Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F181 I0 R1
|
1262 |
323.1 |
10297870 |
97.5% |
10040423 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
380,236 |
C→A |
11.2% |
intergenic (‑164/‑452) |
yaiS ← / → tauA |
putative PIG‑L family deacetylase/taurine transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 380,236 | 0 | C | A | 11.2%
| 989.1
/ 70.8
| 290 | intergenic (‑164/‑452) | yaiS/tauA | putative PIG‑L family deacetylase/taurine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (126/131); new base A (13/20); total (139/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATGTTCTGTGAACAAGCATTGTTTATATACATTATGTGAATGTAA > CP009273/380087‑380385
|
ttttATTTATTATACTACCAGCACAACGATGCACTCAGAGAAGTAATCTCTGTCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTAAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGc < 1:3879817/150‑1 (MQ=255)
tttatttaTTATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCa > 2:1498693/1‑150 (MQ=255)
atttattATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAAtt < 1:1836578/150‑1 (MQ=255)
tttattATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTc < 2:386956/150‑1 (MQ=255)
tttattATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTc < 2:78997/150‑1 (MQ=255)
ttatACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCatat > 1:629606/1‑150 (MQ=255)
ttatACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCatat < 2:859914/150‑1 (MQ=255)
ttatACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCatat > 1:287754/1‑150 (MQ=255)
actacAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTa < 2:2769293/150‑1 (MQ=255)
tacAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAg > 2:139843/1‑150 (MQ=255)
tacAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAg > 1:4228356/1‑150 (MQ=255)
tacAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAg < 2:3282995/150‑1 (MQ=255)
acAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAgt > 1:1914734/1‑150 (MQ=255)
aaGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAgtgt > 1:683368/1‑150 (MQ=255)
aaGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAatgt < 1:4971646/150‑1 (MQ=255)
aGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGtt > 1:2187634/1‑150 (MQ=255)
caACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTa > 2:1498125/1‑150 (MQ=255)
cGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGt < 2:5048066/150‑1 (MQ=255)
cGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGt < 1:5089690/150‑1 (MQ=255)
gATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGtt > 1:4539314/1‑150 (MQ=255)
aTGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGttt < 2:1562009/150‑1 (MQ=255)
tCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGgtatg < 2:1989745/150‑1 (MQ=255)
agagACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGgtatgta < 2:2109170/150‑1 (MQ=255)
gaCGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAg < 1:3593209/150‑1 (MQ=255)
aCGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGt > 2:2928891/1‑150 (MQ=255)
cGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGtt > 1:2635983/1‑150 (MQ=255)
cGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGtt > 1:4346234/1‑150 (MQ=255)
aaTCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTAtt > 2:1181760/1‑150 (MQ=255)
aTCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTAttt < 1:3499514/150‑1 (MQ=255)
ctGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGtt > 2:3633751/1‑150 (MQ=255)
ctGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGtt < 2:2416949/150‑1 (MQ=255)
tGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGttt > 1:1422317/1‑150 (MQ=255)
ggCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGtttt > 1:212798/1‑150 (MQ=255)
ggCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAAAAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGtt > 1:3373019/1‑126 (MQ=255)
cgcAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTtat < 1:4162030/150‑1 (MQ=255)
cgcAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTtat < 2:1095786/150‑1 (MQ=255)
cAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGAAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATAc < 2:1133752/150‑1 (MQ=255)
ccAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACAtt < 2:2740918/150‑1 (MQ=255)
ccAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACAtt > 2:5016556/1‑150 (MQ=255)
cAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTg > 1:488978/1‑150 (MQ=255)
aTGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTAt > 2:4492698/1‑150 (MQ=255)
gTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTAttt < 1:226450/150‑1 (MQ=255)
gTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAACAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGAAATTCATATGTTAAGTGTTTGTAGGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTAttt > 1:1647352/1‑150 (MQ=255)
ttATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGAtgt > 2:2862391/1‑150 (MQ=255)
ttATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGAtgt > 1:3625225/1‑150 (MQ=255)
tataAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGAAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGAtgtg < 2:1653545/150‑1 (MQ=255)
ataAATGTTAACTGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGa < 2:4155377/150‑1 (MQ=255)
ataAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGa > 1:3235367/1‑150 (MQ=255)
ataAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGa > 1:1046840/1‑150 (MQ=255)
aaatgttaaatgttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGAtt < 2:2443248/150‑1 (MQ=255)
aatgttaaatgttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGAttt < 1:3963697/150‑1 (MQ=255)
tgttaaatgttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAg > 1:1327671/1‑150 (MQ=255)
gttaaatgttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGt < 1:3818608/150‑1 (MQ=255)
taaatgttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGttt > 2:4191047/1‑150 (MQ=255)
taaatgttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGttt < 1:3693193/150‑1 (MQ=255)
aaatgttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTg < 2:4313559/150‑1 (MQ=255)
aatgttGCTAATAACTGAAAAGCCAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTAAGTTTGt < 2:1019084/150‑1 (MQ=255)
atgttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTc > 1:925170/1‑150 (MQ=255)
gttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGAAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCaa < 1:1262919/150‑1 (MQ=255)
ttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCaat < 2:3420811/150‑1 (MQ=255)
ttGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCaat < 2:3045896/150‑1 (MQ=255)
gCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGAAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCaatta < 2:4001095/150‑1 (MQ=255)
cTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCaattaa > 2:232350/1‑150 (MQ=255)
taataaCTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCaattaat < 1:2375522/150‑1 (MQ=255)
aataaCTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCaattaatt < 2:1958072/150‑1 (MQ=255)
aataaCTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCaattaatt < 2:4823539/150‑1 (MQ=255)
aataaCTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCaattaatt < 2:4674857/150‑1 (MQ=255)
aaCTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCa > 2:699940/1‑150 (MQ=255)
aCTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCAt < 1:2705631/150‑1 (MQ=255)
aCTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCAt < 1:1766463/150‑1 (MQ=255)
aaaaGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCAGATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTaa > 2:4565271/1‑150 (MQ=255)
gCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTaaaaaa > 1:3744209/1‑150 (MQ=255)
aaGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAata > 1:82121/1‑150 (MQ=255)
aaGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTACTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAata < 1:3650441/150‑1 (MQ=255)
gggCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATg > 2:3150500/1‑150 (MQ=255)
ggCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATGt < 2:4915953/150‑1 (MQ=255)
gCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATGtt < 2:441154/150‑1 (MQ=255)
cTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGAAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATGTTc > 2:1729112/1‑150 (MQ=255)
tCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATGTTCtgt < 1:4106865/150‑1 (MQ=255)
tCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTATATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATGTTCtgt < 1:3407548/150‑1 (MQ=255)
cccGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATGTTCTGTGAACa > 2:359118/1‑150 (MQ=255)
ccGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATGTTCTGTGAACaa < 2:1324646/150‑1 (MQ=255)
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TTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATGTTCTGTGAACAAGCATTGTTTATATACATTATGTGAATGTAA > CP009273/380087‑380385
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
