Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,277,386 |
G→T |
23.5% |
intergenic (‑87/‑306) |
acs ← / → nrfA |
acetyl‑CoA synthetase/nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,277,386 | 0 | G | T | 23.5%
| 579.3
/ 135.9
| 252 | intergenic (‑87/‑306) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase/nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/95); new base T (29/31); total (126/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
AGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTT > CP009273/4277237‑4277535
|
aGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCg < 1:2050016/150‑1 (MQ=255)
gggTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGa < 1:3843070/150‑1 (MQ=255)
gTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACa < 2:1666910/150‑1 (MQ=255)
ttATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATTAAGGGGTATTGGCTGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGa > 2:4366245/1‑150 (MQ=255)
aTCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATc > 2:3349074/1‑150 (MQ=255)
aTCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGCTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATc > 1:1937586/1‑150 (MQ=255)
tCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCa > 2:733381/1‑150 (MQ=255)
cAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGGAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGGTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCAc > 1:787272/1‑150 (MQ=255)
ggCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGc > 2:2656694/1‑150 (MQ=255)
cAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaa < 1:114397/150‑1 (MQ=255)
cAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaa < 1:1807692/150‑1 (MQ=255)
cAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCaa > 1:4612876/1‑150 (MQ=255)
cTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGa < 1:1038651/150‑1 (MQ=255)
tGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGaa < 1:3624919/150‑1 (MQ=255)
cGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAAtt < 1:102364/150‑1 (MQ=255)
tGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATtgtg > 2:3319713/1‑150 (MQ=255)
cAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATa < 1:2665273/150‑1 (MQ=255)
gAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAAc < 1:2963752/150‑1 (MQ=255)
gAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAAc > 2:668739/1‑150 (MQ=255)
aaTGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACg > 1:3698481/1‑150 (MQ=255)
aTGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACgg < 2:1754841/150‑1 (MQ=255)
tgtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGt < 2:1016500/150‑1 (MQ=255)
gtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGTCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACTGCAGGGTa > 1:4308312/1‑150 (MQ=255)
gtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTa > 1:158092/1‑150 (MQ=255)
gtTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTa > 1:3435057/1‑150 (MQ=255)
tttGTGATTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGTTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAATGTTGAATTGTTCAAATAAACGGCAGGGTaa < 2:1490583/150‑1 (MQ=255)
tgtttttGGCTCATGCTTTTGTTATCCTTGTTGGTTGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCATTTTTGTTTTGTATTTGGGCGACTGATCACGCAAAAGTAGATTTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAAtttt < 1:2504228/146‑1 (MQ=255)
gAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAAttttt > 1:934575/1‑150 (MQ=255)
aTTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGa > 2:368638/1‑150 (MQ=255)
ttGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAg < 1:1916200/150‑1 (MQ=255)
gCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTc > 1:3176786/1‑150 (MQ=255)
cTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCa > 1:3038174/1‑150 (MQ=255)
cTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCa > 1:3038626/1‑150 (MQ=255)
aTGGTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATATTTTGTGGCATAAGCGTTAAATGTTGGGGTATGGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGATTTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGca < 1:3159437/150‑1 (MQ=255)
aTGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGca < 2:2576468/150‑1 (MQ=255)
tttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACaaa < 2:3148466/150‑1 (MQ=255)
tttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACaaa > 1:803733/1‑150 (MQ=255)
tttGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACaaa > 1:1698697/1‑150 (MQ=255)
gTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAGATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGt < 2:2523047/150‑1 (MQ=255)
tctcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTg < 2:2509169/150‑1 (MQ=255)
ctcCTTGTAGTATGTTAATAATATGTGGCATACGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTGGGGCGACAGATCACGCAAAATTATAATTGTGAAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGa < 1:4034265/150‑1 (MQ=255)
tcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGAt < 2:4464342/150‑1 (MQ=255)
cTTGTAGTATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTa < 1:4385485/150‑1 (MQ=255)
ttGTAGGATGTTAATAATTTGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGGGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTaa < 2:848612/150‑1 (MQ=255)
tGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAt > 1:2600324/1‑150 (MQ=255)
tGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAAt < 2:348481/150‑1 (MQ=255)
aGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCt > 1:2095132/1‑150 (MQ=255)
aGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCt < 2:380894/150‑1 (MQ=255)
tGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGa > 2:3990872/1‑150 (MQ=255)
gTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAg > 1:73430/1‑150 (MQ=255)
ttAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAgg < 2:4187100/150‑1 (MQ=255)
aataatATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGaa > 1:3974724/1‑150 (MQ=255)
tatGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGc > 2:1457702/1‑150 (MQ=255)
atGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGTTTTTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa < 1:2752563/150‑1 (MQ=255)
atGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa > 1:539224/1‑150 (MQ=255)
tgGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGTGCGACAGATCAAGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGTTAATTATTGAAGGTCATCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATCCAGtt > 1:3497989/1‑150 (MQ=255)
gCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTat > 2:1425084/1‑150 (MQ=255)
aTAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgc > 1:582793/1‑150 (MQ=255)
tAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgca > 1:1079494/1‑150 (MQ=255)
aaGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgcat > 1:3141865/1‑150 (MQ=255)
tgCGTTAATTGTTGGGTTATTGCCATTTTTTTTTATTATTTGGGCTACAGAACACGCAAAATTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgcatg < 1:4366245/149‑1 (MQ=255)
cGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGTTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCt > 2:3029017/1‑150 (MQ=255)
gTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTg > 1:2135727/1‑150 (MQ=255)
tAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGtt > 2:2466122/1‑150 (MQ=255)
tAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGtt < 2:3038626/150‑1 (MQ=255)
tAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGAAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGtt < 1:2800899/150‑1 (MQ=255)
aaaTGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTg > 1:985059/1‑150 (MQ=255)
aaTGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGa > 1:2002778/1‑150 (MQ=255)
gTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGaaaa > 2:3089360/1‑150 (MQ=255)
tAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGaaaaa > 1:291028/1‑150 (MQ=255)
tAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGaaaaa < 2:3114505/150‑1 (MQ=255)
aGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAag < 2:2302170/150‑1 (MQ=255)
gggTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAagag < 2:3557845/150‑1 (MQ=255)
gTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGa < 2:4626932/150‑1 (MQ=255)
aTTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAg < 2:1937586/150‑1 (MQ=255)
aTTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAg > 2:469464/1‑150 (MQ=255)
gCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATACACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATAc < 2:2699524/150‑1 (MQ=255)
cAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATACt > 1:2842841/1‑150 (MQ=255)
cAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGAACACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATACt < 2:2915456/150‑1 (MQ=255)
cAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATACt > 2:474611/1‑150 (MQ=255)
cAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATACt > 1:4125855/1‑150 (MQ=255)
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aTTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAg > 2:4075302/1‑150 (MQ=255)
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gACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTAttt > 1:3744597/1‑150 (MQ=255)
|
AGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGTTGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTT > CP009273/4277237‑4277535
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
