Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F159 I0 R1
|
879 |
305.9 |
9588012 |
96.6% |
9262019 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,987,928 |
C→A |
24.9% |
pseudogene (524/633 nt) |
ygeK ← |
pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,987,928 | 0 | C | A | 24.9%
| 405.8
/ 113.7
| 175 | pseudogene (524/633 nt) | ygeK | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/54); new base A (25/19); total (102/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.61e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAA > CP009273/2987781‑2988074
|
gTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCtt > 1:4783026/1‑150 (MQ=255)
gTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCtt > 1:2383487/1‑150 (MQ=255)
gTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCtt > 2:437633/1‑150 (MQ=255)
ggCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACt < 2:4694695/150‑1 (MQ=255)
gCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTg < 1:4002657/150‑1 (MQ=255)
gCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTg < 1:3975634/150‑1 (MQ=255)
tCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGaaa > 2:4658172/1‑150 (MQ=255)
cAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAg > 1:3867078/1‑150 (MQ=255)
aGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGa > 1:3935976/1‑150 (MQ=255)
cAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGaaa < 1:1549615/150‑1 (MQ=255)
aaaaTGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGaa > 1:3328768/1‑150 (MQ=255)
aaaaTGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAAt > 2:2599268/1‑150 (MQ=255)
tGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGc > 2:4421448/1‑150 (MQ=255)
tGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGc > 1:1893382/1‑150 (MQ=255)
tGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGc > 1:1893903/1‑150 (MQ=255)
tGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGc > 1:3621591/1‑150 (MQ=255)
gAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCg > 2:824172/1‑150 (MQ=255)
gAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCg < 1:4150882/150‑1 (MQ=255)
gAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCg > 2:3754783/1‑150 (MQ=255)
gAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCg < 1:1629716/150‑1 (MQ=255)
gAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCg > 1:3164799/1‑150 (MQ=255)
ccTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGAtt > 1:2907684/1‑150 (MQ=255)
cTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGAttt > 1:2622330/1‑150 (MQ=255)
aaGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCtt > 1:966055/1‑150 (MQ=255)
gCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCtttg > 2:2698334/1‑150 (MQ=255)
ctc‑‑tTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCtttgtt > 1:639318/1‑150 (MQ=255)
ctc‑‑tTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCtttgtt < 1:4324733/150‑1 (MQ=255)
ctc‑‑tTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCtttgtt < 1:2306131/150‑1 (MQ=255)
ctc‑‑tTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACGGCAAGAAATTAGCGATTTCtttgtt < 1:1001732/150‑1 (MQ=255)
ttttttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTttgtttgt < 2:2820559/150‑1 (MQ=255)
ttttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTgtttgttt < 2:4453113/150‑1 (MQ=255)
tttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGtttt > 2:629151/1‑150 (MQ=255)
tttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGtttt > 2:629203/1‑150 (MQ=255)
ttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTa > 2:2138698/1‑150 (MQ=255)
ttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTAcc > 1:1400963/1‑150 (MQ=255)
ttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTAcc > 1:1400849/1‑150 (MQ=255)
atataGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCAt > 1:2580858/1‑150 (MQ=255)
ataGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCa > 1:795226/1‑150 (MQ=255)
ataGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCa < 1:2521441/150‑1 (MQ=255)
cAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACAATCAGCTATg > 2:2162731/1‑150 (MQ=255)
aaaCACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGa < 1:1116361/150‑1 (MQ=255)
aaaCACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGa < 1:3526393/150‑1 (MQ=255)
aaaCACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGa > 1:1083150/1‑150 (MQ=255)
acacCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGt < 1:1490185/150‑1 (MQ=255)
cacCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGtt < 1:951743/150‑1 (MQ=255)
ccATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTa > 1:610695/1‑150 (MQ=255)
ccATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTa < 2:3868705/150‑1 (MQ=255)
cATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTaa > 2:2847348/1‑150 (MQ=255)
cATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGAGTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTaa > 2:3020463/1‑150 (MQ=255)
aTACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAat < 1:2328756/150‑1 (MQ=255)
gTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATAttt < 2:2881453/150‑1 (MQ=255)
gCTTTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGAc < 2:201745/150‑1 (MQ=255)
gCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGAc < 2:4503771/150‑1 (MQ=255)
gCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGAc > 2:4048083/1‑150 (MQ=255)
tGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTc > 2:1422314/1‑150 (MQ=255)
gATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGAtt < 1:839530/150‑1 (MQ=255)
gATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGAtt > 2:2255011/1‑150 (MQ=255)
aaCTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTa > 2:1207632/1‑150 (MQ=255)
aaCTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTa < 2:1611853/150‑1 (MQ=255)
aaCTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTa > 2:2730813/1‑150 (MQ=255)
cTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAg < 2:314955/150‑1 (MQ=255)
tCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGt > 2:3216462/1‑150 (MQ=255)
cGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGtt > 2:1874733/1‑150 (MQ=255)
cGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGACATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGtt < 2:3233493/150‑1 (MQ=255)
tACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGAt < 1:437633/150‑1 (MQ=255)
aCCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGAtt < 1:146180/150‑1 (MQ=255)
cACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTAt < 1:2698336/150‑1 (MQ=255)
aCTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATc > 2:1795352/1‑150 (MQ=255)
gAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAgg < 1:4375935/150‑1 (MQ=255)
gAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAgg < 1:3759765/150‑1 (MQ=255)
tCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATAc < 2:2355644/150‑1 (MQ=255)
tCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATAc > 2:1295867/1‑150 (MQ=255)
aaTTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTg < 2:1466602/150‑1 (MQ=255)
tcttcATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAg < 2:1893382/150‑1 (MQ=255)
ttcATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGat > 2:4121560/1‑150 (MQ=255)
cATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGatat > 2:2526359/1‑150 (MQ=255)
tGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATAttt < 1:704032/150‑1 (MQ=255)
gATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATAtttt > 2:969931/1‑150 (MQ=255)
gATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATAtttt < 2:3328768/150‑1 (MQ=255)
tatTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATAtttttt < 1:1758884/150‑1 (MQ=255)
tGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTACTATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTcac > 2:3866178/1‑150 (MQ=255)
gAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGCAAGATATTTTTTcaca < 2:1868996/150‑1 (MQ=255)
tGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCata > 2:3539892/1‑150 (MQ=255)
tGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCata > 2:3540130/1‑150 (MQ=255)
tGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCata > 2:4551363/1‑150 (MQ=255)
aGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATg > 2:345751/1‑150 (MQ=255)
aGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATg > 2:4303751/1‑150 (MQ=255)
tttCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTa > 1:4148467/1‑150 (MQ=255)
tCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTaca < 2:2658892/150‑1 (MQ=255)
tCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTaca > 1:3650587/1‑150 (MQ=255)
tCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTaca < 1:1874733/150‑1 (MQ=255)
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tGTTTTCCTGCTTTACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATc < 1:3392852/150‑1 (MQ=255)
ttttCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCaa > 1:2023477/1‑150 (MQ=255)
ttttCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCaa < 1:4230458/150‑1 (MQ=255)
tttCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTAACAATCCATATGTACACTATCaaa > 1:2088081/1‑150 (MQ=255)
ccTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATa > 1:1510005/1‑150 (MQ=255)
cTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATaa > 2:4385280/1‑150 (MQ=255)
cTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATaa > 1:373149/1‑150 (MQ=255)
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GTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTC‑‑TTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAA > CP009273/2987781‑2988074
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
