Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,713,571 |
G→T |
22.2% |
H97N (CAC→AAC) |
anmK ← |
anhydro‑N‑acetylmuramic acid kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,713,571 | 0 | G | T | 22.2%
| 526.7
/ 104.0
| 207 | H97N (CAC→AAC) | anmK | anhydro‑N‑acetylmuramic acid kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (90/71); new base T (21/25); total (111/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TGCGCCTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAATATCCAGTAC > CP009273/1713425‑1713718
|
cgcCTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACa < 1:2388944/148‑1 (MQ=255)
gcCTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACaa < 2:772594/148‑1 (MQ=255)
cTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAAcc < 1:1867762/148‑1 (MQ=255)
cTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAAcc < 1:1596341/148‑1 (MQ=255)
ttGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCg > 1:1048847/1‑148 (MQ=255)
tGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGa < 2:105962/148‑1 (MQ=255)
tGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGa < 2:1554341/148‑1 (MQ=255)
tGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGa > 1:2985350/1‑148 (MQ=255)
tGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGa > 1:2519463/1‑148 (MQ=255)
gTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGAt > 1:147296/1‑148 (MQ=255)
cctccCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCg > 2:291395/1‑148 (MQ=255)
tccCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCa > 1:3191150/1‑148 (MQ=255)
cccAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCaa < 2:1060246/148‑1 (MQ=255)
aGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACtat > 1:3527525/1‑148 (MQ=255)
ggCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACtata > 2:207757/1‑148 (MQ=255)
ggCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACtata < 1:1494557/148‑1 (MQ=255)
ggCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACtata > 1:1271545/1‑148 (MQ=255)
ggCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACtata < 1:2410647/148‑1 (MQ=255)
cAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATAtc < 1:2291942/148‑1 (MQ=255)
atatCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAAGTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATAtctc < 2:3114104/148‑1 (MQ=255)
gCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGa < 2:1435570/148‑1 (MQ=255)
cGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGAt < 2:796977/148‑1 (MQ=255)
gAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGAtt < 1:605523/148‑1 (MQ=255)
aaaaTCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGAttt > 2:1168073/1‑148 (MQ=255)
aTCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGt > 1:1364076/1‑148 (MQ=255)
aCCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTcc > 2:667586/1‑148 (MQ=255)
aCCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTcc > 2:3352152/1‑148 (MQ=255)
gACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTa > 2:3307156/1‑148 (MQ=255)
cAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAg > 1:3337405/1‑148 (MQ=255)
aCCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCa < 2:1427439/148‑1 (MQ=255)
ccGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCaa > 1:2224115/1‑148 (MQ=255)
gTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAgg > 2:822658/1‑148 (MQ=255)
aaTTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCa > 1:856566/1‑148 (MQ=255)
aaTTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCa < 1:926982/148‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTg > 2:3521449/1‑148 (MQ=255)
tCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTg > 2:1467125/1‑148 (MQ=255)
tCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTg > 2:564069/1‑148 (MQ=255)
ccGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGa < 2:325044/148‑1 (MQ=255)
ccGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGa < 2:3387243/148‑1 (MQ=255)
ccGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGa < 2:1618925/148‑1 (MQ=255)
cGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGAc > 2:878738/1‑148 (MQ=255)
cgtgcCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCAt < 2:2843232/148‑1 (MQ=255)
tgcCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCa < 2:700223/148‑1 (MQ=255)
gcCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAg < 1:3422348/148‑1 (MQ=255)
gcCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAg > 1:3308/1‑148 (MQ=255)
ccACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGc > 1:149823/1‑148 (MQ=255)
cacaATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCa > 1:2408072/1‑148 (MQ=255)
caATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCGTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCaaa < 1:461593/148‑1 (MQ=255)
tttGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAg > 1:102064/1‑148 (MQ=255)
tttGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAg < 2:2602513/148‑1 (MQ=255)
ttGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGt > 2:1225326/1‑148 (MQ=255)
ttGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGt > 1:480780/1‑148 (MQ=255)
ttGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGcc > 2:1939961/1‑148 (MQ=255)
tggTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGcc > 2:3017652/3‑148 (MQ=255)
gTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCg < 2:3527525/148‑1 (MQ=255)
tATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAg > 1:1827685/1‑148 (MQ=255)
tATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAg < 1:494774/148‑1 (MQ=255)
tATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAg > 2:2471659/1‑148 (MQ=255)
tATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAg > 1:1932085/1‑148 (MQ=255)
tATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAg > 1:738770/1‑148 (MQ=255)
tCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGtt < 2:2859624/148‑1 (MQ=255)
tCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGAACGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGtt < 2:2859641/148‑1 (MQ=255)
cAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGt < 2:1271545/148‑1 (MQ=255)
aaTCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTa > 2:2717328/1‑148 (MQ=255)
aTCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTATGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTAt > 1:2038576/1‑148 (MQ=255)
tCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATc > 2:903998/1‑148 (MQ=255)
tCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATc > 1:3113476/1‑148 (MQ=255)
tGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCaa > 1:2603/1‑148 (MQ=255)
gTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAg > 2:491203/1‑148 (MQ=255)
tAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGc > 2:2140892/1‑148 (MQ=255)
tAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGc > 2:524608/1‑148 (MQ=255)
tAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGc > 2:2142139/1‑148 (MQ=255)
aaaGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCt > 2:1838561/1‑148 (MQ=255)
gtggtgCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCaaa > 2:2277662/1‑148 (MQ=255)
tgCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGc > 1:41790/1‑148 (MQ=255)
cACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGaa < 1:2179056/148‑1 (MQ=255)
cACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGaa < 1:441920/148‑1 (MQ=255)
cACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGaa < 1:2680924/148‑1 (MQ=255)
cccGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAgtg < 2:2767306/148‑1 (MQ=255)
ccGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAgtgt < 1:291392/148‑1 (MQ=255)
cGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTa > 1:1134024/1‑148 (MQ=255)
gTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTaa < 2:1048847/148‑1 (MQ=255)
gTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTaa > 1:962885/1‑148 (MQ=255)
tCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAg > 2:193358/1‑148 (MQ=255)
ttCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAgctgc < 1:810488/148‑1 (MQ=255)
tCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAgctgct > 2:42338/1‑148 (MQ=255)
cATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGctgctg < 1:755101/148‑1 (MQ=255)
gCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCGTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTAGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGcc < 1:2784484/148‑1 (MQ=255)
gACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTgg > 1:1071147/1‑148 (MQ=255)
aCGGTTTGACCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGc > 1:1791522/1‑148 (MQ=255)
ggTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCGTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCaa < 2:1662742/148‑1 (MQ=255)
tttGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAat < 2:2405087/148‑1 (MQ=255)
tttGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAat < 1:207757/148‑1 (MQ=255)
tttGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAat > 1:200062/1‑148 (MQ=255)
tttGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTGGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAat > 1:524900/1‑148 (MQ=255)
tGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAatat < 2:2519467/148‑1 (MQ=255)
tGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAatat < 1:677216/148‑1 (MQ=255)
aCCGTTACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAATATcc < 2:396156/148‑1 (MQ=255)
gACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAATATCCAGTAc > 2:480969/1‑148 (MQ=255)
gACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAATATCCAGTAc > 2:3406038/1‑148 (MQ=255)
|
TGCGCCTTGTCCTCCCAAGGCAATATCGCGACGGCGAAAATCACCGACAACCGTAATTCCGGTGCGTGCCACAATTTGATTGTTATCGCCAATCTGTAAAGTGTGTGGTGCCACGCCCGTCGGTTCATGCCAGACGGTTTGACCGTGACAACCGATCGCAACTATATCTCTTGCCTGCAGATTTTGTTCCTTAAGCAAGGCATTGACCGCATCAGCAAAAAGTTGCCCGAGTTGAGTATCAAGCTGTCCAAACTGCGAAAGTGTAAGCTGCTGGCCCTGGCAAATATCCAGTAC > CP009273/1713425‑1713718
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
