Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,277,142 |
C→A |
19.6% |
P214Q (CCG→CAG) |
kbaY → |
tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaY subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,277,142 | 0 | C | A | 19.6%
| 582.0
/ 91.4
| 218 | P214Q (CCG→CAG) | kbaY | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaY subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/78); new base A (29/14); total (126/92) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
ACTGACTGGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCG > CP009273/3276996‑3277288
|
actgactgGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAACGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCg > 2:365768/1‑148 (MQ=255)
ctgactgGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCgg > 2:3127108/1‑148 (MQ=255)
actgGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATg > 2:407170/1‑148 (MQ=255)
tCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGt > 1:1092501/1‑148 (MQ=255)
gACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTcc > 2:1429705/1‑148 (MQ=255)
aCAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCg > 2:775053/1‑148 (MQ=255)
gCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTa < 2:280796/148‑1 (MQ=255)
cGGTAGCGATTGGTACTGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCTGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTAt < 1:3146009/148‑1 (MQ=255)
tAGCGAGTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGa < 2:2343814/148‑1 (MQ=255)
aGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGaa > 1:1434731/1‑148 (MQ=255)
gCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAAc > 1:1069023/1‑148 (MQ=255)
cGATTGGTACGTAGCACGGCTTATACAGAAAAACGACTAAGATTGATTTACAGCGTCTGGCGGAAATAAGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCAGCATGGTTCCAGAGATGTTCCGGATGAATTTGTCAGTCGAACTATAGAACt > 2:2505501/1‑148 (MQ=255)
cGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACt < 1:2507058/148‑1 (MQ=255)
aTTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTg > 2:24810/1‑148 (MQ=255)
ttGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTgg < 2:331373/148‑1 (MQ=255)
ttGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTgg > 2:2559642/1‑148 (MQ=255)
ttGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTgg < 2:2433259/148‑1 (MQ=255)
tGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGc > 2:1283647/1‑148 (MQ=255)
aCGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTca > 1:3395591/1‑148 (MQ=255)
gcACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACaaaa < 2:707677/148‑1 (MQ=255)
cACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAg > 2:1063080/1‑148 (MQ=255)
ggCTTATACATCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGa < 2:1957891/148‑1 (MQ=255)
ggCTTATACATCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGa < 2:737758/148‑1 (MQ=255)
cTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAAc < 1:469435/148‑1 (MQ=255)
ttATACATCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACg < 1:2210958/148‑1 (MQ=255)
ttATACAGCAAAACGCCGTAGATTGTTTTCCAGCGGGTGGCGGAAATTCGTGTAGTGGTGGATGTTCCTGTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGTTGAATTTTTCCGTCGCACTATTGTACTTGGCGTCACAAAAGTGAACg < 1:1452176/148‑1 (MQ=255)
gCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCcac > 1:2651956/1‑148 (MQ=255)
cAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCcaca > 1:2785352/1‑148 (MQ=255)
aaaaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAg < 2:898672/148‑1 (MQ=255)
aaaaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAg < 2:1544421/148‑1 (MQ=255)
aaaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGa > 2:2928974/1‑148 (MQ=255)
aaaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGa > 2:3009966/1‑148 (MQ=255)
aaaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGa < 1:67769/148‑1 (MQ=255)
aaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGaa > 2:1456564/1‑148 (MQ=255)
aaCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGaa < 2:1070036/148‑1 (MQ=255)
aaCGCCGAAGATTGATGTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGaa < 2:3105118/148‑1 (MQ=255)
aCGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAAt > 1:2941375/1‑148 (MQ=255)
gAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTaaaa < 2:1721151/148‑1 (MQ=255)
aaGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTTGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTaaaaa < 2:3075987/148‑1 (MQ=255)
aaGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTaaaaa > 2:499303/1‑148 (MQ=255)
aaGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTaaaaa > 2:1604732/1‑148 (MQ=255)
aGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTACATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAAt > 2:326713/1‑148 (MQ=255)
gattgattTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATa > 2:1615370/1‑148 (MQ=255)
gattgattTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATa > 2:1483029/1‑148 (MQ=255)
gattgattTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATa > 2:1156263/1‑148 (MQ=255)
gattgattTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATa > 2:230017/1‑148 (MQ=255)
tgattTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGcc < 2:1434731/148‑1 (MQ=255)
gattTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCt < 1:125191/148‑1 (MQ=255)
attTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCtt > 2:3427011/1‑148 (MQ=255)
tCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGc < 1:1657066/148‑1 (MQ=255)
cGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGgcg > 1:1763175/1‑148 (MQ=255)
gCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGcgcg < 1:3074188/148‑1 (MQ=255)
tGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGt > 1:937045/1‑148 (MQ=255)
tGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGt < 2:1832994/148‑1 (MQ=255)
gCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTa > 2:382966/1‑148 (MQ=255)
gCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTa > 1:2565818/1‑148 (MQ=255)
cGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTaa > 2:2629123/1‑148 (MQ=255)
gAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAg > 2:919480/1‑148 (MQ=255)
gAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAg < 1:2545849/148‑1 (MQ=255)
aaaTTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGc > 1:323058/1‑148 (MQ=255)
aaTTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGcc < 1:1435883/148‑1 (MQ=255)
aTTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCt > 1:2640646/1‑148 (MQ=255)
aTTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCt < 1:818558/148‑1 (MQ=255)
gTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGtt < 2:1610505/148‑1 (MQ=255)
tGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGttt < 1:1953547/148‑1 (MQ=255)
tGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGGTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCATTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGttt < 1:1574320/148‑1 (MQ=255)
gAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTg > 2:1130320/1‑148 (MQ=255)
gAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTg < 2:3508516/148‑1 (MQ=255)
aaGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGc < 1:775026/148‑1 (MQ=255)
aGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCg > 2:2378032/1‑148 (MQ=255)
gtggtgGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCgg < 1:1017705/148‑1 (MQ=255)
gtggATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGaaa < 1:1385839/148‑1 (MQ=255)
tggATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGaaaa < 1:1574993/148‑1 (MQ=255)
tggATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGaaaa < 1:3506747/148‑1 (MQ=255)
gATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATc < 2:2191038/148‑1 (MQ=255)
ttCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCa < 1:3050431/148‑1 (MQ=255)
ttCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCa < 2:1763175/148‑1 (MQ=255)
tCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAg < 2:3075549/148‑1 (MQ=255)
tCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAg < 1:1940880/148‑1 (MQ=255)
tCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAg > 2:2510599/1‑148 (MQ=255)
ccTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCAGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAgg > 2:419267/1‑148 (MQ=255)
tctGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGt > 2:3549022/1‑148 (MQ=255)
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aTGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTAGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCg > 2:2494553/1‑148 (MQ=255)
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|
ACTGACTGGCGTCGACAGCCTGGCGGTAGCGATTGGTACGGCGCACGGCTTATACAGCAAAACGCCGAAGATTGATTTCCAGCGGCTGGCGGAAATTCGTGAAGTGGTGGATGTTCCTCTGGTGCTGCATGGTGCCAGCGATGTTCCGGATGAATTTGTCCGTCGCACTATTGAACTTGGCGTCACAAAAGTGAACGTTGCCACAGAATTAAAAATAGCCTTCGCTGGCGCGGTTAAAGCCTGGTTTGCGGAAAATCCGCAGGGTAATGATCCTCGTTATTATATGCGCGTCG > CP009273/3276996‑3277288
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
