‑150 (MQ=255)
cATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTc < 1:2911487/150‑1 (MQ=255)
aTGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCg < 1:756898/150‑1 (MQ=255)
tCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGa < 2:2945071/150‑1 (MQ=255)
aGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGTAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAg > 2:2934603/1‑150 (MQ=255)
aGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAg < 2:2066813/150‑1 (MQ=255)
aGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAg < 2:3231677/150‑1 (MQ=255)
cGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCa > 2:770543/1‑150 (MQ=255)
cGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCa < 2:145684/150‑1 (MQ=255)
ggTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCAt > 1:2674376/1‑150 (MQ=255)
tATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCAttt < 1:113667/150‑1 (MQ=255)
aTTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCAtttt < 1:2103284/150‑1 (MQ=255)
tttGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTg > 1:2787432/1‑150 (MQ=255)
ttGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGc < 2:843057/150‑1 (MQ=255)
gCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTg < 2:1693069/150‑1 (MQ=255)
gCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTg < 2:1694060/150‑1 (MQ=255)
gCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTg < 2:3619988/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGAc < 2:463639/150‑1 (MQ=255)
gTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACg > 1:2583000/1‑150 (MQ=255)
gCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCt > 2:234351/1‑150 (MQ=255)
cTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTa < 1:3311520/150‑1 (MQ=255)
cTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTa < 2:1569929/150‑1 (MQ=255)
tCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTGGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTaa < 2:1220220/150‑1 (MQ=255)
tCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTaa < 1:1052640/150‑1 (MQ=255)
cGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAAt > 1:4061398/1‑150 (MQ=255)
cGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAAt < 2:180797/150‑1 (MQ=255)
aTCCGGTTTAAACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCg > 2:2414847/1‑150 (MQ=255)
ccGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGaa < 1:2677859/150‑1 (MQ=255)
cGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAg < 1:1507987/150‑1 (MQ=255)
tttATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATg < 1:128080/150‑1 (MQ=255)
tttATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATg < 1:2829287/150‑1 (MQ=255)
tttATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATg > 2:2482715/1‑150 (MQ=255)
ttgataCCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATg < 1:3748062/147‑1 (MQ=255)
ttATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATgg < 1:365496/150‑1 (MQ=255)
tataCCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGt > 2:2724969/1‑150 (MQ=255)
ataCCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTc < 2:959080/150‑1 (MQ=255)
ccTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGa < 1:4534441/150‑1 (MQ=255)
cacCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGc > 1:46413/1‑150 (MQ=255)
acCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGcc < 1:4275426/150‑1 (MQ=255)
ccTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCt > 1:1997495/1‑150 (MQ=255)
ccTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCt < 1:3679823/150‑1 (MQ=255)
ccTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGAGGACGCCTTTTTACACACCTTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGACAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGATGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCt > 1:872889/1‑150 (MQ=255)
cTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTg < 1:2953429/150‑1 (MQ=255)
cTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTg > 2:717045/1‑150 (MQ=255)
cAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCCAGaa > 2:2634708/1‑150 (MQ=255)
cAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCCAGaa > 2:1538029/1‑150 (MQ=255)
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cTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCCAGAAAACTACGATGTGCGCGCCAACGTCAt < 1:725534/150‑1 (MQ=255)
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gTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCCAGAAAACTACGATGTGCGCGCCAACGTCATGTgg < 1:2863193/150‑1 (MQ=255)
cacacCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCCAGAAAACTACGATGTGCGCGCCAACGTCATGTGggcg < 2:1735683/150‑1 (MQ=255)
cGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCCAGAAAACTACGATGTGCGCGCCAACGTCATGTGGGCGGCGAc > 1:3084932/1‑150 (MQ=255)
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GCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCCAGAAAACTACGATGTGCGCGCCAACGTCATGTGGGCGGCGAC > CP009273/3149161‑3149459
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
