Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,068,690 |
C→A |
9.3% |
V284V (GTG→GTT) |
yggF ← |
fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,068,690 | 0 | C | A | 9.3%
| 685.7
/ 30.1
| 192 | V284V (GTG→GTT) | yggF | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/86); new base A (10/8); total (98/94) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GCGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGG > CP009273/3068545‑3068837
|
gCGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTAAc > 1:389586/1‑148 (MQ=255)
cGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACg > 1:393783/1‑148 (MQ=255)
tCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGcc < 2:1125358/148‑1 (MQ=255)
tCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGcc > 1:1652277/1‑148 (MQ=255)
tCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGcc > 1:1835216/1‑148 (MQ=255)
tCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGcc > 1:2323734/1‑148 (MQ=255)
cGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGccc > 2:257109/1‑148 (MQ=255)
aTTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAg > 1:3078933/1‑148 (MQ=255)
ttGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAgc > 2:2595744/1‑148 (MQ=255)
tGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAgcg > 1:1226343/1‑148 (MQ=255)
ggTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAgcgc > 2:1285171/1‑148 (MQ=255)
cTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTaa < 2:153842/148‑1 (MQ=255)
ttCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTaaa < 2:3199357/148‑1 (MQ=255)
ttCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTaaa < 2:3199745/148‑1 (MQ=255)
tCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAag < 1:501350/148‑1 (MQ=255)
tCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAag < 1:2372267/148‑1 (MQ=255)
cGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAagag > 1:2476018/1‑148 (MQ=255)
aTAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGa < 1:2166440/148‑1 (MQ=255)
aTAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGa < 2:11883/148‑1 (MQ=255)
aGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGata < 1:1318674/148‑1 (MQ=255)
gATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGatat < 1:328920/148‑1 (MQ=255)
gATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGatat > 2:719804/1‑148 (MQ=255)
gATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTAACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGatat < 1:2346376/148‑1 (MQ=255)
tCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCg > 2:3484415/1‑148 (MQ=255)
cACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGt < 1:3448652/148‑1 (MQ=255)
aCCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGtt > 1:208654/1‑148 (MQ=255)
aCCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGtt > 1:207627/1‑148 (MQ=255)
ccATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTc > 1:76662/1‑148 (MQ=255)
tCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTAACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTcccc > 1:927369/1‑148 (MQ=255)
aaTGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCt < 1:2834325/148‑1 (MQ=255)
tGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCa > 1:2777541/1‑148 (MQ=255)
cAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCAcc < 2:1063649/148‑1 (MQ=255)
gggAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAg > 2:2768107/1‑148 (MQ=255)
ggAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGt > 1:642226/1‑148 (MQ=255)
ggAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGt > 1:839563/1‑148 (MQ=255)
aGTCTATTATATTACTCGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTc < 1:3404811/148‑1 (MQ=255)
aGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTc > 1:1128840/1‑148 (MQ=255)
gTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCa < 2:79108/148‑1 (MQ=255)
cTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATc > 1:727370/1‑148 (MQ=255)
tattatattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATcg < 2:3099543/148‑1 (MQ=255)
tattatattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATcg < 1:1292031/148‑1 (MQ=255)
attatattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATcga > 2:2077453/1‑148 (MQ=255)
ttatattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATcgag > 1:3371982/1‑148 (MQ=255)
tatattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATcgagc < 2:1660656/148‑1 (MQ=255)
tatattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATcgagc < 2:542478/148‑1 (MQ=255)
atattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATcgagcg < 2:158767/148‑1 (MQ=255)
tattaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATcgagcga > 2:3150866/1‑148 (MQ=255)
attaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATcgagcgag > 1:1157111/1‑148 (MQ=255)
ttaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGt > 2:3309874/1‑148 (MQ=255)
ttaCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGt > 1:2879203/1‑148 (MQ=255)
taCACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTa > 1:2423022/1‑148 (MQ=255)
acGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTacac > 2:1832872/1‑148 (MQ=255)
acGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTacac > 2:29772/1‑148 (MQ=255)
ttGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACgg < 1:1443788/148‑1 (MQ=255)
tGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGt < 1:3119944/148‑1 (MQ=255)
gTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTa < 2:3478772/148‑1 (MQ=255)
ccGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAAc > 2:631216/1‑148 (MQ=255)
ccGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAAc < 2:2133939/148‑1 (MQ=255)
gccgccGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCa < 2:990154/148‑1 (MQ=255)
ccgccgATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCaa < 2:3030207/148‑1 (MQ=255)
aTCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCa < 1:1280844/148‑1 (MQ=255)
aTCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCa < 1:488378/148‑1 (MQ=255)
tCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGCTATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGGTAACGTCAACGCCCAt > 2:3444136/1‑148 (MQ=255)
tCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCAt < 2:661554/148‑1 (MQ=255)
gTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGc < 2:2030842/148‑1 (MQ=255)
tAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGcc > 1:2290470/1‑148 (MQ=255)
tAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGcc > 1:2540330/1‑148 (MQ=255)
aaTGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTAACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCt > 2:1503582/1‑148 (MQ=255)
aTGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCtt > 1:1863712/1‑148 (MQ=255)
aTGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCtt < 1:2122193/148‑1 (MQ=255)
aTGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCtt > 2:2686619/1‑148 (MQ=255)
tGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTAACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAAc > 2:2745316/1‑148 (MQ=255)
tGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTAACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAAc > 2:2895132/1‑148 (MQ=255)
gCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACg > 2:2353157/1‑148 (MQ=255)
gCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACg < 2:2225235/148‑1 (MQ=255)
ccGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTg > 1:2278796/1‑148 (MQ=255)
ccGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTAACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTg < 2:1825459/148‑1 (MQ=255)
ccccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTc < 2:1101025/148‑1 (MQ=255)
ccccATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTc > 2:3322693/1‑148 (MQ=255)
cGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCa > 2:939457/1‑148 (MQ=255)
cGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCa > 1:2060145/1‑148 (MQ=255)
tCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAAt < 1:713728/148‑1 (MQ=255)
tCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAAt < 1:2458165/148‑1 (MQ=255)
cTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATc > 1:1766245/1‑148 (MQ=255)
ttGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGc < 1:31970/148‑1 (MQ=255)
ggATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCg < 2:1048710/148‑1 (MQ=255)
ggATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCg < 2:1129187/148‑1 (MQ=255)
ttCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCg > 2:114626/1‑148 (MQ=255)
aCCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCgtgt > 2:1596622/1‑148 (MQ=255)
ccAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTa < 2:2278796/148‑1 (MQ=255)
cAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTaa > 2:1942111/1‑148 (MQ=255)
cTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATcc > 2:1166452/1‑148 (MQ=255)
tCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATccc > 2:3350076/1‑148 (MQ=255)
aCCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCt > 1:1118937/1‑148 (MQ=255)
aCCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCt > 2:443005/1‑148 (MQ=255)
gCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTa > 2:2464266/1‑148 (MQ=255)
cGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGcc > 1:3243490/1‑148 (MQ=255)
gTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCt < 2:2778046/148‑1 (MQ=255)
tCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTg < 2:3005603/148‑1 (MQ=255)
cACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTgg > 1:1466468/1‑148 (MQ=255)
|
GCGTCGCCATTGGTCTTCCGATAGATCACCATCAATGCAGGGAGTCTATTATATTACACGTTTGGTCCGCGCCGCCGATCAGTAATGTCTGCGTCCGCACCCCATTCGCCGTCTGTTGGATACCGTTCACCAGCTCACCGCCCGTCACGCCCGTAGCGCTAAAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGG > CP009273/3068545‑3068837
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
