Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,774,858 |
C→T |
45.0% |
Y67Y (TAC→TAT) |
ydiR → |
putative electron transfer flavoprotein, FAD‑binding subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,774,858 | 0 | C | T | 45.0%
| 140.2
/ inf
| 280 | Y67Y (TAC→TAT) | ydiR | putative electron transfer flavoprotein, FAD‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/78); new base T (63/63); total (139/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATGCGGCGCTGGTGAACGATGCCACGGCGGTGGATATTGTCGA > CP009273/1774709‑1775007
|
cTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACg > 2:2661222/1‑150 (MQ=255)
tGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGc < 2:555800/150‑1 (MQ=255)
gAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGcc < 2:1142411/150‑1 (MQ=255)
gAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGcc < 1:1814050/150‑1 (MQ=255)
cTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGaa > 2:3964406/1‑150 (MQ=255)
tGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGaaa > 1:2619113/1‑150 (MQ=255)
tttGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGc > 1:1518291/1‑150 (MQ=255)
tttGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGc < 1:3222434/150‑1 (MQ=255)
cggcgCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATtgc > 2:2194312/1‑150 (MQ=255)
gcgcTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATtgctg < 1:498187/150‑1 (MQ=255)
cTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGccc < 1:2518059/150‑1 (MQ=255)
tCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCct < 1:1312943/150‑1 (MQ=255)
gCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCctgct < 1:4038731/150‑1 (MQ=255)
gCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCctgct < 1:684366/150‑1 (MQ=255)
gCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTGATGCCTAATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATAATGCCGAAAGCATTTCTGCActgct > 1:3986820/1‑150 (MQ=255)
tGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGaaa > 2:3598753/1‑150 (MQ=255)
ggggCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAg > 2:1467651/1‑150 (MQ=255)
ggggCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAg > 2:3628137/1‑150 (MQ=255)
ggCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGAt > 2:741970/1‑150 (MQ=255)
gCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATa > 1:3554718/1‑150 (MQ=255)
gCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATa > 1:309151/1‑150 (MQ=255)
gtgtATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAACACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACAcccc < 2:1340961/150‑1 (MQ=255)
gtgtATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACAcccc < 2:1127537/150‑1 (MQ=255)
gtATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGc > 1:3050725/1‑150 (MQ=255)
tATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCt > 1:2888575/1‑150 (MQ=255)
aTGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTa < 2:3791611/150‑1 (MQ=255)
aTGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTa < 2:3659678/150‑1 (MQ=255)
ccATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGt > 1:3389411/1‑150 (MQ=255)
cATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGtt < 1:4348454/150‑1 (MQ=255)
aTTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTg > 1:319086/1‑150 (MQ=255)
aTTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTg > 1:1161506/1‑150 (MQ=255)
gTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTCTGGTCCAAAAGGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTg < 2:1752425/150‑1 (MQ=255)
tACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGt > 1:966368/1‑150 (MQ=255)
aCAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGtt < 1:1694309/150‑1 (MQ=255)
cAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTg > 1:3164937/1‑150 (MQ=255)
aaaaTACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTgg > 2:1952492/1‑150 (MQ=255)
aaTACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGcc < 2:1275698/150‑1 (MQ=255)
aaTACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGcc < 2:944392/150‑1 (MQ=255)
atgccGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCcg > 1:4260871/4‑150 (MQ=255)
tACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCcgc > 2:2407061/1‑150 (MQ=255)
tACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCcgc > 2:2829120/1‑150 (MQ=255)
cGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGcgac < 2:2674276/150‑1 (MQ=255)
cGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGcgac > 2:1211230/1‑150 (MQ=255)
gACCATGCGCAGGCAGTTATGACTTATGGTCCAAAATGTATTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGcgacg < 2:1100156/150‑1 (MQ=255)
cAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGaaa < 2:354537/150‑1 (MQ=255)
aGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTCTGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAAc > 2:3363280/1‑150 (MQ=255)
aGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAAc > 2:4175797/1‑150 (MQ=255)
cgcAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTg < 1:4549127/150‑1 (MQ=255)
gcaggcagTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTgg > 1:936217/1‑150 (MQ=255)
caggcagTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGt < 1:302787/150‑1 (MQ=255)
caggcagTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGt > 1:641818/1‑150 (MQ=255)
caggcagTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGt < 1:749316/150‑1 (MQ=255)
caggcagTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGt > 1:3284276/1‑150 (MQ=255)
aggcagTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTa > 2:2335604/1‑150 (MQ=255)
aggcagTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTa > 2:4264620/1‑150 (MQ=255)
aggcagTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTa < 1:1890134/150‑1 (MQ=255)
cagTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAg < 1:82261/150‑1 (MQ=255)
agTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAgc > 1:3699044/1‑150 (MQ=255)
gTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAgcg > 1:2699117/1‑150 (MQ=255)
gTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAgcg > 2:1595117/1‑150 (MQ=255)
gTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAgcg < 1:3462139/150‑1 (MQ=255)
gTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAgcg < 2:3263197/150‑1 (MQ=255)
gTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAgcg > 2:1907094/1‑150 (MQ=255)
gTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAgcg > 2:3895170/1‑150 (MQ=255)
tATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCt > 2:4558368/1‑150 (MQ=255)
tATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCt > 2:4558267/1‑150 (MQ=255)
aTGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTg > 2:2589547/1‑150 (MQ=255)
tGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGATCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTAGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTgg > 2:1917845/1‑150 (MQ=255)
gCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGgc < 1:2005646/150‑1 (MQ=255)
cTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGgcag > 1:1969971/1‑150 (MQ=255)
aTGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCAc > 1:1548346/1‑150 (MQ=255)
tGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACg > 1:224951/1‑150 (MQ=255)
ggTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACgg > 1:1095205/1‑150 (MQ=255)
ccAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTa > 2:4790/1‑150 (MQ=255)
aaaTGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAgt > 1:4511969/1‑150 (MQ=255)
aaTGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAgtg < 2:1979787/150‑1 (MQ=255)
cTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCaa > 1:2799410/1‑150 (MQ=255)
tATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTg > 2:3026770/1‑150 (MQ=255)
tCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATgc < 1:7022/150‑1 (MQ=255)
tCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATgc > 2:4023943/1‑150 (MQ=255)
tGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATgcggc < 1:2445806/150‑1 (MQ=255)
gcgcAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATgcggcg < 1:1349427/150‑1 (MQ=255)
cgcAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATGCGgcgc > 2:4328320/1‑150 (MQ=255)
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aaTTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATGCGGCGCTGGTGAACGATGCCACGGCGGTGGATAtt < 2:2950189/150‑1 (MQ=255)
aTTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATGCGGCGCTGGTGAACGATGCCACGGCGGTGGATATTg > 1:1436549/1‑150 (MQ=255)
aCGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATGCGGCGCTGGTGAACGATGCCACGGCGGTGGATATTGTCg < 1:1260372/150‑1 (MQ=255)
|
GCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATGCGGCGCTGGTGAACGATGCCACGGCGGTGGATATTGTCGA > CP009273/1774709‑1775007
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
