Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F121 I0 R1
|
856 |
273.6 |
9081716 |
94.1% |
8545894 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,803,846 |
C→A |
17.0% |
I48I (ATC→ATA) |
ygaH → |
putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,803,846 | 0 | C | A | 17.0%
| 810.0
/ 116.4
| 268 | I48I (ATC→ATA) | ygaH | putative L‑valine exporter, norvaline resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/106); new base A (16/30); total (132/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
CGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTGCTTAGTG > CP009273/2803697‑2803994
|
cGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCt > 1:1069523/1‑150 (MQ=255)
cGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCt < 2:3268046/150‑1 (MQ=255)
gATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTc < 1:4280534/150‑1 (MQ=255)
aTGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCg < 2:3341549/150‑1 (MQ=255)
aTGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCg > 1:3319293/1‑150 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGat < 1:176584/150‑1 (MQ=255)
gCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGatat > 1:1837106/1‑150 (MQ=255)
aTGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATgcg > 1:456531/1‑150 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGct > 2:4009543/1‑150 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGct > 1:1842108/1‑150 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGct > 2:1372972/1‑150 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGct < 1:1211665/150‑1 (MQ=255)
ggTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGctct < 2:2840365/150‑1 (MQ=255)
gTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTctg < 1:1255572/150‑1 (MQ=255)
tCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTctgct < 2:3737952/150‑1 (MQ=255)
tgctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTg < 2:2903948/150‑1 (MQ=255)
tgctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTg < 2:4253767/150‑1 (MQ=255)
gctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGt < 2:2046871/150‑1 (MQ=255)
ctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGtc > 1:2360471/1‑150 (MQ=255)
tGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGTCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGtctc < 2:4422133/150‑1 (MQ=255)
tGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTCTTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGtctc > 2:2672132/1‑150 (MQ=255)
tGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGtctc < 2:2971842/150‑1 (MQ=255)
gggTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCACACGTGGCGCGGTAGGTAGTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTctct > 2:4073259/1‑150 (MQ=255)
ggTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTa > 2:788469/1‑150 (MQ=255)
ggTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTa > 2:2429854/1‑150 (MQ=255)
ttACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTAcc < 1:2523068/150‑1 (MQ=255)
cTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCa > 1:146791/1‑150 (MQ=255)
ttGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAg < 2:483860/150‑1 (MQ=255)
cgtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGt < 2:3609001/150‑1 (MQ=255)
cgtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGt > 2:4258734/1‑150 (MQ=255)
gtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTATACCGCACCAGAAGTg < 1:594286/150‑1 (MQ=255)
ggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGAt < 2:1738661/150‑1 (MQ=255)
gcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATg < 1:1546544/150‑1 (MQ=255)
attattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACg > 1:1171386/1‑150 (MQ=255)
attattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACg < 2:580834/150‑1 (MQ=255)
attattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACg > 1:1170762/1‑150 (MQ=255)
attattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACg < 2:3172215/150‑1 (MQ=255)
attattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACAATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACg > 1:3122220/1‑150 (MQ=255)
ttGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATac < 2:3488111/150‑1 (MQ=255)
tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATaca > 1:102634/1‑150 (MQ=255)
gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATacac > 1:3582418/1‑150 (MQ=255)
cTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACg > 2:4469350/1‑150 (MQ=255)
ttCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGc > 1:4227850/1‑150 (MQ=255)
tCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGcc < 2:1942339/150‑1 (MQ=255)
gCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGtt > 1:1999808/1‑150 (MQ=255)
cTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGttt < 2:2296500/150‑1 (MQ=255)
cTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGttt > 1:4394772/1‑150 (MQ=255)
cTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGttt > 1:80775/1‑150 (MQ=255)
cTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGttt < 1:368906/150‑1 (MQ=255)
tATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGTGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTc > 1:3764006/1‑150 (MQ=255)
tATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTc > 1:2415482/1‑150 (MQ=255)
tATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTc < 2:473389/150‑1 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCg > 2:1612495/1‑150 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCg > 1:4257855/1‑150 (MQ=255)
tttGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGt < 1:2619762/150‑1 (MQ=255)
tttGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGt < 1:3899984/150‑1 (MQ=255)
tttGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAAGGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGt < 2:4445455/150‑1 (MQ=255)
ttGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTg > 2:2164246/1‑150 (MQ=255)
cGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCa > 2:3855581/1‑150 (MQ=255)
cTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACg > 1:3862727/1‑150 (MQ=255)
cTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACg < 1:3435341/150‑1 (MQ=255)
tGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGc > 1:187630/1‑150 (MQ=255)
gcgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCt < 1:1361051/150‑1 (MQ=255)
cgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTg < 2:3059520/150‑1 (MQ=255)
gcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTgg > 1:2845558/1‑150 (MQ=255)
gcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGATGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTgg > 2:496677/1‑150 (MQ=255)
ccTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGt < 2:2909722/150‑1 (MQ=255)
cTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTc < 1:1894054/150‑1 (MQ=255)
cTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTc < 1:4173090/150‑1 (MQ=255)
cTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGATGGTc > 1:2452219/1‑150 (MQ=255)
cTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTc > 2:1215435/1‑150 (MQ=255)
aTGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTAc < 2:853989/150‑1 (MQ=255)
cccgcccAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTgg > 1:330006/1‑150 (MQ=255)
ccgcccAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTggg > 1:4354408/1‑150 (MQ=255)
gcccAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTTGGTg > 2:914153/1‑150 (MQ=255)
caaccaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCa < 1:2126130/150‑1 (MQ=255)
aaccaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAg < 2:760154/150‑1 (MQ=255)
accaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGTGGTACTGGGTGCCAGt < 2:2392296/150‑1 (MQ=255)
accaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGt < 1:571126/150‑1 (MQ=255)
ccaaACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGtt < 1:2905547/150‑1 (MQ=255)
aaaCGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTc < 2:2514760/150‑1 (MQ=255)
tcGTGGGGGGGTAGGTATTTTGCTCGTCACCTTTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGGACGAGAAGTGATGCACGTTAGACGCCGTTTCGTGCACACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCta < 1:2767858/149‑1 (MQ=255)
cGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCtat > 1:67958/1‑150 (MQ=255)
gTGGCGCGGTGGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCtata < 1:1644584/150‑1 (MQ=255)
cgGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAacac > 1:474387/1‑150 (MQ=255)
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aggtaTTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACgcag < 2:2753535/150‑1 (MQ=255)
taTTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCAt > 2:1805551/1‑150 (MQ=255)
ttttGCTCGACACCATTGGCATAGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTa < 1:1783039/150‑1 (MQ=255)
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aTTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTg > 1:458173/1‑150 (MQ=255)
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aTCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTGCTTAGt < 1:2798757/150‑1 (MQ=255)
tCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTGCTTAGTg > 1:3226155/1‑150 (MQ=255)
tCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTGCTTAGTg < 2:4044624/150‑1 (MQ=255)
|
CGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATGCGCTCTGCTGGTTGTCTCTACCGCACCAGAAGTGATGCACGATACACGCCGTTTCGTGCCCACGCTGGTCGGCTTCGCGGTACTGGGTGCCAGTTTCTATAAAACACGCAGCATTATCATCCCAACACTGCTTAGTG > CP009273/2803697‑2803994
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
