Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F181 I0 R1
|
1262 |
323.1 |
10297870 |
97.5% |
10040423 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,803,846 |
C→A |
26.3% |
I48I (ATC→ATA) |
ygaH → |
putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,803,846 | 0 | C | A | 26.3%
| 696.8
/ 211.8
| 303 | I48I (ATC→ATA) | ygaH | putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/112); new base A (41/39); total (152/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
CGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTGCTTAGTGC > CP009273/2803697‑2803995
|
cgcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTTTTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATc < 1:487477/150‑1 (MQ=255)
gcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCg > 1:2850518/1‑150 (MQ=255)
tGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGa > 1:3790130/1‑150 (MQ=255)
tGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCGTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGa > 1:446474/1‑150 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGat < 1:2013771/150‑1 (MQ=255)
gCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGatat < 1:1536922/150‑1 (MQ=255)
gCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGatat < 1:165859/150‑1 (MQ=255)
tATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATgc > 1:1435359/1‑150 (MQ=255)
tGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATgcgc < 1:3110505/150‑1 (MQ=255)
tGAGGGTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATgcgc < 2:4422793/150‑1 (MQ=255)
ggTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGctct < 1:452543/150‑1 (MQ=255)
gTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTctg < 2:598639/150‑1 (MQ=255)
gTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTctg < 2:3834216/150‑1 (MQ=255)
gTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTctg > 2:1243227/1‑150 (MQ=255)
ttCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGATGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTctgc > 1:2091892/1‑150 (MQ=255)
tCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTctgct > 1:140561/1‑150 (MQ=255)
ctgctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGtt > 1:101228/1‑150 (MQ=255)
tgctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTg > 2:3731087/1‑150 (MQ=255)
gctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGt > 2:796479/1‑150 (MQ=255)
ttGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGtct > 2:1994851/1‑150 (MQ=255)
tGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGtctc < 2:370740/150‑1 (MQ=255)
ggTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTa > 2:359529/1‑150 (MQ=255)
ggTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTa > 2:2473573/1‑150 (MQ=255)
ggTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTa > 2:3277104/1‑150 (MQ=255)
gTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTAc < 1:3165480/150‑1 (MQ=255)
ttACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTAcc < 1:57440/150‑1 (MQ=255)
aCTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGc > 2:5088360/1‑150 (MQ=255)
aCTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGc > 1:2991739/1‑150 (MQ=255)
tAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCAc > 2:5134593/1‑150 (MQ=255)
aGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCAcc > 1:3621077/1‑150 (MQ=255)
gTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCa < 2:2523546/150‑1 (MQ=255)
gTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCa > 1:4247232/1‑150 (MQ=255)
ttGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAg > 1:416753/1‑150 (MQ=255)
tggcgtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGa < 2:1820664/150‑1 (MQ=255)
tggcgtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGa < 1:699624/150‑1 (MQ=255)
ggcgtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGaa > 1:1055608/1‑150 (MQ=255)
ggcgtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGAAACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTTCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGaa > 1:1548274/1‑150 (MQ=255)
gtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTg < 2:451012/150‑1 (MQ=255)
gtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTg < 2:170863/150‑1 (MQ=255)
gcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATg < 2:2848424/150‑1 (MQ=255)
gcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATg > 2:3479048/1‑150 (MQ=255)
gcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATg < 2:4682610/150‑1 (MQ=255)
tattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGAt > 2:2061740/1‑150 (MQ=255)
tattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGAt < 1:637000/150‑1 (MQ=255)
ttGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATac < 1:1226742/150‑1 (MQ=255)
ttGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATac > 1:4004998/1‑150 (MQ=255)
ttGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATac < 1:275006/150‑1 (MQ=255)
gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATacac > 2:5021155/1‑150 (MQ=255)
tCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGcc > 2:4709996/1‑150 (MQ=255)
gCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGtt > 1:306582/1‑150 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCg > 1:4242490/1‑150 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCg > 1:237950/1‑150 (MQ=255)
tttGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGt < 1:587866/150‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTg > 1:2588013/1‑150 (MQ=255)
gCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGcc < 2:2165800/150‑1 (MQ=255)
ccGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGccc < 1:3227783/150‑1 (MQ=255)
ccGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGccc > 2:2295051/1‑150 (MQ=255)
ccTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGt > 1:1932427/1‑150 (MQ=255)
cTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTc < 1:4735402/150‑1 (MQ=255)
cTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTc > 1:95019/1‑150 (MQ=255)
tGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCg < 2:3986180/150‑1 (MQ=255)
cGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGc < 2:4762492/150‑1 (MQ=255)
gtgGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTc < 2:1622343/150‑1 (MQ=255)
gggTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTcgc < 2:1997222/150‑1 (MQ=255)
ggTAAGGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTcgcg < 2:3700316/150‑1 (MQ=255)
gTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCgg < 1:1308749/150‑1 (MQ=255)
aTGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTAc > 1:3337642/1‑150 (MQ=255)
aTGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTAc > 1:1370499/1‑150 (MQ=255)
aTGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTAc < 1:4054436/150‑1 (MQ=255)
gcccgcccAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTg < 1:3381030/150‑1 (MQ=255)
cccgcccAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTgg < 2:1880734/150‑1 (MQ=255)
caaccaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCa > 1:2205285/1‑150 (MQ=255)
caaccaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCa > 2:3067029/1‑150 (MQ=255)
aaccaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAg > 2:3962891/1‑150 (MQ=255)
accaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGt < 2:91110/150‑1 (MQ=255)
ccaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGtt < 2:640898/150‑1 (MQ=255)
ccaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGtt > 1:3248734/1‑150 (MQ=255)
caaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGttt < 2:1233605/150‑1 (MQ=255)
caaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGttt < 2:2409444/150‑1 (MQ=255)
caaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGttt < 1:1512862/150‑1 (MQ=255)
caaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGttt > 2:4309196/1‑150 (MQ=255)
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cGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCtat < 1:4642931/150‑1 (MQ=255)
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aTTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCAtt > 2:4244502/1‑150 (MQ=255)
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aTTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTg > 2:2559101/1‑150 (MQ=255)
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cATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTGCTTAg > 1:825453/1‑150 (MQ=255)
cATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTGCTTAg < 2:2588013/150‑1 (MQ=255)
tCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTGCTTAGTg < 2:3075722/150‑1 (MQ=255)
|
CGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTGCTTAGTGC > CP009273/2803697‑2803995
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
