Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F142 I0 R1
|
859 |
274.6 |
8723680 |
96.4% |
8409627 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,777,451 |
C→A |
43.1% |
A55E (GCG→GAG) |
fadK → |
short chain acyl‑CoA synthetase, anaerobic |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,777,451 | 0 | C | A | 43.1%
| 216.0
/ inf
| 248 | A55E (GCG→GAG) | fadK | short chain acyl‑CoA synthetase, anaerobic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/73); new base A (49/58); total (117/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
ACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCG > CP009273/1777303‑1777599
|
aCGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAgcgcg < 1:790471/150‑1 (MQ=255)
cGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAgcgcgc > 1:1348314/1‑150 (MQ=255)
gTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCt > 2:1577020/1‑150 (MQ=255)
aaCGAACAACGTCGTGCCGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGAt > 1:2498145/1‑150 (MQ=255)
aCGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATc < 1:1132058/150‑1 (MQ=255)
aCGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATc < 2:3711880/150‑1 (MQ=255)
gAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCAc > 1:2911494/1‑150 (MQ=255)
gAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCAc > 1:3002719/1‑150 (MQ=255)
aacaacGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCAcg < 2:2221202/150‑1 (MQ=255)
gtcgtGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTCTAGCGCGCTCGATCACGCCGCGa > 2:2377144/1‑150 (MQ=255)
gtcgtGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGa > 2:3998950/1‑150 (MQ=255)
tGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGTAGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGACGCACACCTCTCGTGCCATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATAATGGTGCATAGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGATg > 1:369316/1‑150 (MQ=255)
ggcgTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCt > 1:1712388/1‑150 (MQ=255)
gTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGc > 1:1062637/1‑150 (MQ=255)
tATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCa < 2:131994/150‑1 (MQ=255)
tATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCa > 2:4197892/1‑150 (MQ=255)
aTCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCaa > 2:282625/1‑150 (MQ=255)
aTCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCaa < 2:4036887/150‑1 (MQ=255)
tCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTg > 2:3123069/1‑150 (MQ=255)
cAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATg > 1:625360/1‑150 (MQ=255)
cAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATg < 1:329806/150‑1 (MQ=255)
cAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATg > 1:1315024/1‑150 (MQ=255)
aaGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGt > 1:705815/1‑150 (MQ=255)
aaGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGt > 1:2130180/1‑150 (MQ=255)
aGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGtt > 1:884222/1‑150 (MQ=255)
aGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGtt < 1:2113590/150‑1 (MQ=255)
ggTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAg < 1:4180614/150‑1 (MQ=255)
ggTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAg < 1:1184280/150‑1 (MQ=255)
gTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGc < 1:2244422/150‑1 (MQ=255)
gTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGc < 2:4072688/150‑1 (MQ=255)
tATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGa > 1:4295735/1‑150 (MQ=255)
tGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAg > 2:1247724/1‑150 (MQ=255)
ggggCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAgg < 1:1153325/150‑1 (MQ=255)
gggCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAggg < 2:2279030/150‑1 (MQ=255)
cGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTAt > 1:1449926/1‑150 (MQ=255)
aTGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTg > 1:929748/1‑150 (MQ=255)
aTGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTg < 1:594419/150‑1 (MQ=255)
tGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGa > 1:553399/1‑150 (MQ=255)
cTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAAt < 1:1015444/150‑1 (MQ=255)
cTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGc > 1:2457598/1‑150 (MQ=255)
tGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCg > 2:4255851/1‑150 (MQ=255)
tGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCg > 1:395136/1‑150 (MQ=255)
tGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCg < 1:3787633/150‑1 (MQ=255)
tGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCg < 1:1276868/150‑1 (MQ=255)
tGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCg < 1:2813408/150‑1 (MQ=255)
tGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAAGTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGCTCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCg < 2:1838458/150‑1 (MQ=255)
cGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGatcg < 2:348894/150‑1 (MQ=255)
gATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGatcgc > 1:2389882/1‑150 (MQ=255)
aTTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGatcgca > 1:2695297/1‑150 (MQ=255)
tACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGatcgcatc < 2:1790926/150‑1 (MQ=255)
aCTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGatcgcatcg < 2:2268055/150‑1 (MQ=255)
aCTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGatcgcatcg < 1:226950/150‑1 (MQ=255)
aCTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGatcgcatcg < 1:1361451/150‑1 (MQ=255)
ggCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATcgcatcgcat > 1:2319272/1‑150 (MQ=255)
ggCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATcgcatcgcat > 1:3641698/1‑150 (MQ=255)
ggCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATcgcatcgcat < 1:3429918/150‑1 (MQ=255)
gcagcaGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCAtt < 2:4275226/150‑1 (MQ=255)
gcagcaGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCAtt < 1:3503205/150‑1 (MQ=255)
cagcagACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCAttt > 2:861124/1‑150 (MQ=255)
aCCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTg < 2:2670071/150‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCct < 2:3669541/150‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCct < 2:3576647/150‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCct > 1:4059458/1‑150 (MQ=255)
tCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCctgg < 2:30423/150‑1 (MQ=255)
tCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCctgg < 2:1449926/150‑1 (MQ=255)
tGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCctggctg < 1:388166/150‑1 (MQ=255)
gCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCctggctgg < 2:1061123/150‑1 (MQ=255)
cGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGgt < 1:4197892/150‑1 (MQ=255)
gCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGa < 1:325017/150‑1 (MQ=255)
ccAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGaa > 1:878929/1‑150 (MQ=255)
cAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAAt < 2:2009008/150‑1 (MQ=255)
cAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAAt < 2:3248716/150‑1 (MQ=255)
aaaaTTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTAcc < 2:319315/150‑1 (MQ=255)
aaaTTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCg < 2:3403985/150‑1 (MQ=255)
aaaTTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCg > 1:3448770/1‑150 (MQ=255)
aTTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGtt > 2:1141756/1‑150 (MQ=255)
ttGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACGGTta < 2:257185/150‑1 (MQ=255)
ttGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTta > 2:2081541/1‑150 (MQ=255)
ttGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTta < 2:2488376/150‑1 (MQ=255)
ccGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTtatct < 2:548526/150‑1 (MQ=255)
ccGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTAGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTtatct < 2:2352822/150‑1 (MQ=255)
gTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTtatctat < 1:2621390/150‑1 (MQ=255)
tGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTtatctatc > 2:1135504/1‑150 (MQ=255)
gTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCtt > 1:3615925/1‑150 (MQ=255)
tCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTtg < 1:2637727/150‑1 (MQ=255)
aaTCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTtgcctgc > 1:1654338/1‑150 (MQ=255)
aTCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTtgcctgcc > 2:4102587/1‑150 (MQ=255)
cATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGcctgcctg > 2:3142665/1‑150 (MQ=255)
tGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAAt < 2:499442/150‑1 (MQ=255)
cATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCg < 1:4011481/150‑1 (MQ=255)
cATCGTACACCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCg > 2:1707768/1‑150 (MQ=255)
acacCTATAGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAg < 2:1076393/150‑1 (MQ=255)
cTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTc < 2:3423385/150‑1 (MQ=255)
tataGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTcc < 1:3575499/150‑1 (MQ=255)
tataGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTcc > 2:1159120/1‑150 (MQ=255)
ataGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCg < 1:2339905/150‑1 (MQ=255)
ataGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCg < 1:1107419/150‑1 (MQ=255)
taGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGt > 1:4018211/1‑150 (MQ=255)
taGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGt < 2:1097716/150‑1 (MQ=255)
aGCGAGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTg > 1:3213176/1‑150 (MQ=255)
|
ACGTTTAACGAACAACGTCGTGCGGCGTATCGTCAGCAAGGGTTATGGGGCGATGCTTCGCTGGCCGATTACTGGCAGCAGACCGCTCGTGCGATGCCAGACAAAATTGCCGTGGTCGATAATCATGGTGCATCGTACACCTATAGCGCGCTCGATCACGCCGCGAGCTGTCTGGCAAACTGGATGTTAGCGAAGGGTATTGAATCAGGCGATCGCATCGCATTTCAACTGCCTGGCTGGTGTGAATTTACCGTTATCTATCTTGCCTGCCTGAAAATCGGTGCAGTTTCCGTGCCG > CP009273/1777303‑1777599
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
