Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,751,558 |
G→T |
100% |
T134T (ACC→ACA) |
yfjH ← |
CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,751,558 | 0 | G | T | 97.8%
| 718.4
/ 6.1
| 225 | T134T (ACC→ACA) | yfjH | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base T (115/105); total (117/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGT > CP009273/2751413‑2751701
|
gAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAg < 1:3126796/148‑1 (MQ=255)
gAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAg < 1:1753520/148‑1 (MQ=255)
aaTGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGt < 2:839653/148‑1 (MQ=255)
aTGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGtt > 2:1052295/1‑148 (MQ=255)
aTGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGtt > 2:2319979/1‑148 (MQ=255)
tGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGttt > 2:899631/1‑148 (MQ=255)
tGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGttt > 1:554287/1‑148 (MQ=255)
tGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGttt > 1:1420358/1‑148 (MQ=255)
tGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGttt > 2:917443/1‑148 (MQ=255)
gCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTg > 2:3138402/1‑148 (MQ=255)
cTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGa > 2:798178/1‑148 (MQ=255)
cTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGAAATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCATTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGTCTCGATAACAAGAGGTAAAAAAGTTTCCTTTGTAAGGTTTGa > 1:1377591/1‑148 (MQ=255)
ttAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAAc > 2:488160/1‑148 (MQ=255)
tAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACt > 1:3470479/1‑148 (MQ=255)
aaaGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACtt < 2:2198372/148‑1 (MQ=255)
aaGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTa > 2:2493364/1‑148 (MQ=255)
aGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAg < 1:3063479/148‑1 (MQ=255)
aGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAg > 2:1242669/1‑148 (MQ=255)
gCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGAt < 2:2218145/148‑1 (MQ=255)
aCGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGAtttt < 1:2580603/148‑1 (MQ=255)
aCGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGAtttt > 2:37490/1‑148 (MQ=255)
cGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGAttttt < 2:2441548/148‑1 (MQ=255)
ttttcattttcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGAtttttgc < 2:724800/148‑3 (MQ=255)
ttttcattttcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTcc > 1:2334598/1‑148 (MQ=255)
ttttcattttcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTcc > 1:1821542/1‑148 (MQ=255)
ttttcattttcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTcc < 1:2830254/148‑1 (MQ=255)
ttttcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCAtt > 2:2579599/1‑148 (MQ=255)
tttcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTc < 1:910726/148‑1 (MQ=255)
tttcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTc < 1:1160628/148‑1 (MQ=255)
tttcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTc < 1:1242669/148‑1 (MQ=255)
tttcaGACATGATAGATTCTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTc < 1:700686/148‑1 (MQ=255)
ttcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCt > 2:881054/1‑148 (MQ=255)
ttcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCt < 1:1797331/148‑1 (MQ=255)
tcaGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCtt > 1:2495884/1‑148 (MQ=255)
aCATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGc > 2:1321115/1‑148 (MQ=255)
tGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTgg < 2:3184580/148‑1 (MQ=255)
tGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTgg < 2:2153638/148‑1 (MQ=255)
aTAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGAt > 2:205586/1‑148 (MQ=255)
aGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCa < 2:656978/148‑1 (MQ=255)
aTTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCata > 2:2110941/1‑148 (MQ=255)
tttCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCAtata < 2:2950084/148‑1 (MQ=255)
tttCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCAtata > 1:665961/1‑148 (MQ=255)
cAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAg < 1:2256666/148‑1 (MQ=255)
cAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAg > 1:2199912/1‑148 (MQ=255)
aGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAgt > 2:2977099/1‑148 (MQ=255)
aGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAgt > 2:452761/1‑148 (MQ=255)
gAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAgtg > 2:707449/1‑148 (MQ=255)
aaaaaaGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAgtgt > 1:3005110/1‑148 (MQ=255)
aaaaaGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTa > 1:2543505/1‑148 (MQ=255)
aaaGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTAtt < 1:759451/148‑1 (MQ=255)
aaGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTAttc > 2:174984/1‑148 (MQ=255)
agagATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTAttct < 2:3355915/148‑1 (MQ=255)
gagaTTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTAttctt < 1:3349076/148‑1 (MQ=255)
aTTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCt < 2:3287051/148‑1 (MQ=255)
aTTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCt < 2:1288042/148‑1 (MQ=255)
gAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTa < 1:2902243/148‑1 (MQ=255)
aGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTAt < 2:517687/148‑1 (MQ=255)
gAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTcc < 2:300871/148‑1 (MQ=255)
gAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTcc < 1:420889/148‑1 (MQ=255)
cATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGt < 2:2688266/148‑1 (MQ=255)
cATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGt > 2:2748180/1‑148 (MQ=255)
aTAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGtt > 1:1565196/1‑148 (MQ=255)
aaGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGc > 2:1878089/1‑148 (MQ=255)
aaGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGc > 2:3310105/1‑148 (MQ=255)
ggTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGccc > 1:136123/1‑148 (MQ=255)
gtgtGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCa > 2:2449464/1‑148 (MQ=255)
tgtgCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCAt > 1:3128663/1‑148 (MQ=255)
gtgCATTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCAtt < 1:2559837/148‑1 (MQ=255)
gCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCa > 2:933743/1‑148 (MQ=255)
ccTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCAc > 2:321948/1‑148 (MQ=255)
ccTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCAc < 2:3470479/148‑1 (MQ=255)
gAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTa < 2:3550179/148‑1 (MQ=255)
gAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTa < 2:3550201/148‑1 (MQ=255)
aaaTGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATg > 2:1006676/1‑148 (MQ=255)
aaaTGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATg > 1:2135428/1‑148 (MQ=255)
aaTGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATgg < 2:599001/148‑1 (MQ=255)
aaTGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATgg > 1:3431301/1‑148 (MQ=255)
aaTGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATgg > 2:3041132/1‑148 (MQ=255)
aaTGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATgg > 2:1153241/1‑148 (MQ=255)
tGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTg < 1:972259/148‑1 (MQ=255)
ttAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTg > 1:1159932/1‑148 (MQ=255)
ggAAAATGGTTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGGCTTGTTTcc > 1:1888038/1‑148 (MQ=255)
ggAAAATGGTTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTcc > 1:90624/1‑148 (MQ=255)
aaaaTGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCa < 1:831472/148‑1 (MQ=255)
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aaTGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATg < 2:2853519/148‑1 (MQ=255)
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TTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTA < SRR19973067.1617515/150‑1 (MQ=60)
TTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTA < SRR19973067.1618636/150‑1 (MQ=60)
TGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTAT < SRR19973067.3158332/150‑1 (MQ=60)
TGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTAT > SRR19973067.1193439/1‑150 (MQ=60)
GAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATG > SRR19973067.2149689/1‑150 (MQ=60)
AAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGG > SRR19973067.3453141/1‑150 (MQ=60)
AAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGT < SRR19973067.1772427/150‑1 (MQ=60)
TGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCC < SRR19973067.978924/150‑1 (MQ=60)
TGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCC < SRR19973067.978936/150‑1 (MQ=60)
CATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTG > SRR19973067.1167657/1‑150 (MQ=60)
CATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTG > SRR19973067.1167676/1‑150 (MQ=60)
ATGGAAAATGGTTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGGCTTGTTTCC > SRR19973067.1900928/1‑150 (MQ=60)
ATGGAAAATGGTTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCC > SRR19973067.91590/1‑150 (MQ=60)
GAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCAT < SRR19973067.928522/150‑1 (MQ=60)
AAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATG < SRR19973067.837133/150‑1 (MQ=60)
ATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCGTGTGTCCCATGGTA > SRR19973067.2453721/1‑150 (MQ=60)
GATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCA > SRR19973067.3147765/1‑150 (MQ=60)
TAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGG > SRR19973067.2849620/1‑150 (MQ=60)
TAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGG > SRR19973067.2849091/1‑150 (MQ=60)
ACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAA < SRR19973067.2124979/150‑1 (MQ=60)
ACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAA > SRR19973067.3218466/1‑150 (MQ=60)
AAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATA < SRR19973067.1260047/150‑1 (MQ=60)
GTAAAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACC < SRR19973067.1303653/150‑1 (MQ=60)
AAAACGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCA > SRR19973067.1440588/1‑150 (MQ=60)
CGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACG < SRR19973067.803676/150‑1 (MQ=60)
GTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGA > SRR19973067.2911208/1‑150 (MQ=60)
CCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTAC > SRR19973067.1418041/1‑150 (MQ=60)
CCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTAC > SRR19973067.1417999/1‑150 (MQ=60)
TTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTACCT < SRR19973067.1074483/150‑1 (MQ=60)
TTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTACCTA < SRR19973067.2762612/150‑1 (MQ=60)
TTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTACCTA < SRR19973067.2762652/150‑1 (MQ=60)
TGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTACCTAT > SRR19973067.1719267/1‑150 (MQ=60)
TGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTACCTAT < SRR19973067.59399/150‑1 (MQ=60)
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CCCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTACCTAT > CP009273/2751410‑2751707
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
