Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F202 I0 R1
|
1397 |
275.7 |
9089454 |
95.2% |
8653160 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AACCTCGAAGCACTAGCACCAGGTATAGAAAAACTAAAACAGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTTGTGAACTTACCATTAATGAACCGTTAAAAAACCAGGAAATATCCACAGGTAATATCAATATTAATTGCCCATT > CP009273/3261864‑3262159
|
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CACCAGGTATAGAAAAACTAAAACAGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTTTTTATAATGTCTCGTCTC > SRR19973076.3146512/1‑150 (MQ=60)
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GGTATAGAAAAACTAAAACAGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGT > SRR19973076.3442740/1‑150 (MQ=60)
GGTATAGAAAAACTAAAACAGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGT > SRR19973076.3442751/1‑150 (MQ=60)
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AAAAACTAAAACAGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATT < SRR19973076.685117/150‑1 (MQ=60)
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AGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATA < SRR19973076.4027312/150‑1 (MQ=60)
GACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAA > SRR19973076.2640202/1‑150 (MQ=60)
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ACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAAC < SRR19973076.2306941/150‑1 (MQ=60)
ACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAAC < SRR19973076.1416741/150‑1 (MQ=60)
CCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCNCTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACG > SRR19973076.3540854/1‑150 (MQ=60)
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GAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATT < SRR19973076.4148905/150‑1 (MQ=60)
AATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTAT < SRR19973076.1032149/150‑1 (MQ=60)
ATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATT > SRR19973076.3432585/1‑150 (MQ=60)
GTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAA < SRR19973076.961832/150‑1 (MQ=60)
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TTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACA > SRR19973076.448392/1‑150 (MQ=60)
TTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACA < SRR19973076.2420193/150‑1 (MQ=60)
ACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATA < SRR19973076.961097/150‑1 (MQ=60)
CACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATAC > SRR19973076.3239384/1‑150 (MQ=60)
ACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACT < SRR19973076.3023595/150‑1 (MQ=60)
ACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACT < SRR19973076.3025721/150‑1 (MQ=60)
CGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTT > SRR19973076.2847236/1‑150 (MQ=60)
GTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTTG > SRR19973076.996505/1‑150 (MQ=60)
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AATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTTGTGAACTTACCATTAATGAACCGTTAAAAAACCAGGAAATATCCACAGGTAATATCAATATTAATTGCCC < SRR19973076.494376/150‑1 (MQ=60)
ATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTTGTGAACTTACCATTAATGAACCGTTAAAAAACCAGGAAATATCCACAGGTAATATCAATATTAATTGCCCA > SRR19973076.1889756/1‑150 (MQ=60)
ATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTTGTGAACTTACCATTAATGAACCGTTAAAAAACCAGGAAATATCCACAGGTAATATCAATATTAATTGCCCA > SRR19973076.1888911/1‑150 (MQ=60)
ATTTTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTTGTGAACTTACCATTAATGAACCGTTAAAAAACCAGGAAATATCCACAGGTAATATCAATATTAATTGCCCA > SRR19973076.1677269/1‑150 (MQ=60)
TCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTTGTGAACTTACCATTAATGAACCGTTAAAAAACCAGGAAATATCCACAGGTAATATCAATATTAATTGCCCATT < SRR19973076.3256570/150‑1 (MQ=60)
TCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTTGTGAACTTACCATTAATGAACCGTTAAAAAACCAGGAAATATCCACAGGTAATATCAATATTAATTGCCCATT < SRR19973076.977164/150‑1 (MQ=60)
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AACCTCGAAGCACTAGCACCAGGTATAGAAAAACTAAAACAGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTTGTGAACTTACCATTAATGAACCGTTAAAAAACCAGGAAATATCCACAGGTAATATCAATATTAATTGCCCATT > CP009273/3261864‑3262159
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
