Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F121 I0 R1
|
856 |
273.6 |
9081716 |
94.1% |
8545894 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,063,530 |
A→C |
16.6% |
C78G (TGT→GGT) |
yihR ← |
mutarotase superfamily protein, YihR family |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,063,530 | 0 | A | C | 16.6%
| 667.6
/ 134.7
| 276 | C78G (TGT→GGT) | yihR | mutarotase superfamily protein, YihR family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (101/129); new base C (21/25); total (122/154) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
TGGGCGGCAGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCG > CP009273/4063383‑4063673
|
cggcAGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTCACCGCCGtt > 2:771911/1‑150 (MQ=255)
gcAGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTgg < 1:1046553/150‑1 (MQ=255)
gcAGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTgg < 1:1837468/150‑1 (MQ=255)
gcAGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTgg < 1:2018728/150‑1 (MQ=255)
aGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCg < 2:2270273/150‑1 (MQ=255)
gAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGa < 2:3026037/150‑1 (MQ=255)
aaGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATcc < 1:259144/150‑1 (MQ=255)
aaGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATcc < 1:3973490/150‑1 (MQ=255)
aaGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATcc < 2:3220399/150‑1 (MQ=255)
cTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGt > 2:2332253/1‑150 (MQ=255)
tGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGtt < 1:2586749/150‑1 (MQ=255)
gTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTc < 2:3431697/150‑1 (MQ=255)
gTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTc < 2:531200/150‑1 (MQ=255)
aGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGc < 2:1964745/150‑1 (MQ=255)
gTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCAc > 1:306112/1‑150 (MQ=255)
tAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACg > 1:2513182/1‑150 (MQ=255)
aaCGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACgg > 2:3075954/1‑150 (MQ=255)
gCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAAt < 1:4345768/150‑1 (MQ=255)
cTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATa < 1:4286297/150‑1 (MQ=255)
cTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATa > 1:3781265/1‑150 (MQ=255)
ggtggCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAg < 2:4062445/150‑1 (MQ=255)
gtggCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGc < 1:4178479/150‑1 (MQ=255)
gtggCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGc > 2:2800987/1‑150 (MQ=255)
tggCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCa < 2:3040798/150‑1 (MQ=255)
aggTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACtt < 2:2763883/149‑1 (MQ=255)
ggTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACttt < 2:2122898/150‑1 (MQ=255)
ttAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTAc < 2:783178/150‑1 (MQ=255)
ttAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTAc > 1:3029498/1‑150 (MQ=255)
ttAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTAc < 2:3978849/150‑1 (MQ=255)
aaTTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTAccc < 1:972846/150‑1 (MQ=255)
cACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGAt < 1:3309456/150‑1 (MQ=255)
cACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGAt < 1:659452/150‑1 (MQ=255)
aCTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATg > 1:1343917/1‑150 (MQ=255)
aaTTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATgcgc > 2:1911925/1‑150 (MQ=255)
gCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCg > 1:3436846/1‑150 (MQ=255)
aGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCa > 2:2423559/1‑150 (MQ=255)
aGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCa > 2:3881383/1‑150 (MQ=255)
gTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCAt < 1:2887971/150‑1 (MQ=255)
gTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCAt < 1:3536329/150‑1 (MQ=255)
ctcGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCAtct < 2:899688/150‑1 (MQ=255)
ctcGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCAtct < 1:2139418/150‑1 (MQ=255)
ctcGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAAGAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCAtct < 2:4292132/150‑1 (MQ=255)
tcGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCAtctc < 2:1786344/150‑1 (MQ=255)
cGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATctct > 2:2558243/1‑150 (MQ=255)
cGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTGGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATctct < 1:2087886/150‑1 (MQ=255)
gCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCtt < 2:366102/150‑1 (MQ=255)
gCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATAGTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCtt < 2:2845571/150‑1 (MQ=255)
cAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCg > 1:3852017/1‑150 (MQ=255)
aGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCgg > 1:3982079/1‑150 (MQ=255)
gCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGt < 2:1266981/150‑1 (MQ=255)
cAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGtt > 1:2702311/1‑150 (MQ=255)
cAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGtt > 1:2499292/1‑150 (MQ=255)
aaGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGttt < 2:2026260/150‑1 (MQ=255)
aaGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGttt > 2:447436/1‑150 (MQ=255)
agcagcCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTtg < 2:3991656/150‑1 (MQ=255)
cagcCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTtgtg < 1:3604867/150‑1 (MQ=255)
ccGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCggg > 1:600998/1‑150 (MQ=255)
cGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGa > 2:735060/1‑150 (MQ=255)
gAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGa > 1:820363/1‑150 (MQ=255)
gAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGa < 1:1992284/150‑1 (MQ=255)
aTAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACt < 1:1010400/150‑1 (MQ=255)
aTAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACt < 2:1586382/150‑1 (MQ=255)
aTAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACt < 2:1423059/150‑1 (MQ=255)
tAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTa > 1:3173124/1‑150 (MQ=255)
cGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAAt > 2:671848/1‑150 (MQ=255)
gCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGa > 1:2209574/1‑150 (MQ=255)
tGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAAcc > 2:504208/1‑150 (MQ=255)
tGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAAcc < 2:28192/150‑1 (MQ=255)
tGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAAcc > 1:1687734/1‑150 (MQ=255)
gAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAAccc > 2:3934008/1‑150 (MQ=255)
aaCTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCt > 1:1214634/1‑150 (MQ=255)
aCTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTg < 1:2379533/150‑1 (MQ=255)
cTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGa > 1:797555/1‑150 (MQ=255)
aTGTTCATGAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCCTCTCTGCGGGTGTGTGCGGGCTGACTAAATGACCACCCTGaaa > 2:358898/1‑150 (MQ=255)
tGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAg > 1:3267123/1‑150 (MQ=255)
tGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAg > 1:989339/1‑150 (MQ=255)
gTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAgg < 2:2861488/150‑1 (MQ=255)
tCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGtt > 1:1783141/1‑150 (MQ=255)
cATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTa < 1:1640297/150‑1 (MQ=255)
aTTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTaa < 1:2115807/150‑1 (MQ=255)
tAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAAtt > 1:334772/1‑150 (MQ=255)
tAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAAtt < 1:470541/150‑1 (MQ=255)
aaTGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTc > 1:3864619/1‑150 (MQ=255)
aTGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCa > 2:1136470/1‑150 (MQ=255)
gggTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGc > 1:725038/1‑150 (MQ=255)
ggTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGcc > 1:409055/1‑150 (MQ=255)
ggTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGcc > 2:3415833/1‑150 (MQ=255)
aCTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGAc < 2:2459113/150‑1 (MQ=255)
cTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGAcc < 2:2392712/150‑1 (MQ=255)
gATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAg > 1:918787/1‑150 (MQ=255)
tatTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCCCGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTCAATGACACCCCTGAAAGGTTCCTTCAGCCCGAgcagca > 1:2277819/1‑150 (MQ=255)
tatTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCa < 1:2429841/150‑1 (MQ=255)
tatTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCa < 1:4288141/150‑1 (MQ=255)
ttCCTGCCCCTGATAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCAcc > 1:2177134/1‑150 (MQ=255)
cTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGAc > 2:4113121/1‑150 (MQ=255)
ccTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTca > 2:1747609/1‑150 (MQ=255)
cTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTcac < 1:2798648/150‑1 (MQ=255)
aTAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAAt < 1:771911/150‑1 (MQ=255)
aTAGCGGTAACCGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAAt < 2:4382058/150‑1 (MQ=255)
aTAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAAt < 2:4084009/150‑1 (MQ=255)
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TGGGCGGCAGAAAAGCTGTCAGGGTAACGCTGGTGGCGGTTAATTCACTAATTTGCCAGTCTCGCCAGGCAAGCAGCCCGTGAATAGCGGCTTTTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCG > CP009273/4063383‑4063673
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
