Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,658,679 |
G→T |
45.0% |
intergenic (+76/‑115) |
yfhR → / → csiE |
putative S9 family prolyl oligopeptidase/stationary phase inducible protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,658,679 | 0 | G | T | 45.0%
| 251.8
/ inf
| 292 | intergenic (+76/‑115) | yfhR/csiE | putative S9 family prolyl oligopeptidase/stationary phase inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/83); new base T (56/76); total (133/159) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTC > CP009273/2658532‑2658828
|
gATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAatat > 1:961511/1‑150 (MQ=255)
aTCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATg > 1:19953/1‑150 (MQ=255)
aTCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATg < 2:686271/150‑1 (MQ=255)
gTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATgaga > 2:1894743/1‑150 (MQ=255)
gTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATgaga > 1:3009801/1‑150 (MQ=255)
tCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGaa > 1:2363185/1‑150 (MQ=255)
tCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGaa < 2:1847451/150‑1 (MQ=255)
gTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCtgtg < 1:84184/150‑1 (MQ=255)
cgcgAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCTCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCtt < 2:3899394/150‑1 (MQ=255)
gcgAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTg > 2:3951541/1‑150 (MQ=255)
gAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGcc < 1:527989/150‑1 (MQ=255)
gAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGcc < 2:1935600/150‑1 (MQ=255)
aCAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCaa > 2:4320917/1‑150 (MQ=255)
aCAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCaa < 1:1157328/150‑1 (MQ=255)
aCAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCaa < 1:4345567/150‑1 (MQ=255)
tggtggACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACAttt < 1:4614561/150‑1 (MQ=255)
ggtggACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTc < 1:1618430/150‑1 (MQ=255)
ggtggACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTc < 1:2130982/150‑1 (MQ=255)
gtggACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCt < 1:4115746/150‑1 (MQ=255)
tggACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCtg < 1:2510481/150‑1 (MQ=255)
aCTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCtgatg < 2:3460067/150‑1 (MQ=255)
aCTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCtgatg < 2:1565751/150‑1 (MQ=255)
ttATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTACCAACATTTCTGATGAtt < 1:2659681/150‑1 (MQ=255)
tATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTa < 1:3374028/150‑1 (MQ=255)
tATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTa < 2:16181/150‑1 (MQ=255)
aTCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAg < 2:3587359/150‑1 (MQ=255)
ccTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCa > 2:2021488/1‑150 (MQ=255)
cTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCAt > 2:2255961/1‑150 (MQ=255)
cTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAAACCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCAt > 2:1115464/1‑150 (MQ=255)
cgcgTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCt < 1:3066589/150‑1 (MQ=255)
gcgTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCtt < 1:3761719/150‑1 (MQ=255)
gTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCg > 1:2054047/1‑150 (MQ=255)
tGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGcc < 1:4303619/150‑1 (MQ=255)
tGAATCCGCAGAACTAACCCATGATAGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATATCTGATGATTAGCATTCCCTTCGcc > 1:3638839/1‑150 (MQ=255)
gAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCa < 1:2579447/150‑1 (MQ=255)
gAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCa < 1:2462009/150‑1 (MQ=255)
gAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCa < 2:3993382/150‑1 (MQ=255)
cGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTcc > 2:2227336/1‑150 (MQ=255)
gCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCt < 1:91539/150‑1 (MQ=255)
aCTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGc > 1:4469145/1‑150 (MQ=255)
aCTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGc > 2:3319002/1‑150 (MQ=255)
aCCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAAc > 1:1012181/1‑150 (MQ=255)
aCCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAAc < 2:1482149/150‑1 (MQ=255)
ccATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACtt > 1:1359205/1‑150 (MQ=255)
cATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACttt > 2:3716071/1‑150 (MQ=255)
aTGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTa > 2:1374743/1‑150 (MQ=255)
aTGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTa < 2:872525/150‑1 (MQ=255)
aTGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTa > 2:4194511/1‑150 (MQ=255)
tGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAg > 2:1421541/1‑150 (MQ=255)
tGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAg < 2:491883/150‑1 (MQ=255)
aTCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCt < 1:1006444/150‑1 (MQ=255)
aTCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCt > 2:2703023/1‑150 (MQ=255)
tCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTa < 1:2257568/150‑1 (MQ=255)
cGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTAt < 2:4496025/150‑1 (MQ=255)
gCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTAtt < 1:3842394/150‑1 (MQ=255)
cTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTc < 2:2929379/150‑1 (MQ=255)
aGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCtt < 1:1259232/150‑1 (MQ=255)
aGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCtt < 1:2453264/150‑1 (MQ=255)
aGCACGATAATCAGTCCCAAAACCAACTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCtt < 2:1267130/150‑1 (MQ=255)
cACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTAt < 2:2992684/150‑1 (MQ=255)
cACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTAt < 2:426056/150‑1 (MQ=255)
gATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCaa < 1:642399/150‑1 (MQ=255)
aTAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAAt < 2:3222329/150‑1 (MQ=255)
aaTCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTa > 1:2138691/1‑150 (MQ=255)
cATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTAGGc < 2:2363185/150‑1 (MQ=255)
aTTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTCTTCTTATCAATTATGCt > 2:4629356/1‑150 (MQ=255)
aTTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCt > 2:3840060/1‑150 (MQ=255)
tCACAAAACCACCTTCAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTa < 2:2267215/150‑1 (MQ=255)
tCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTa < 1:3189155/150‑1 (MQ=255)
cacaAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTAt < 1:2754014/150‑1 (MQ=255)
ccaccTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGAt < 2:3481111/150‑1 (MQ=255)
caccTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATc > 1:3491260/1‑150 (MQ=255)
accTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCt > 1:1345531/1‑150 (MQ=255)
accTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCt < 2:1975220/150‑1 (MQ=255)
ccTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTa > 2:760235/1‑150 (MQ=255)
ccTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTa > 2:4067292/1‑150 (MQ=255)
ttAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACa > 2:3071439/1‑150 (MQ=255)
ttAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACa > 1:3898169/1‑150 (MQ=255)
aGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAgat < 2:4428496/150‑1 (MQ=255)
aGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGTTGAGATAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAgat < 1:2918451/150‑1 (MQ=255)
aTGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGatgatg < 1:3596335/150‑1 (MQ=255)
gCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGcc > 2:1222457/1‑150 (MQ=255)
cTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCt < 1:202143/150‑1 (MQ=255)
aaTCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAATATTCTGTGTCGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCTTTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTATTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTAc < 2:2828416/150‑1 (MQ=255)
aaTCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTAc < 1:1832718/150‑1 (MQ=255)
aTCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACg < 2:318158/150‑1 (MQ=255)
aTCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACg > 1:1474899/1‑150 (MQ=255)
aTCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACg > 1:4003594/1‑150 (MQ=255)
aTCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCACACTTTAGCTCTTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACg > 2:91237/1‑150 (MQ=255)
cACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCtt > 1:2865518/1‑150 (MQ=255)
cACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCtt > 1:2863590/1‑150 (MQ=255)
aCTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTg < 2:36884/150‑1 (MQ=255)
ggTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTc > 2:1473580/1‑150 (MQ=255)
aGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTccacc < 2:2134786/150‑1 (MQ=255)
aGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTccacc > 2:1681575/1‑150 (MQ=255)
aaCAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCAt > 1:1766560/1‑150 (MQ=255)
cAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCt < 1:155689/150‑1 (MQ=255)
agattAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTg < 2:3843017/147‑1 (MQ=255)
aaGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCtt > 1:2084795/1‑150 (MQ=255)
gATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTc > 2:4289597/1‑150 (MQ=255)
|
GATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTC > CP009273/2658532‑2658828
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
