Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,642,135 |
C→T |
87.4% |
intergenic (‑28/‑56) |
dicC ← / → dicA |
Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/Qin prophage; putative regulator for DicB |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,642,135 | 0 | C | T | 87.4%
| 521.0
/ 57.0
| 183 | intergenic (‑28/‑56) | dicC/dicA | Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/Qin prophage; putative regulator for DicB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/10); new base T (66/94); total (79/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
CGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCTGA > CP009273/1641990‑1642281
|
gACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACa < 2:1839304/148‑1 (MQ=255)
ccTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAATCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAag < 2:629858/148‑1 (MQ=255)
tCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAagata < 2:2187620/148‑1 (MQ=255)
tCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAagata < 2:2187887/148‑1 (MQ=255)
tCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAagata < 1:2783769/148‑1 (MQ=255)
ctggAACTAAATCCCCTTACCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACAGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAagatag < 1:861361/146‑1 (MQ=255)
cGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGGTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAagatag > 2:580711/1‑148 (MQ=255)
gAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATg > 1:1801357/1‑148 (MQ=255)
aTCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACaa < 1:3000616/148‑1 (MQ=255)
ccccTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACaaaa < 1:1158117/148‑1 (MQ=255)
ccccTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACaaaa > 2:2363401/1‑148 (MQ=255)
cccTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACaaaaa < 2:460863/148‑1 (MQ=255)
cccTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACaaaaa < 1:2858328/148‑1 (MQ=255)
ccTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAAc < 2:1872069/148‑1 (MQ=255)
cTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACa < 1:274351/148‑1 (MQ=255)
cTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACa < 2:498936/148‑1 (MQ=255)
ccAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGt < 2:1486719/148‑1 (MQ=255)
aGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGCTGTTAACAAAAACATAGTCa > 2:2412215/1‑148 (MQ=255)
gCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCaa < 2:1561894/148‑1 (MQ=255)
cTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGATGCTTGTGCAATTTTTGATTTTGAAACGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACAACTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAAt < 2:104733/148‑1 (MQ=255)
taAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACg > 1:1429444/1‑148 (MQ=255)
aaGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGAt > 1:59342/1‑148 (MQ=255)
aaGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGAt > 2:1601059/1‑148 (MQ=255)
aaGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGAt > 1:3226604/1‑148 (MQ=255)
aGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGAtt > 2:30597/1‑148 (MQ=255)
gCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGAttt > 2:964087/1‑148 (MQ=255)
aaGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGc < 2:3135331/148‑1 (MQ=255)
aGCCAAACGAATCCCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCa < 2:1797922/148‑1 (MQ=255)
ccAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCAtt < 1:1591053/148‑1 (MQ=255)
ccAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCAtt < 1:2235161/148‑1 (MQ=255)
cAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTa > 1:2340996/1‑148 (MQ=255)
cAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTa < 2:361626/148‑1 (MQ=255)
cAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTa < 1:318745/148‑1 (MQ=255)
cAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTa < 1:318733/148‑1 (MQ=255)
aaaCGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAg > 1:2078902/1‑148 (MQ=255)
aaCGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGc < 1:2890344/148‑1 (MQ=255)
gAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTaa < 1:24472/148‑1 (MQ=255)
aTACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACt < 2:3065160/148‑1 (MQ=255)
tACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTa > 1:1088557/1‑148 (MQ=255)
ccTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATg < 1:899577/148‑1 (MQ=255)
tgctgcTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGa > 1:1530410/1‑148 (MQ=255)
tgctgcTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGa > 2:1241884/1‑148 (MQ=255)
gctgctTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGaa > 1:1368942/1‑148 (MQ=255)
gctgctTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGaa < 1:563968/148‑1 (MQ=255)
gctTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACa > 1:1581642/1‑148 (MQ=255)
gCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAAt > 2:2048408/1‑148 (MQ=255)
aGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTa < 1:1287719/148‑1 (MQ=255)
aGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATCAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTa < 1:893704/148‑1 (MQ=255)
tttgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACt > 2:1418217/1‑148 (MQ=255)
tttgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGAATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACt < 1:2173208/148‑1 (MQ=255)
ttgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTa < 2:78867/148‑1 (MQ=255)
ttgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTa > 2:2912337/1‑148 (MQ=255)
ttgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTa < 2:2434287/148‑1 (MQ=255)
ctgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTa < 2:76086/147‑1 (MQ=255)
tgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTAt < 2:816270/148‑1 (MQ=255)
gttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATc < 2:2499519/148‑1 (MQ=255)
cGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCa < 1:2845425/148‑1 (MQ=255)
gAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCAt < 1:1879072/148‑1 (MQ=255)
gAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCAt < 1:1879240/148‑1 (MQ=255)
aaaTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATc > 2:874398/1‑148 (MQ=255)
aaTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCa > 1:2551008/1‑148 (MQ=255)
aTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAg > 1:3099706/1‑148 (MQ=255)
aTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTATATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATCGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAg > 2:489785/1‑148 (MQ=255)
aCAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGt > 1:1317982/1‑148 (MQ=255)
aaaaGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAt < 1:230097/148‑1 (MQ=255)
aaaGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtc > 1:2510844/1‑148 (MQ=255)
aaGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtcg > 1:639899/1‑148 (MQ=255)
aaGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtcg > 1:3041054/1‑148 (MQ=255)
cGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGa > 1:1655859/1‑148 (MQ=255)
cAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTATCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATAGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGaaat > 1:3144903/1‑147 (MQ=255)
cAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGaaaa > 2:221775/1‑148 (MQ=255)
cAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGaaaa < 2:2572108/148‑1 (MQ=255)
tttAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCt < 2:1273703/148‑1 (MQ=255)
tttAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCt > 2:2630764/1‑148 (MQ=255)
tttAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCt < 2:909998/148‑1 (MQ=255)
ttAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTc > 1:1922176/1‑148 (MQ=255)
ttAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTc > 2:1506463/1‑148 (MQ=255)
tAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCa < 2:3013545/148‑1 (MQ=255)
aaGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCaa < 1:236016/148‑1 (MQ=255)
aaGCAATTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCaa < 2:1323825/148‑1 (MQ=255)
aGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCaaa > 1:783184/1‑148 (MQ=255)
cATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAaca > 2:2400390/1‑148 (MQ=255)
cATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAaca > 1:17450/1‑148 (MQ=255)
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ttAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAacacac < 2:2340996/148‑1 (MQ=255)
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CAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATC > SRR19973070.2325775/1‑150 (MQ=60)
AAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCG < SRR19973070.231723/150‑1 (MQ=60)
AAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCG > SRR19973070.3060543/1‑150 (MQ=60)
AAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCG > SRR19973070.3060386/1‑150 (MQ=60)
AAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCG > SRR19973070.644460/1‑150 (MQ=60)
AAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGT > SRR19973070.892069/1‑150 (MQ=60)
AAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGT > SRR19973070.218233/1‑150 (MQ=60)
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GTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTATCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATAGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAT > SRR19973070.3165225/1‑150 (MQ=60)
GTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAA > SRR19973070.2293493/1‑150 (MQ=60)
TTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTC > SRR19973070.1935137/1‑150 (MQ=60)
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AAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAAC < SRR19973070.237662/150‑1 (MQ=60)
AGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACA > SRR19973070.17707/1‑150 (MQ=60)
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ATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACAC > SRR19973070.111557/1‑150 (MQ=60)
TTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACC < SRR19973070.286873/150‑1 (MQ=60)
TTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCC > SRR19973070.1085345/1‑150 (MQ=60)
TAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCA < SRR19973070.977894/150‑1 (MQ=60)
AAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAA > SRR19973070.3216858/1‑150 (MQ=60)
AACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAG < SRR19973070.970973/150‑1 (MQ=60)
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TTTATTGTTAGTCATAATAAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAAAACGATTAAGAATTAGCAAAATATGGAAACAAAAAATTAAACTATCTGCGAACTCATAATGTATCGTAGGACAAACCTCAAACACACCCAAGGGTCTCT > SRR19973070.23602/1‑150 (MQ=60)
ATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGC > SRR19973070.1340764/1‑150 (MQ=60)
TGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTA > SRR19973070.1948794/1‑150 (MQ=60)
GTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAA > SRR19973070.2895473/1‑150 (MQ=60)
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CATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCT < SRR19973070.3291872/150‑1 (MQ=60)
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ATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCTGAAA > SRR19973070.2438541/1‑150 (MQ=60)
ATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCTGAAA < SRR19973070.3004375/150‑1 (MQ=60)
ATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCTGAAA < SRR19973070.3304899/150‑1 (MQ=60)
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ATCGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCTGAAA > CP009273/1641986‑1642283
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |