Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,642,135 |
C→T |
100% |
intergenic (‑28/‑56) |
dicC ← / → dicA |
Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/Qin prophage; putative regulator for DicB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,642,135 | 0 | C | T | 98.7%
| 768.6
/ ‑0.3
| 232 | intergenic (‑28/‑56) | dicC/dicA | Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/Qin prophage; putative regulator for DicB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base T (112/117); total (115/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCC > CP009273/1641990‑1642278
|
aCCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACaa > 1:3257558/1‑148 (MQ=255)
aCCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACaa > 1:3304623/1‑148 (MQ=255)
aCCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACaa > 2:1196254/1‑148 (MQ=255)
ttCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAagat < 2:864212/148‑1 (MQ=255)
tCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAagata > 2:3332819/1‑148 (MQ=255)
tCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAagata > 2:2137670/1‑148 (MQ=255)
cGGGAACTAACTCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAagatag < 1:2047689/148‑1 (MQ=255)
cGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAagatag < 1:2688898/148‑1 (MQ=255)
gAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATg > 2:1063282/1‑148 (MQ=255)
gAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATg > 1:86254/1‑148 (MQ=255)
gAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATg > 1:1862379/1‑148 (MQ=255)
aCTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGtt > 1:2965040/1‑148 (MQ=255)
aCTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGtt > 1:1215662/1‑148 (MQ=255)
tAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTaa < 1:3337787/148‑1 (MQ=255)
tAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTaa < 1:3476123/148‑1 (MQ=255)
aaaTCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAAc > 1:905822/1‑148 (MQ=255)
ccccTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACaaaa < 2:3215593/148‑1 (MQ=255)
cccTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACaaaaa < 1:1521437/148‑1 (MQ=255)
tttCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATGATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACAt < 1:2232027/148‑1 (MQ=255)
tttCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACAt > 2:2991516/1‑148 (MQ=255)
tttCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACAt > 2:3252662/1‑148 (MQ=255)
ttCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATa < 1:2027163/148‑1 (MQ=255)
ttCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATa > 1:498273/1‑148 (MQ=255)
ttCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATa > 2:3387918/1‑148 (MQ=255)
aGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCa < 2:1348815/148‑1 (MQ=255)
gCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCaa < 2:1391409/148‑1 (MQ=255)
gCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCaa < 1:1901433/148‑1 (MQ=255)
cTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAAt < 1:125234/148‑1 (MQ=255)
tataAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATa > 2:1700547/1‑148 (MQ=255)
aaGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGAt > 2:3309617/1‑148 (MQ=255)
aGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAACCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGAtt < 1:2236543/148‑1 (MQ=255)
gCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGAttt < 2:1647453/148‑1 (MQ=255)
aaGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGc > 1:2437938/1‑148 (MQ=255)
aaGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGc > 1:1708417/1‑148 (MQ=255)
gCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCAt < 1:1063392/148‑1 (MQ=255)
ccAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCAtt < 1:3156171/148‑1 (MQ=255)
aaaCGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAg < 2:879012/148‑1 (MQ=255)
aaaCGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAg < 1:1049508/148‑1 (MQ=255)
aaaCGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAg < 2:411054/148‑1 (MQ=255)
aaCGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGc < 1:3045124/148‑1 (MQ=255)
aCGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCt < 1:729690/148‑1 (MQ=255)
aCGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCt < 1:2855341/148‑1 (MQ=255)
cGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTa < 2:2912808/148‑1 (MQ=255)
aTACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACt < 2:1308428/148‑1 (MQ=255)
ccTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATg > 1:1087180/1‑148 (MQ=255)
tgctgcTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGa > 2:1006773/1‑148 (MQ=255)
ctgctTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGaaa < 1:3384369/148‑1 (MQ=255)
ctTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACaa < 1:755163/148‑1 (MQ=255)
tgtgCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACaaaa < 1:2524564/148‑1 (MQ=255)
tgCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTAAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACaaaaaa > 2:1286036/1‑148 (MQ=255)
gCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAAt < 2:2965040/148‑1 (MQ=255)
gCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAAt < 2:1215662/148‑1 (MQ=255)
gttttgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTaa < 2:3304624/148‑1 (MQ=255)
gttttgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTaa < 1:2423064/148‑1 (MQ=255)
tttgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACa > 2:1891627/1‑136 (MQ=255)
ttgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTa > 2:2455320/1‑148 (MQ=255)
tgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTAt < 1:1357638/148‑1 (MQ=255)
tgttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTAt < 2:819362/148‑1 (MQ=255)
gttttTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATc < 1:1298368/148‑1 (MQ=255)
ccGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGc > 2:2249600/1‑148 (MQ=255)
gAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGACCGCAt > 2:3433001/1‑148 (MQ=255)
aaaTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATc < 2:2998750/148‑1 (MQ=255)
aaaTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATc > 1:1650354/1‑148 (MQ=255)
aaTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCa > 1:2196942/1‑148 (MQ=255)
aaTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCa < 1:1869899/148‑1 (MQ=255)
aTACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAg > 2:2626514/1‑148 (MQ=255)
tACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAgg > 1:2392149/1‑148 (MQ=255)
cAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTa > 2:252926/1‑148 (MQ=255)
aaaaGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAGACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATATGCGAACGCATCAGGTAt > 1:2069755/1‑148 (MQ=255)
aaaaGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAt > 1:300133/1‑148 (MQ=255)
aaaGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtc > 1:1203518/1‑148 (MQ=255)
aaGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtcg < 1:3364331/148‑1 (MQ=255)
aaGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtcg < 2:718222/148‑1 (MQ=255)
aaGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtcg > 1:2735963/1‑148 (MQ=255)
agagCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtcgt < 1:408490/148‑1 (MQ=255)
agCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTAtcgtcg > 2:1070403/1‑148 (MQ=255)
cAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGaaaa > 1:117046/1‑148 (MQ=255)
cAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGaaaa < 2:2789871/148‑1 (MQ=255)
ttttAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAAcc > 1:393868/1‑148 (MQ=255)
ttttAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAAcc > 1:3057199/1‑148 (MQ=255)
aGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCaaa > 2:1633037/1‑148 (MQ=255)
aGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCaaa > 2:645906/1‑148 (MQ=255)
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tttAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAATTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAacaca > 2:242238/1‑148 (MQ=255)
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ATCGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCTG > CP009273/1641986‑1642280
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
